genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17609289--17609329	8	5.2	8	77	16	50	75	0	2	21	0.92
17609290--17609341	26	2.0	26	85	7	70	69	0	7	23	1.14
17612825--17612870	24	2.0	23	86	4	65	28	10	2	58	1.43
17612878--17612922	24	2.0	24	82	8	58	33	13	4	48	1.62
17613152--17613227	8	9.4	8	73	18	59	38	1	0	60	1.05
17613152--17613227	9	8.1	10	78	19	67	38	1	0	60	1.05
17613167--17613227	19	3.2	19	80	13	63	36	1	0	62	1.05
17613176--17613227	21	2.6	21	85	11	65	36	1	0	61	1.07
17613166--17613223	30	1.9	31	89	10	93	36	1	0	62	1.06
17613287--17613327	21	2.0	21	85	9	57	21	4	2	70	1.18
17617815--17617856	16	2.6	16	88	3	57	57	2	0	40	1.12
17617911--17617940	15	2.0	15	93	0	51	50	0	6	43	1.28
17622075--17622106	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
17622769--17622812	19	2.3	19	84	7	54	13	4	18	63	1.46
17626328--17626359	15	2.1	15	94	5	55	40	0	0	59	0.97
17626973--17627059	40	2.1	41	85	6	115	32	21	19	26	1.97
17629704--17629757	22	2.4	22	87	6	72	31	27	7	33	1.84
17629804--17629909	22	4.7	22	80	6	97	33	20	9	35	1.85
17629821--17629907	44	2.0	44	83	0	111	34	22	8	34	1.84
17629838--17630071	103	2.3	102	83	4	299	32	21	11	34	1.90
17629713--17630010	125	2.4	124	81	4	339	32	20	11	35	1.88
17629951--17630008	22	2.6	22	83	0	62	34	29	8	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17630213--17630349	29	4.7	29	87	0	211	33	26	13	26	1.94
17630213--17630350	58	2.4	58	97	0	267	34	26	13	26	1.93
17637232--17637285	22	2.3	23	75	12	58	29	11	5	53	1.59
17637984--17638047	13	4.9	13	83	7	85	40	26	7	25	1.82
17644090--17644148	27	2.1	28	81	9	68	25	3	6	64	1.34
17644212--17644240	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
17644564--17644609	23	2.0	23	100	0	92	30	4	8	56	1.49
17649391--17649460	19	3.7	19	81	9	72	52	7	0	40	1.29
17649391--17649448	20	3.1	19	85	5	73	51	8	0	39	1.33
17649379--17649449	20	3.5	20	75	9	65	54	8	0	36	1.31
17650652--17650942	144	2.0	144	97	1	548	40	15	14	29	1.87
17652748--17652772	6	4.2	6	100	0	50	16	0	32	52	1.44
17654856--17655040	49	3.8	49	74	4	158	29	15	28	27	1.96
17654856--17655045	98	1.9	98	80	4	222	28	14	28	27	1.95
17655290--17655434	48	3.0	48	88	2	211	35	3	20	40	1.69
17662713--17662748	15	2.3	16	90	4	56	50	0	2	47	1.15
17662713--17662754	13	2.9	14	86	10	50	45	0	2	52	1.13
17664349--17664412	23	3.2	19	75	16	58	64	3	1	31	1.19
17665526--17665887	113	3.2	112	78	7	408	32	16	22	28	1.96
17665702--17666342	188	3.3	188	75	12	646	33	16	21	28	1.95
17666185--17666422	75	3.2	75	83	5	356	28	15	23	31	1.95
17666846--17666897	26	2.0	26	84	0	68	23	1	44	30	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17666982--17667064	7	11.9	7	76	10	80	20	0	46	32	1.51
17667261--17667314	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
17667309--17667353	20	2.2	20	84	7	56	60	6	6	26	1.47
17667377--17667468	47	2.0	47	82	0	112	43	6	3	46	1.45
17667793--17668218	198	2.2	198	90	1	676	29	16	20	34	1.94
17669441--17669484	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
17669488--17669575	7	12.3	7	78	4	95	5	11	11	71	1.29
17669488--17669575	21	4.1	21	86	2	113	5	11	11	71	1.29
17669490--17669574	43	2.0	43	88	9	129	5	11	11	70	1.32
17670022--17670073	13	4.0	13	87	9	70	44	9	3	42	1.55
17670041--17670176	53	2.6	53	86	0	209	38	10	5	44	1.63
17670289--17670330	13	3.2	13	90	6	59	45	7	4	42	1.52
17670308--17670442	53	2.5	53	87	0	198	38	9	8	43	1.67
17670021--17670744	267	2.7	267	96	0	1358	39	9	5	44	1.62
17670556--17670607	13	4.0	13	87	9	70	44	9	3	42	1.55
17670575--17670710	53	2.6	53	89	0	218	38	11	5	44	1.64
17670855--17671105	9	28.8	9	70	13	159	45	19	3	31	1.67
17671014--17671113	25	4.0	25	76	7	103	46	17	3	34	1.63
17676645--17676684	12	3.3	12	96	0	71	40	17	40	2	1.63
17677152--17677378	42	5.3	42	85	2	267	25	21	19	33	1.97
17681114--17681232	57	2.1	57	82	4	141	28	20	5	46	1.71
17681345--17681393	22	2.2	22	96	0	89	30	18	6	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17683700--17683892	98	2.0	98	81	4	228	34	14	25	25	1.94
17683727--17683933	49	4.2	49	73	14	142	36	14	25	24	1.93
17683721--17683910	98	1.9	98	81	4	231	35	14	24	25	1.93
17683727--17683976	98	2.6	98	74	7	222	35	16	23	24	1.94
17685787--17686881	546	2.0	545	98	0	2136	40	12	12	34	1.80
17688997--17689076	26	3.2	26	73	19	80	43	22	20	13	1.86
17689008--17689088	23	3.4	23	84	5	99	41	22	20	14	1.89
17689125--17689215	26	3.5	26	79	7	96	36	19	21	21	1.95
17689272--17689400	64	2.0	64	89	0	195	36	24	20	19	1.95
17692859--17693107	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
17692858--17693107	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
17693202--17693233	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
17693445--17693502	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
17700450--17700698	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
17700449--17700698	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
17700793--17700824	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
17701036--17701093	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
17702367--17702458	21	4.4	21	68	16	66	39	0	10	50	1.38
17702381--17702456	21	3.7	21	75	10	93	40	0	10	48	1.38
17702383--17702460	41	1.9	41	97	0	147	39	0	10	50	1.37
17707012--17707057	23	1.9	25	86	8	69	41	6	0	52	1.27
17708359--17708392	15	2.3	15	94	0	59	55	11	0	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17713274--17713310	6	6.0	6	87	6	56	81	0	18	0	0.70
17717844--17717907	31	2.1	31	82	11	78	54	1	4	39	1.31
17717925--17717991	31	2.2	31	83	5	82	56	1	4	37	1.29
17719787--17720078	46	6.6	46	90	7	462	29	21	15	33	1.94
17719791--17720057	85	3.1	85	90	5	396	29	20	16	33	1.94
17719787--17720078	131	2.2	132	90	6	466	29	21	15	33	1.94
17725206--17725281	22	3.5	22	68	13	57	46	3	17	32	1.66
17727137--17727175	18	2.2	18	86	9	53	20	15	35	28	1.93
17728381--17728449	31	2.3	31	89	2	113	44	14	8	31	1.75
17730266--17730295	15	2.0	15	100	0	60	33	26	0	40	1.57
17733846--17733871	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
17767954--17767995	16	2.6	16	88	3	57	28	11	30	28	1.92
17770374--17770402	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
17772510--17772562	8	6.3	9	83	12	69	52	0	0	47	1.00
17783212--17783254	20	2.2	20	87	4	61	30	11	4	53	1.57
17784644--17784757	56	2.0	56	96	0	210	35	10	23	29	1.89
17787344--17787392	18	2.6	19	84	12	57	51	2	22	24	1.59
17787349--17787413	19	3.4	18	78	19	62	47	0	24	27	1.52
17788313--17788419	54	2.0	54	85	3	144	28	20	31	19	1.97
17790185--17790253	8	8.2	8	75	12	50	15	1	4	78	0.98
17801900--17802034	48	2.8	48	88	0	189	30	20	18	31	1.96
17808009--17808213	109	1.9	106	87	5	295	42	13	17	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17833147--17833474	136	2.4	133	76	8	308	44	14	6	33	1.72
17833670--17833728	31	1.9	31	92	0	100	52	6	15	25	1.67
17834915--17834961	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
17840265--17840306	18	2.3	18	80	8	50	59	0	2	38	1.10
17842487--17842524	17	2.2	18	85	4	51	63	0	2	34	1.09
17842473--17842772	24	12.8	24	67	13	142	55	5	6	34	1.46
17842563--17842755	70	2.8	68	76	8	174	54	5	6	33	1.47
17845153--17845201	22	2.2	22	96	0	89	26	4	30	38	1.75
17855149--17855194	20	2.3	20	88	3	67	52	2	2	43	1.25
17855275--17855325	22	2.3	22	86	0	84	37	0	3	58	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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