genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  62  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17855465--17855510	21	2.2	20	85	14	58	43	4	4	47	1.42
17855506--17855614	18	5.7	19	69	11	62	28	0	8	62	1.30
17857345--17857434	26	3.6	26	73	13	89	15	26	18	38	1.91
17857451--17857501	24	2.1	24	85	7	68	19	25	17	37	1.94
17864492--17864937	223	2.0	222	92	0	739	39	6	19	34	1.78
17865429--17865485	26	2.2	26	81	6	62	15	22	26	35	1.94
17874145--17874209	25	2.7	24	79	9	69	18	26	16	38	1.92
17877140--17877301	43	3.8	42	78	8	148	28	29	19	23	1.98
17877203--17877317	42	2.7	42	79	11	117	30	27	16	25	1.97
17877245--17877341	44	2.2	44	85	7	126	23	29	17	28	1.97
17877764--17877807	21	2.1	21	86	0	61	9	47	11	31	1.71
17883269--17883904	9	74.4	9	65	18	211	36	2	17	43	1.62
17883299--17883364	25	2.6	25	90	0	96	36	0	16	46	1.47
17883302--17883869	16	34.5	16	64	19	99	36	2	17	44	1.61
17883317--17883698	41	8.9	41	73	18	133	36	2	17	43	1.63
17883358--17883770	25	16.4	24	68	20	163	37	2	16	43	1.62
17883487--17883790	41	6.8	45	76	16	228	38	2	16	43	1.61
17883666--17883902	25	9.4	25	77	12	119	36	1	18	43	1.58
17883718--17883902	25	7.5	25	78	8	137	35	1	19	43	1.61
17883782--17883927	49	2.9	51	82	10	153	34	1	21	42	1.62
17884596--17884665	21	3.3	21	66	15	63	58	7	5	28	1.48
17885055--17885125	19	3.9	18	87	8	101	45	18	5	30	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17886663--17886744	7	11.7	7	75	5	76	45	36	0	18	1.50
17886663--17886725	29	2.2	28	86	5	90	44	39	0	15	1.47
17887218--17887837	114	5.4	114	93	1	1003	25	21	19	34	1.96
17890729--17891217	166	2.9	166	93	0	816	28	17	16	37	1.92
17893341--17893382	21	2.0	21	90	4	68	40	14	4	40	1.67
17897774--17897820	24	2.0	24	82	0	58	44	0	10	44	1.38
17897853--17897911	24	2.6	23	83	5	66	52	0	1	45	1.10
17898140--17898165	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
17899133--17899218	45	1.9	45	90	0	136	54	1	2	41	1.20
17903668--17903905	67	3.6	67	80	5	248	23	21	18	35	1.96
17906117--17906152	18	2.0	18	100	0	72	22	50	0	27	1.50
17926841--17926887	22	2.0	24	88	8	71	68	0	19	12	1.21
17927529--17927557	13	2.1	14	93	6	51	13	3	0	82	0.79
17928329--17928374	12	3.6	12	78	16	56	34	0	0	65	0.93
17932289--17932345	29	2.0	29	83	13	73	50	1	7	40	1.40
17934798--17934836	20	1.9	21	89	5	62	53	2	0	43	1.14
17942041--17942068	5	5.6	5	100	0	56	21	57	0	21	1.41
17944750--17944785	18	2.0	18	100	0	72	50	11	0	38	1.38
17951988--17952034	24	2.0	24	83	8	60	38	0	0	61	0.96
17952001--17952036	19	2.0	18	89	10	56	38	0	0	61	0.96
17952959--17953013	21	2.7	20	88	8	83	32	5	12	49	1.64
17961990--17962029	13	2.9	14	81	7	55	70	2	0	27	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17961992--17962048	19	2.9	19	84	7	62	66	1	3	28	1.18
17962691--17962734	16	2.8	16	89	6	63	50	0	0	50	1.00
17963452--17963489	16	2.4	16	82	4	51	65	0	0	34	0.93
17966908--17966974	35	1.9	35	81	0	80	40	34	16	8	1.80
17970365--17970402	19	2.0	19	85	10	51	50	0	5	44	1.24
17971232--17971269	12	2.9	13	81	14	51	44	0	18	36	1.50
17990041--17990085	23	2.0	23	95	0	81	28	8	22	40	1.84
17991045--17991361	168	1.9	168	84	1	429	42	12	10	33	1.78
17995812--17995903	3	31.7	3	79	16	97	72	0	0	27	0.84
17995809--17995899	41	2.2	42	86	9	132	73	0	0	26	0.83
17996111--17996157	23	2.2	20	85	11	58	68	12	2	17	1.31
17996357--17996402	19	2.4	19	85	0	56	39	17	10	32	1.84
17996372--17996410	19	2.1	19	95	0	69	38	17	7	35	1.79
17996375--17996421	19	2.6	19	83	6	62	40	14	8	36	1.77
17996957--17997298	45	7.8	45	72	12	174	25	24	21	28	1.99
17996997--17997441	217	2.0	218	88	2	662	25	23	20	29	1.99
17997004--17997426	44	9.8	43	71	14	237	26	23	20	29	1.99
17997878--17998445	88	6.4	88	89	0	830	21	23	27	27	1.99
17997949--17998086	44	3.1	44	63	4	116	19	22	30	27	1.98
17998167--17998304	44	3.1	44	67	8	118	24	26	24	23	2.00
17998148--17998290	45	3.2	45	67	7	121	21	25	25	27	1.99
18004983--18005023	6	6.7	6	91	5	64	78	0	0	21	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18005442--18005491	23	2.3	23	82	6	59	42	12	8	38	1.71
18005478--18005569	19	4.8	19	91	0	157	38	15	8	38	1.78
18005478--18005569	38	2.4	38	98	0	175	38	15	8	38	1.78
18007910--18007934	11	2.3	11	100	0	50	28	16	0	56	1.41
18010919--18010978	30	2.0	30	100	0	120	23	20	23	33	1.97
18025377--18025436	20	3.0	20	90	0	84	35	31	13	20	1.91
18025378--18025449	20	3.7	19	85	5	65	37	34	11	16	1.84
18025450--18025847	27	15.1	27	81	6	386	43	22	15	18	1.87
18025515--18025812	101	2.9	101	79	8	293	44	22	14	18	1.86
18025651--18025792	74	1.9	74	81	2	169	44	24	12	18	1.84
18031665--18031740	27	2.8	26	86	4	98	48	18	17	15	1.81
18031673--18031791	63	1.9	62	84	5	159	47	21	15	15	1.82
18031700--18031778	36	2.2	36	88	6	117	49	21	12	16	1.79
18031744--18032076	81	4.1	80	83	5	359	41	19	17	21	1.90
18031744--18032075	27	12.4	26	81	8	321	41	19	17	21	1.90
18032298--18032352	26	2.1	26	93	0	92	20	20	23	36	1.95
18032462--18032570	28	3.9	28	85	4	148	26	23	22	26	2.00
18032457--18032581	56	2.2	56	88	2	180	26	22	21	29	1.99
18033015--18033064	22	2.3	22	83	10	59	40	4	14	42	1.64
18037598--18037634	7	5.3	7	100	0	74	0	29	29	40	1.57
18039174--18039213	18	2.2	18	100	0	80	15	10	30	45	1.78
18042096--18042395	165	1.8	166	83	5	401	42	12	13	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18067587--18067749	27	6.0	27	84	5	204	36	20	16	25	1.94
18073899--18073960	27	2.2	28	83	13	76	40	17	14	27	1.89
18074059--18074131	27	2.8	27	82	12	82	16	21	23	38	1.93
18077305--18077342	6	6.5	6	93	6	69	84	0	15	0	0.63
18100437--18100513	40	1.9	40	94	0	136	33	16	3	45	1.66
18102495--18102537	21	2.0	21	95	0	77	34	34	9	20	1.85
18102511--18102541	15	2.1	15	93	0	53	35	32	9	22	1.87
18103614--18103654	15	2.6	16	84	3	57	26	7	2	63	1.33
18106363--18106705	27	12.7	27	84	4	394	41	19	17	21	1.90
18108425--18108495	24	2.9	25	75	10	76	33	36	12	16	1.87
18111045--18111122	30	2.7	30	90	4	115	25	23	26	24	2.00
18111044--18111134	28	3.1	28	86	7	119	27	20	26	25	1.99
18111242--18111315	26	2.8	26	85	0	85	40	20	21	17	1.91
18111458--18111652	27	7.3	26	77	8	158	18	16	20	45	1.86
18111458--18111652	53	3.6	53	81	5	187	18	16	20	45	1.86
18114117--18114389	136	2.0	136	83	4	345	31	13	11	43	1.79
18114258--18114571	164	1.9	165	81	4	384	33	12	12	41	1.80
18120235--18120264	14	2.2	13	94	5	51	3	30	0	66	1.07
18120234--18120280	22	2.1	22	84	7	60	4	27	0	68	1.08
18121546--18121765	43	5.2	42	84	4	255	27	31	18	23	1.97
18121546--18121765	85	2.6	85	85	2	289	27	31	18	23	1.97
18121770--18121812	13	2.9	14	83	16	52	55	4	0	39	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18125266--18126205	148	6.3	149	94	1	1561	30	15	17	36	1.91
18126506--18126539	18	1.9	18	88	5	52	44	14	0	41	1.45
18126641--18126711	14	4.9	14	77	14	65	35	42	0	22	1.54
18126656--18126704	7	6.9	7	76	4	53	32	46	0	20	1.51
18126667--18126728	22	2.9	22	80	2	63	38	43	0	17	1.49
18126955--18127024	15	4.7	15	74	10	54	34	44	1	20	1.60
18126956--18127006	23	2.2	24	89	3	77	33	47	1	17	1.59
18127019--18127067	14	3.4	14	83	5	62	34	38	0	26	1.57
18127221--18127373	73	2.1	73	91	0	243	26	25	20	27	1.99
18127273--18127716	114	3.9	114	85	2	604	29	25	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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