genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369166--2369214	3	16.3	3	95	0	89	0	0	65	34	0.93
2371997--2372054	26	2.2	26	90	3	89	29	0	0	70	0.87
2372631--2372655	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2393114--2393150	19	1.9	19	88	0	56	40	2	2	54	1.29
2397920--2397983	31	2.1	31	97	2	121	53	3	7	35	1.46
2397920--2397992	30	2.4	30	90	4	103	53	2	8	35	1.45
2403259--2403302	21	2.1	21	87	8	63	38	0	9	52	1.33
2412086--2412115	15	2.1	14	93	6	51	0	46	0	53	1.00
2419967--2420221	127	2.0	127	96	0	465	38	15	14	30	1.88
2421911--2421971	31	2.0	32	83	6	81	18	1	4	75	1.06
2421913--2421971	15	3.8	16	72	17	52	18	1	5	74	1.09
2423623--2423821	100	2.0	99	94	1	344	42	19	10	28	1.83
2425485--2425540	14	3.9	14	74	4	58	50	0	1	48	1.11
2426808--2426964	78	2.0	78	97	0	296	27	13	19	40	1.88
2427529--2427568	13	3.2	12	89	7	53	22	0	2	75	0.93
2427705--2427754	24	2.2	24	85	7	68	34	4	4	58	1.36
2431132--2431167	7	5.1	7	89	0	54	44	11	11	33	1.75
2437720--2437993	139	2.0	139	87	4	401	37	17	22	22	1.94
2448528--2448561	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
2450442--2450500	30	1.9	31	86	3	84	47	6	16	28	1.72
2450764--2450833	30	2.3	30	82	4	88	37	5	14	42	1.69
2454589--2454630	21	2.0	21	85	0	57	21	14	26	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2459465--2459498	7	4.9	7	96	0	59	0	2	14	82	0.79
2465473--2465675	90	2.3	90	88	5	304	45	3	4	46	1.40
2465687--2465890	59	3.4	58	68	18	159	40	2	3	52	1.35
2465680--2465984	120	2.5	120	93	1	504	41	2	4	51	1.36
2465816--2465867	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
2465932--2465967	18	2.0	18	89	10	56	41	0	0	58	0.98
2465936--2465978	13	3.1	14	86	6	52	46	0	0	53	1.00
2465940--2465987	16	3.1	16	79	11	55	45	0	2	52	1.12
2465936--2465978	15	2.9	15	83	13	54	46	0	0	53	1.00
2466201--2466246	16	2.9	16	90	0	74	26	32	2	39	1.68
2466669--2466890	112	2.0	111	89	4	340	21	10	22	45	1.82
2471753--2472267	160	3.2	161	82	4	610	23	17	12	46	1.82
2481980--2482043	20	3.2	20	80	6	60	25	0	4	70	1.06
2482361--2482406	23	2.0	23	91	8	76	47	17	13	21	1.81
2505956--2506034	28	2.6	29	75	20	72	55	1	5	37	1.30
2513395--2513443	24	2.1	24	88	11	75	61	0	4	34	1.15
2521545--2521707	88	1.8	89	80	3	195	42	18	16	22	1.89
2535957--2536078	51	2.4	51	87	0	172	31	13	25	30	1.93
2537840--2537907	20	3.3	20	67	15	57	55	8	8	26	1.59
2538697--2538721	11	2.3	11	100	0	50	20	28	8	44	1.79
2546113--2546161	22	2.3	22	82	6	57	59	18	2	20	1.48
2546127--2546169	22	2.0	22	90	0	68	58	13	6	20	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2546784--2546829	25	1.9	24	82	8	58	69	2	2	26	1.11
2546857--2546896	22	1.9	20	90	10	62	75	2	2	20	1.04
2547669--2547712	21	2.1	21	91	8	72	40	4	4	50	1.43
2548822--2548897	24	3.2	24	80	12	77	36	0	0	63	0.95
2548925--2548967	18	2.4	18	80	3	52	58	0	2	39	1.11
2563036--2563105	29	2.4	28	75	17	70	31	8	5	54	1.54
2564760--2565637	436	2.0	436	98	0	1702	30	18	16	33	1.94
2568851--2568875	7	3.6	7	100	0	50	24	0	12	64	1.27
2588784--2588833	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
2593410--2593459	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
2603287--2603330	23	1.9	23	81	9	54	50	15	0	34	1.45
2606259--2606299	4	10.2	4	100	0	82	51	24	0	24	1.49
2610727--2610751	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2617416--2617454	13	2.9	14	84	7	62	25	0	2	71	0.98
2620156--2620182	14	1.9	14	100	0	54	37	7	14	40	1.74
2625576--2625742	44	3.7	46	76	15	170	44	2	2	50	1.28
2625564--2625786	47	4.9	44	73	16	159	45	3	3	47	1.34
2625562--2625776	91	2.4	91	90	0	340	46	3	3	46	1.35
2625783--2626192	120	3.4	120	96	2	745	44	2	5	48	1.39
2626144--2626183	19	2.2	19	90	4	64	45	0	0	55	0.99
2626414--2626449	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
2632591--2632748	41	3.9	41	78	0	156	41	15	25	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2632807--2632891	37	2.3	36	84	6	100	36	29	2	31	1.70
2634224--2634419	92	2.1	92	94	0	338	37	18	22	20	1.94
2640811--2640978	85	2.0	85	95	0	300	26	20	17	35	1.95
2651287--2651343	30	1.9	29	96	3	105	36	8	0	54	1.32
2653877--2653930	21	2.5	22	87	6	83	48	16	33	1	1.57
2654409--2654453	23	2.0	23	86	8	65	31	2	0	66	1.04
2654886--2654930	22	2.1	21	87	4	63	68	4	0	26	1.08
2661659--2661844	83	2.2	83	85	3	259	41	8	15	33	1.78
2662493--2662540	18	2.6	18	80	6	51	70	6	2	20	1.19
2683633--2683694	9	7.0	9	88	3	81	24	11	27	37	1.89
2683633--2683694	26	2.3	26	83	2	79	24	11	27	37	1.89
2684133--2684179	24	1.9	25	86	4	69	27	2	0	70	0.99
2684152--2684201	16	3.2	16	72	13	50	28	4	0	68	1.08
2695414--2695486	30	2.5	30	77	8	87	52	1	2	43	1.24
2695559--2695622	29	2.1	33	82	11	82	40	0	4	54	1.21
2695557--2695608	26	2.1	25	82	13	63	42	0	3	53	1.19
2702420--2702899	120	4.0	120	92	1	775	43	1	4	51	1.28
2702618--2702798	41	4.5	41	63	18	101	43	1	4	51	1.29
2702420--2702899	239	2.0	241	91	1	786	43	1	4	51	1.28
2702843--2702877	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2703112--2703161	16	3.1	16	82	0	55	34	28	0	38	1.57
2715777--2715838	30	2.2	30	88	8	94	45	19	11	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2716606--2716667	23	2.7	23	83	14	74	61	3	0	35	1.12
2721491--2721542	24	2.2	24	82	0	59	53	7	3	34	1.48
2725581--2725614	12	2.8	12	87	12	52	5	8	0	85	0.75
2727336--2727385	24	2.1	24	84	0	64	54	10	4	32	1.52
2727934--2727962	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2731741--2731837	37	2.5	37	73	6	86	27	29	19	22	1.98
2732111--2732164	27	2.0	27	85	7	74	33	12	0	53	1.39
2733006--2733038	8	4.0	8	92	7	57	60	0	0	39	0.97
2736788--2736821	3	11.0	3	93	6	59	64	2	0	32	1.08
2737779--2737832	27	2.0	27	85	7	74	33	12	0	53	1.39
2738680--2738712	8	4.0	8	92	7	57	60	0	0	39	0.97
2739724--2739750	13	2.1	13	100	0	54	22	7	25	44	1.79
2739738--2739778	20	2.0	20	100	0	82	24	9	19	46	1.80
2743745--2743800	23	2.5	22	77	8	58	39	1	1	57	1.20
2743837--2744090	43	5.9	43	76	5	201	26	18	27	27	1.98
2743837--2744083	86	2.9	86	84	3	275	27	18	27	27	1.98
2746279--2746318	17	2.5	16	84	8	55	47	12	2	37	1.55
2747347--2747388	21	2.0	21	90	0	66	33	19	4	42	1.72
2747439--2747627	93	2.0	92	97	1	360	38	12	10	39	1.77
2756241--2756397	44	3.6	42	75	8	120	28	22	23	25	1.99
2758432--2758472	9	4.3	9	84	9	55	78	4	9	7	1.10
2759570--2759596	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2759531--2759649	51	2.3	51	89	0	184	20	18	19	42	1.90
2759621--2759668	6	7.8	6	86	4	69	18	20	16	43	1.88
2763456--2763653	41	4.8	41	87	0	279	33	27	19	20	1.96
2763456--2763653	82	2.4	82	89	0	315	33	27	19	20	1.96
2764765--2764919	41	3.7	41	77	7	127	30	27	18	23	1.98
2765653--2765703	24	2.1	24	92	0	84	49	3	0	47	1.20
2765881--2765909	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
2774104--2774142	14	2.8	14	92	0	60	20	2	10	66	1.33
2774176--2774209	5	6.8	5	96	0	50	11	0	47	41	1.40
2777605--2777640	18	2.1	18	90	10	58	52	0	13	33	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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