genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8506291--8506324	10	3.4	10	100	0	68	41	32	8	17	1.80
8509750--8509795	21	2.1	22	84	15	60	52	17	2	28	1.56
8510383--8510434	27	1.9	27	88	7	79	38	25	7	28	1.83
8511186--8511590	209	1.9	209	99	0	801	34	20	25	19	1.96
8513432--8513480	23	2.1	24	92	3	82	57	0	0	42	0.99
8514821--8514872	21	2.5	21	80	0	59	30	5	30	32	1.81
8516092--8516117	10	2.6	10	100	0	52	53	7	0	38	1.30
8520658--8520692	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
8522162--8522213	25	1.9	28	81	14	65	57	0	5	36	1.23
8525681--8526563	443	2.0	443	98	0	1694	34	15	20	29	1.93
8527418--8527486	3	23.3	3	73	8	61	60	4	2	31	1.31
8527499--8527589	29	3.1	28	78	9	94	63	6	14	15	1.49
8529021--8529433	44	9.6	43	71	13	271	29	22	18	30	1.97
8529022--8529435	129	3.2	129	96	0	738	29	21	18	30	1.97
8529096--8529435	85	4.0	84	71	13	260	28	22	18	30	1.97
8543131--8543209	25	3.0	25	71	12	68	59	5	2	32	1.33
8543214--8543303	29	3.1	28	78	9	92	63	6	14	15	1.50
8553469--8553532	20	3.2	20	73	2	58	39	10	6	43	1.65
8555030--8555083	15	3.3	15	74	18	54	44	0	0	55	0.99
8555028--8555077	17	2.9	17	72	21	59	46	0	0	54	1.00
8556146--8556172	13	2.1	13	100	0	54	48	7	0	44	1.31
8556702--8556764	28	2.3	28	81	8	67	39	23	3	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8557081--8557113	16	2.0	17	94	5	59	42	6	0	51	1.26
8563173--8563240	29	2.3	29	80	7	75	41	20	16	22	1.90
8563380--8563443	31	2.1	30	83	11	78	37	15	0	46	1.46
8567049--8567398	44	7.8	44	75	8	330	29	22	19	29	1.98
8569324--8569385	31	2.0	31	87	6	90	51	1	14	32	1.52
8573678--8573717	15	2.6	15	81	18	55	62	0	5	32	1.17
8573811--8573869	23	2.5	24	71	13	59	61	6	6	25	1.46
8575811--8575840	13	2.3	13	94	0	51	33	0	16	50	1.46
8575760--8575865	56	1.9	56	92	3	178	29	5	19	45	1.73
8579681--8579728	16	3.0	16	82	11	55	62	14	6	16	1.51
8580838--8580926	6	14.8	6	100	0	178	50	15	0	33	1.45
8582583--8582622	20	2.0	20	85	0	53	22	7	12	57	1.60
8582941--8582998	22	2.6	22	77	0	71	20	36	17	25	1.94
8583220--8583272	25	2.2	24	86	3	70	13	11	9	66	1.46
8590983--8591016	17	2.0	17	88	11	52	58	8	0	32	1.29
8591040--8591102	26	2.3	26	84	13	74	60	7	1	30	1.35
8591734--8591813	36	2.2	37	80	8	85	42	1	2	53	1.22
8596299--8596394	44	2.2	46	81	7	117	28	26	14	31	1.95
8596415--8597981	662	2.4	659	89	3	2353	28	24	19	28	1.98
8596415--8597981	132	11.9	132	89	2	2211	28	24	19	28	1.98
8599251--8599297	14	3.3	14	85	11	60	14	17	0	68	1.22
8607924--8607959	16	2.1	18	90	10	58	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8608538--8608586	16	3.1	16	93	0	89	38	6	34	20	1.77
8608819--8608853	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8608799--8609214	59	7.0	57	65	18	204	49	4	2	43	1.36
8608799--8609214	120	3.5	120	96	1	753	49	4	2	43	1.36
8609057--8609097	16	2.6	16	79	20	50	51	0	2	46	1.14
8608847--8609154	61	5.1	61	69	17	257	49	5	2	41	1.42
8609177--8609213	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
8609160--8609213	15	3.4	16	80	19	53	51	0	1	46	1.11
8609148--8609217	28	2.4	31	76	7	74	54	0	1	44	1.09
8609032--8609315	54	5.2	55	68	23	186	49	3	3	44	1.34
8613044--8613120	13	5.9	13	85	0	109	22	9	28	40	1.84
8613347--8613396	20	2.6	19	81	6	57	58	0	0	42	0.98
8618279--8618315	18	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
8618459--8618491	16	2.0	17	88	5	50	63	9	3	24	1.38
8628894--8628933	20	2.0	21	85	5	55	57	5	17	20	1.58
8631740--8631770	13	2.3	14	94	5	55	58	6	0	35	1.24
8637546--8637659	41	2.8	41	86	9	178	21	20	28	29	1.98
8637787--8637854	26	2.6	25	80	11	75	58	1	2	36	1.22
8638051--8638083	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
8638294--8638337	14	3.1	14	83	0	52	20	2	43	34	1.64
8638443--8638492	7	7.1	7	86	0	73	22	0	50	28	1.49
8638443--8638497	28	2.0	28	92	0	92	21	0	49	29	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8642662--8642731	26	2.6	27	91	6	108	41	10	1	47	1.46
8642800--8642866	27	2.5	27	92	0	107	28	28	26	16	1.97
8642906--8643068	4	41.2	4	71	19	112	69	0	30	0	0.88
8642919--8642993	14	5.4	14	80	0	96	65	0	34	0	0.93
8642915--8643088	18	9.4	18	68	17	72	68	0	31	0	0.89
8642934--8643075	10	13.8	10	72	20	98	71	0	28	0	0.87
8642916--8643088	28	5.9	28	80	16	172	69	0	30	0	0.89
8642934--8643080	38	3.8	38	69	21	119	70	0	29	0	0.87
8642912--8643088	44	4.0	43	74	14	146	69	0	30	0	0.89
8643911--8644678	318	2.4	319	92	1	1252	50	7	12	30	1.67
8647731--8647810	27	2.8	28	88	11	110	30	31	23	15	1.95
8647634--8647992	104	3.5	104	88	3	512	32	29	19	18	1.96
8648318--8648382	30	2.2	29	81	8	76	32	27	6	33	1.82
8655221--8655581	104	3.5	104	87	2	494	32	28	19	19	1.96
8658512--8658549	3	12.7	3	100	0	76	68	31	0	0	0.90
8658616--8658654	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
8658798--8658879	27	3.0	27	89	0	128	15	30	28	25	1.96
8658936--8659006	27	2.7	26	87	6	108	47	0	8	43	1.33
8658988--8659034	11	4.5	11	74	15	55	34	0	2	63	1.06
8660133--8660315	85	2.1	85	84	3	242	26	19	25	28	1.98
8660136--8660314	43	4.2	42	83	3	205	26	19	26	27	1.99
8662221--8662287	33	2.0	33	100	0	134	28	8	23	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8683640--8683673	17	1.9	18	88	5	52	29	8	23	38	1.85
8688320--8688350	9	3.4	9	95	0	53	48	0	0	51	1.00
8706391--8706457	31	2.2	31	80	15	77	46	8	1	43	1.44
8706728--8706768	21	1.9	22	85	5	57	56	2	0	41	1.13
8717965--8718158	5	38.8	5	97	2	372	59	0	0	40	0.97
8733916--8733984	22	3.1	22	87	0	102	17	23	17	42	1.89
8735432--8735487	26	2.2	26	78	9	62	25	21	12	41	1.88
8741280--8741321	21	2.0	21	95	0	75	30	9	21	38	1.85
8742730--8742800	31	2.3	32	83	9	85	36	0	4	59	1.17
8744849--8744963	21	5.5	21	68	8	81	17	18	17	46	1.84
8744851--8744962	42	2.7	42	90	0	179	16	17	17	47	1.83
8744851--8745005	42	3.7	42	84	0	166	16	23	16	43	1.88
8744851--8745013	84	1.9	84	80	2	184	16	22	17	43	1.87
8748209--8748242	6	5.7	6	90	10	52	32	2	11	52	1.53
8757238--8757274	19	1.9	20	88	5	58	43	0	0	56	0.99
8757238--8757335	16	5.8	17	74	16	71	40	0	1	58	1.05
8760811--8760849	3	12.7	3	84	15	53	30	0	2	66	1.05
8763541--8763576	5	7.0	5	96	3	63	19	2	0	77	0.88
8771411--8771473	18	3.8	18	76	23	84	39	0	0	60	0.97
8771406--8771473	30	2.2	31	94	2	120	41	0	0	58	0.98
8771416--8771463	15	3.2	15	72	21	55	39	0	0	60	0.97
8773229--8773424	49	4.1	49	84	7	269	32	8	10	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8773229--8773420	92	2.1	92	97	0	357	32	8	10	47	1.68
8775641--8775666	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
8783145--8783180	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
8785037--8785079	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
8785107--8785142	18	2.0	18	100	0	72	38	0	0	61	0.96
8785044--8785280	120	2.0	118	91	3	388	43	1	4	50	1.31
8785226--8785260	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
8785420--8785512	44	2.1	44	84	9	118	35	26	4	33	1.76
8787885--8787916	16	2.0	16	93	0	55	15	18	15	50	1.79
8788751--8788799	9	5.4	9	90	0	80	40	22	12	24	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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