genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1141641--1141676	19	1.9	18	88	5	54	63	0	0	36	0.94
1147277--1147311	11	3.1	12	88	12	56	48	0	51	0	1.00
1147933--1147967	11	3.1	12	88	12	56	48	0	51	0	1.00
1147119--1148431	655	2.0	655	99	0	2601	31	15	26	27	1.96
1149867--1149905	18	2.1	19	85	4	53	58	2	0	38	1.12
1155165--1155205	19	2.2	19	86	8	57	39	4	4	51	1.45
1156904--1156983	39	2.1	39	85	0	106	50	13	15	21	1.78
1160013--1160073	29	2.1	29	82	11	72	40	8	4	45	1.55
1165150--1165178	11	2.5	12	94	5	51	20	0	0	79	0.74
1167129--1167171	22	2.0	22	86	9	61	58	6	11	23	1.57
1167181--1167225	22	2.0	22	86	4	63	77	11	4	6	1.09
1171102--1171194	18	5.2	18	93	0	159	27	23	16	32	1.96
1177376--1177418	19	2.3	20	80	11	56	16	4	13	65	1.43
1181386--1181443	24	2.5	24	83	5	66	36	0	3	60	1.14
1181431--1181498	30	2.2	31	84	2	84	33	0	4	61	1.16
1182780--1182819	19	2.1	19	95	4	71	62	0	0	37	0.95
1196258--1196316	20	3.0	19	78	11	66	52	6	3	37	1.45
1196491--1196675	93	2.0	93	100	0	370	30	16	19	34	1.94
1204046--1204086	20	2.1	20	86	13	59	36	2	7	53	1.42
1208284--1208389	41	2.6	41	86	0	131	34	25	20	18	1.96
1218521--1218556	18	2.0	18	88	0	54	38	27	0	33	1.57
1221512--1221552	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1223453--1223486	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
1229591--1229622	16	1.9	17	93	6	57	75	3	18	3	1.08
1233918--1234002	29	3.2	29	62	25	78	34	15	10	40	1.82
1233907--1234060	50	3.1	50	98	0	299	37	15	11	35	1.84
1235509--1235834	162	2.0	162	89	2	503	29	18	10	42	1.83
1235937--1235991	23	2.3	23	79	11	58	49	7	7	36	1.58
1236179--1236234	24	2.2	24	87	6	76	60	8	12	17	1.57
1236190--1236237	24	2.0	24	100	0	96	54	12	12	20	1.70
1236293--1236358	31	2.1	31	82	0	78	50	7	15	27	1.71
1239544--1239582	19	2.1	19	95	0	69	38	15	5	41	1.69
1254115--1254207	18	5.2	18	86	0	132	32	15	22	30	1.94
1258553--1258601	18	2.7	17	81	12	62	53	0	0	46	1.00
1258861--1258898	19	2.0	19	90	10	60	34	21	5	39	1.76
1260687--1260796	50	2.3	49	92	6	188	36	15	12	35	1.86
1262334--1262396	34	1.9	32	87	9	92	23	17	6	52	1.67
1263132--1263181	21	2.4	22	83	6	59	16	8	18	58	1.62
1263739--1263777	19	2.1	19	95	0	69	35	15	2	46	1.60
1264990--1265128	46	3.0	45	84	4	170	31	27	8	32	1.87
1267686--1267802	40	2.9	40	94	0	198	33	16	29	20	1.94
1267750--1268335	111	5.3	112	93	1	957	24	19	29	26	1.98
1268922--1268947	12	2.2	12	100	0	52	38	7	34	19	1.80
1269331--1269531	84	2.4	83	91	4	330	32	19	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1270515--1270554	11	3.7	11	90	3	64	35	10	27	27	1.89
1273518--1273588	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
1273914--1274203	42	6.9	41	85	5	314	26	21	21	30	1.98
1273914--1274204	84	3.5	83	86	3	377	26	21	20	30	1.98
1273957--1274193	126	1.9	126	93	1	413	25	22	20	31	1.98
1273960--1274204	42	5.8	42	90	2	359	23	22	21	32	1.98
1282394--1282427	17	2.0	17	88	0	50	26	26	0	47	1.53
1288036--1288093	18	3.4	17	76	9	55	50	1	6	41	1.39
1288043--1288093	18	2.8	18	78	0	57	47	1	5	45	1.38
1288042--1288102	18	3.4	17	71	10	50	47	1	4	45	1.34
1293041--1293072	16	1.9	17	93	6	57	75	3	18	3	1.08
1297370--1297454	29	3.2	29	62	25	78	34	15	10	40	1.82
1297359--1297512	50	3.1	50	98	0	299	37	15	11	35	1.84
1299036--1299107	34	2.2	33	85	9	94	23	19	6	50	1.72
1298965--1299290	162	2.0	162	90	1	510	28	18	10	42	1.83
1299392--1299446	23	2.3	23	79	11	58	49	7	7	36	1.58
1299747--1299812	31	2.1	31	82	0	78	50	7	15	27	1.71
1300932--1300975	23	1.9	23	90	9	72	9	2	6	81	0.94
1300932--1300975	16	2.6	17	78	7	54	9	2	6	81	0.94
1302509--1302535	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
1314924--1315077	51	3.1	50	91	4	258	36	16	11	35	1.86
1317624--1317657	17	2.0	17	88	0	50	26	26	0	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1323251--1323307	17	3.4	17	78	7	62	50	1	7	40	1.40
1323257--1323316	18	3.4	17	77	6	57	48	1	5	45	1.34
1327138--1327171	15	2.2	16	89	5	52	64	0	0	35	0.94
1332496--1332541	2	23.0	2	86	0	56	41	0	58	0	0.98
1332497--1332541	8	5.6	8	91	0	63	40	0	60	0	0.97
1338132--1338169	18	2.2	18	90	9	62	71	2	5	21	1.19
1344256--1344290	16	2.2	16	94	0	61	68	0	14	17	1.21
1353497--1353534	18	2.1	19	90	9	62	26	10	5	57	1.53
1364286--1364364	42	1.9	41	82	7	97	31	1	15	51	1.51
1366614--1366737	58	2.1	58	100	0	248	37	6	16	39	1.75
1376330--1376363	7	5.1	7	96	3	54	41	0	0	58	0.98
1381893--1381934	20	2.1	20	82	8	50	19	2	4	73	1.12
1395374--1395409	17	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
1399490--1399547	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
1399758--1399789	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1399883--1400075	50	3.8	50	90	0	296	26	23	30	20	1.98
1404694--1404725	3	10.7	3	93	0	55	3	62	34	0	1.11
1409029--1409062	4	8.2	4	87	6	50	23	2	2	70	1.15
1418492--1418648	84	1.9	84	88	4	237	31	7	15	44	1.75
1442768--1442830	31	2.0	31	85	11	85	34	12	11	41	1.79
1446707--1446736	14	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
1446923--1446960	18	2.2	17	90	4	58	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449130--1449286	78	2.0	78	100	0	314	35	8	11	43	1.72
1467933--1468189	131	1.9	131	89	4	397	35	14	36	13	1.85
1469973--1470061	39	2.2	41	88	5	130	53	7	0	38	1.30
1471215--1471313	52	1.9	52	82	0	126	35	31	12	21	1.90
1474436--1474472	19	1.9	19	88	0	56	24	8	0	67	1.17
1478812--1478879	29	2.3	30	77	10	77	38	8	10	42	1.70
1492883--1492911	14	2.1	14	100	0	58	58	13	0	27	1.36
1494499--1494528	15	2.0	15	100	0	60	40	26	0	33	1.57
1495513--1495564	20	2.4	22	75	21	56	50	1	1	46	1.23
1508467--1508532	6	11.0	6	96	0	123	48	16	0	34	1.47
1513423--1513476	27	2.0	27	85	0	72	40	7	11	40	1.69
1516370--1516401	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
1520969--1521031	27	2.3	27	81	10	83	42	7	6	42	1.59
1529378--1529421	13	3.3	13	82	17	63	34	2	20	43	1.64
1529377--1529422	14	3.4	14	77	17	60	32	2	19	45	1.62
1534119--1534455	177	1.9	178	86	1	489	33	19	18	27	1.96
1535697--1535752	19	2.8	20	82	10	71	30	25	7	37	1.82
1535718--1535759	20	2.1	20	90	0	66	30	28	4	35	1.78
1536439--1536548	57	1.9	56	90	1	175	29	15	4	50	1.63
1536459--1536548	26	3.1	29	72	20	98	28	17	4	48	1.66
1539444--1539485	22	1.9	22	100	0	84	38	23	9	28	1.86
1540721--1540818	33	3.0	33	100	0	196	51	24	3	21	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1541762--1541806	16	2.7	16	86	6	54	57	6	26	8	1.54
1543325--1543409	41	2.1	41	100	0	170	58	9	4	27	1.49
1543982--1544013	15	2.0	17	88	11	50	68	0	0	31	0.90
1545806--1545864	19	2.9	19	73	16	57	67	1	5	25	1.20
1568708--1568762	23	2.4	23	71	0	56	38	3	10	47	1.56
1607168--1607227	26	2.3	26	88	5	95	16	16	23	43	1.87
1607178--1607242	26	2.5	26	78	11	71	16	20	24	38	1.93
1607268--1607338	25	2.9	24	75	12	65	22	25	19	32	1.98
1607268--1607323	25	2.3	25	84	3	69	21	25	19	33	1.97
1609534--1609583	24	2.1	24	81	7	57	70	0	8	22	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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