genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  88  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25744864--25744930	34	2.0	33	97	2	125	7	47	32	11	1.68
25749218--25749509	50	5.8	50	88	1	433	25	23	31	20	1.98
25752071--25752137	22	3.2	21	80	12	75	47	13	2	35	1.58
25752084--25752141	19	2.8	20	82	10	64	43	13	3	39	1.61
25753443--25753478	9	4.3	9	80	20	51	66	0	0	33	0.92
25753446--25753484	15	2.6	14	92	8	60	64	0	0	35	0.94
25761097--25761232	49	2.8	49	82	5	159	24	26	21	27	1.99
25770726--25770803	25	3.1	25	74	7	86	23	28	16	32	1.96
25770790--25770853	25	2.6	25	80	9	76	28	17	20	34	1.95
25774072--25774101	12	2.4	13	94	5	53	0	13	0	86	0.57
25775078--25775127	7	7.1	7	76	17	50	82	2	4	12	0.90
25775070--25775121	10	5.1	10	80	15	54	78	3	5	11	1.05
25775622--25775663	21	2.0	21	100	0	84	28	14	23	33	1.94
25779847--25779889	23	1.9	23	85	4	61	74	4	6	13	1.19
25785747--25786094	174	2.0	174	99	0	687	35	9	26	29	1.88
25787688--25787768	25	3.2	25	77	14	87	24	24	17	33	1.96
25787679--25787787	50	2.2	51	85	6	134	26	22	16	33	1.95
25792714--25792772	11	5.3	11	72	24	52	32	1	5	61	1.28
25796576--25796981	47	8.6	47	93	2	668	32	8	29	29	1.87
25796576--25796981	96	4.3	94	93	1	668	32	8	29	29	1.87
25796576--25796981	143	2.9	143	94	0	690	32	8	29	29	1.87
25799113--25799187	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25799241--25799519	40	7.1	40	88	2	411	24	21	28	25	1.99
25799241--25799519	79	3.5	80	90	1	411	24	21	28	25	1.99
25799241--25799519	119	2.4	119	89	0	416	24	21	28	25	1.99
25802946--25803492	47	11.6	47	93	3	909	32	8	29	29	1.87
25802946--25803492	237	2.3	234	93	2	907	32	8	29	29	1.87
25808409--25808463	19	2.8	19	83	8	67	60	3	12	23	1.49
25808940--25809060	22	5.5	22	76	0	107	9	23	21	44	1.82
25808966--25809060	44	2.2	44	88	0	136	11	23	21	44	1.84
25820499--25820551	24	2.2	24	86	6	81	52	7	7	32	1.58
25833157--25833215	30	2.0	30	89	0	91	10	33	33	22	1.87
25833159--25833232	30	2.5	30	81	0	85	14	33	28	22	1.94
25838965--25839004	19	2.1	19	100	0	80	30	10	42	17	1.82
25838987--25839928	100	9.4	99	83	3	1050	24	20	23	31	1.98
25838987--25839928	300	3.1	299	85	2	1250	24	20	23	31	1.98
25841757--25841796	20	2.0	21	90	5	64	2	27	0	70	1.01
25841765--25841866	46	2.1	50	83	8	131	9	11	5	72	1.27
25841832--25841866	12	2.9	12	86	0	52	11	0	11	77	1.00
25841765--25841865	52	2.0	51	86	2	139	9	11	5	72	1.28
25845566--25845617	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
25847536--25847587	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
25850575--25850695	54	2.2	54	83	2	154	24	23	31	19	1.98
25851675--25851730	28	1.9	29	85	7	78	62	3	3	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25852221--25852255	14	2.5	14	90	0	61	0	5	42	51	1.25
25854151--25854179	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
25855678--25855718	21	2.0	21	90	0	64	26	12	9	51	1.70
25858662--25858742	6	13.7	6	88	2	74	81	9	1	7	0.93
25858686--25858737	18	2.9	18	97	0	95	84	13	0	1	0.70
25858662--25858742	12	6.8	12	90	1	92	81	9	1	7	0.93
25860114--25860145	12	2.7	12	100	0	64	78	0	6	15	0.95
25860137--25860190	5	10.8	5	93	0	81	81	0	12	5	0.85
25860114--25860190	10	7.8	10	84	11	79	79	0	11	9	0.94
25860123--25860190	15	4.4	15	92	3	82	79	0	11	8	0.94
25871376--25871403	9	3.1	9	100	0	56	35	0	10	53	1.36
25871388--25871459	35	2.1	35	97	0	135	41	5	11	41	1.64
25871814--25871839	13	2.0	13	100	0	52	61	7	15	15	1.55
25872378--25872491	21	5.4	21	83	4	140	28	26	19	25	1.98
25872378--25872491	42	2.7	42	86	2	158	28	26	19	25	1.98
25872759--25872794	16	2.3	16	90	4	56	63	5	22	8	1.43
25876707--25876744	13	2.9	13	100	0	76	23	7	28	39	1.83
25878819--25878955	72	1.9	72	93	0	238	55	15	6	22	1.63
25879310--25879357	18	2.7	18	93	0	78	41	12	10	35	1.77
25884113--25884369	138	1.9	136	79	7	286	34	25	20	19	1.96
25890667--25890702	5	7.0	5	93	6	63	80	0	0	19	0.71
25892802--25892842	16	2.4	16	88	8	55	2	21	0	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25893642--25893675	16	2.1	16	88	0	50	47	26	2	23	1.66
25899434--25899657	40	5.7	40	86	6	262	25	27	22	25	2.00
25899434--25899657	79	2.8	80	83	6	260	25	27	22	25	2.00
25902566--25902680	56	2.2	53	87	9	164	26	19	29	24	1.98
25912832--25912863	9	3.6	9	91	0	55	34	0	25	40	1.56
25913388--25913419	16	2.0	16	93	0	55	50	0	9	40	1.35
25916209--25916254	21	2.2	21	84	0	56	30	28	28	13	1.94
25919375--25919415	21	1.9	22	85	5	57	46	17	2	34	1.61
25922885--25923114	50	4.6	49	86	2	298	21	30	23	25	1.99
25922885--25923114	100	2.3	100	89	3	338	21	30	23	25	1.99
25924798--25925022	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
25926709--25926792	38	2.2	39	85	8	109	20	27	27	25	1.99
25936895--25937119	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
25936859--25937119	80	3.3	80	83	3	303	23	26	24	25	2.00
25939674--25939705	12	2.7	12	90	0	55	12	18	28	40	1.87
25945068--25945292	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
25945032--25945292	80	3.3	80	83	3	303	23	26	24	25	2.00
25951432--25951468	18	2.1	18	100	0	74	32	27	5	35	1.79
25952772--25952805	16	2.1	16	88	5	50	58	0	2	38	1.13
25953936--25954037	52	2.0	52	88	0	150	34	24	9	31	1.88
25957898--25957930	16	2.1	16	94	0	57	21	30	24	24	1.99
25958089--25958173	25	3.4	25	82	8	100	17	28	21	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25958089--25958176	26	3.5	26	83	10	110	18	27	20	34	1.96
25958259--25958380	65	1.9	65	92	0	208	16	21	16	45	1.85
25959099--25959149	4	12.8	4	91	0	84	23	1	25	49	1.61
25961180--25961254	34	2.2	34	87	0	105	24	0	29	46	1.53
25964347--25964438	24	3.8	24	69	12	71	28	22	17	31	1.97
25964351--25964472	25	5.0	25	73	11	76	29	21	19	29	1.98
25971802--25971846	22	2.0	22	91	0	72	40	15	8	35	1.79
25972169--25972296	25	5.2	25	73	14	104	25	21	22	30	1.99
25972154--25972300	49	3.0	49	83	3	170	25	20	23	30	1.98
25977076--25977251	76	2.3	78	83	3	223	38	4	15	40	1.68
25977611--25977756	31	4.6	30	78	15	143	28	8	19	43	1.81
25977596--25977756	64	2.5	64	90	2	259	28	8	19	44	1.79
25977596--25977771	33	5.4	32	78	13	182	28	7	19	43	1.78
25986077--25986284	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
25986199--25986259	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
25986117--25986259	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
25986311--25986499	59	3.2	57	68	19	152	41	3	3	51	1.35
25986338--25986536	66	3.2	64	67	19	177	41	3	6	49	1.42
25986300--25986597	120	2.5	120	93	1	508	42	2	4	50	1.36
25986373--25986560	61	3.1	61	69	14	190	42	1	6	49	1.38
25986425--25986476	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
25986374--25986557	59	3.1	58	67	22	155	42	1	6	49	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25986541--25986575	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
25986743--25986833	45	2.0	44	85	2	119	35	27	5	31	1.80
25986812--25986855	16	2.8	16	96	0	79	29	34	0	36	1.58
25986814--25986865	16	3.2	16	88	0	50	32	32	0	34	1.58
25987248--25987340	20	5.2	18	70	23	54	60	2	2	35	1.21
25987248--25987286	18	2.1	19	85	4	53	53	5	2	38	1.37
25987282--25987310	8	3.8	8	90	9	51	75	0	0	24	0.80
25987282--25987311	15	2.0	15	100	0	60	73	0	0	26	0.84
25987265--25987340	36	2.1	36	82	2	91	63	1	2	32	1.17
25992685--25992710	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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