genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  55  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16096714--16096748	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
16096824--16096855	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
16096577--16096869	120	2.4	120	92	2	482	50	5	2	42	1.36
16099532--16099566	14	2.4	14	95	4	61	65	0	25	8	1.21
16099542--16099586	19	2.5	18	82	17	58	66	0	26	6	1.16
16100254--16100524	107	2.5	107	80	2	285	26	19	23	31	1.98
16113045--16113086	9	4.7	9	90	0	66	33	9	21	35	1.86
16113140--16113176	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
16113389--16113440	27	1.9	27	88	0	77	21	30	0	48	1.51
16114199--16114230	10	3.2	10	95	0	55	21	9	18	50	1.75
16115960--16115992	17	1.9	17	93	0	57	48	0	6	45	1.27
16119169--16119222	6	9.0	6	80	15	67	64	0	0	35	0.94
16119169--16119237	19	3.6	19	83	13	63	63	0	0	36	0.94
16123065--16123120	27	2.1	27	82	0	67	32	16	14	37	1.88
16123098--16123458	27	13.4	27	86	0	454	18	14	20	45	1.85
16126163--16126269	17	6.2	17	78	4	97	48	18	7	25	1.74
16126680--16126711	7	4.6	7	92	0	55	46	25	0	28	1.53
16126799--16126878	31	2.5	31	75	4	79	45	11	3	40	1.58
16127024--16127095	29	2.4	31	83	9	103	47	19	4	29	1.68
16128569--16128635	32	2.1	31	86	8	91	37	4	0	58	1.19
16130754--16130839	17	4.7	17	70	20	57	38	1	0	60	1.04
16130782--16130860	11	7.4	11	76	12	76	39	2	0	58	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16130774--16130875	41	2.4	42	90	6	154	39	1	0	58	1.09
16130774--16130882	22	5.2	21	72	13	75	38	1	0	59	1.08
16131250--16131359	55	2.0	55	92	0	184	33	10	9	46	1.71
16135543--16135597	21	2.6	21	82	8	67	50	1	1	45	1.22
16140030--16140064	16	2.2	16	100	0	70	22	11	8	57	1.61
16147294--16147349	22	2.5	22	100	0	112	28	23	28	19	1.98
16155944--16156068	6	20.8	6	100	0	250	50	16	0	33	1.45
16157694--16157868	28	6.3	28	76	7	160	54	6	14	24	1.64
16157702--16157870	56	3.0	56	81	1	205	54	5	15	23	1.63
16157694--16157870	83	2.1	83	81	5	196	54	6	15	24	1.64
16159835--16159924	25	3.6	25	92	3	155	40	0	4	55	1.20
16165410--16165569	85	1.9	84	82	1	203	53	5	16	25	1.64
16165381--16165583	28	7.2	28	75	6	149	52	4	17	25	1.63
16180293--16180530	50	4.7	50	81	6	230	28	21	27	22	1.99
16189956--16190048	28	3.4	27	79	11	91	58	3	17	21	1.53
16192990--16193279	132	2.2	132	89	1	438	32	21	24	21	1.98
16192990--16193279	44	6.6	44	85	0	382	32	21	24	21	1.98
16192990--16193282	88	3.3	88	88	0	424	32	21	24	20	1.98
16194014--16194039	13	2.0	13	100	0	52	76	7	7	7	1.15
16197932--16197979	21	2.3	21	85	0	60	25	22	33	18	1.97
16202036--16202345	152	2.0	152	95	0	557	28	11	24	35	1.90
16205364--16205565	81	2.5	80	87	2	278	20	18	31	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16205364--16205593	40	5.7	41	82	3	270	21	18	30	29	1.97
16205364--16205593	81	2.8	80	80	7	259	21	18	30	29	1.97
16205874--16206428	291	1.9	286	85	7	753	27	2	26	43	1.68
16207245--16207276	16	2.0	16	100	0	64	18	6	37	37	1.76
16208472--16208531	13	4.5	14	71	10	54	23	0	0	76	0.78
16208472--16208531	7	8.0	7	72	20	50	23	0	0	76	0.78
16208486--16208554	26	2.7	26	86	0	102	30	0	1	68	0.99
16209963--16210035	38	1.9	38	86	5	103	36	9	9	43	1.70
16211906--16211969	26	2.4	27	84	12	87	29	9	3	57	1.45
16223287--16223351	26	2.5	26	71	16	62	66	0	6	27	1.15
16224065--16224115	18	2.8	20	77	17	65	37	0	1	60	1.08
16226316--16226351	19	2.0	18	89	10	56	33	0	0	66	0.92
16226677--16226746	22	3.2	22	82	13	90	34	25	1	38	1.65
16226712--16226776	11	6.2	11	70	22	59	36	26	0	36	1.57
16226686--16226747	22	2.8	23	90	4	92	37	24	1	37	1.65
16226718--16226776	30	2.0	30	93	0	100	33	28	0	37	1.58
16226748--16226799	22	2.4	23	81	12	65	34	28	0	36	1.58
16226987--16227020	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
16229151--16229995	28	30.4	28	83	8	926	45	21	0	32	1.58
16229151--16229995	114	7.6	112	86	6	1030	45	21	0	32	1.58
16229932--16229976	23	2.0	23	95	0	81	48	17	2	31	1.59
16233102--16233366	124	2.1	124	87	1	379	31	22	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16239191--16239585	114	3.5	112	85	4	472	25	21	25	28	1.99
16241649--16241696	22	2.2	21	92	3	78	14	0	41	43	1.45
16241650--16241698	14	3.4	14	80	5	53	14	0	42	42	1.45
16244349--16244376	13	2.2	13	100	0	56	53	7	0	39	1.28
16244376--16244448	35	2.1	35	87	9	107	54	13	1	30	1.47
16244585--16244628	23	1.9	23	100	0	88	45	18	0	36	1.49
16244583--16244635	23	2.3	23	86	3	79	47	15	0	37	1.45
16244736--16245035	9	34.8	9	72	15	233	45	21	1	32	1.61
16244755--16245046	16	17.5	16	70	17	145	45	20	1	32	1.60
16244724--16245031	71	4.4	70	74	20	208	46	20	1	31	1.61
16244714--16244876	18	8.5	19	66	23	85	48	20	1	30	1.57
16244736--16244963	25	9.1	25	73	17	170	46	20	1	32	1.59
16244713--16245031	25	12.6	25	67	22	95	45	21	1	31	1.62
16250499--16250547	21	2.3	21	89	6	73	32	20	42	4	1.71
16250941--16251117	43	4.1	42	78	7	187	28	19	20	31	1.97
16251411--16251470	31	1.9	31	82	0	75	23	28	21	26	1.99
16253161--16253287	61	2.1	61	81	0	146	33	6	18	41	1.75
16257190--16257292	9	11.4	9	79	8	102	29	9	22	38	1.86
16257190--16257292	27	3.8	27	83	5	127	29	9	22	38	1.86
16260222--16260267	24	1.9	24	86	0	65	47	6	4	41	1.49
16260222--16260274	24	2.2	24	82	0	61	50	5	3	39	1.44
16267116--16267155	21	1.9	21	89	0	62	27	25	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16268626--16268687	22	2.8	22	77	0	70	22	29	14	33	1.94
16268669--16268721	22	2.4	22	83	0	70	18	26	18	35	1.95
16285789--16285851	33	1.9	33	86	0	90	33	23	28	14	1.94
16294462--16294498	6	6.0	6	87	6	56	81	0	2	16	0.81
16294462--16294497	13	2.8	13	87	4	56	83	0	2	13	0.76
16300599--16300643	20	2.3	19	85	7	63	75	0	2	22	0.91
16305879--16305941	17	3.6	17	76	2	54	34	14	25	25	1.94
16315937--16316003	20	3.3	20	71	8	64	10	28	19	41	1.84
16318708--16318742	17	2.1	17	89	5	54	42	8	14	34	1.76
16328255--16328606	81	4.3	82	84	1	415	29	10	14	45	1.78
16332547--16332646	51	1.9	52	86	6	141	39	4	5	52	1.42
16332643--16332692	22	2.3	22	83	16	68	30	2	2	66	1.14
16345790--16345819	15	1.9	16	93	6	53	50	0	3	46	1.18
16347020--16347052	16	1.9	18	88	11	52	18	3	30	48	1.63
16352747--16352794	18	2.6	18	90	6	69	18	25	4	52	1.63
16368008--16368056	13	3.2	16	69	19	50	48	0	0	51	1.00
16368000--16368056	29	1.9	30	82	10	73	45	1	1	50	1.22
16370281--16370326	20	2.3	20	92	0	74	52	15	4	28	1.61
16370289--16370332	20	2.2	20	83	0	52	52	9	4	34	1.54
16374733--16374771	20	2.0	20	94	0	69	48	15	5	30	1.66
16381862--16381938	39	2.0	38	82	9	95	27	6	0	66	1.16
16386263--16386309	16	3.0	15	81	9	58	63	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16391110--16391169	28	2.1	28	96	0	111	26	23	21	28	1.99
16410886--16410928	21	2.0	21	82	8	52	23	44	6	25	1.78
16412667--16412728	5	12.0	5	73	13	54	75	4	1	17	1.05
16412667--16412728	16	4.0	15	75	10	54	75	4	1	17	1.05
16422645--16422675	12	2.7	12	95	5	55	32	0	19	48	1.49
16425902--16425931	16	1.9	15	93	6	51	66	0	3	30	1.07
16427577--16427924	187	1.9	189	82	6	447	30	18	18	32	1.96
16427810--16428518	44	15.6	44	68	18	296	28	21	18	32	1.97
16427649--16428302	138	4.7	137	80	8	562	28	20	18	31	1.96
16428084--16428506	182	2.3	180	81	5	503	26	22	18	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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