genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  39  of  207  ( 24831 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11287405--11287443	20	2.0	20	85	10	53	53	7	7	30	1.57
11288432--11288466	16	2.2	16	90	10	54	37	20	5	37	1.76
11290200--11290242	18	2.4	18	92	0	77	53	0	11	34	1.37
11291087--11291168	39	2.1	39	95	0	146	20	19	8	51	1.73
11291749--11291856	44	2.5	44	90	3	173	28	25	15	29	1.96
11291816--11292489	132	5.1	132	91	1	1050	29	22	19	29	1.98
11299901--11299979	39	2.0	39	92	0	131	20	18	8	51	1.72
11300481--11300514	16	2.2	15	89	5	50	11	32	0	55	1.36
11301673--11301718	22	2.1	22	91	0	74	34	0	6	58	1.24
11307244--11307325	39	2.1	40	84	6	105	40	1	4	53	1.30
11308566--11308864	156	1.9	156	86	2	422	37	12	21	29	1.90
11310489--11310640	59	2.6	60	89	2	227	52	7	6	33	1.55
11310489--11310663	59	3.0	57	84	8	217	52	8	5	33	1.54
11314386--11314422	7	5.7	7	84	15	53	78	13	0	8	0.96
11314394--11314421	12	2.3	12	100	0	56	78	14	0	7	0.95
11314361--11314511	77	1.9	77	80	9	173	72	8	8	10	1.29
11316126--11316566	87	5.1	87	90	0	668	29	22	23	24	1.99
11316656--11316783	44	2.9	43	77	6	123	31	21	25	21	1.98
11318350--11318394	24	1.9	23	90	4	72	37	6	0	55	1.26
11321473--11321539	22	3.1	21	78	19	59	65	0	2	31	1.07
11323159--11323196	20	2.0	20	89	5	60	55	2	2	39	1.28
11326144--11326170	4	6.8	4	100	0	54	0	51	25	22	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11332233--11332278	23	1.9	23	82	8	56	43	13	10	32	1.78
11336115--11336146	9	3.7	9	91	8	57	12	0	0	87	0.54
11348503--11348546	19	2.3	19	88	0	61	40	13	2	43	1.57
11356530--11356569	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
11356538--11356604	34	1.9	35	84	3	91	32	10	11	44	1.75
11356553--11356592	20	2.0	20	85	0	53	30	12	10	47	1.74
11358121--11358146	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
11364164--11364205	8	5.2	8	77	11	50	14	2	2	80	0.90
11364164--11364212	17	3.0	16	82	11	64	14	4	2	79	0.97
11367737--11367802	25	2.7	23	73	13	62	39	1	0	59	1.07
11368276--11368394	60	2.0	60	89	0	184	34	0	12	52	1.45
11368734--11368781	23	2.1	23	84	0	60	18	0	18	62	1.33
11368593--11368977	101	3.7	103	88	6	523	28	0	15	56	1.45
11368593--11368988	207	1.9	203	85	6	548	28	0	14	56	1.44
11369001--11369043	18	2.4	18	92	0	68	25	2	6	65	1.30
11370311--11370572	132	2.0	132	97	0	497	29	13	17	39	1.88
11371178--11371255	32	2.4	33	89	2	113	15	44	14	25	1.84
11371453--11371830	77	4.9	78	89	3	543	25	8	11	54	1.63
11371658--11371793	44	3.3	44	62	21	105	25	9	11	52	1.68
11373324--11373861	106	5.1	106	90	1	814	33	17	17	31	1.93
11373339--11373861	211	2.5	211	92	0	848	33	18	16	31	1.93
11375272--11375311	19	2.2	18	86	4	53	2	2	17	77	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11375960--11376077	44	2.7	45	81	4	132	28	23	20	27	1.99
11376004--11376778	44	18.0	44	68	13	339	26	21	21	30	1.98
11376004--11376778	129	6.0	128	87	2	1095	26	21	21	30	1.98
11376005--11376639	85	7.4	85	69	12	278	26	21	21	30	1.98
11383169--11383213	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
11387765--11387809	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
11392113--11392144	15	2.1	15	94	0	55	53	15	15	15	1.74
11392686--11393224	106	5.1	106	91	0	846	32	17	17	32	1.94
11402926--11402964	17	2.3	17	95	0	69	46	2	0	51	1.14
11402961--11403177	76	2.8	74	68	11	168	50	2	5	41	1.38
11403184--11403220	17	2.2	17	90	0	56	56	0	2	40	1.13
11403193--11403324	70	2.0	65	85	7	174	50	2	5	42	1.37
11403239--11403289	25	2.0	25	85	7	68	47	3	1	47	1.32
11403473--11403513	19	2.2	19	86	0	55	51	2	0	46	1.14
11403417--11403556	71	2.0	71	88	1	210	45	3	2	48	1.34
11411552--11411578	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
11412629--11412666	19	2.0	19	94	0	67	34	5	2	57	1.35
11413181--11413232	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
11420776--11420827	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
11421435--11421477	23	1.9	23	90	4	70	37	0	2	60	1.10
11421739--11421764	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
11423542--11423691	73	2.0	73	83	5	185	52	13	13	20	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11425515--11425583	33	2.1	33	83	0	84	47	5	8	37	1.58
11426202--11426252	23	2.2	23	83	13	61	74	5	0	19	1.02
11426202--11426278	29	3.1	25	77	19	72	71	7	0	20	1.10
11427464--11427807	22	16.0	21	74	15	253	31	1	12	54	1.45
11427488--11427544	19	2.9	19	86	2	78	33	0	14	52	1.41
11427419--11427649	122	1.9	123	82	10	294	32	0	11	54	1.43
11427598--11427794	49	4.2	49	80	10	266	31	1	12	54	1.44
11427486--11427797	90	3.6	89	87	7	426	31	0	12	55	1.43
11427851--11427969	60	2.0	60	85	3	159	31	0	14	53	1.46
11428003--11428084	38	2.2	38	97	0	155	54	3	2	39	1.31
11428121--11428162	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
11433130--11433174	22	2.1	21	87	4	63	0	31	2	66	1.04
11433974--11434018	22	2.1	21	87	4	63	0	31	2	66	1.04
11432416--11434102	844	2.0	844	98	0	3293	33	20	10	34	1.88
11434084--11434159	27	2.8	27	84	4	91	21	36	23	18	1.95
11435034--11435076	19	2.2	19	87	4	59	48	9	34	6	1.62
11438569--11438661	36	2.7	35	88	9	138	34	6	26	32	1.82
11438698--11438812	21	5.7	20	70	7	79	53	10	11	24	1.67
11438982--11439146	41	4.0	41	83	9	151	55	10	12	21	1.66
11438983--11439146	20	8.0	21	76	9	117	56	10	12	20	1.66
11439024--11439146	41	3.0	41	88	5	176	57	11	11	19	1.63
11439338--11439455	47	2.6	47	79	4	116	40	20	7	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11439721--11439783	22	2.8	22	79	9	74	3	22	0	74	0.96
11439725--11439781	9	6.4	9	75	16	57	1	21	0	77	0.86
11439730--11439779	6	8.3	6	75	16	50	2	22	0	76	0.89
11439721--11439779	11	5.3	11	76	11	66	1	22	0	76	0.88
11442189--11442541	184	1.9	184	88	0	526	34	18	13	32	1.90
11454924--11454996	31	2.4	31	83	0	92	43	17	12	26	1.84
11456572--11456617	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
11464483--11464514	15	2.0	17	88	11	50	21	56	21	0	1.43
11464462--11464515	18	2.9	18	76	13	56	18	55	22	3	1.58
11468715--11468748	16	2.0	18	88	11	54	47	5	2	44	1.42
11482597--11482894	44	6.9	44	74	12	242	31	20	21	26	1.98
11484337--11484371	15	2.3	15	95	0	61	34	8	0	57	1.29
11484337--11484369	12	2.8	12	95	0	57	33	9	0	57	1.30
11484337--11484383	15	3.1	15	90	0	58	34	10	0	55	1.35
11497559--11497583	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
11500648--11500694	24	2.0	24	87	8	69	38	8	2	51	1.45
11513517--11513569	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
11514308--11514515	91	2.3	91	88	0	292	32	14	23	29	1.95
11514382--11514523	46	3.1	46	74	9	155	34	14	22	28	1.94
11518322--11518360	15	2.6	15	91	0	60	41	35	7	15	1.76
11526041--11526077	18	2.1	18	94	0	65	8	16	18	56	1.64
11531002--11531063	31	2.0	31	87	0	88	32	22	16	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11532134--11532174	19	2.2	19	90	0	64	51	0	24	24	1.49
11538208--11538247	12	3.3	12	82	0	53	20	25	5	50	1.68
11538496--11538688	50	3.7	50	83	4	224	23	28	21	26	1.99
11566295--11566327	9	3.5	10	88	12	52	75	6	0	18	1.00
11566294--11566360	19	3.5	19	80	11	75	68	5	0	25	1.12
11566295--11566356	10	6.4	9	80	9	61	72	4	0	22	1.03
11566397--11566517	9	12.4	10	70	19	71	56	1	3	38	1.26
11566401--11566512	30	3.7	31	78	11	108	58	1	3	35	1.26
11566401--11566510	21	5.4	21	71	16	63	58	1	3	36	1.26
11569556--11569670	28	3.9	29	76	10	90	23	11	21	43	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207