genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  178  of  207  ( 24831 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54794699--54795333	318	2.0	318	99	0	1261	18	24	27	30	1.97
54797756--54797785	14	2.2	13	94	5	51	76	0	23	0	0.78
54801481--54801697	62	3.9	52	79	18	171	34	6	11	48	1.64
54801487--54801668	62	2.9	62	96	0	337	36	6	9	47	1.63
54801592--54801620	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
54801684--54801719	8	4.5	8	100	0	72	27	0	22	50	1.50
54803519--54803551	4	8.2	4	93	0	57	54	0	21	24	1.45
54807082--54807106	12	2.1	12	100	0	50	72	0	0	28	0.86
54807182--54807238	27	2.3	24	76	23	64	31	28	7	33	1.84
54808600--54808725	40	3.1	40	89	1	180	31	15	30	22	1.94
54808681--54809385	112	6.3	112	91	2	1110	28	18	27	25	1.98
54808680--54809385	225	3.1	222	90	3	1117	28	18	27	25	1.98
54811109--54811305	84	2.3	84	91	0	322	32	20	19	27	1.96
54812928--54812956	11	2.7	11	94	5	51	37	10	24	27	1.88
54813697--54813748	17	3.1	17	88	0	77	51	9	0	38	1.35
54813731--54813799	23	3.3	23	66	29	71	42	8	2	46	1.49
54813721--54813811	40	2.2	40	96	1	164	45	8	2	43	1.47
54813793--54813837	13	3.5	13	81	0	63	42	6	2	48	1.41
54813988--54814132	72	2.0	72	95	0	263	48	2	7	42	1.43
54814188--54814310	18	6.6	18	68	26	87	46	19	0	34	1.50
54814169--54814307	25	5.8	25	83	13	193	46	19	0	33	1.50
54814206--54814307	51	2.0	50	94	1	177	46	20	0	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54819762--54819818	21	2.7	21	88	0	78	31	17	47	3	1.65
54819784--54819829	21	2.2	21	88	0	65	30	17	45	6	1.73
54820771--54820840	20	3.5	20	72	16	65	67	1	1	30	1.08
54822762--54822794	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
54823965--54824006	16	2.6	16	81	7	50	52	0	7	40	1.29
54824336--54824430	50	1.9	50	82	4	120	22	26	20	31	1.98
54837335--54837386	15	3.6	15	79	10	63	17	9	38	34	1.82
54845513--54845550	15	2.5	15	86	0	58	36	34	7	21	1.82
54851055--54851095	19	2.2	19	95	0	73	43	12	4	39	1.63
54851788--54851816	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
54857111--54857209	11	8.6	11	66	8	54	29	5	4	61	1.35
54858048--54858115	24	3.1	22	68	24	54	47	1	5	45	1.36
54858048--54858136	42	2.1	42	83	8	110	47	3	4	44	1.40
54859684--54859763	25	3.2	25	78	3	99	37	16	15	31	1.89
54859662--54859763	50	2.0	50	81	7	118	35	18	14	31	1.91
54864932--54864968	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
54865021--54865055	18	1.9	18	100	0	70	37	17	11	34	1.85
54866471--54866522	21	2.5	21	84	3	70	36	1	40	21	1.64
54870397--54870549	45	3.4	44	79	7	164	36	24	13	24	1.92
54870373--54870549	90	2.0	88	87	4	257	35	26	14	23	1.93
54876797--54876825	9	3.2	9	100	0	58	68	0	0	31	0.89
54877080--54877139	30	2.0	31	83	9	79	43	0	36	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54877322--54877358	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
54877412--54877442	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
54882199--54882228	15	1.9	16	93	6	53	43	0	23	33	1.54
54882936--54882992	22	2.6	22	85	0	78	8	21	15	54	1.68
54891064--54891114	26	2.0	26	88	0	75	19	23	21	35	1.96
54891151--54891216	24	2.7	24	83	2	69	18	28	19	33	1.95
54891964--54892001	18	2.1	18	85	9	51	65	7	15	10	1.45
54892862--54892895	7	4.9	7	85	0	50	29	0	0	70	0.87
54893128--54893196	36	1.9	36	82	11	88	17	8	2	71	1.24
54893124--54893180	22	2.6	21	79	17	71	17	8	1	71	1.19
54893168--54893210	22	2.0	21	90	4	68	20	2	4	72	1.14
54893333--54893745	109	3.8	109	88	1	607	30	16	19	34	1.93
54897262--54897455	51	3.9	50	73	8	171	25	16	28	29	1.97
54897463--54897717	42	6.0	42	83	6	318	21	18	25	34	1.96
54897462--54897715	84	3.0	84	90	1	384	20	18	25	35	1.96
54904960--54905010	26	2.0	26	88	0	75	19	23	21	35	1.96
54905047--54905111	24	2.7	25	83	7	80	15	27	23	33	1.95
54905139--54905205	25	2.7	25	81	9	82	25	25	16	32	1.96
54905069--54905211	24	5.8	25	72	8	71	20	25	20	33	1.97
54907447--54907490	20	2.2	20	100	0	88	43	9	25	22	1.82
54910225--54910350	30	4.2	30	85	0	135	25	30	26	17	1.97
54910239--54910351	60	1.9	60	87	3	165	24	30	26	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54911122--54911216	26	3.5	26	75	18	72	16	6	4	72	1.21
54911156--54911192	17	2.1	18	90	5	58	13	5	5	75	1.15
54911918--54911943	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
54912877--54912914	6	6.5	6	84	3	51	15	0	5	78	0.91
54912877--54912914	18	2.2	17	90	4	58	15	0	5	78	0.91
54917393--54917477	30	2.9	30	80	1	82	31	20	14	34	1.92
54920127--54920338	18	11.8	18	80	5	196	3	15	28	52	1.60
54923337--54923414	40	2.0	40	82	14	99	30	11	11	46	1.76
54923811--54923853	12	3.5	12	81	6	50	62	0	0	37	0.95
54924654--54924714	28	2.1	29	82	8	72	34	0	4	60	1.18
54924664--54924699	18	1.9	19	88	5	56	38	0	5	55	1.23
54924784--54924831	9	5.3	9	89	0	78	29	10	14	45	1.78
54924785--54924831	18	2.6	18	100	0	94	27	10	14	46	1.78
54926815--54926912	43	2.3	43	96	0	178	32	25	17	24	1.97
54933764--54934288	46	11.6	45	77	17	279	36	14	21	27	1.92
54933764--54934166	46	8.3	50	83	10	432	36	14	20	28	1.92
54933782--54934167	197	2.0	197	90	0	610	36	13	20	28	1.92
54934141--54934286	37	4.0	37	95	1	251	37	16	21	24	1.93
54936723--54937176	110	4.1	110	85	3	619	30	18	17	33	1.94
54937975--54937999	3	8.3	3	100	0	50	32	68	0	0	0.90
54938945--54939008	16	3.7	17	76	15	60	45	15	1	37	1.56
54940065--54940101	18	2.1	18	90	10	58	59	0	5	35	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54940641--54940666	13	2.0	13	100	0	52	38	0	30	30	1.58
54945899--54946035	72	1.9	72	80	5	161	35	22	15	27	1.94
54948567--54948883	151	2.1	148	85	4	415	42	5	9	41	1.61
54949128--54949206	27	3.1	25	80	8	88	16	25	21	36	1.94
54949235--54949289	24	2.2	25	78	12	60	23	27	16	32	1.96
54956577--54956634	24	2.4	24	82	5	64	17	31	22	29	1.96
54956799--54956891	25	3.7	25	73	11	75	19	26	22	31	1.98
54957325--54957395	11	6.8	11	73	23	73	32	1	0	66	1.01
54957294--54957400	51	2.1	48	80	14	133	29	1	0	68	1.00
54957325--54957395	17	3.4	22	78	20	73	32	1	0	66	1.01
54957314--54957415	51	2.0	52	94	3	179	36	1	0	61	1.07
54957388--54957456	33	2.2	31	84	5	84	36	1	0	62	1.04
54959119--54959165	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
54959864--54959893	15	2.1	14	93	6	51	6	20	0	73	1.05
54965400--54965544	41	3.5	41	84	0	200	24	28	18	28	1.98
54966012--54966366	114	3.1	112	93	3	584	40	14	3	41	1.63
54967344--54967368	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
54968686--54968737	21	2.5	20	84	9	68	42	19	0	38	1.51
54971539--54971592	23	2.3	23	83	6	63	24	40	18	16	1.90
54973571--54973646	25	3.0	25	74	12	66	35	22	22	19	1.96
54973673--54973778	25	4.3	24	76	17	76	36	19	25	17	1.94
54978952--54979128	21	8.4	21	72	5	115	44	17	20	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54978981--54979128	42	3.5	42	78	5	129	44	17	20	17	1.87
54978950--54979115	84	2.0	84	80	4	192	44	17	19	18	1.87
54980722--54981094	105	3.6	105	95	1	642	30	30	20	18	1.96
54981422--54981485	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
54981429--54981485	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
54986662--54986720	27	2.1	28	87	3	84	42	0	0	57	0.98
54986686--54986733	15	3.1	15	77	14	53	43	0	0	56	0.99
54986690--54986748	31	1.9	31	82	6	75	44	1	0	54	1.10
54989908--54990078	73	2.4	71	89	2	261	25	25	26	22	2.00
54989978--54990345	114	3.2	114	92	0	594	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207