genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21814754--21814793	7	6.0	7	94	5	66	70	0	15	15	1.18
21814758--21814795	6	6.0	6	93	6	58	68	0	15	15	1.22
21814754--21814795	13	3.2	13	87	12	68	66	0	16	16	1.25
21815989--21817016	87	11.8	87	94	0	1741	29	23	23	23	1.99
21817136--21817409	44	6.4	43	77	10	242	30	21	20	27	1.98
21817134--21817409	127	2.2	129	92	2	450	30	21	20	27	1.98
21817136--21817409	85	3.2	82	78	11	239	30	21	20	27	1.98
21821201--21821669	238	2.0	236	86	2	663	29	12	18	39	1.87
21831642--21831670	14	2.1	14	100	0	58	24	41	13	20	1.89
21833755--21833788	18	1.9	18	88	5	52	47	14	5	32	1.69
21838809--21838926	26	4.5	26	72	7	112	42	0	2	55	1.13
21838837--21838889	23	2.4	22	81	12	63	35	0	5	58	1.22
21838834--21838898	17	3.6	17	75	18	60	40	0	4	55	1.21
21838983--21839015	17	1.9	17	100	0	66	36	0	3	60	1.12
21838865--21839269	117	3.5	117	94	0	711	41	2	3	52	1.32
21839099--21839132	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
21839397--21839501	44	2.5	41	77	18	124	37	29	3	29	1.75
21839413--21839503	46	2.0	46	91	4	150	39	29	4	26	1.75
21839483--21839551	16	4.3	16	96	0	120	21	33	5	39	1.77
21842793--21842829	16	2.3	16	90	0	56	45	8	8	37	1.63
21848702--21848766	30	2.2	28	81	10	76	63	1	1	33	1.13
21848721--21848795	29	2.5	30	83	12	84	60	1	2	36	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21849377--21849415	18	2.2	17	86	4	51	25	2	0	71	0.98
21852764--21852807	11	4.0	11	100	0	88	72	9	0	18	1.10
21852848--21852887	16	2.6	16	96	4	73	62	5	12	20	1.48
21869134--21869197	17	3.8	17	71	17	53	39	0	3	57	1.14
21872111--21872154	18	2.6	17	82	10	54	40	22	9	27	1.84
21872718--21872748	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
21874344--21874424	42	1.9	42	82	9	103	45	2	2	49	1.28
21877204--21877237	18	1.9	17	94	5	59	44	0	2	52	1.16
21877355--21877404	14	3.7	13	80	17	57	38	0	2	60	1.09
21882475--21882563	25	3.6	24	79	13	74	31	22	26	19	1.97
21882444--21882563	50	2.4	50	81	5	127	31	20	27	20	1.97
21882497--21882574	24	3.2	24	82	8	95	32	19	30	17	1.95
21882561--21882624	25	2.6	25	82	0	83	42	20	20	17	1.90
21891976--21892023	25	1.9	25	86	0	69	35	20	25	18	1.95
21892031--21892092	25	2.5	25	83	0	88	38	16	25	19	1.92
21892076--21892154	27	3.1	26	77	12	83	35	20	26	17	1.95
21894964--21895040	40	1.9	41	84	7	104	45	7	2	44	1.46
21906613--21906664	25	2.1	25	92	7	88	25	26	9	38	1.86
21911314--21911398	32	2.6	33	77	5	93	44	18	10	25	1.82
21911391--21911430	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
21911379--21911445	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
21911414--21911453	14	2.9	14	84	0	53	42	15	7	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21912497--21912526	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
21914550--21914599	13	3.8	13	91	0	73	16	42	26	16	1.88
21914559--21914596	13	2.9	13	100	0	76	15	39	28	15	1.89
21915492--21915660	81	2.1	82	85	3	225	35	15	26	22	1.94
21915492--21915660	41	4.1	41	80	6	191	35	15	26	22	1.94
21919004--21919054	25	2.1	23	85	7	66	56	5	11	25	1.57
21924062--21924257	100	2.0	100	85	2	268	27	9	22	40	1.85
21924519--21924685	82	2.0	82	98	0	325	37	9	7	45	1.66
21934491--21934549	26	2.3	26	91	2	93	37	15	28	18	1.91
21938478--21938532	26	2.1	27	86	10	78	56	34	0	9	1.31
21938477--21938535	25	2.3	26	83	13	77	55	35	0	8	1.30
21944387--21944462	26	2.9	26	92	0	116	28	17	13	40	1.87
21944607--21944641	6	5.8	6	86	0	52	17	25	0	57	1.40
21944606--21944642	18	2.1	18	94	0	65	16	24	0	59	1.37
21958210--21958348	32	4.4	32	82	0	154	38	18	20	21	1.93
21958494--21958575	24	3.4	24	80	6	94	46	25	6	21	1.74
21958494--21958602	24	4.5	24	79	6	87	45	23	6	23	1.76
21958506--21958602	48	2.0	48	82	11	119	46	23	6	23	1.75
21958641--21958898	27	9.7	26	76	8	137	22	18	17	40	1.91
21958641--21958799	79	2.0	81	84	8	209	22	19	20	37	1.94
21958780--21959056	54	5.1	54	84	5	330	23	18	18	39	1.92
21958810--21959047	27	8.8	27	84	3	282	24	18	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21958770--21959056	27	10.6	27	79	8	273	23	18	18	39	1.92
21961759--21961789	4	7.8	4	92	0	53	74	0	3	22	0.96
21961914--21961945	14	2.2	15	94	5	57	78	0	0	21	0.76
21961912--21961946	5	7.0	5	87	12	54	77	0	0	22	0.78
21962126--21962150	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
21971619--21971708	28	3.2	28	63	20	69	7	28	7	55	1.56
21972040--21972077	17	2.2	17	100	0	76	10	13	10	65	1.47
21972797--21972872	23	3.5	22	76	16	70	18	7	23	50	1.73
21974068--21974195	25	5.3	25	78	14	160	50	5	7	36	1.55
21974061--21974195	48	2.8	48	100	0	270	50	5	7	36	1.55
21974061--21974178	23	5.0	23	78	13	132	50	6	8	33	1.59
21977806--21977974	47	3.6	45	72	17	141	47	2	2	46	1.32
21977732--21977940	92	2.3	92	87	1	294	46	3	3	45	1.37
21977863--21977900	19	2.0	19	89	0	58	57	0	0	42	0.98
21977863--21977904	16	2.4	18	84	11	52	54	0	0	45	0.99
21978090--21978144	25	2.2	26	81	12	71	43	1	0	54	1.10
21978285--21978372	45	2.0	44	82	6	106	36	22	5	35	1.78
21978307--21978454	45	3.5	45	64	17	125	31	25	8	35	1.85
21978351--21978385	16	2.2	16	94	0	61	28	31	0	40	1.57
21978314--21978476	82	2.0	82	97	0	308	31	25	9	33	1.87
21982745--21982932	94	2.0	94	98	0	367	35	11	18	34	1.87
21983555--21983586	15	2.1	15	94	0	55	50	0	12	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21984202--21984272	26	2.8	26	81	10	85	15	23	22	38	1.93
21984209--21984326	24	4.8	24	77	8	103	16	23	23	35	1.95
21984209--21984315	25	4.3	24	80	5	99	16	25	23	34	1.95
21984348--21984444	25	4.0	23	68	16	70	21	28	18	30	1.97
21988991--21989092	51	2.0	51	100	0	204	31	25	13	29	1.94
21989363--21989432	33	2.1	33	100	0	140	25	30	15	28	1.96
21996340--21996368	13	2.2	13	100	0	58	34	13	0	51	1.42
22001231--22001477	50	4.8	51	76	7	191	25	27	21	26	1.99
22003109--22003146	19	2.0	19	100	0	76	42	21	0	36	1.53
22008764--22008907	50	2.7	51	85	9	175	26	29	20	23	1.99
22025706--22025731	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
22025931--22025983	20	2.7	20	91	2	81	22	13	13	50	1.75
22030133--22030168	15	2.4	15	100	0	72	8	38	27	25	1.84
22033899--22033966	25	2.7	26	86	9	95	42	8	2	45	1.50
22034399--22034490	19	4.8	19	89	0	139	39	9	14	36	1.79
22035553--22035747	98	2.0	98	94	0	345	27	10	25	36	1.88
22037150--22037284	43	3.2	42	84	6	175	27	34	16	22	1.95
22037150--22037311	43	3.8	42	81	6	166	30	33	14	21	1.93
22038299--22038440	45	3.1	45	72	6	160	44	23	4	27	1.74
22038205--22038502	114	2.6	114	82	7	329	39	24	6	29	1.80
22038200--22038502	23	13.3	23	72	13	191	39	25	6	28	1.81
22038260--22038493	91	2.6	91	95	2	409	39	24	5	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22038838--22038921	39	2.1	39	84	4	105	50	7	13	29	1.68
22040943--22041855	146	6.1	147	79	15	981	26	17	13	42	1.86
22041406--22041470	32	2.0	32	100	0	130	15	27	21	35	1.94
22041284--22041607	169	1.9	171	94	1	571	24	20	14	41	1.89
22041438--22041988	137	4.0	138	85	9	781	26	17	12	42	1.85
22041730--22041980	126	2.0	125	95	0	448	28	17	11	42	1.84
22041448--22042015	272	2.0	272	89	5	852	27	17	12	42	1.85
22042306--22042354	7	6.9	7	76	4	53	32	46	0	20	1.51
22042316--22042356	15	2.8	15	88	3	57	36	46	0	17	1.48
22042592--22042640	23	2.3	20	80	13	53	36	36	0	26	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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