genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  58  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17039696--17039737	7	6.1	7	77	5	50	40	0	47	11	1.40
17049307--17049349	23	2.0	22	90	9	70	67	4	6	20	1.33
17052351--17052389	12	3.3	11	83	16	51	10	5	15	69	1.34
17052993--17053323	42	7.9	41	78	8	335	32	20	20	26	1.97
17052997--17053371	85	4.4	84	84	6	479	31	21	20	27	1.98
17052995--17053319	169	1.9	168	89	3	510	32	20	20	26	1.97
17053039--17053387	42	8.2	43	75	13	172	30	21	19	27	1.98
17053819--17053886	21	3.2	21	91	0	109	4	44	17	33	1.69
17057195--17057253	29	2.0	29	100	0	118	27	10	18	44	1.82
17059485--17059524	16	2.5	16	88	8	55	30	0	17	52	1.45
17059504--17059574	25	2.8	25	78	16	76	32	2	21	43	1.67
17059475--17059597	41	3.0	41	83	7	133	30	2	19	47	1.63
17059541--17059606	25	2.6	25	90	4	98	27	3	19	50	1.63
17059529--17059619	16	5.6	16	76	14	71	29	2	21	46	1.64
17059541--17059619	25	3.2	25	87	0	86	29	2	20	48	1.63
17059609--17059659	20	2.5	20	87	0	75	33	3	11	50	1.57
17059648--17059724	40	1.9	40	97	0	145	28	5	19	46	1.71
17059873--17059958	33	2.6	34	80	9	97	53	2	1	43	1.21
17059914--17059957	22	2.1	23	80	20	60	56	2	0	40	1.11
17060864--17060918	30	1.9	29	82	10	69	58	9	3	29	1.46
17062718--17062779	15	4.3	15	70	15	58	41	38	0	19	1.51
17062943--17062994	7	7.4	7	80	8	61	28	48	1	21	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17062943--17062994	14	3.7	14	82	10	70	28	48	1	21	1.61
17062940--17063007	28	2.4	28	85	4	84	32	45	1	20	1.60
17063678--17063964	114	2.5	114	79	5	285	32	23	16	27	1.96
17064408--17064479	29	2.4	30	84	6	85	50	1	4	44	1.30
17067935--17068254	41	7.8	41	80	4	279	16	25	24	33	1.96
17067935--17068214	123	2.3	123	82	6	318	16	25	25	33	1.96
17068579--17068634	25	2.2	26	78	18	64	42	5	1	50	1.35
17068733--17068770	15	2.5	15	86	0	58	21	0	42	36	1.53
17069034--17069060	14	1.9	14	100	0	54	37	3	14	44	1.63
17070080--17070151	37	1.9	38	83	8	94	22	1	37	38	1.63
17070318--17070387	35	2.0	36	86	8	99	55	7	0	37	1.27
17073222--17073806	31	19.2	30	81	8	546	47	10	2	39	1.52
17073222--17073806	62	9.6	61	82	9	603	47	10	2	39	1.52
17073317--17073370	22	2.3	22	87	9	72	46	11	1	40	1.50
17073332--17073377	22	2.1	22	95	0	83	47	10	0	41	1.38
17073545--17073589	22	2.0	22	95	0	81	46	11	0	42	1.39
17073222--17073773	212	2.6	212	94	2	949	47	10	2	39	1.52
17073710--17073766	25	2.3	25	96	0	105	43	8	3	43	1.52
17073794--17073896	9	12.3	9	68	19	62	43	16	0	38	1.55
17073751--17073826	34	2.2	33	81	9	82	43	13	1	42	1.52
17073806--17073891	34	2.6	34	81	3	95	45	13	1	39	1.52
17073864--17073896	16	2.1	16	94	0	57	51	18	0	30	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17079322--17079488	66	2.5	65	83	4	210	41	19	25	13	1.88
17079464--17079576	21	5.4	21	85	0	100	38	16	39	4	1.69
17079950--17080136	43	4.4	42	78	10	184	28	18	27	25	1.98
17079950--17080136	85	2.2	85	80	8	202	28	18	27	25	1.98
17081140--17081173	17	2.0	17	88	11	52	41	0	0	58	0.98
17081351--17081393	19	2.2	20	84	12	54	53	0	4	41	1.21
17085883--17085937	22	2.4	23	84	6	76	65	12	1	20	1.35
17085872--17085931	28	2.1	28	81	0	66	70	11	1	16	1.25
17092563--17092588	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
17099845--17099891	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
17103263--17103317	10	5.7	10	72	23	55	50	1	0	47	1.11
17103351--17103445	47	2.0	47	100	0	190	30	16	18	33	1.94
17114629--17114661	17	1.9	17	88	11	50	3	18	0	78	0.87
17118229--17118463	124	1.9	123	91	1	389	30	15	22	31	1.95
17118464--17118924	23	19.1	23	81	11	532	28	0	22	49	1.52
17118467--17118941	74	6.5	74	80	10	562	28	0	21	48	1.54
17118464--17118936	120	3.9	121	88	7	699	28	0	22	49	1.52
17120745--17120786	22	1.9	22	90	0	66	71	4	0	23	1.05
17120766--17120799	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
17120994--17121035	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
17121007--17121065	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
17120985--17121087	52	2.0	51	85	9	138	35	0	32	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17121037--17121114	22	3.6	21	83	14	104	39	0	29	30	1.57
17123444--17123918	47	10.1	47	89	6	703	31	9	30	28	1.89
17123444--17123918	95	5.0	93	89	6	692	31	9	30	28	1.89
17124037--17124115	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
17125977--17126044	28	2.4	28	97	0	127	23	13	32	30	1.93
17126032--17126105	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
17126418--17126679	40	6.6	40	84	6	284	24	23	27	24	2.00
17126856--17126905	24	2.0	25	84	3	66	34	8	28	30	1.86
17130135--17130565	47	9.1	47	93	3	686	31	9	30	28	1.89
17130137--17130565	95	4.5	93	92	4	680	31	9	30	28	1.89
17130135--17130565	142	3.0	142	93	2	731	31	9	30	28	1.89
17130684--17130761	36	2.1	37	88	2	113	25	19	29	25	1.98
17133663--17133696	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
17133794--17133847	27	2.0	28	92	3	92	59	1	0	38	1.08
17133890--17133931	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
17133903--17133961	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
17133881--17133983	52	2.0	51	85	9	138	35	0	32	32	1.58
17133933--17134024	22	4.2	22	83	10	125	40	0	29	30	1.57
17133933--17134024	44	2.1	44	89	4	141	40	0	29	30	1.57
17135287--17135320	15	2.4	14	90	5	50	67	5	0	26	1.13
17135406--17135442	19	2.0	19	85	15	51	54	0	2	43	1.14
17135517--17135558	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17135530--17135588	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
17135560--17135651	22	4.2	22	87	0	139	40	0	29	30	1.57
17135508--17135651	52	2.9	51	77	18	135	36	0	30	32	1.58
17137187--17137220	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
17137416--17137457	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
17137429--17137516	30	3.0	29	93	5	149	34	0	35	30	1.58
17137489--17137557	22	3.2	21	91	6	111	39	0	28	31	1.57
17147814--17147892	25	3.1	25	74	3	68	3	22	2	70	1.15
17147814--17147886	21	3.3	21	77	17	76	4	23	2	69	1.18
17147907--17148006	5	20.0	5	100	0	200	60	0	0	40	0.97
17147988--17148070	40	2.1	40	86	4	116	43	3	2	50	1.32
17149847--17149924	21	3.7	21	79	6	86	30	35	15	17	1.91
17156021--17156065	20	2.2	20	84	7	56	64	4	0	31	1.13
17167974--17168238	42	6.5	42	79	8	289	30	18	20	30	1.96
17168021--17168241	75	2.8	78	85	6	277	31	17	19	31	1.95
17167999--17168212	117	1.8	117	87	0	320	29	18	19	33	1.95
17169186--17169245	4	15.0	4	96	0	111	48	25	1	25	1.61
17174500--17174554	21	2.6	21	85	0	83	25	9	36	29	1.87
17174500--17174561	21	3.0	21	82	0	79	27	9	33	29	1.88
17179892--17179964	25	2.7	28	75	16	82	60	1	4	34	1.24
17179978--17180008	15	2.1	15	93	0	53	64	9	0	25	1.24
17181612--17181786	94	1.9	94	95	0	314	31	21	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17181618--17181763	50	3.0	48	67	20	126	30	19	18	30	1.96
17181634--17181794	44	3.5	43	69	17	126	30	22	14	32	1.94
17181825--17181996	44	3.9	45	89	2	267	25	23	22	29	1.99
17181825--17181995	89	1.9	89	97	0	324	25	22	22	29	1.99
17182104--17182272	88	1.9	88	87	2	250	31	21	16	30	1.96
17182108--17182264	44	3.6	44	76	8	149	32	22	15	29	1.94
17182104--17182312	88	2.4	88	81	4	199	31	21	17	30	1.96
17182268--17182449	88	2.1	88	91	0	292	29	22	19	28	1.98
17182297--17182526	88	2.6	87	80	8	225	29	23	19	27	1.98
17182484--17182570	44	2.0	44	83	0	111	27	26	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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