genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  94  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27724220--27724347	64	2.0	64	100	0	256	34	10	17	37	1.85
27726947--27726984	5	7.6	5	100	0	76	63	0	0	36	0.95
27727191--27727261	35	2.0	35	100	0	142	45	14	23	16	1.84
27727485--27727673	62	3.0	62	100	0	378	25	22	14	37	1.92
27730020--27730238	25	8.8	25	74	5	167	30	23	19	26	1.98
27730020--27730238	75	2.9	75	80	6	230	30	23	19	26	1.98
27731334--27731372	20	2.0	20	90	10	62	12	5	30	51	1.62
27736052--27736197	25	5.8	25	75	1	105	30	22	20	26	1.98
27736138--27736209	25	2.8	26	81	8	78	29	26	20	23	1.99
27736052--27736197	50	2.9	50	80	2	177	30	22	20	26	1.98
27737316--27737354	20	2.0	20	90	10	62	12	2	30	53	1.52
27740677--27740719	16	2.6	17	85	10	63	69	0	4	25	1.07
27747445--27747475	15	2.1	15	100	0	62	45	6	0	48	1.28
27748640--27748876	100	2.4	100	79	3	255	22	27	21	28	1.99
27748640--27748878	50	4.8	50	82	1	230	22	27	21	28	1.99
27750916--27751024	40	2.7	40	84	4	139	33	17	13	34	1.89
27755483--27755532	26	1.9	26	83	0	64	52	0	34	14	1.42
27758274--27758326	16	3.4	16	80	15	74	52	0	3	43	1.19
27758281--27758331	8	6.4	8	80	15	61	54	0	3	41	1.19
27761533--27761573	21	2.0	21	85	9	57	43	0	34	21	1.53
27761614--27761647	9	3.8	9	92	0	59	29	11	14	44	1.81
27761818--27761846	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27763728--27763763	18	2.0	18	88	0	54	58	13	8	19	1.61
27769873--27769897	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
27770040--27770150	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
27770047--27770150	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
27770040--27770176	19	6.9	21	85	4	114	38	8	14	38	1.76
27770283--27770373	46	2.0	47	95	2	166	54	4	25	15	1.59
27776949--27777198	132	1.9	132	85	4	344	28	18	24	28	1.98
27777510--27777601	19	4.8	19	91	0	157	39	9	14	36	1.79
27777510--27777624	19	5.7	22	80	15	94	38	8	14	38	1.77
27777738--27777823	43	2.0	43	90	0	136	52	3	26	17	1.61
27780560--27780596	6	6.5	6	87	9	51	48	2	0	48	1.15
27789706--27789763	17	3.4	17	78	0	62	24	24	31	20	1.98
27790589--27790728	35	4.0	35	82	1	156	35	37	1	25	1.65
27790589--27790719	70	1.9	70	85	3	183	35	36	1	25	1.66
27796826--27796910	30	3.1	27	78	17	93	34	17	22	25	1.96
27796846--27796927	27	2.9	28	82	15	91	32	15	23	28	1.95
27844441--27844518	29	2.7	29	84	7	97	28	32	15	24	1.95
27844960--27844985	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
27848469--27848501	12	2.5	13	90	9	50	69	3	9	18	1.28
27852103--27852155	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
27871103--27871335	79	2.9	79	99	0	457	27	14	12	44	1.82
27874222--27874418	100	2.0	100	88	2	297	20	37	10	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27877137--27877171	17	2.1	17	89	5	54	65	0	8	25	1.21
27885541--27885567	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
27891634--27891676	7	6.3	7	86	13	63	67	0	16	16	1.24
27891637--27891676	20	2.0	20	90	9	64	70	0	15	15	1.18
27892878--27893272	87	4.5	87	91	0	610	29	23	24	22	1.99
27892977--27893200	43	5.2	42	62	18	109	29	25	22	22	1.99
27893277--27893770	131	3.8	130	88	2	661	30	20	24	24	1.99
27893277--27893770	259	1.9	262	86	3	701	30	20	24	24	1.99
27893350--27893814	128	3.6	127	86	3	351	30	20	24	24	1.98
27901553--27901590	15	2.5	15	84	12	51	39	2	7	50	1.46
27909152--27909337	51	3.7	50	82	3	221	25	17	26	30	1.97
27916737--27916848	25	4.5	25	80	6	120	41	31	9	17	1.82
27916737--27916848	49	2.3	50	85	1	154	41	31	9	17	1.82
27921992--27922051	25	2.4	25	86	5	86	36	26	10	26	1.88
27935666--27935706	20	2.0	20	90	9	66	12	0	7	80	0.90
27935666--27935706	21	2.1	19	86	9	55	12	0	7	80	0.90
27953088--27953136	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
27959510--27959558	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
27960041--27960152	27	4.1	27	81	4	136	35	10	25	27	1.89
27960041--27960222	54	3.3	54	80	4	186	36	10	23	29	1.89
27960040--27960222	27	6.7	27	76	5	134	36	10	23	28	1.89
27971588--27971632	22	2.0	23	86	4	65	62	2	0	35	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27973193--27973280	44	2.0	44	100	0	176	45	11	20	22	1.83
27974780--27974914	68	2.0	69	86	1	191	42	3	3	49	1.38
27975412--27975466	24	2.3	24	81	9	60	36	1	0	61	1.06
27975506--27975552	15	3.1	14	88	11	67	40	0	0	59	0.97
27975487--27975555	30	2.3	31	82	7	88	43	0	0	56	0.99
27980950--27981046	33	2.8	35	72	20	89	45	3	1	50	1.24
27981228--27981290	13	4.8	13	80	0	72	34	30	6	28	1.82
27983954--27983984	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
27985384--27985785	204	2.0	204	94	0	714	39	4	5	50	1.45
27985702--27985818	62	1.9	62	86	5	168	40	2	4	52	1.34
27990106--27990167	29	2.1	30	85	11	85	56	16	4	22	1.59
27994253--27994285	6	5.5	6	100	0	66	18	0	51	30	1.46
27995803--27995844	22	1.9	22	85	9	59	64	4	7	23	1.38
27997846--27997878	17	1.9	17	88	11	50	75	6	0	18	1.00
27998240--27998267	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
28022726--28022823	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
28022754--28022836	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
28022726--28022837	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
28024807--28025162	174	2.0	174	96	0	658	51	17	14	16	1.77
28033019--28033083	26	2.5	26	85	2	96	60	9	12	18	1.58
28037450--28037475	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
28042306--28042338	16	2.1	16	100	0	66	51	6	18	24	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28042898--28042938	5	8.0	5	88	2	55	17	0	2	80	0.82
28048267--28048346	41	2.0	41	100	0	160	20	22	12	45	1.84
28051567--28051612	7	6.0	7	90	9	56	30	0	17	52	1.45
28051574--28052067	9	57.4	9	77	11	477	34	0	18	46	1.54
28051896--28051920	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
28052049--28052087	20	2.0	19	85	5	51	30	0	12	56	1.37
28052171--28052204	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
28052241--28052314	22	3.4	22	73	3	78	36	2	16	44	1.62
28054330--28054372	13	3.2	13	80	6	50	39	44	0	16	1.48
28055037--28055465	114	3.8	113	85	4	583	27	24	22	24	2.00
28055438--28055880	114	3.9	113	82	4	494	27	25	22	23	1.99
28056050--28056120	26	2.7	27	82	2	81	39	8	4	47	1.53
28058562--28058680	41	2.9	41	87	0	148	31	26	22	19	1.98
28059835--28059862	14	2.0	14	100	0	56	42	21	0	35	1.53
28063203--28063264	24	2.6	24	90	7	92	40	16	20	22	1.91
28067174--28067206	14	2.2	16	89	10	52	63	12	6	18	1.48
28069293--28069360	30	2.3	30	94	5	120	27	45	4	22	1.71
28069446--28069540	28	3.5	28	79	17	110	31	43	4	21	1.71
28069660--28069711	27	1.9	27	92	7	88	15	0	40	44	1.46
28070092--28070221	23	5.5	23	67	22	74	34	4	2	58	1.31
28070106--28070312	25	8.2	25	71	12	86	34	6	3	55	1.42
28070176--28070232	14	3.9	13	75	22	51	33	3	0	63	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28070248--28070338	23	3.9	24	77	11	82	34	6	4	54	1.46
28070383--28070511	16	7.5	16	71	23	70	30	3	1	64	1.21
28070467--28070500	8	4.6	7	92	3	50	32	0	2	64	1.08
28070412--28070500	7	12.6	7	72	17	53	29	3	1	66	1.15
28080422--28080596	70	2.5	69	85	2	217	28	14	22	33	1.94
28080600--28080950	75	4.7	72	85	6	452	30	15	19	34	1.93
28080600--28080945	148	2.3	148	85	7	479	30	15	19	34	1.93
28081255--28081509	72	3.5	71	87	5	370	30	16	21	31	1.96
28081540--28081698	84	1.9	82	83	8	205	28	16	15	39	1.89
28081798--28082160	74	4.9	73	80	12	420	27	17	20	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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