genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  91  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26802789--26802821	13	2.5	13	90	9	50	72	6	3	18	1.18
26805679--26805737	13	4.3	13	73	22	50	74	5	5	15	1.17
26805731--26805789	26	2.3	26	88	5	84	74	3	15	6	1.16
26806809--26806927	6	19.2	6	66	10	60	71	2	18	7	1.21
26806810--26806854	20	2.2	20	84	7	56	80	2	13	4	0.97
26806822--26806927	6	17.7	6	68	10	65	72	2	17	6	1.18
26806810--26806944	42	3.4	38	71	19	105	71	2	17	8	1.24
26806822--26806873	22	2.3	22	87	9	70	78	3	13	3	1.02
26806888--26806925	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
26806889--26806939	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
26806942--26807004	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
26810431--26810462	5	6.4	5	96	0	55	18	0	15	65	1.27
26811203--26811312	45	2.5	44	82	10	134	23	27	20	29	1.99
26810855--26811625	217	3.5	217	87	2	1062	28	22	19	29	1.98
26811203--26811540	44	7.7	46	71	13	173	28	24	19	28	1.98
26823472--26823504	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
26823512--26823550	13	3.2	12	86	13	53	74	7	2	15	1.15
26824984--26825015	5	6.4	5	92	0	55	18	3	18	59	1.51
26825410--26825435	8	3.2	8	100	0	52	42	11	0	46	1.40
26827633--26827657	7	3.6	7	100	0	50	12	12	28	48	1.76
26832397--26832443	24	2.0	24	86	0	67	34	4	12	48	1.61
26843226--26843278	25	2.1	25	92	0	88	52	16	1	28	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26847311--26847362	25	2.0	26	82	10	63	73	5	1	19	1.14
26850167--26850212	23	2.0	23	82	0	56	17	32	28	21	1.96
26850724--26850767	22	1.9	24	81	9	56	45	13	4	36	1.64
26857629--26857673	17	2.6	17	82	10	56	62	8	17	11	1.53
26866606--26866877	137	2.0	136	84	5	361	33	26	20	19	1.96
26874444--26874540	42	2.3	42	94	0	167	36	11	26	25	1.90
26880119--26880176	23	2.5	23	94	0	98	34	15	34	15	1.89
26888800--26888999	100	2.0	100	92	0	328	31	19	10	39	1.85
26900441--26900491	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
26902038--26902270	50	4.7	50	85	0	313	21	30	21	25	1.98
26904607--26904650	12	4.0	12	72	22	51	45	9	9	36	1.68
26904613--26904651	20	2.0	20	100	0	78	51	7	10	30	1.64
26904504--26904728	117	1.9	118	95	0	407	42	12	5	39	1.67
26905515--26905564	23	2.2	23	92	0	82	24	10	24	42	1.85
26906718--26906841	43	3.0	42	78	4	126	29	27	15	28	1.96
26906955--26907089	31	4.4	31	86	0	182	44	18	8	28	1.78
26909516--26909775	40	6.5	40	85	1	254	18	30	15	35	1.93
26909434--26909775	80	4.3	80	77	4	291	19	30	16	33	1.93
26909608--26909713	20	5.3	20	72	4	88	13	30	17	38	1.88
26909529--26909775	120	2.1	119	81	3	289	18	29	15	35	1.92
26925485--26925808	30	10.9	29	81	5	204	35	13	26	24	1.92
26925446--26925774	90	3.7	90	76	8	278	35	13	26	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26925645--26925717	29	2.5	30	93	2	121	39	12	31	16	1.85
26927581--26927773	41	4.7	42	84	3	223	32	13	30	23	1.93
26927581--26927773	83	2.4	81	82	1	224	32	13	30	23	1.93
26929172--26929383	105	2.0	105	91	1	345	25	7	22	44	1.78
26935389--26935557	50	3.2	53	80	8	179	28	20	26	24	1.99
26935492--26935620	50	2.6	50	80	6	129	30	21	22	25	1.99
26937474--26937553	25	3.3	25	63	10	67	30	30	5	35	1.79
26937499--26937620	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
26937471--26937922	47	9.6	47	93	1	696	27	29	9	33	1.88
26939370--26939489	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
26940757--26941073	40	7.9	40	91	0	445	26	27	21	24	1.99
26940770--26941191	40	10.6	41	86	3	350	25	27	22	24	2.00
26940770--26941111	80	4.3	80	86	1	436	25	28	21	24	1.99
26940757--26941111	120	3.0	120	85	1	462	25	28	21	24	1.99
26942657--26942776	43	2.8	41	81	8	125	26	26	15	30	1.96
26955030--26955094	22	3.0	22	79	0	76	18	27	16	36	1.93
26957382--26957618	40	5.9	39	79	5	233	20	28	15	35	1.93
26957376--26957621	80	3.1	80	81	1	296	21	27	15	35	1.94
26957380--26957603	120	1.9	120	84	3	308	20	27	15	36	1.93
26957600--26957645	19	2.3	20	85	7	67	26	30	13	30	1.93
26966918--26966960	20	2.2	20	82	0	50	60	2	0	37	1.10
26968107--26968136	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26969917--26969970	28	1.9	28	100	0	108	33	22	18	25	1.97
26970491--26970549	31	1.9	31	96	0	109	35	6	18	38	1.78
26976004--26976238	126	1.9	121	85	10	329	43	1	2	51	1.24
26983398--26983431	11	3.2	11	95	4	61	55	26	8	8	1.59
26986233--26986272	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
26987331--26987368	13	2.8	14	92	8	69	13	13	5	68	1.37
26987406--26987452	13	3.5	13	91	5	76	14	0	6	78	0.93
26987406--26987452	14	3.4	14	94	5	78	14	0	6	78	0.93
27008071--27008266	38	5.0	38	74	4	131	39	28	17	14	1.89
27009718--27009743	13	2.0	13	100	0	52	15	7	15	61	1.55
27010210--27010325	40	2.9	41	87	3	155	23	28	15	32	1.95
27010227--27010325	41	2.5	40	88	5	128	22	31	15	31	1.94
27018992--27019150	27	6.1	27	77	10	161	42	21	18	18	1.90
27019283--27019333	26	2.0	26	84	0	66	17	23	27	31	1.97
27019438--27019496	28	2.1	28	93	0	100	25	25	20	28	1.99
27019431--27019525	28	3.0	32	76	17	92	27	24	20	28	1.99
27026445--27026566	50	2.4	50	78	2	129	22	27	21	27	1.99
27028353--27028408	26	2.2	26	87	6	78	25	17	30	26	1.97
27033993--27034026	17	2.0	18	88	11	54	67	0	0	32	0.91
27040142--27040199	28	2.1	27	84	12	73	50	10	1	37	1.47
27040204--27040271	34	2.1	32	83	10	84	42	1	1	54	1.18
27041146--27041170	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27041254--27041283	15	2.0	15	93	0	51	13	10	6	70	1.34
27042922--27042971	20	2.7	19	80	20	61	42	2	6	50	1.38
27045437--27045513	29	2.7	29	82	8	93	37	10	24	27	1.88
27045495--27045659	29	5.6	29	85	2	222	36	12	29	21	1.89
27045473--27045664	88	2.2	88	85	1	251	35	11	30	22	1.90
27045495--27045659	59	2.8	59	94	2	280	36	12	29	21	1.89
27048507--27048557	20	2.6	19	87	9	75	31	15	13	39	1.87
27048971--27049020	14	3.3	15	83	13	59	40	0	0	60	0.97
27048979--27049047	17	4.1	17	75	18	65	43	0	1	55	1.08
27048978--27049054	34	2.4	32	84	6	102	44	0	1	54	1.08
27048978--27049068	15	5.7	15	69	18	51	43	0	2	53	1.12
27048978--27049054	15	4.7	16	72	24	54	44	0	1	54	1.08
27049127--27049186	25	2.4	23	71	15	57	55	0	1	43	1.10
27056737--27056787	24	2.1	25	88	3	77	52	0	5	41	1.25
27057261--27057298	14	2.8	13	92	7	67	47	5	10	36	1.61
27057536--27057711	35	5.1	35	79	2	185	21	22	14	40	1.90
27057537--27057713	34	5.1	34	79	2	192	21	23	14	40	1.90
27057537--27057689	69	2.2	69	95	0	270	21	21	16	39	1.92
27060530--27060574	20	2.1	22	88	12	67	13	8	6	71	1.31
27061545--27061575	15	2.1	15	100	0	62	25	12	6	54	1.62
27064707--27064849	70	2.0	70	100	0	286	27	13	19	38	1.90
27065956--27066068	12	9.8	12	67	18	53	40	2	4	52	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27068333--27068385	26	2.0	26	100	0	106	49	15	7	28	1.71
27075983--27076019	19	1.9	19	88	0	56	37	0	2	59	1.12
27078807--27078846	13	2.8	14	85	14	55	52	0	0	47	1.00
27078894--27078919	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
27078957--27079004	11	4.3	11	78	5	51	52	0	0	47	1.00
27084839--27084877	3	13.0	3	94	0	69	0	30	0	69	0.89
27088532--27088661	66	2.0	66	89	3	199	22	24	16	36	1.95
27098261--27098381	30	4.1	30	71	4	95	21	14	24	38	1.91
27104017--27104168	75	2.0	75	88	0	223	26	29	22	21	1.99
27106093--27106149	24	2.3	24	76	8	62	45	10	17	26	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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