genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  85  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24751174--24751271	20	4.8	20	68	7	72	11	25	19	43	1.84
24751172--24751271	40	2.5	40	75	9	94	12	25	20	43	1.86
24751875--24751917	20	2.1	21	95	4	79	34	9	4	51	1.55
24753002--24753052	26	2.0	26	88	0	75	39	1	17	41	1.61
24755625--24755726	51	2.0	51	92	0	168	30	22	26	20	1.98
24758782--24758823	20	2.1	20	95	0	75	33	19	4	42	1.72
24762431--24762615	27	6.9	26	81	8	187	43	17	18	21	1.88
24762420--24762627	80	2.6	80	86	5	267	42	18	17	21	1.89
24762806--24762867	26	2.4	26	76	10	63	14	20	24	40	1.90
24762972--24763033	30	2.0	31	90	3	99	25	30	20	22	1.98
24765226--24765321	35	2.7	35	93	0	156	36	17	19	26	1.94
24768336--24768378	22	2.0	22	85	0	59	67	9	2	20	1.30
24776265--24776342	23	3.4	23	75	18	81	19	16	3	60	1.51
24776240--24776342	47	2.2	48	87	1	154	17	18	3	60	1.51
24776975--24777009	18	1.9	18	88	0	52	57	0	0	42	0.99
24787887--24787918	3	10.7	3	93	0	55	31	34	0	34	1.58
24789030--24789120	28	3.3	27	78	3	83	35	5	19	39	1.75
24791424--24791466	22	2.0	22	86	4	61	53	11	0	34	1.37
24795243--24795374	50	2.6	51	91	5	216	43	9	13	33	1.77
24795243--24795431	47	3.9	48	87	8	183	43	11	13	32	1.79
24795713--24795739	4	6.8	4	100	0	54	25	51	0	22	1.48
24795787--24795833	21	2.2	21	96	0	85	10	17	42	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24795794--24795841	21	2.3	21	88	0	69	12	22	37	27	1.90
24797911--24797951	13	3.1	14	79	10	50	48	14	14	21	1.80
24798292--24798374	32	2.6	32	80	3	96	18	42	22	16	1.89
24807109--24807146	16	2.3	17	86	4	51	36	0	2	60	1.11
24807189--24807244	27	2.1	27	82	0	67	32	1	5	60	1.29
24808413--24808457	21	2.0	23	83	8	58	64	2	2	31	1.18
24813704--24813729	10	2.6	10	100	0	52	38	0	0	61	0.96
24815395--24815479	21	3.8	21	70	21	64	16	15	3	64	1.42
24815550--24815627	36	2.1	36	85	2	102	11	33	0	55	1.36
24829699--24829731	16	2.1	16	94	5	59	27	0	42	30	1.56
24836602--24836641	20	2.0	20	90	4	64	27	5	0	67	1.11
24836604--24836656	21	2.5	20	77	22	56	22	3	3	69	1.20
24837485--24837522	20	2.0	20	94	5	69	42	10	7	39	1.69
24846873--24846920	21	2.3	21	89	3	71	39	10	8	41	1.69
24849304--24849340	19	2.0	19	89	5	58	48	16	5	29	1.68
24852731--24853210	149	3.2	148	81	2	514	31	13	28	26	1.94
24853368--24853496	67	1.9	67	83	9	165	31	18	28	20	1.97
24854826--24854871	18	2.6	17	80	19	51	21	32	0	45	1.52
24855189--24855260	36	2.0	36	89	5	110	44	13	20	20	1.86
24860840--24860903	23	2.8	23	83	9	85	28	15	31	25	1.96
24860840--24860912	23	3.2	22	77	14	76	28	15	31	24	1.95
24865885--24865931	17	3.1	17	71	28	59	25	38	19	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24880540--24880648	37	3.0	37	93	2	177	24	22	16	36	1.94
24880612--24880880	52	5.2	52	83	10	322	27	23	14	35	1.93
24880612--24880880	98	2.7	98	87	7	380	27	23	14	35	1.93
24888307--24888379	23	3.1	23	69	18	69	35	26	20	17	1.95
24888272--24888384	47	2.4	47	86	0	154	37	23	20	19	1.95
24888381--24888430	22	2.3	22	100	0	100	42	24	12	22	1.87
24894152--24894196	21	2.3	19	84	7	54	35	6	11	46	1.66
24903946--24904125	88	2.0	88	95	0	324	41	10	16	32	1.82
24908011--24908584	287	2.0	287	97	0	1085	37	20	10	30	1.87
24911400--24911434	14	2.5	14	90	0	52	40	5	0	54	1.24
24911408--24911435	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
24911883--24911920	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
24918055--24918087	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
24918637--24918713	34	2.3	34	84	4	93	5	11	6	76	1.13
24919143--24919216	31	2.4	31	81	0	85	16	20	40	22	1.91
24919758--24919825	34	2.0	34	88	0	100	20	5	44	29	1.75
24922734--24922792	31	1.9	31	85	0	82	15	16	45	22	1.84
24927805--24927858	27	1.9	29	85	7	76	55	3	5	35	1.41
24929790--24930248	50	9.2	50	70	5	248	23	25	20	29	1.99
24929816--24930098	100	2.8	100	92	0	467	24	25	20	28	1.99
24929924--24930248	150	2.2	150	93	1	499	23	25	21	30	1.99
24929817--24930248	100	4.3	99	86	3	320	24	25	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24930074--24930253	100	1.8	100	97	0	342	22	25	21	31	1.98
24939899--24940084	40	4.7	40	84	7	211	25	26	22	26	2.00
24947760--24947945	40	4.7	40	84	7	211	25	26	22	26	2.00
24962779--24962942	64	2.6	64	95	0	283	42	17	25	15	1.88
24964274--24964519	46	5.6	44	67	14	139	31	18	19	29	1.96
24964149--24964684	175	3.1	175	93	0	896	32	18	20	28	1.96
24964701--24964840	50	2.8	50	78	7	167	35	23	17	24	1.95
24965098--24965132	13	2.6	13	90	4	52	68	0	0	31	0.90
24968488--24968628	55	2.6	55	80	2	167	27	9	14	48	1.75
24972015--24972091	29	2.5	31	79	4	86	55	14	3	25	1.56
24975586--24975667	29	2.7	30	72	9	78	56	15	3	24	1.56
24977227--24977255	15	1.9	15	100	0	58	31	34	13	20	1.92
24985837--24986053	27	8.0	27	80	0	200	25	23	16	33	1.96
24993289--24993328	16	2.5	15	88	4	53	25	0	27	47	1.52
24993273--24993623	156	2.3	155	90	1	567	31	5	19	42	1.75
24995180--24995213	17	2.0	17	88	11	52	23	41	0	35	1.55
24995638--24995682	21	2.1	21	83	0	54	66	2	6	24	1.27
24996697--24996740	6	7.2	6	97	2	79	0	63	0	36	0.95
24999737--24999791	21	2.6	21	85	8	76	27	36	9	27	1.87
25004691--25004777	38	2.3	38	78	9	97	31	0	9	59	1.28
25004711--25004761	26	2.0	26	81	14	61	37	0	1	60	1.08
25004711--25004774	19	3.4	18	70	10	56	34	0	4	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25011376--25011450	29	2.6	29	86	0	105	30	22	12	34	1.91
25013626--25013752	61	2.1	58	82	7	148	48	4	5	41	1.47
25013711--25013804	17	5.5	17	71	18	61	52	2	5	40	1.36
25016978--25017143	68	2.4	68	82	5	185	35	15	24	24	1.94
25021560--25021614	17	3.5	17	71	16	55	74	3	5	16	1.15
25027277--25027464	68	2.8	66	79	9	193	36	13	22	27	1.92
25029412--25029454	21	2.0	21	95	0	77	11	9	32	46	1.72
25034160--25034185	11	2.4	11	100	0	52	23	0	7	69	1.14
25034202--25034257	19	3.0	19	80	17	64	37	0	3	58	1.15
25034337--25034371	18	1.9	18	88	0	52	40	0	11	48	1.39
25036178--25036205	13	2.2	13	100	0	56	28	28	7	35	1.84
25038384--25038471	45	2.0	45	93	0	149	32	22	17	27	1.96
25038482--25038668	51	3.7	50	77	7	189	31	25	17	25	1.97
25038480--25038664	101	1.8	101	85	3	264	31	25	17	25	1.97
25038897--25038953	30	1.9	30	85	7	80	29	19	7	43	1.77
25042903--25042927	6	4.2	6	100	0	50	36	0	16	48	1.46
25053501--25053533	10	3.3	10	95	0	57	33	0	6	60	1.21
25054766--25054838	32	2.2	32	80	7	85	43	27	17	10	1.83
25068436--25068804	84	4.3	84	78	10	415	28	19	23	27	1.98
25068474--25068618	40	3.5	40	74	13	132	26	20	22	30	1.98
25068734--25068889	44	3.6	44	81	5	158	30	23	20	26	1.99
25068520--25068945	173	2.5	173	83	6	497	30	20	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25075979--25076012	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
25076461--25076514	25	2.1	26	86	10	76	33	3	0	62	1.12
25077410--25077441	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
25078549--25078612	32	2.0	32	96	0	119	25	20	7	46	1.77
25091134--25091166	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
25092810--25093075	44	6.1	44	73	11	181	27	21	20	30	1.98
25092875--25092996	45	2.7	43	84	13	158	27	24	18	29	1.98
25104777--25104809	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
25112981--25113012	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
25114475--25114574	47	2.1	47	83	3	121	27	15	26	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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