genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  77  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22382306--22382387	25	3.3	25	86	5	103	28	21	20	29	1.98
22385701--22385809	43	2.6	43	85	1	148	34	16	22	25	1.95
22386667--22386705	14	2.8	14	100	0	78	33	15	7	43	1.75
22392144--22392229	41	2.1	41	80	8	95	31	25	16	26	1.96
22400911--22401164	39	6.6	38	82	5	282	33	16	33	16	1.92
22400874--22401165	77	3.8	78	85	3	317	34	17	31	16	1.92
22401016--22401115	19	5.2	19	67	11	78	33	17	35	15	1.90
22400911--22401165	78	3.3	77	85	5	320	33	16	33	16	1.92
22402789--22402821	16	2.0	17	88	5	50	39	0	3	57	1.14
22403843--22403892	24	2.2	22	82	7	55	64	6	0	30	1.18
22403950--22403994	23	2.0	23	86	8	65	53	2	0	44	1.13
22403918--22403980	32	1.9	33	84	9	85	49	0	0	50	1.00
22404196--22404247	26	2.0	26	81	7	61	38	21	9	30	1.85
22407352--22407385	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
22423269--22423350	26	3.2	25	89	6	121	37	9	14	37	1.79
22433807--22433851	23	2.0	23	82	8	56	20	11	4	64	1.42
22438688--22438748	26	2.4	26	94	2	106	55	0	3	40	1.16
22448943--22449176	10	23.4	10	68	21	93	1	28	0	70	0.95
22448914--22449185	40	6.6	39	81	14	218	1	29	0	69	0.96
22448945--22449173	40	5.6	41	88	8	290	1	28	0	70	0.95
22448997--22449062	17	3.5	17	69	21	51	3	24	0	72	0.98
22449091--22449153	5	13.0	5	75	6	58	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22449214--22449272	27	2.2	27	87	6	84	18	27	22	32	1.97
22450968--22450992	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
22453104--22453147	21	2.0	22	86	4	63	61	0	0	38	0.96
22461597--22461651	9	5.4	10	74	18	51	29	0	3	67	1.08
22463261--22463317	18	3.1	18	73	9	51	24	14	14	47	1.80
22469908--22469952	18	2.4	19	81	3	56	33	0	17	48	1.48
22479664--22479833	85	2.0	85	94	0	295	32	23	13	30	1.93
22486972--22487889	89	10.3	89	90	2	1380	25	24	19	30	1.98
22497517--22497579	3	20.3	3	82	6	56	60	0	6	33	1.22
22497513--22497580	18	3.9	18	73	23	65	58	0	8	32	1.29
22497498--22497575	32	2.4	32	83	8	95	58	1	8	30	1.37
22498662--22498692	16	1.9	16	93	0	53	35	6	12	45	1.68
22501837--22501884	25	1.9	25	83	8	62	18	4	14	62	1.47
22504231--22504261	7	4.4	7	91	0	53	29	0	0	70	0.87
22506296--22506424	63	2.0	63	92	2	215	35	13	13	37	1.84
22507300--22507372	35	2.1	34	92	2	119	32	6	35	24	1.82
22507539--22507667	57	2.2	59	78	10	142	41	0	4	53	1.27
22510326--22510359	17	2.1	17	88	5	52	41	5	8	44	1.60
22517926--22518017	35	2.6	35	82	1	112	40	35	11	11	1.79
22520606--22520642	18	2.1	19	85	10	51	59	5	10	24	1.52
22526310--22526414	20	5.3	19	71	6	84	33	16	34	16	1.91
22526290--22526469	79	2.2	81	87	1	247	32	16	31	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22526290--22526472	40	4.6	41	88	3	248	32	16	31	20	1.94
22529207--22529323	34	3.4	34	81	4	101	31	9	15	43	1.78
22529314--22529408	41	2.3	41	82	7	111	33	3	14	48	1.60
22532163--22532195	17	1.9	17	100	0	66	48	12	21	18	1.80
22533818--22533884	21	3.3	20	71	8	55	61	1	5	31	1.29
22535664--22535697	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
22539613--22539637	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
22541823--22541862	20	2.0	21	85	5	55	55	10	2	32	1.47
22544034--22544101	33	2.1	33	100	0	136	48	11	26	13	1.76
22550433--22550506	29	2.3	30	80	19	80	60	4	2	32	1.29
22550457--22550519	29	2.2	28	81	16	67	66	4	3	25	1.26
22552006--22552064	29	2.1	27	84	9	75	42	15	15	27	1.86
22553258--22553385	63	2.0	63	81	0	148	32	31	8	28	1.87
22557499--22557532	17	2.0	17	88	0	50	38	14	0	47	1.45
22561007--22561043	17	2.1	18	90	5	58	43	8	8	40	1.64
22563026--22563135	20	5.6	20	74	14	86	35	13	9	41	1.76
22563047--22563135	39	2.2	40	90	5	137	37	14	5	42	1.69
22571081--22571225	68	2.1	71	79	10	156	51	3	4	40	1.40
22571603--22571645	19	2.3	19	87	0	59	39	2	4	53	1.34
22573117--22573183	25	2.9	22	81	12	89	37	17	23	20	1.94
22573133--22573191	25	2.4	25	91	0	100	38	16	22	22	1.93
22580072--22580187	12	9.5	11	69	25	65	80	4	11	4	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22580072--22580187	9	13.6	8	68	21	67	80	4	11	4	1.00
22580073--22580121	7	6.6	7	84	11	62	85	2	12	0	0.68
22580073--22580121	22	2.2	23	92	3	82	85	2	12	0	0.68
22580140--22580188	6	8.0	6	80	19	57	81	0	14	4	0.83
22582417--22582972	44	12.8	44	67	12	132	29	19	25	25	1.98
22582419--22582703	130	2.2	132	89	3	434	27	20	26	25	1.99
22582984--22583083	44	2.3	44	80	3	112	25	21	22	32	1.98
22583185--22583447	44	6.0	45	71	12	172	29	17	25	27	1.97
22583379--22583461	44	2.0	44	85	7	118	34	18	21	25	1.96
22582550--22583452	175	5.2	175	89	2	1361	29	19	24	26	1.98
22591559--22591592	17	2.0	17	94	0	59	32	29	5	32	1.81
22594031--22594071	22	2.0	19	86	13	55	36	2	14	46	1.58
22600684--22600749	28	2.4	27	78	12	71	24	4	4	66	1.29
22606771--22606855	44	1.9	44	97	0	161	41	14	14	30	1.85
22607484--22607577	9	10.4	9	86	4	127	25	8	22	43	1.81
22613034--22613075	20	2.0	21	81	9	50	38	2	30	28	1.70
22619779--22619806	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
22620668--22620743	40	1.9	40	83	5	100	19	28	27	23	1.98
22623382--22623674	50	5.8	50	81	6	272	26	20	28	23	1.99
22625627--22625669	18	2.4	18	88	0	59	23	25	9	41	1.84
22629177--22629801	126	5.0	126	88	3	929	26	17	17	37	1.93
22629177--22629801	250	2.5	250	89	2	939	26	17	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22629830--22629874	23	2.0	23	95	0	81	60	8	2	28	1.39
22629861--22629972	34	3.3	32	79	10	107	49	13	0	37	1.42
22630020--22630087	21	3.2	21	66	15	59	45	23	0	30	1.53
22630020--22630102	42	2.0	42	88	4	123	45	25	0	28	1.54
22630405--22630447	19	2.3	20	84	11	56	46	2	0	51	1.13
22630419--22630456	19	2.0	20	84	5	51	50	2	0	47	1.15
22638394--22638429	15	2.3	16	90	4	56	61	13	2	22	1.46
22638410--22638479	30	2.4	30	92	2	115	48	14	8	28	1.73
22644890--22644987	42	2.3	42	84	3	135	21	23	32	22	1.98
22661923--22661951	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
22666654--22666709	27	2.0	29	86	6	80	66	5	1	26	1.23
22666726--22666764	21	1.9	20	89	5	60	56	2	7	33	1.41
22675895--22675959	34	1.9	34	90	0	103	33	21	10	33	1.88
22680359--22680403	19	2.3	19	92	3	72	24	13	11	51	1.73
22680481--22680523	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
22683785--22683826	6	7.0	6	91	0	57	42	0	57	0	0.99
22683785--22683826	12	3.5	12	90	0	66	42	0	57	0	0.99
22689363--22689402	21	1.9	21	85	10	55	57	12	0	30	1.36
22689422--22689464	3	14.7	3	85	9	54	69	0	2	27	1.00
22689422--22689464	19	2.3	19	91	0	68	69	0	2	27	1.00
22689915--22689959	23	2.0	22	91	4	72	35	17	8	37	1.81
22689915--22689991	19	3.8	19	84	6	91	37	18	9	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22690539--22690878	45	7.7	45	75	14	246	25	24	20	29	1.99
22690584--22690916	44	7.7	43	73	13	150	26	24	21	28	1.99
22690674--22691006	44	7.7	44	71	12	143	27	22	20	30	1.98
22690577--22691021	217	2.0	218	90	2	689	25	23	20	29	1.99
22691283--22691783	88	5.7	88	88	0	725	22	23	26	27	2.00
22691288--22691783	264	1.9	264	93	0	857	22	23	26	27	2.00
22693111--22693143	14	2.3	15	89	5	50	27	33	12	27	1.92
22696910--22696966	29	1.9	30	82	10	73	52	7	14	26	1.66
22698146--22698205	23	2.6	22	79	7	75	51	10	5	33	1.57
22698235--22698276	3	13.7	3	85	5	57	69	0	2	28	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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