genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  184  of  207  ( 24831 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56239591--56239653	19	3.3	19	68	0	63	41	9	3	46	1.52
56241115--56241168	27	2.0	27	89	3	83	53	0	11	35	1.36
56242000--56242064	25	2.7	25	78	4	71	36	9	15	38	1.79
56243220--56243244	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
56247696--56247724	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
56251861--56251896	4	9.0	4	100	0	72	0	25	0	75	0.81
56259578--56259655	39	2.0	39	100	0	156	48	12	17	20	1.80
56260641--56260683	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
56270281--56270487	109	1.9	105	83	9	267	33	18	19	28	1.95
56272217--56272271	28	1.9	29	88	3	85	38	3	9	49	1.52
56272727--56272778	22	2.4	22	80	6	61	55	7	17	19	1.65
56276985--56277046	26	2.4	26	81	5	72	29	12	19	38	1.89
56277186--56277218	6	5.7	6	89	7	50	18	24	0	57	1.40
56277186--56277219	11	2.9	12	86	8	52	17	23	0	58	1.38
56277186--56277218	17	1.9	17	93	0	57	18	24	0	57	1.40
56281891--56281963	8	8.9	8	75	11	58	41	2	1	54	1.23
56281891--56281968	26	3.0	24	76	12	66	41	2	1	55	1.22
56281988--56282034	24	1.9	25	83	12	62	34	2	4	59	1.29
56289059--56289117	28	2.0	31	83	9	79	50	6	0	42	1.28
56292021--56292093	17	4.4	17	67	10	51	52	2	2	42	1.30
56295903--56295942	6	6.5	6	94	2	62	80	0	20	0	0.72
56301117--56301172	27	2.1	27	86	0	76	37	23	23	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56310899--56310944	24	2.0	22	84	16	58	69	4	10	15	1.32
56319325--56319406	39	2.1	39	97	0	155	34	2	8	54	1.44
56320650--56320815	10	18.2	9	65	25	57	47	2	2	47	1.28
56320620--56320917	91	3.3	91	95	0	524	47	3	3	46	1.33
56320934--56321230	59	4.9	58	69	13	183	43	1	4	49	1.33
56320933--56321230	120	2.5	120	96	0	533	43	1	4	49	1.33
56321006--56321193	61	3.1	61	71	14	208	43	1	5	49	1.34
56321067--56321123	16	3.6	16	75	13	55	42	0	1	56	1.10
56328104--56328162	31	1.9	31	82	6	75	55	8	15	20	1.65
56336297--56336332	7	5.1	7	93	0	63	44	0	11	44	1.39
56347393--56347641	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
56347392--56347641	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
56347736--56347767	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
56347979--56348036	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
56349885--56350133	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
56349884--56350133	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
56350228--56350259	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
56350471--56350528	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
56353777--56353834	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
56354046--56354077	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
56354172--56354413	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
56354172--56354421	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56361366--56361423	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
56361635--56361666	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
56361761--56362002	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
56361761--56362010	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
56363855--56363912	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
56364124--56364155	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
56364250--56364491	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
56364250--56364499	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
56372417--56372441	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
56373060--56373096	13	2.8	14	80	12	51	45	0	0	54	1.00
56376923--56376957	4	8.8	4	93	0	61	51	22	2	22	1.61
56377437--56377491	28	2.0	28	89	7	85	29	3	0	67	1.08
56377438--56377507	29	2.4	30	78	9	81	28	2	0	68	1.04
56384578--56384606	14	2.1	14	100	0	58	58	13	20	6	1.58
56387998--56388115	11	10.9	11	70	23	81	38	2	0	58	1.12
56387949--56388080	41	3.2	41	93	3	214	35	3	0	60	1.17
56388022--56388055	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
56388039--56388104	24	2.8	24	88	4	98	39	3	0	57	1.14
56389348--56389383	15	2.3	16	90	4	56	33	5	2	58	1.36
56392478--56392523	22	2.1	22	91	0	74	60	28	0	10	1.30
56392468--56392509	16	2.6	16	81	11	50	64	28	2	4	1.26
56393549--56393597	25	2.0	25	83	0	62	30	6	6	57	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56393641--56393708	25	2.6	27	69	9	68	38	4	2	54	1.36
56400782--56400812	16	1.9	16	93	0	53	41	3	6	48	1.45
56404141--56404188	16	3.0	16	81	0	60	22	12	22	41	1.88
56412163--56412338	41	4.3	41	94	0	307	27	18	28	24	1.98
56416300--56416324	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
56417412--56417529	42	2.8	42	85	5	148	24	19	27	27	1.99
56420769--56420816	25	1.9	25	86	0	69	43	22	8	25	1.81
56423047--56423091	23	2.0	23	82	8	56	51	4	8	35	1.54
56434049--56434141	41	2.2	41	77	5	98	56	0	5	37	1.22
56434245--56434288	21	2.0	21	82	8	52	45	9	2	43	1.48
56438409--56438504	48	2.0	48	89	0	147	35	4	19	40	1.71
56438552--56438584	16	2.1	16	94	0	57	39	6	33	21	1.78
56438564--56438653	45	2.0	44	89	6	137	33	4	27	34	1.77
56438799--56438840	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
56438808--56438849	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
56438834--56439021	61	3.1	60	69	17	190	49	5	1	43	1.36
56438939--56438986	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
56438918--56438969	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
56438895--56438978	43	1.9	43	83	7	107	54	2	1	41	1.21
56438802--56439094	120	2.4	121	94	1	500	50	4	2	42	1.38
56439091--56439253	44	3.7	43	70	16	125	49	4	1	44	1.29
56439065--56439249	26	6.4	28	69	21	96	49	4	1	44	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56439044--56439148	54	1.9	54	84	3	140	52	2	0	43	1.22
56439076--56439277	91	2.2	92	89	1	316	48	4	2	44	1.37
56439107--56439246	47	3.0	47	68	17	139	48	5	1	45	1.33
56445236--56445294	19	3.1	19	83	9	59	57	8	0	33	1.29
56445230--56445288	20	2.9	21	77	10	59	57	8	0	33	1.29
56445293--56445340	19	2.5	20	86	3	62	70	0	4	25	1.04
56459912--56460287	49	7.6	49	71	4	279	33	24	19	21	1.97
56459855--56460336	99	4.9	99	90	0	696	33	24	19	22	1.97
56466032--56466153	61	2.0	61	100	0	244	34	6	18	40	1.76
56467744--56467798	25	2.2	25	93	0	92	38	16	14	30	1.89
56471548--56471854	52	6.1	51	84	10	391	35	14	22	28	1.93
56471534--56471854	98	3.3	98	87	7	438	35	14	22	28	1.93
56471548--56471843	150	2.0	150	93	0	511	35	14	21	28	1.93
56471750--56471965	37	5.3	44	81	14	190	37	14	21	26	1.92
56471818--56471963	37	4.0	37	90	1	224	37	15	21	24	1.93
56473544--56473594	3	17.3	3	75	4	50	33	1	3	60	1.26
56475060--56475149	45	2.0	44	89	6	137	33	4	27	34	1.77
56475295--56475336	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
56475304--56475345	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
56475330--56475517	61	3.1	60	69	17	190	49	5	1	43	1.36
56475435--56475482	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
56475414--56475465	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56475391--56475474	43	1.9	43	83	7	107	54	2	1	41	1.21
56475298--56475590	120	2.4	121	94	1	500	50	4	2	42	1.38
56475587--56475749	44	3.7	43	70	16	125	49	4	1	44	1.29
56475561--56475745	26	6.4	28	69	21	96	49	4	1	44	1.31
56475540--56475644	54	1.9	54	84	3	140	52	2	0	43	1.22
56475572--56475773	91	2.2	92	89	1	316	48	4	2	44	1.37
56475603--56475742	47	3.0	47	68	17	139	48	5	1	45	1.33
56481750--56481808	19	3.1	19	83	9	59	57	8	0	33	1.29
56481749--56481793	20	2.2	20	80	7	56	62	4	0	33	1.15
56481807--56481854	20	2.5	20	86	3	62	70	0	4	25	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207