genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  201  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60462972--60463011	21	2.0	21	90	5	64	30	22	27	20	1.98
60469916--60469959	23	1.9	23	85	0	61	45	2	9	43	1.48
60481131--60481163	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
60481364--60481401	14	2.7	15	88	12	62	39	10	18	31	1.85
60481949--60481988	16	2.5	16	80	12	55	45	0	0	55	0.99
60483094--60483138	21	2.1	22	83	4	56	35	8	13	42	1.75
60495716--60495810	44	2.2	44	82	3	111	35	12	18	32	1.89
60495682--60495866	95	1.9	95	86	2	264	35	12	20	32	1.90
60495807--60495896	44	2.0	44	84	0	117	33	14	21	31	1.93
60495817--60495930	44	2.6	44	80	2	113	31	18	19	30	1.96
60495691--60495903	95	2.2	95	81	3	250	36	14	19	30	1.91
60496420--60496483	26	2.4	26	80	10	76	35	6	1	56	1.34
60496527--60496576	16	2.8	18	77	17	59	50	10	0	40	1.36
60496527--60496578	17	3.0	17	78	13	61	48	11	0	40	1.40
60497661--60497744	30	2.8	31	89	5	136	25	23	7	44	1.79
60497661--60497737	15	5.1	15	66	12	59	25	22	7	44	1.79
60499426--60499480	5	11.0	5	100	0	110	40	0	0	60	0.97
60499668--60499715	22	2.2	22	82	14	55	70	8	20	0	1.12
60500074--60500117	23	1.9	24	90	9	74	56	0	20	22	1.42
60501195--60501230	12	3.0	12	91	0	54	47	0	8	44	1.33
60501741--60501772	15	2.1	15	100	0	64	18	31	0	50	1.48
60504854--60504937	30	2.8	31	90	5	136	25	25	4	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60507477--60507504	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
60517153--60517191	18	2.1	19	86	13	55	64	5	0	30	1.15
60528117--60528169	16	3.3	16	76	10	63	35	24	5	33	1.79
60528388--60528565	37	4.7	37	85	5	223	35	22	16	25	1.95
60529518--60529547	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
60532760--60532891	66	2.0	66	98	0	255	45	14	13	26	1.82
60533315--60533348	14	2.3	15	85	10	52	35	0	11	52	1.38
60534377--60534430	27	2.0	28	85	10	76	53	0	1	44	1.11
60536070--60536216	37	4.0	37	92	1	235	25	22	15	36	1.93
60536179--60536394	52	4.2	52	87	8	318	27	23	13	35	1.93
60536190--60536387	98	2.0	100	90	6	310	27	22	15	34	1.94
60542915--60542955	21	2.0	21	90	0	64	68	0	2	29	1.03
60555694--60555899	111	1.9	111	88	0	313	25	21	19	33	1.97
60562468--60562510	15	3.0	14	83	6	59	34	0	2	62	1.08
60568429--60568467	19	2.1	19	85	4	53	28	0	5	66	1.12
60568800--60568874	39	1.9	39	100	0	150	54	10	10	24	1.66
60570669--60570706	17	2.4	17	91	8	62	63	0	5	31	1.17
60576509--60576553	23	1.9	24	81	4	56	35	35	6	22	1.80
60578254--60578278	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
60583903--60583956	25	2.2	24	78	15	58	40	1	1	55	1.21
60584853--60584897	22	2.1	22	87	4	65	51	0	0	48	1.00
60588266--60588316	22	2.3	22	79	0	57	52	3	1	41	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60588308--60588336	14	2.1	14	93	6	51	34	0	3	62	1.12
60592850--60592911	31	2.0	31	87	0	88	40	12	3	43	1.59
60596451--60596487	15	2.4	15	90	4	56	45	8	29	16	1.76
60596985--60597028	22	2.0	23	86	4	63	86	0	6	6	0.71
60602109--60602157	23	2.2	23	96	3	91	57	14	12	16	1.66
60610652--60610704	23	2.3	23	93	3	79	50	5	7	35	1.54
60615548--60615606	21	2.8	21	81	2	82	1	30	13	54	1.49
60618463--60618493	16	1.9	16	93	0	53	22	0	12	64	1.27
60620609--60620646	20	1.9	20	84	10	51	18	7	36	36	1.80
60620928--60620985	29	2.0	30	83	10	75	37	13	6	41	1.72
60625542--60625583	19	2.2	20	83	12	52	45	0	4	50	1.23
60636400--60636438	21	1.9	21	89	5	62	41	0	2	56	1.13
60636597--60636635	18	2.2	18	85	0	51	17	10	25	46	1.80
60637606--60637669	28	2.2	28	81	8	76	40	3	3	53	1.33
60646357--60646391	10	3.6	10	92	3	54	65	2	5	25	1.28
60646377--60646418	17	2.4	18	84	4	59	66	2	2	28	1.16
60646446--60646505	19	3.2	19	75	15	54	63	3	0	33	1.11
60646890--60646926	17	2.1	17	90	10	56	72	0	0	27	0.84
60653553--60653602	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
60658182--60658231	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
60665764--60665810	17	2.8	17	79	20	62	55	6	2	36	1.37
60666071--60666130	30	2.0	31	83	9	79	41	0	38	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60666229--60666253	5	5.0	5	100	0	50	20	0	80	0	0.72
60666353--60666398	9	5.1	9	89	0	65	28	8	15	47	1.74
60676889--60676957	21	3.3	21	66	18	54	42	4	0	53	1.20
60676886--60676976	42	2.2	42	96	4	166	42	5	0	51	1.25
60679048--60679186	52	2.7	52	94	2	235	24	16	22	36	1.94
60685374--60685508	51	2.7	51	91	1	209	24	18	29	27	1.98
60689060--60689091	11	2.6	13	90	9	50	37	12	12	37	1.81
60690155--60690383	33	6.6	33	74	20	175	21	18	27	32	1.97
60690215--60690349	42	3.4	42	73	17	153	22	16	28	32	1.96
60690178--60690456	75	3.7	75	92	2	445	22	17	27	31	1.97
60690290--60690427	42	3.5	42	72	19	152	23	16	26	34	1.95
60694283--60694313	15	2.1	15	93	0	53	32	12	9	45	1.75
60696394--60696428	18	1.9	18	94	0	61	20	0	11	68	1.20
60696396--60696435	18	2.2	18	86	0	53	27	0	7	65	1.20
60697872--60697913	18	2.3	18	95	0	75	16	16	38	28	1.91
60703957--60704632	44	15.5	44	67	16	202	27	20	22	28	1.99
60703940--60704550	173	3.5	173	88	3	784	27	20	24	28	1.99
60704013--60704285	84	3.2	84	69	16	270	26	22	23	28	1.99
60704090--60704769	217	3.1	215	83	4	688	28	19	23	28	1.98
60706279--60706327	26	1.9	25	83	4	62	32	6	6	55	1.49
60709980--60710025	23	2.0	23	82	0	56	17	10	2	69	1.27
60710038--60710096	25	2.3	25	80	11	66	28	6	5	59	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60718526--60718686	60	2.7	60	76	3	146	43	15	11	29	1.82
60721983--60722027	21	2.1	21	95	0	81	48	4	8	37	1.55
60723003--60723035	13	2.4	14	90	5	50	27	9	24	39	1.85
60724762--60724805	19	2.5	17	85	7	52	27	4	11	56	1.53
60738002--60738137	69	2.0	69	98	0	263	40	9	10	39	1.72
60745733--60745767	17	2.1	17	100	0	70	31	28	34	5	1.81
60746089--60746185	48	2.0	48	100	0	194	51	14	10	23	1.73
60746471--60746498	6	4.7	6	100	0	56	53	0	32	14	1.41
60759652--60759753	41	2.5	40	82	9	125	30	24	17	27	1.97
60760531--60760674	17	8.4	17	77	8	130	47	10	11	30	1.74
60760442--60760570	36	3.4	38	72	16	115	41	12	10	35	1.76
60760531--60760693	35	4.7	35	79	6	170	47	10	12	30	1.74
60760873--60760919	20	2.5	19	77	16	53	44	8	17	29	1.78
60761276--60761334	11	5.3	11	83	4	73	0	18	0	81	0.69
60761283--60761332	20	2.6	19	84	12	66	0	18	0	82	0.68
60761283--60761329	14	3.4	14	77	8	51	0	19	0	80	0.70
60761606--60761665	24	2.5	24	86	7	79	0	33	0	66	0.92
60761594--60761665	3	24.0	3	78	16	62	0	30	0	69	0.89
60761617--60761665	13	3.9	13	75	24	52	0	36	0	63	0.95
60761634--60761662	10	2.9	10	100	0	58	0	37	0	62	0.96
60762027--60762143	30	3.9	29	77	11	94	44	2	22	30	1.66
60762042--60762143	30	3.4	30	84	2	134	44	2	22	30	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60762014--60762143	60	2.2	59	80	4	154	43	2	20	33	1.65
60762139--60762173	14	2.4	15	90	4	54	28	0	2	68	1.04
60762414--60762615	52	3.8	52	89	5	309	35	18	15	30	1.92
60762608--60762642	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
60762731--60762977	85	2.8	86	81	11	306	36	19	18	26	1.94
60762731--60762984	90	2.9	88	83	9	324	36	18	18	26	1.94
60762907--60763225	123	2.6	123	94	1	548	36	21	14	26	1.92
60763065--60764444	191	7.2	192	97	1	2621	35	20	13	29	1.91
60763765--60763991	122	1.9	122	84	3	305	34	21	14	30	1.92
60771940--60772098	85	1.9	87	90	2	259	30	24	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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