genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  76  of  207  ( 24831 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22042602--22042654	21	2.5	21	76	14	54	39	35	0	24	1.56
22042602--22042672	15	4.9	15	79	6	56	38	39	0	22	1.54
22042386--22043040	268	2.5	258	91	4	1054	41	25	2	30	1.67
22042855--22042940	15	5.9	15	74	10	52	34	41	0	23	1.55
22043356--22043446	41	2.2	41	96	0	164	23	32	24	19	1.97
22043356--22043465	41	2.7	42	88	5	163	24	32	21	20	1.98
22043244--22043579	155	2.2	152	87	3	465	24	27	24	24	2.00
22043399--22043650	114	2.2	113	86	4	364	23	26	24	25	2.00
22043719--22043744	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
22050149--22050181	16	2.0	17	88	5	50	39	6	0	54	1.25
22051967--22052033	31	2.2	31	100	0	134	34	13	14	37	1.86
22054994--22055155	87	1.9	86	83	8	213	25	14	20	39	1.90
22062598--22062669	36	2.0	36	100	0	144	25	16	16	41	1.89
22064135--22064288	77	2.0	77	92	0	254	34	4	16	44	1.69
22075904--22075954	22	2.5	20	80	6	57	66	1	3	27	1.20
22076037--22076087	20	2.4	22	87	6	70	54	1	3	39	1.30
22076057--22076150	20	4.7	20	78	6	84	52	1	6	40	1.34
22076037--22076095	20	2.8	21	79	10	66	55	1	5	37	1.32
22076077--22076153	39	1.9	40	86	5	111	49	1	9	40	1.43
22083528--22083644	41	2.9	41	85	0	144	32	26	15	25	1.95
22085558--22085687	47	2.8	47	86	2	172	21	25	19	33	1.97
22085621--22085815	91	2.1	92	80	2	214	28	23	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22086762--22086806	20	2.2	21	77	18	51	42	4	2	51	1.34
22086765--22086813	19	2.5	20	78	18	59	38	4	4	53	1.39
22086790--22086856	20	3.3	20	77	6	64	32	4	1	61	1.25
22086820--22086903	10	8.7	9	69	17	53	32	3	2	61	1.25
22086811--22086874	20	3.3	19	75	14	67	28	4	1	65	1.21
22086809--22086915	50	2.1	50	81	6	128	29	4	2	62	1.29
22086850--22086915	30	2.2	28	77	15	69	28	4	3	63	1.29
22091678--22091730	7	7.4	7	95	2	70	54	32	0	13	1.39
22092915--22093047	48	2.8	48	88	0	194	28	18	18	33	1.95
22095814--22095873	26	2.3	26	88	5	86	43	13	13	30	1.82
22095813--22095888	26	2.9	25	78	7	80	43	10	15	30	1.81
22114067--22114125	25	2.4	24	80	5	82	20	27	20	32	1.97
22114008--22114185	24	7.2	25	76	7	105	16	24	21	37	1.94
22115612--22115642	12	2.7	11	90	9	53	64	0	3	32	1.09
22117172--22117730	44	12.8	43	72	9	377	26	19	20	33	1.97
22117172--22117730	85	6.4	90	79	8	462	26	19	20	33	1.97
22117397--22117744	129	2.7	129	90	0	527	25	19	21	33	1.97
22117181--22117653	89	5.4	88	80	5	273	26	19	21	32	1.97
22117172--22117730	173	3.2	170	72	11	468	26	19	20	33	1.97
22117764--22118230	50	9.4	50	68	1	249	26	22	20	30	1.98
22117771--22118254	99	4.9	99	87	0	689	27	21	19	31	1.98
22117837--22118192	49	7.2	49	66	4	185	26	20	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22119166--22119199	16	2.1	16	89	10	52	0	14	2	82	0.79
22119150--22119200	19	2.6	19	79	14	50	0	15	3	80	0.86
22121402--22121440	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
22121559--22121584	8	3.2	8	100	0	52	26	15	23	34	1.94
22121674--22121795	23	5.3	23	91	0	199	20	20	26	32	1.97
22121925--22121997	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
22132011--22132057	23	2.0	24	91	4	78	29	6	14	48	1.69
22141956--22142093	75	1.9	74	87	1	204	30	18	10	40	1.84
22142533--22142561	6	4.8	6	100	0	58	34	0	13	51	1.42
22144631--22144685	24	2.2	25	83	3	67	54	3	0	41	1.18
22145451--22145491	20	2.0	20	85	0	55	63	4	7	24	1.40
22168225--22168382	41	3.9	41	82	1	156	30	10	18	40	1.85
22179541--22179596	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
22180007--22180051	17	2.6	17	78	0	63	51	0	0	48	1.00
22197023--22197082	25	2.4	24	78	8	66	16	10	8	65	1.47
22205991--22206053	29	2.1	31	85	5	85	38	6	1	53	1.36
22205991--22206053	30	2.1	30	85	5	83	38	6	1	53	1.36
22205983--22206059	30	2.6	28	78	11	82	40	6	1	51	1.36
22207034--22207076	14	3.2	14	83	9	54	0	16	9	74	1.06
22207033--22207076	12	3.4	13	84	6	54	0	15	11	72	1.11
22207804--22207865	26	2.4	25	77	15	63	30	1	6	61	1.31
22207832--22207874	15	2.8	16	79	10	54	34	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22214686--22214751	27	2.4	27	76	0	87	9	31	33	25	1.87
22216820--22216879	22	2.8	22	90	9	90	10	28	23	38	1.87
22224221--22224253	14	2.3	15	89	5	50	0	24	0	75	0.80
22224818--22224961	63	2.3	62	82	5	166	21	18	29	29	1.97
22232286--22232368	43	1.9	44	90	2	132	24	22	1	51	1.55
22242990--22243021	15	2.3	15	89	10	50	40	18	0	40	1.51
22243273--22243334	20	3.3	20	63	28	55	35	16	1	46	1.56
22243271--22243341	35	2.0	35	97	0	133	36	16	1	45	1.57
22243897--22243965	18	4.0	18	70	14	56	33	20	0	46	1.51
22243922--22243999	41	1.9	40	84	2	102	38	24	0	37	1.56
22244473--22244525	26	2.0	26	100	0	106	41	7	15	35	1.75
22244573--22244597	11	2.3	11	100	0	50	28	20	0	52	1.47
22246850--22247034	91	2.0	91	96	0	343	41	23	7	28	1.80
22261864--22261908	22	2.0	22	91	0	72	48	15	17	17	1.81
22264253--22264282	16	1.9	15	93	6	51	46	16	10	26	1.78
22267340--22267529	50	3.7	50	82	4	191	24	28	20	26	1.99
22274809--22275046	48	4.9	50	78	10	181	23	26	21	28	1.99
22275347--22275445	52	1.9	51	91	6	164	34	15	13	37	1.86
22277300--22277580	138	2.0	138	89	0	427	46	5	7	40	1.55
22277599--22277765	74	2.2	75	84	3	212	34	13	7	44	1.72
22280186--22280234	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
22280525--22280631	50	2.1	50	82	0	133	20	28	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22289646--22289688	20	2.0	20	86	13	59	30	4	13	51	1.62
22299371--22299763	50	7.6	50	85	3	387	23	27	20	29	1.99
22299610--22299763	56	2.8	56	94	0	263	25	27	17	29	1.97
22308821--22308853	17	1.9	17	93	0	57	21	15	6	57	1.59
22311665--22311704	20	2.0	20	85	9	55	45	7	7	40	1.61
22332185--22332245	20	3.0	20	80	0	68	29	18	22	29	1.97
22335094--22335141	19	2.7	18	81	12	55	33	2	0	64	1.05
22335103--22335141	19	2.1	18	90	4	60	33	0	0	66	0.92
22335713--22335746	2	17.0	2	87	0	50	47	5	0	47	1.26
22337781--22337962	88	2.1	89	88	1	267	36	20	8	34	1.83
22337977--22338087	9	12.1	9	76	17	86	63	0	1	33	1.11
22337965--22338009	18	2.4	19	81	11	56	71	0	2	26	0.98
22337965--22338081	10	12.6	9	73	14	69	65	0	2	30	1.11
22337965--22338081	46	2.5	47	77	10	125	65	0	2	30	1.11
22337987--22338126	56	2.5	55	80	6	149	62	1	4	31	1.23
22338300--22338325	10	2.6	10	100	0	52	42	0	0	57	0.98
22338317--22338454	47	3.1	44	75	15	156	40	2	0	57	1.11
22338365--22338425	20	3.1	20	68	11	54	34	1	0	63	1.04
22338310--22338455	46	3.2	46	75	13	151	40	2	0	57	1.10
22338373--22338421	18	2.6	19	78	12	57	34	2	0	63	1.06
22338373--22338422	19	2.7	17	77	17	55	34	2	0	64	1.05
22342611--22342659	3	16.3	3	95	0	89	67	2	0	30	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22343746--22344290	187	2.9	184	90	3	878	42	20	11	25	1.85
22351442--22351578	50	2.7	49	80	6	159	27	22	27	22	1.99
22353865--22353914	25	2.0	25	84	7	66	34	0	2	64	1.05
22354921--22354980	30	2.0	30	90	0	93	56	8	3	31	1.45
22354960--22354992	17	1.9	17	88	11	50	69	3	0	27	1.03
22356447--22356494	23	2.0	23	88	8	69	25	6	0	68	1.12
22359173--22359216	21	2.1	21	95	0	79	56	9	29	4	1.50
22369398--22369448	25	2.1	24	81	3	57	66	3	0	29	1.09
22370445--22370477	17	2.0	17	88	5	50	39	15	0	45	1.46
22377389--22377422	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207