genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  198  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59520937--59520997	28	2.3	27	83	16	74	45	1	0	52	1.10
59522467--59522576	54	2.0	55	96	1	204	58	8	0	33	1.28
59526176--59526215	17	2.5	15	88	8	53	55	0	0	45	0.99
59529662--59529722	28	2.3	27	83	16	74	45	1	0	52	1.10
59532384--59532419	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
59536459--59536718	45	6.0	43	84	5	292	26	15	23	34	1.95
59536469--59536756	45	6.6	42	82	7	222	26	14	24	35	1.93
59536458--59536756	85	3.4	87	84	5	347	26	14	23	35	1.93
59539540--59539611	36	2.0	36	100	0	144	33	25	5	36	1.79
59543953--59543995	22	2.0	22	90	0	68	48	13	9	27	1.73
59547070--59547148	36	2.1	36	90	4	122	41	0	3	54	1.18
59561851--59561924	26	2.6	30	79	16	102	41	6	16	35	1.74
59562514--59562559	24	1.9	24	82	8	58	41	2	4	52	1.33
59583747--59583772	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59587507--59587546	20	2.0	20	95	0	71	32	25	12	30	1.92
59593868--59594447	50	11.6	50	71	4	416	30	20	24	24	1.99
59593868--59594455	100	5.9	100	94	0	989	29	20	24	25	1.99
59598885--59598976	47	2.0	44	93	6	157	18	14	27	40	1.89
59601406--59601472	34	2.0	34	84	0	89	28	22	25	23	1.99
59604738--59604775	18	2.1	18	85	9	51	52	7	0	39	1.31
59614685--59614807	56	2.2	56	80	4	135	35	10	17	36	1.84
59614994--59615031	17	2.2	17	86	9	51	57	28	5	7	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59616490--59616536	24	2.0	25	84	15	66	55	6	0	38	1.26
59616513--59616549	18	2.0	18	89	5	56	67	2	0	29	1.04
59616729--59616766	20	1.9	20	84	10	51	42	28	5	23	1.76
59619066--59619112	17	2.7	17	86	3	58	38	2	4	55	1.31
59620537--59620585	22	2.2	21	82	13	55	42	8	6	42	1.59
59623617--59623664	21	2.2	23	92	7	82	4	2	18	75	1.07
59626053--59626117	32	2.1	32	97	2	123	47	9	9	33	1.67
59630461--59630593	3	43.7	3	67	4	52	57	3	6	32	1.41
59630460--59630519	22	2.9	21	80	5	59	56	1	1	40	1.19
59631321--59631370	12	4.1	12	79	5	55	80	0	4	16	0.87
59631788--59631820	14	2.4	14	85	14	50	3	6	39	51	1.42
59634618--59634663	22	2.1	22	88	8	67	76	4	8	10	1.15
59635065--59635101	15	2.6	14	87	8	56	43	8	0	48	1.32
59637364--59637454	44	2.1	44	93	0	155	26	13	9	50	1.72
59638683--59638839	41	3.8	41	81	5	192	20	19	26	33	1.96
59639666--59639690	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
59639727--59640006	23	12.1	23	67	14	87	25	8	19	46	1.78
59639755--59639980	69	3.3	69	87	3	312	25	8	20	45	1.80
59641851--59641880	5	6.0	5	100	0	60	60	20	0	20	1.37
59643952--59643995	23	1.9	23	90	9	72	40	22	4	31	1.74
59655793--59655836	16	2.7	15	83	13	52	56	4	4	34	1.40
59657495--59657616	33	3.8	33	89	4	185	36	6	12	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59657495--59657616	64	1.9	66	87	3	185	36	6	12	44	1.68
59657528--59657977	205	2.2	205	92	1	744	30	9	15	44	1.78
59657922--59657987	31	2.1	32	88	8	100	37	3	15	43	1.62
59657758--59658127	172	2.2	172	86	3	507	28	11	17	43	1.82
59663590--59663879	153	1.9	154	84	2	361	24	15	24	35	1.94
59671169--59671207	14	2.7	14	88	4	60	43	12	12	30	1.81
59673163--59673298	71	1.9	71	87	3	202	34	9	23	32	1.87
59673567--59673942	109	3.5	109	78	6	383	29	13	17	40	1.87
59674915--59674948	10	3.4	10	95	0	59	35	0	0	64	0.94
59681649--59681678	15	2.0	15	100	0	60	60	0	0	40	0.97
59690823--59690979	80	1.9	82	90	2	255	40	10	11	38	1.75
59695276--59695319	9	4.4	10	84	15	56	27	0	0	72	0.85
59695566--59695605	19	2.0	21	90	9	66	57	5	0	37	1.21
59700702--59700742	19	2.1	20	90	4	66	41	31	4	21	1.74
59702958--59703016	31	1.9	31	89	0	91	44	10	10	35	1.72
59713173--59713202	15	1.9	16	93	6	53	66	10	0	23	1.21
59716488--59716680	95	2.0	94	89	4	291	22	15	18	43	1.87
59718888--59718930	19	2.3	19	87	0	68	23	9	23	44	1.82
59718894--59718939	19	2.4	19	88	0	65	21	6	19	52	1.69
59719686--59719727	11	3.8	11	90	0	66	38	0	50	11	1.40
59720961--59721069	56	1.9	56	88	0	164	45	14	6	33	1.70
59731335--59731369	4	8.8	4	87	0	52	31	0	20	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59731351--59731963	217	2.9	213	91	2	937	36	18	15	28	1.92
59733439--59733469	13	2.5	12	94	5	53	83	0	16	0	0.64
59745126--59745188	30	2.1	30	93	0	108	25	3	15	55	1.55
59745868--59745917	21	2.4	21	82	0	64	76	0	10	14	1.03
59745868--59745910	5	8.4	5	84	5	50	79	0	6	13	0.93
59747900--59747924	10	2.5	10	100	0	50	20	8	8	64	1.46
59752507--59752555	24	2.0	24	100	0	98	32	8	24	34	1.85
59768103--59768151	22	2.3	21	79	10	55	63	4	2	30	1.24
59781471--59781547	31	2.5	31	87	4	111	25	20	11	41	1.86
59792495--59792556	27	2.2	27	91	5	97	62	0	0	37	0.95
59795316--59795361	22	2.1	22	84	8	58	39	15	4	41	1.67
59795953--59795999	22	2.2	21	84	3	58	42	12	6	38	1.69
59796439--59796505	31	2.3	29	80	12	82	55	8	4	31	1.51
59796450--59796523	31	2.4	31	86	4	96	48	9	6	35	1.62
59801131--59801169	17	2.2	18	86	4	53	17	2	0	79	0.84
59801130--59801169	18	2.2	18	86	8	55	17	2	0	80	0.83
59803005--59803036	13	2.5	13	95	5	57	87	0	12	0	0.54
59803005--59803033	7	4.3	7	91	8	51	86	0	13	0	0.58
59807982--59808027	18	2.8	17	78	15	53	30	41	28	0	1.56
59811117--59811144	3	9.3	3	100	0	56	32	35	0	32	1.58
59814385--59814454	35	2.0	35	100	0	140	34	2	11	51	1.53
59815060--59815133	30	2.3	32	84	6	89	20	5	9	64	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59820467--59820495	14	2.0	15	93	6	51	0	44	0	55	0.99
59821459--59821487	14	2.0	15	93	6	51	55	0	44	0	0.99
59826261--59826298	20	1.9	20	89	10	60	63	0	13	23	1.30
59826382--59826408	12	2.2	12	100	0	54	48	11	14	25	1.77
59831599--59831645	15	2.9	16	81	9	60	74	4	0	21	0.99
59834647--59834683	19	2.0	18	89	5	56	0	16	2	81	0.81
59840793--59841102	129	2.4	129	88	4	430	30	15	16	37	1.90
59843274--59843399	57	2.2	58	94	5	220	38	4	1	54	1.31
59843384--59843443	25	2.4	26	83	5	70	60	0	0	40	0.97
59843397--59843443	17	2.8	17	74	6	51	65	0	0	34	0.93
59853377--59853413	5	7.2	5	96	3	65	18	2	0	78	0.87
59853604--59853677	29	2.6	29	76	4	80	35	2	8	54	1.44
59853997--59854026	16	1.9	15	93	6	51	43	0	10	46	1.37
59854812--59854842	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
59862448--59862664	105	2.1	101	86	3	290	27	23	15	32	1.95
59862450--59862646	33	5.7	33	67	12	92	28	22	15	33	1.94
59867915--59868105	104	1.8	103	83	3	249	41	14	13	30	1.83
59869080--59869184	52	2.0	52	100	0	210	49	9	14	26	1.73
59871085--59871175	39	2.2	42	86	5	125	51	4	2	41	1.34
59871145--59871198	29	1.9	28	85	14	76	44	0	0	55	0.99
59880456--59880494	20	2.0	20	94	0	69	28	23	15	33	1.95
59888530--59889259	50	14.7	50	68	7	428	31	20	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59888530--59889259	100	7.3	101	92	3	1203	31	20	22	25	1.98
59888530--59889259	199	3.7	199	93	1	1232	31	20	22	25	1.98
59893435--59893475	22	1.9	22	85	5	57	48	7	12	31	1.68
59894326--59894367	22	1.9	22	85	0	57	47	2	2	47	1.28
59913532--59913624	18	5.2	18	86	0	132	34	15	21	29	1.94
59913533--59913624	36	2.6	36	89	0	148	34	15	20	29	1.93
59915848--59915885	19	2.0	19	100	0	76	42	0	21	36	1.53
59921759--59921863	3	35.3	3	84	5	133	31	2	0	64	1.14
59921960--59921993	10	3.0	12	83	16	54	41	14	0	44	1.45
59925956--59925984	15	1.9	15	100	0	58	13	48	3	34	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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