genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28782412--28782459	10	4.7	10	82	5	51	0	12	4	83	0.79
28782415--28782448	5	6.8	5	89	0	50	0	17	2	79	0.86
28784213--28784290	26	3.0	26	86	1	102	37	8	26	26	1.86
28788442--28788506	35	1.9	33	84	12	87	52	9	4	33	1.54
28797124--28797185	13	4.8	13	80	7	81	38	25	6	29	1.81
28802205--28802293	38	2.2	40	84	9	112	51	6	4	37	1.49
28802391--28802438	6	8.0	6	100	0	96	66	0	0	33	0.92
28805855--28805881	12	2.2	12	100	0	54	92	0	7	0	0.38
28811749--28811799	20	2.5	21	84	9	61	35	11	7	45	1.70
28816125--28816201	37	2.1	37	100	0	154	27	18	25	28	1.98
28818900--28818984	45	1.9	44	87	2	125	36	18	16	28	1.93
28818993--28819181	51	3.7	50	78	6	184	31	28	16	23	1.97
28818995--28819179	101	1.8	101	84	3	255	31	27	17	24	1.97
28822999--28823039	21	2.0	21	85	9	57	56	0	34	9	1.32
28827870--28827918	5	9.8	5	100	0	98	79	0	0	20	0.73
28828483--28828523	18	2.2	19	86	4	57	60	0	2	36	1.10
28829745--28829789	20	2.3	19	85	11	63	48	0	17	33	1.48
28830747--28830874	54	2.4	54	82	2	159	25	24	30	19	1.98
28833548--28833793	50	4.8	50	81	6	230	27	20	28	23	1.99
28842040--28842177	24	5.8	24	81	3	161	26	20	22	31	1.98
28842039--28842177	48	2.9	48	84	0	179	26	20	22	30	1.98
28842042--28842175	72	1.9	72	87	3	198	26	19	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28850366--28850408	15	2.8	15	86	10	52	16	0	9	74	1.06
28861156--28861355	61	3.2	58	77	18	204	51	5	4	39	1.44
28861247--28861298	20	2.8	18	73	21	54	50	3	3	42	1.39
28861214--28861358	68	2.1	71	80	7	163	51	4	4	38	1.44
28864056--28864115	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
28866286--28866345	19	3.1	19	69	13	50	65	1	0	33	1.03
28868403--28868461	19	3.1	19	85	11	68	55	10	0	33	1.33
28868403--28868456	20	2.7	20	86	13	76	57	11	0	31	1.34
28869453--28869494	19	2.2	19	86	0	57	26	11	2	59	1.45
28870105--28870152	25	1.9	25	83	8	62	43	4	4	47	1.41
28870146--28870187	21	2.0	21	86	4	59	64	0	0	35	0.94
28871804--28871857	5	11.2	5	73	15	51	61	0	0	38	0.96
28872093--28872157	28	2.3	28	84	7	78	27	4	24	43	1.74
28873039--28873091	18	2.9	19	81	10	67	39	15	0	45	1.46
28877106--28877147	22	1.9	22	85	9	59	45	11	4	38	1.62
28884732--28885064	59	5.7	59	78	7	302	27	24	13	34	1.93
28884880--28885032	28	5.2	29	67	10	87	26	28	13	31	1.94
28884968--28885090	28	4.3	28	76	11	124	27	26	13	31	1.94
28885919--28885945	14	1.9	14	100	0	54	29	14	11	44	1.80
28886007--28886037	10	3.1	10	90	0	53	70	6	3	19	1.22
28889411--28889454	4	10.8	4	81	13	54	20	0	4	75	0.98
28889417--28889453	14	2.8	14	88	8	51	18	0	5	75	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28890841--28890925	40	2.1	41	84	6	111	32	9	9	48	1.68
28890850--28890925	20	3.8	20	75	3	73	34	9	9	47	1.67
28897683--28897742	20	3.0	20	80	0	66	33	10	11	45	1.74
28901926--28901969	20	2.2	20	100	0	88	38	9	25	27	1.86
28906712--28906744	15	2.2	15	94	0	57	69	0	15	15	1.19
28910208--28910327	52	2.3	52	82	2	143	50	14	14	20	1.77
28910349--28910397	25	1.9	26	84	12	66	40	10	16	32	1.82
28917262--28917322	30	2.0	30	96	0	113	57	21	6	14	1.60
28921397--28921435	21	1.9	19	85	10	51	35	10	23	30	1.88
28922933--28923010	30	2.6	30	87	0	102	47	6	16	29	1.71
28922954--28923027	30	2.4	30	86	2	94	45	6	18	28	1.75
28931903--28931937	11	3.1	11	88	8	52	68	8	2	20	1.29
28938070--28938238	26	6.3	26	75	7	142	47	23	13	15	1.80
28938059--28938224	27	6.2	26	77	4	145	50	21	13	15	1.78
28938070--28938240	53	3.2	53	80	6	159	47	22	13	15	1.80
28938537--28938601	28	2.3	28	91	0	103	24	29	20	26	1.99
28939730--28939814	27	3.2	26	81	6	98	43	20	14	22	1.87
28940152--28940239	28	3.2	28	90	1	124	25	23	25	26	2.00
28942372--28942428	21	2.7	20	71	10	51	50	3	0	45	1.18
28942388--28942449	30	2.1	28	88	5	88	50	4	1	43	1.33
28944996--28945041	20	2.3	20	88	3	67	78	4	13	4	1.05
28945005--28945044	9	4.2	9	84	12	53	80	2	15	2	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28945293--28945339	24	2.0	24	100	0	94	46	12	27	12	1.78
28949262--28949310	23	2.0	24	84	7	64	48	20	14	16	1.80
28951697--28951746	24	2.1	23	85	3	64	22	14	8	56	1.64
28953209--28953251	21	2.2	20	87	8	61	65	9	4	20	1.40
28960973--28961054	41	2.0	41	92	0	137	30	6	15	47	1.70
28968425--28968549	44	2.7	47	82	6	157	28	15	23	33	1.95
28973248--28973272	12	2.1	12	100	0	50	32	0	24	44	1.54
28973335--28973407	32	2.3	30	84	9	92	56	2	19	21	1.55
28983823--28983880	21	2.5	22	86	10	73	34	3	1	60	1.24
28984475--28984508	16	2.1	17	88	5	52	35	14	2	47	1.60
28996843--28997117	48	5.7	47	67	6	163	30	25	22	20	1.98
28996891--28997416	50	10.6	50	71	4	350	32	24	19	23	1.98
28996831--28997365	98	5.4	98	88	1	669	31	23	21	23	1.98
28998589--28998646	21	2.5	22	86	10	73	34	3	1	60	1.24
28999236--28999269	16	2.1	17	88	5	52	35	14	2	47	1.60
29003618--29003656	18	2.2	17	86	4	51	43	2	0	53	1.14
29003626--29003662	17	2.1	18	90	5	58	45	5	0	48	1.25
29007064--29007137	33	2.2	33	85	0	112	13	12	33	40	1.82
29012155--29012233	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
29012351--29012910	47	11.7	47	93	3	922	29	29	8	32	1.87
29012351--29012910	96	5.9	94	93	2	922	29	29	8	32	1.87
29012351--29012910	145	3.9	143	94	1	962	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29013788--29013880	29	3.2	29	65	14	82	34	20	5	39	1.75
29013785--29013882	34	3.1	34	63	33	92	34	21	5	38	1.76
29013767--29013884	59	2.0	59	100	0	236	35	20	5	38	1.75
29020275--29020393	63	1.9	63	84	3	159	29	28	19	22	1.98
29025054--29025101	18	2.7	17	76	20	53	16	4	2	77	1.03
29031952--29031983	14	2.3	14	100	0	64	43	12	0	43	1.42
29041447--29041502	24	2.4	24	78	3	60	46	16	12	25	1.81
29046975--29047031	28	2.0	29	82	3	71	28	17	3	50	1.62
29048075--29048189	54	2.1	54	82	3	133	30	24	24	20	1.99
29053852--29053917	32	2.1	32	100	0	132	50	12	9	28	1.70
29056835--29056911	23	3.3	23	77	12	68	18	14	22	45	1.85
29056865--29056908	23	1.9	23	95	0	79	18	11	22	47	1.80
29062161--29062227	33	2.0	33	91	0	107	40	10	23	25	1.86
29076226--29076296	25	2.8	25	86	0	88	28	19	18	33	1.95
29078551--29078729	28	6.4	28	94	1	288	34	27	11	26	1.91
29087419--29087551	40	3.3	40	82	5	151	27	12	26	33	1.93
29087436--29087557	41	3.0	42	83	4	151	26	13	27	32	1.93
29088232--29088383	23	6.5	23	84	6	146	26	15	19	38	1.91
29106558--29106582	11	2.3	11	100	0	50	8	0	24	68	1.16
29106960--29107002	19	2.3	19	84	11	61	32	6	0	60	1.23
29110838--29110915	23	3.4	23	78	0	93	34	29	19	16	1.94
29110829--29110970	46	3.1	46	78	4	135	35	26	19	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29110961--29111017	24	2.4	23	80	5	60	42	24	17	15	1.88
29112573--29112677	20	5.2	20	72	0	75	37	18	20	23	1.94
29115763--29115814	25	2.1	25	88	0	77	34	17	25	23	1.96
29116481--29116516	13	2.8	13	91	0	63	27	41	0	30	1.56
29140045--29140070	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
29152876--29152909	17	2.0	17	94	0	59	5	17	26	50	1.69
29153239--29153287	20	2.5	20	83	6	55	42	8	12	36	1.72
29153483--29153522	19	2.0	21	85	9	57	37	10	10	42	1.72
29154218--29154306	44	2.0	44	91	0	142	46	3	8	41	1.52
29156031--29156079	22	2.3	20	89	10	71	40	6	8	44	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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