genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8788921--8788964	18	2.4	18	92	0	70	11	2	45	40	1.53
8789323--8789354	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
8798361--8798385	11	2.3	11	100	0	50	56	16	0	28	1.41
8798670--8798949	85	3.3	85	83	5	352	36	18	21	24	1.95
8798670--8799008	42	8.0	43	81	5	350	34	19	20	25	1.96
8798670--8798949	127	2.2	127	85	4	359	36	18	21	24	1.95
8798699--8799052	85	4.2	85	82	6	299	33	20	20	26	1.97
8798888--8799052	86	1.9	85	85	6	226	30	23	18	27	1.97
8798930--8799052	43	2.9	43	79	9	151	28	24	17	29	1.98
8799438--8799509	21	3.4	21	84	3	92	5	41	16	36	1.72
8802257--8802348	25	3.5	25	75	16	87	39	1	16	43	1.55
8802384--8802440	25	2.3	25	87	0	78	36	0	17	45	1.49
8802257--8802464	9	23.1	9	68	15	110	38	1	16	43	1.57
8802308--8802556	110	2.3	113	80	8	266	36	2	16	43	1.62
8802545--8802674	12	10.1	13	69	16	67	31	1	17	49	1.56
8802549--8802672	52	2.4	52	97	1	232	32	1	16	49	1.56
8802547--8802639	28	3.5	29	68	19	85	29	2	19	49	1.60
8802661--8802741	9	9.4	9	76	10	71	32	1	18	48	1.56
8802662--8802731	25	2.8	25	82	0	77	32	1	18	47	1.58
8802886--8802961	28	2.9	27	81	9	95	50	3	2	43	1.34
8803026--8803086	28	2.1	28	87	6	86	45	3	4	45	1.41
8803044--8803092	22	2.2	23	92	3	82	44	4	4	46	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8803000--8803353	120	3.0	119	91	3	551	45	7	6	40	1.58
8804818--8805015	83	2.4	83	84	3	247	33	22	14	30	1.93
8805795--8805850	7	8.0	7	80	7	60	46	41	0	12	1.42
8806676--8806990	107	3.0	106	88	3	447	32	19	17	30	1.95
8807142--8807190	24	2.0	24	84	7	64	65	6	6	22	1.38
8809638--8809750	44	2.6	45	82	4	149	30	21	19	28	1.97
8810212--8810241	14	2.1	15	93	6	53	40	20	6	33	1.78
8821415--8821732	107	3.0	107	87	2	446	31	18	17	31	1.95
8821882--8821930	24	2.0	24	84	7	64	65	6	6	22	1.38
8823771--8823965	98	2.0	99	88	5	297	26	22	19	32	1.97
8823870--8824348	114	4.2	115	86	1	669	25	23	18	32	1.97
8823870--8824348	228	2.1	228	91	0	769	25	23	18	32	1.97
8825682--8825727	21	2.3	20	85	10	60	21	2	13	63	1.40
8827598--8827784	96	1.9	96	81	2	223	34	11	21	32	1.89
8827745--8827915	49	3.5	49	86	0	243	29	15	23	30	1.96
8827745--8827936	49	3.9	49	85	0	240	30	16	22	30	1.96
8831168--8831204	16	2.3	16	95	0	65	29	5	21	43	1.75
8832364--8832421	28	2.1	28	100	0	116	46	0	20	32	1.51
8832664--8833339	114	6.0	113	85	3	815	23	22	25	28	1.99
8832664--8833342	342	2.0	339	87	2	984	23	22	25	28	1.99
8833575--8833608	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
8833664--8833702	12	3.1	12	92	7	60	17	0	51	30	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8833643--8833702	7	8.9	7	80	7	70	20	1	50	28	1.58
8833665--8833708	14	3.3	13	87	12	54	20	0	45	34	1.51
8833642--8833718	21	3.8	20	74	10	57	23	1	46	28	1.60
8833664--8833717	26	2.1	26	82	6	65	22	0	46	31	1.52
8833656--8833718	33	1.9	33	86	0	90	22	1	47	28	1.60
8833802--8833849	7	6.9	7	80	0	51	20	2	47	29	1.61
8833818--8834011	103	2.0	100	80	11	220	27	2	28	40	1.69
8834060--8834113	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
8834103--8834136	8	4.2	8	89	10	52	55	0	8	35	1.31
8834108--8834137	9	3.4	9	90	9	53	60	0	10	30	1.30
8834103--8834150	17	2.6	19	87	12	66	54	2	8	35	1.42
8834116--8834156	20	2.1	19	86	4	55	60	4	7	26	1.43
8834193--8834289	47	2.1	47	86	0	131	44	8	2	45	1.45
8835948--8835985	7	5.3	7	87	6	58	2	13	13	71	1.26
8835946--8835985	14	2.7	15	88	3	64	5	12	12	70	1.33
8836322--8836405	44	1.9	44	90	4	134	44	3	2	50	1.32
8836558--8836715	13	12.0	13	70	10	88	40	10	5	43	1.61
8836575--8836723	53	2.8	53	90	0	235	40	11	4	43	1.59
8836856--8837003	9	17.1	9	74	12	123	45	21	2	29	1.65
8836856--8837003	52	2.9	51	77	13	151	45	21	2	29	1.65
8836868--8837003	43	3.2	42	75	10	123	45	22	2	29	1.67
8836912--8837022	25	4.4	25	72	14	75	44	19	3	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8837993--8838023	15	2.1	15	100	0	62	35	19	32	12	1.90
8840243--8840313	21	3.4	21	86	0	97	35	19	42	2	1.66
8840650--8840841	42	4.6	42	85	1	253	34	21	20	23	1.97
8847150--8847220	35	2.0	35	94	5	126	25	5	5	63	1.39
8856374--8856592	62	3.5	62	78	1	179	23	26	25	25	2.00
8871438--8871463	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8872482--8872554	19	3.8	19	78	12	78	63	8	0	28	1.23
8876930--8877001	31	2.4	31	80	2	83	25	11	23	40	1.87
8882391--8882424	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
8882549--8882578	15	1.9	15	93	6	51	23	0	0	76	0.78
8887666--8887731	15	4.2	16	71	19	50	10	13	4	71	1.29
8887813--8887899	43	2.0	43	82	8	106	35	18	19	26	1.95
8889991--8890032	17	2.5	17	92	3	68	57	0	7	35	1.26
8894752--8894814	17	3.8	16	75	19	58	63	1	1	33	1.13
8895254--8895280	14	1.9	14	100	0	54	44	25	7	22	1.79
8899292--8899326	14	2.6	14	90	4	54	60	0	0	40	0.97
8899330--8899387	22	2.8	20	82	10	71	41	8	3	46	1.51
8900869--8900914	21	2.2	21	96	3	85	63	0	4	32	1.14
8900898--8900976	11	7.4	11	79	15	94	55	0	2	41	1.13
8900920--8900986	31	2.2	30	92	5	116	59	0	1	38	1.06
8900931--8901005	31	2.4	31	82	6	80	61	0	1	37	1.05
8904199--8904232	17	2.0	17	94	0	59	52	8	11	26	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8904623--8904692	29	2.4	29	78	0	77	37	21	24	17	1.94
8906848--8907369	176	3.0	176	88	2	730	45	9	14	30	1.77
8909858--8909925	30	2.3	30	82	2	75	22	14	20	42	1.88
8909994--8910020	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
8910168--8910218	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
8910190--8910302	51	2.2	51	93	0	199	28	29	0	42	1.56
8910303--8910367	30	2.2	30	94	5	114	33	0	0	66	0.92
8912097--8912179	29	2.9	29	88	0	139	44	26	0	28	1.54
8912147--8912202	18	2.6	23	71	28	68	46	30	0	23	1.53
8912097--8912657	29	17.9	32	67	18	127	45	26	0	27	1.54
8912126--8912710	47	12.3	47	77	16	511	46	25	0	28	1.53
8912188--8912213	6	4.3	6	100	0	52	38	46	0	15	1.46
8912226--8912765	76	7.3	77	76	16	422	46	25	0	28	1.55
8912153--8912783	18	39.5	17	62	25	120	46	25	0	27	1.55
8912318--8912407	35	2.9	29	77	19	99	45	26	0	27	1.54
8912340--8912407	35	1.9	35	100	0	136	44	29	0	26	1.55
8912246--8912812	123	4.6	125	90	6	693	46	25	0	28	1.55
8912455--8912653	29	6.6	29	73	18	165	45	26	0	28	1.54
8912648--8912765	29	3.8	29	75	14	119	45	24	0	28	1.59
8912630--8912783	65	2.4	65	93	3	274	46	23	0	29	1.57
8912696--8912812	47	2.5	47	92	0	198	47	23	0	28	1.58
8912601--8912812	112	1.9	112	95	0	379	46	24	0	29	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8916282--8916328	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
8917998--8918103	48	2.2	47	83	12	128	15	24	1	58	1.47
8918035--8918192	18	9.1	17	69	19	69	14	25	3	56	1.53
8919121--8919163	19	2.3	19	88	8	61	4	9	2	83	0.87
8920694--8920740	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
8921227--8921571	124	2.8	124	96	1	631	31	21	17	29	1.96
8921779--8921838	29	2.1	27	82	11	68	48	13	11	26	1.76
8924743--8924835	32	2.9	32	95	0	168	51	18	3	26	1.61
8924744--8924864	32	4.1	27	87	7	82	52	19	3	25	1.61
8924737--8924880	59	2.3	62	80	8	170	51	19	2	26	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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