genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19689309--19689664	103	3.5	102	87	6	502	17	22	28	30	1.97
19689403--19689560	33	4.6	33	70	24	112	17	21	28	32	1.96
19693052--19693077	6	4.3	6	100	0	52	34	0	50	15	1.45
19698803--19698851	24	2.2	22	82	10	55	38	8	18	34	1.80
19703558--19703619	27	2.3	26	74	15	65	43	6	3	46	1.45
19708470--19708665	95	2.1	93	80	9	211	56	3	10	30	1.49
19708870--19708912	17	2.6	16	82	10	50	65	0	2	32	1.06
19708874--19708912	14	2.8	14	92	0	60	64	0	2	33	1.08
19712198--19712235	15	2.6	15	87	4	51	52	2	2	42	1.29
19714520--19714565	24	2.0	23	91	4	74	23	8	2	65	1.32
19715015--19715066	18	2.8	19	79	5	61	50	1	1	46	1.23
19729338--19729367	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
19735351--19735384	16	2.1	16	94	0	59	58	0	14	26	1.36
19735608--19735685	31	2.6	30	79	2	84	44	2	2	50	1.29
19734702--19736420	891	1.9	888	94	1	3005	38	14	10	36	1.81
19737799--19737834	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
19739390--19739436	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
19749702--19749816	41	2.8	41	94	0	194	30	23	20	26	1.98
19750347--19750371	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
19752727--19752759	16	2.0	17	88	5	50	42	18	6	33	1.75
19755232--19755292	30	2.1	30	84	3	79	54	11	3	31	1.52
19765550--19765601	22	2.4	22	90	0	77	46	3	11	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19768066--19768102	19	1.9	19	89	10	58	40	2	0	56	1.13
19768642--19768683	17	2.5	17	96	0	75	33	9	19	38	1.84
19769362--19769438	39	2.0	39	92	5	129	25	10	36	27	1.89
19774506--19774700	51	3.8	50	80	4	203	31	27	15	25	1.96
19774505--19774698	102	1.9	102	82	4	248	31	27	15	25	1.96
19779922--19779996	27	2.8	26	84	8	80	25	20	17	37	1.94
19780667--19780713	24	1.9	25	86	4	69	25	36	0	38	1.56
19798649--19798691	20	2.2	20	87	4	61	34	6	11	46	1.67
19802236--19802283	25	1.9	25	86	0	69	39	12	14	33	1.84
19803944--19804011	27	2.5	27	76	4	75	27	13	22	36	1.91
19811006--19811039	10	3.3	10	91	4	50	88	11	0	0	0.52
19811006--19811039	11	3.2	11	87	8	52	88	11	0	0	0.52
19812722--19813352	132	4.8	132	90	1	980	28	18	23	29	1.98
19813680--19813771	19	4.8	19	78	0	103	41	8	13	36	1.75
19813680--19813771	38	2.4	38	90	0	139	41	8	13	36	1.75
19813695--19813797	19	5.1	21	76	5	65	40	5	14	38	1.70
19820643--19820704	26	2.4	27	75	8	65	14	19	30	35	1.92
19821353--19821449	42	2.3	41	80	7	106	31	19	22	25	1.98
19826393--19826435	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
19827429--19827462	13	2.4	14	90	9	52	58	0	2	38	1.13
19856686--19856723	18	2.1	18	100	0	76	31	21	18	28	1.97
19865416--19865451	18	2.0	18	100	0	72	55	0	11	33	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19865763--19865811	24	2.0	24	88	0	71	38	30	10	20	1.86
19866153--19866201	25	2.0	26	84	8	66	55	6	2	36	1.37
19872469--19873004	50	10.6	50	87	1	671	23	30	20	26	1.99
19873016--19873097	42	2.0	41	82	2	101	26	23	20	29	1.99
19883939--19884089	46	3.2	46	76	8	135	33	18	21	26	1.97
19885730--19885921	51	3.8	51	77	4	183	23	17	28	30	1.97
19885737--19885921	101	1.8	101	88	3	282	23	18	27	30	1.98
19885737--19885929	102	1.9	101	87	3	280	23	18	27	30	1.98
19886147--19886178	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
19893934--19894092	64	2.5	64	85	2	203	28	5	30	35	1.79
19901826--19901919	20	4.7	20	82	0	107	28	37	6	27	1.81
19902293--19902347	28	1.9	29	85	3	76	41	14	18	25	1.88
19902293--19902348	29	1.9	29	82	7	69	42	14	17	25	1.87
19932350--19932498	42	3.6	42	75	7	124	18	20	16	43	1.88
19932441--19932502	21	3.0	20	73	17	63	16	25	17	40	1.90
19935776--19935936	74	2.2	74	87	2	225	37	2	24	35	1.69
19936141--19936189	26	2.1	22	82	17	55	30	16	10	42	1.81
19938013--19938283	138	2.0	138	85	2	366	42	12	9	35	1.75
19938594--19938638	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
19939247--19939293	22	2.1	22	84	7	60	42	6	4	46	1.48
19942311--19942370	25	2.4	25	81	8	68	31	5	0	63	1.16
19942314--19942369	26	2.2	26	83	3	69	30	3	0	66	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19942946--19942990	16	2.8	16	86	3	63	40	26	2	31	1.68
19943011--19943085	32	2.3	32	81	6	80	38	21	9	30	1.85
19946876--19946957	26	3.1	27	63	16	64	32	25	12	29	1.92
19946874--19946980	51	2.1	51	94	0	187	34	26	11	28	1.90
19949292--19949362	12	5.8	12	73	3	52	57	1	2	38	1.22
19949292--19949358	14	4.7	14	75	3	53	58	1	2	37	1.23
19956853--19956895	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
19956968--19957284	87	3.7	85	82	7	322	27	30	19	22	1.98
19956968--19957304	43	7.8	42	75	7	212	29	30	18	21	1.97
19957035--19957304	43	6.3	43	79	5	276	30	31	17	21	1.96
19957035--19957304	130	2.1	129	84	4	339	30	31	17	21	1.96
19957035--19957304	86	3.1	86	87	3	362	30	31	17	21	1.96
19957071--19957322	87	2.9	87	85	2	249	30	31	16	21	1.95
19957653--19957721	21	3.3	21	82	8	86	5	43	20	30	1.75
19957712--19957857	66	2.2	66	84	4	179	14	28	15	41	1.87
19957733--19957858	66	1.9	66	88	6	193	15	26	17	41	1.88
19957733--19957881	66	2.3	66	84	4	185	14	25	18	41	1.88
19959739--19959818	29	2.8	29	98	0	151	27	2	25	45	1.66
19959739--19959815	16	5.2	16	71	17	76	27	2	25	44	1.67
19960581--19960621	19	2.1	20	95	4	75	53	0	0	46	1.00
19961239--19961299	28	2.1	29	93	3	106	50	24	6	18	1.70
19962661--19962708	19	2.6	19	76	3	53	16	6	2	75	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19963055--19963100	23	2.0	23	86	0	65	30	47	2	19	1.61
19963377--19963428	21	2.4	21	84	9	61	32	46	1	19	1.61
19963547--19963580	15	2.2	16	94	5	61	47	32	0	20	1.51
19963875--19964007	41	3.2	41	83	2	169	29	23	23	24	1.99
19964129--19964245	40	3.0	40	75	12	116	22	20	21	35	1.96
19965438--19965471	17	1.9	17	88	5	50	50	0	0	50	1.00
19965480--19965581	49	2.1	49	100	0	204	50	3	3	41	1.39
19968188--19968233	24	1.9	24	82	8	58	45	2	10	41	1.51
19968268--19968307	16	2.5	16	87	0	53	42	2	15	40	1.60
19969872--19970071	98	2.0	98	85	5	271	31	19	14	34	1.92
19970062--19971659	44	37.0	43	69	10	579	28	21	19	30	1.97
19970163--19971657	87	17.3	87	69	12	574	28	21	19	30	1.97
19970388--19970917	129	4.1	129	82	5	658	29	21	19	30	1.97
19969972--19970796	430	1.9	432	84	3	1092	28	21	19	31	1.97
19970983--19971265	128	2.2	128	92	0	467	29	20	19	29	1.97
19970720--19971675	346	2.8	346	89	3	1422	28	21	19	30	1.97
19971342--19971658	129	2.4	129	88	2	456	29	21	19	29	1.98
19973777--19973895	8	14.4	8	66	20	50	5	14	5	75	1.14
19973777--19973811	15	2.2	16	95	5	63	2	17	0	80	0.84
19973852--19973886	14	2.4	14	90	9	52	0	17	0	82	0.66
19973825--19973895	32	2.2	33	82	14	85	2	14	4	78	1.01
19978344--19978383	16	2.5	16	87	0	53	42	2	15	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19978376--19978418	21	2.0	21	95	0	77	65	9	2	23	1.34
19982433--19982482	4	12.5	4	95	0	91	48	26	2	24	1.62
19984837--19984891	21	2.6	21	97	0	101	18	9	18	54	1.69
19984918--19984943	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
19985850--19985919	29	2.3	29	85	9	88	24	14	14	47	1.81
19986824--19986876	27	2.0	27	85	7	72	16	28	28	26	1.97
19988470--19988494	13	1.9	13	100	0	50	56	36	0	8	1.29
19989254--19989418	43	3.9	42	77	7	145	32	25	17	24	1.97
19990738--19990791	22	2.5	22	79	8	58	27	0	11	61	1.30
19990755--19990798	14	3.3	13	81	12	54	27	0	9	63	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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