genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13151643--13152047	133	3.1	129	73	9	385	27	19	24	28	1.99
13151810--13152407	216	2.7	215	86	4	810	27	18	26	27	1.98
13153905--13153964	23	2.6	22	75	17	68	43	1	1	53	1.20
13153946--13153995	21	2.4	22	74	16	52	34	6	4	56	1.43
13155258--13155677	9	50.2	9	72	17	291	47	19	1	31	1.57
13155265--13155304	12	3.3	12	85	0	53	50	17	0	32	1.47
13155357--13155677	16	20.0	16	73	17	203	46	19	1	33	1.58
13155326--13155677	25	14.2	24	83	5	302	47	19	1	32	1.58
13155353--13155677	50	6.7	50	82	10	381	46	19	1	33	1.58
13155230--13155677	34	13.4	34	72	17	228	48	18	1	31	1.56
13161203--13161253	21	2.4	21	90	0	75	33	15	47	3	1.64
13161163--13161328	87	1.9	87	88	0	251	40	18	28	13	1.88
13161688--13162040	43	8.3	43	86	2	435	28	19	26	26	1.99
13164224--13164250	6	4.5	6	100	0	54	66	33	0	0	0.92
13165774--13165817	23	2.0	22	95	4	79	54	2	6	36	1.40
13165912--13165992	37	2.2	37	82	10	94	53	1	8	37	1.40
13166514--13166602	22	4.0	23	88	4	78	39	14	6	39	1.73
13166544--13166628	22	4.0	22	92	4	140	32	16	9	41	1.80
13166587--13166638	19	2.9	17	81	10	59	32	15	11	40	1.83
13167399--13168039	44	14.8	44	88	6	927	30	26	17	25	1.97
13167491--13167560	34	2.1	34	94	0	122	28	28	21	21	1.99
13169506--13169538	14	2.3	15	89	5	50	24	33	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13173777--13173821	23	2.0	23	81	0	54	62	15	0	22	1.33
13174023--13174079	22	2.8	20	92	7	89	33	17	10	38	1.84
13174585--13174651	29	2.3	28	76	14	73	58	2	0	38	1.14
13174490--13174647	51	3.0	51	79	19	198	59	3	1	35	1.24
13178557--13178693	67	2.0	67	95	0	247	33	33	10	22	1.88
13194305--13194432	67	1.9	67	85	0	175	21	26	26	25	1.99
13199781--13199821	20	2.0	21	85	4	57	41	2	14	41	1.59
13200221--13200263	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
13200244--13200276	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
13200255--13200349	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
13200511--13200545	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13200469--13200541	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
13200430--13200701	144	1.9	147	94	3	487	46	3	2	47	1.34
13200655--13200689	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13200442--13200831	144	2.8	142	81	11	393	48	4	2	44	1.36
13200638--13200871	129	1.8	130	95	0	425	49	5	2	42	1.39
13200784--13200818	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
13200859--13200905	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
13200878--13200911	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
13200944--13201137	92	2.1	91	88	5	284	46	4	4	44	1.41
13202532--13202558	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
13204739--13204769	15	2.1	15	100	0	62	45	0	19	35	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13209013--13209089	28	2.6	30	83	6	104	15	32	0	51	1.44
13210637--13210678	17	2.5	17	75	17	52	50	0	19	30	1.48
13215199--13215264	30	2.1	32	83	10	84	15	43	1	39	1.55
13215742--13215779	19	2.0	19	94	0	67	31	7	26	34	1.85
13217174--13217328	84	1.8	84	83	8	208	22	18	28	30	1.97
13217159--13217328	43	4.0	43	80	10	188	22	17	28	31	1.97
13217489--13217520	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
13231746--13231807	25	2.5	26	89	5	92	38	22	20	17	1.93
13235900--13235947	5	9.4	5	80	13	53	39	14	20	25	1.91
13238723--13238749	14	1.9	14	100	0	54	59	14	0	25	1.36
13245466--13245503	18	2.1	18	100	0	76	42	5	21	31	1.75
13249512--13249554	16	2.8	17	80	20	58	60	2	6	30	1.35
13269625--13269697	19	3.8	19	87	0	110	39	8	12	39	1.73
13269615--13269706	38	2.5	36	86	6	130	41	8	11	38	1.73
13270179--13270219	13	3.3	13	80	10	50	24	2	0	73	0.96
13272540--13272602	30	2.1	30	94	5	110	22	3	17	57	1.54
13272724--13272754	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
13273385--13273427	21	2.0	22	86	13	63	44	0	0	55	0.99
13274983--13275037	27	2.0	27	96	0	101	36	10	16	36	1.84
13285814--13285907	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
13290314--13290407	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
13295577--13295644	21	3.3	19	78	15	64	45	2	1	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13295611--13295707	33	2.9	32	72	25	85	46	2	0	51	1.12
13295650--13295699	24	2.1	23	85	3	64	46	0	0	54	1.00
13295613--13295716	30	3.3	30	75	23	81	48	1	0	50	1.12
13295894--13295940	13	3.5	14	88	8	71	38	6	2	53	1.39
13295890--13295960	26	2.8	25	75	8	72	40	11	2	45	1.55
13307182--13307808	92	6.8	92	83	5	544	32	6	17	43	1.75
13307227--13307745	246	2.1	246	89	1	790	32	6	17	43	1.74
13307298--13307807	31	16.6	31	75	8	175	32	6	17	43	1.75
13307182--13307819	61	10.4	59	76	10	371	32	6	17	43	1.75
13311713--13311744	10	2.8	12	81	18	50	46	0	0	53	1.00
13312428--13312473	18	2.6	18	96	0	83	50	0	15	34	1.44
13313851--13314140	46	6.6	45	86	9	395	34	15	22	27	1.94
13313887--13313959	36	2.0	36	94	0	128	36	13	20	28	1.91
13319399--13319448	25	2.0	26	84	4	66	26	10	16	48	1.77
13319423--13320028	61	9.9	62	77	5	475	30	7	18	43	1.78
13319454--13320028	31	18.8	31	72	12	357	30	7	18	43	1.77
13319423--13319991	276	2.1	275	85	4	770	31	7	18	43	1.78
13319444--13319985	184	2.9	183	88	3	757	30	7	18	43	1.77
13319444--13319922	92	5.2	92	94	0	769	31	6	18	43	1.77
13332668--13332701	16	2.1	16	88	0	50	17	17	11	52	1.73
13334016--13334093	38	2.1	38	100	0	156	33	20	11	34	1.89
13338712--13338758	17	2.8	17	79	20	62	55	6	2	36	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13338980--13339039	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
13339252--13339297	9	5.1	9	81	0	56	34	13	8	43	1.74
13339252--13339297	18	2.6	18	89	0	65	34	13	8	43	1.74
13344740--13344773	16	2.1	16	100	0	68	44	11	14	29	1.81
13347255--13347295	22	2.0	22	85	9	59	73	0	26	0	0.84
13348107--13348136	10	3.0	10	95	0	51	40	6	0	53	1.27
13348585--13348624	21	1.9	21	84	0	53	20	32	12	35	1.90
13350018--13350192	72	2.4	73	83	6	239	54	13	6	26	1.62
13351926--13352024	44	2.2	45	92	7	168	11	29	2	57	1.44
13353678--13353725	25	1.9	25	82	0	60	50	22	22	4	1.67
13368925--13369058	45	3.0	45	84	0	187	21	14	25	38	1.92
13375464--13375527	26	2.4	29	77	15	75	59	3	1	35	1.23
13394199--13394795	47	12.4	47	90	4	825	32	9	29	29	1.88
13394201--13394744	145	3.7	144	93	2	860	32	8	28	30	1.87
13394914--13394992	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
13396752--13396847	48	2.0	48	89	0	147	43	21	14	19	1.87
13397058--13397111	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
13397043--13397111	36	1.9	36	96	0	129	46	14	13	26	1.81
13397043--13397103	17	3.5	17	72	16	61	47	13	13	26	1.79
13399363--13399457	48	2.0	48	93	0	163	44	23	14	17	1.86
13399661--13399724	17	3.6	17	74	15	67	46	14	12	26	1.79
13399662--13399732	36	2.0	36	94	0	124	46	14	12	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13401400--13401446	24	2.0	24	86	0	67	36	0	2	61	1.08
13406640--13406681	21	2.0	21	86	9	59	7	7	35	50	1.57
13410938--13411382	221	2.0	222	99	0	874	40	18	15	25	1.90
13418860--13418899	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
13420129--13420194	14	4.5	14	70	29	57	62	0	4	33	1.16
13420103--13420249	45	3.5	42	79	13	158	63	0	2	33	1.08
13420158--13420194	14	2.6	14	100	0	74	62	0	5	32	1.18
13420128--13420195	31	2.2	29	82	17	91	63	0	4	32	1.14
13420187--13420219	16	2.1	16	88	5	50	78	0	0	21	0.75
13423075--13423127	15	3.6	15	80	7	56	47	5	0	47	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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