genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  67  of  207  ( 24831 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19391764--19391797	16	2.1	16	94	0	59	44	0	8	47	1.34
19391800--19391919	59	2.1	59	88	1	188	42	4	9	44	1.55
19391985--19392028	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
19397012--19397039	13	2.2	13	100	0	56	28	14	7	50	1.69
19396902--19397036	67	2.0	68	79	4	148	31	8	19	40	1.82
19397015--19397048	13	2.6	13	90	0	50	35	11	2	50	1.54
19405096--19405154	31	1.9	31	89	6	93	42	6	11	38	1.68
19405096--19405162	31	2.2	31	86	5	91	40	8	13	37	1.76
19406489--19406683	99	2.0	100	93	3	340	44	7	1	47	1.37
19408313--19408384	35	2.1	35	82	10	85	43	1	0	55	1.08
19408342--19408421	27	3.0	28	80	8	78	41	0	1	57	1.07
19408364--19408418	8	6.4	8	82	17	58	40	0	1	58	1.09
19408322--19408422	17	5.8	18	67	16	61	40	0	0	57	1.12
19425610--19425674	28	2.3	28	83	2	85	46	16	6	30	1.72
19426024--19426065	13	3.3	13	83	9	52	30	2	2	64	1.19
19426501--19426564	33	1.9	33	81	6	76	26	6	39	28	1.80
19426732--19426759	3	9.3	3	100	0	56	35	0	32	32	1.58
19432975--19433016	21	2.0	21	86	13	59	40	4	4	50	1.45
19434648--19434754	27	4.0	27	81	0	124	27	24	14	34	1.93
19435915--19436034	42	2.8	43	87	8	160	51	7	6	34	1.56
19445383--19445433	20	2.3	24	87	12	74	54	0	5	39	1.24
19445417--19445468	22	2.4	22	96	0	95	67	3	9	19	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19445534--19445585	22	2.4	22	80	6	61	50	1	7	40	1.42
19447750--19448192	131	3.4	131	87	0	600	26	23	19	30	1.98
19448455--19448512	24	2.4	24	97	0	107	29	24	12	34	1.91
19449320--19449418	43	2.3	42	84	3	126	26	24	14	35	1.93
19449495--19449555	6	10.7	6	80	7	56	1	13	1	83	0.79
19449494--19449547	11	5.0	11	79	18	60	1	16	0	81	0.78
19449495--19449547	16	3.2	16	84	5	70	1	15	0	83	0.74
19449495--19449554	11	5.4	11	76	7	50	1	13	1	83	0.80
19454237--19454291	20	2.6	23	86	11	73	52	0	5	41	1.24
19455263--19455300	5	7.8	5	82	5	51	78	2	2	15	0.97
19455263--19455289	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
19455969--19456000	16	2.0	16	100	0	64	56	6	12	25	1.59
19457547--19457594	25	1.9	25	86	0	69	27	8	29	35	1.86
19457652--19457696	13	3.7	13	77	17	60	48	6	0	44	1.29
19457654--19457703	23	2.2	23	96	0	91	52	8	0	40	1.31
19469939--19469978	21	1.9	21	89	0	62	40	0	20	40	1.52
19470438--19470611	74	2.4	75	78	8	171	19	23	20	36	1.95
19475454--19475500	3	15.7	3	100	0	94	68	0	31	0	0.90
19477639--19477697	22	2.6	22	78	2	64	61	15	10	13	1.57
19485397--19485442	20	2.4	19	89	7	67	26	15	10	47	1.78
19486246--19486295	27	2.0	26	84	11	68	56	0	14	30	1.39
19488733--19488828	31	3.1	31	93	3	165	45	13	10	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19494335--19494444	40	2.7	42	86	13	160	8	13	10	68	1.40
19494335--19494444	37	2.8	40	86	6	145	8	13	10	68	1.40
19494959--19495054	31	3.1	31	95	3	174	45	13	9	31	1.75
19501043--19501083	16	2.6	17	81	14	52	39	2	0	58	1.11
19503396--19503433	15	2.4	16	82	4	51	71	2	0	26	1.00
19508929--19509050	56	2.2	56	91	2	192	42	7	13	36	1.72
19509044--19509128	23	3.7	23	95	0	125	32	0	18	48	1.49
19509096--19509403	29	10.6	29	94	1	528	29	0	25	44	1.54
19511725--19511780	29	1.9	29	96	0	103	64	0	1	33	1.04
19511815--19511864	22	2.3	22	82	6	57	40	0	28	32	1.57
19511824--19511865	22	1.9	22	90	0	66	38	0	30	30	1.58
19511870--19511914	22	2.0	22	91	0	72	42	0	33	24	1.55
19517604--19517672	25	2.8	25	93	0	120	18	28	17	34	1.94
19525397--19525500	35	3.0	34	90	4	154	18	18	26	36	1.94
19527826--19527979	75	2.1	75	89	0	236	27	12	18	40	1.87
19528171--19528688	73	7.2	73	75	8	384	25	21	15	38	1.92
19528171--19528683	38	14.2	36	76	9	379	25	20	15	38	1.92
19530346--19530384	12	3.2	12	81	0	51	25	41	2	30	1.69
19538579--19538620	16	2.6	17	85	7	52	57	4	2	35	1.33
19539839--19539872	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
19542666--19542706	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
19544612--19544645	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19547143--19547173	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
19549176--19549215	20	2.0	20	100	0	80	35	5	10	50	1.58
19553356--19553399	21	2.1	21	87	8	63	50	0	6	43	1.29
19553389--19553452	3	21.3	3	96	0	119	65	0	1	32	1.02
19554987--19555046	6	9.8	6	83	1	57	56	0	21	21	1.42
19554987--19555046	12	4.9	12	85	2	66	56	0	21	21	1.42
19558403--19558458	27	2.1	27	89	0	85	30	7	14	48	1.70
19559177--19559227	25	1.9	26	84	11	68	25	5	3	64	1.33
19568337--19568554	42	5.2	42	82	3	230	27	22	18	30	1.98
19568391--19568549	84	1.9	83	90	1	255	29	20	18	31	1.96
19585544--19585583	21	1.9	21	100	0	80	40	20	5	35	1.74
19586394--19586582	51	3.7	50	82	6	238	30	28	16	24	1.97
19586396--19586580	101	1.8	101	92	3	318	30	27	17	24	1.97
19591687--19591736	18	2.7	19	81	6	57	42	10	12	36	1.76
19592549--19592573	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19594501--19594549	21	2.5	19	76	6	53	32	2	20	44	1.63
19594728--19594784	24	2.4	24	82	5	62	17	24	22	35	1.95
19594830--19594885	26	2.2	26	84	9	71	14	19	25	41	1.89
19594940--19594990	24	2.1	24	89	7	77	21	25	19	33	1.97
19604800--19604870	26	2.7	26	84	2	88	25	30	14	29	1.94
19609232--19609346	48	2.4	47	86	2	158	16	18	26	39	1.91
19609807--19609879	37	1.9	38	94	2	130	31	1	19	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19613765--19613907	27	5.3	27	88	2	191	19	18	19	42	1.89
19614827--19614866	18	2.2	19	86	8	57	70	5	25	0	1.08
19616572--19616612	21	2.0	21	90	0	64	60	0	2	36	1.10
19618998--19619037	18	2.2	19	86	8	57	70	0	25	5	1.08
19622967--19623034	25	2.8	25	90	2	111	32	25	22	20	1.98
19627936--19627965	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
19635018--19635090	35	2.1	35	86	0	101	42	10	12	34	1.78
19639325--19639356	5	6.4	5	100	0	64	81	0	0	18	0.70
19641189--19641255	31	2.2	31	83	0	80	59	1	2	35	1.22
19645961--19646080	51	2.4	50	81	5	136	28	20	5	45	1.72
19647546--19647614	23	3.1	22	78	12	61	47	26	14	11	1.78
19653278--19653342	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
19654354--19654409	19	2.9	20	78	7	62	53	3	5	37	1.41
19655278--19655342	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
19658487--19658571	9	8.1	10	70	23	59	1	11	9	77	1.04
19658474--19658543	33	2.2	32	92	2	113	0	12	11	75	1.04
19658475--19658554	19	4.4	19	69	24	66	1	12	11	75	1.12
19658783--19658813	4	8.0	4	92	7	55	74	0	0	25	0.82
19659115--19659179	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
19662316--19662390	18	4.4	18	74	16	79	0	13	12	74	1.07
19662314--19662387	32	2.3	32	88	9	107	0	13	12	74	1.08
19662316--19662390	9	8.8	9	76	5	59	0	13	12	74	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19662622--19662652	4	8.0	4	92	7	55	74	0	0	25	0.82
19662953--19663017	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
19664031--19664086	19	2.9	20	78	7	62	53	3	5	37	1.41
19669739--19669782	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
19669926--19670112	51	3.7	49	77	7	187	29	26	18	25	1.98
19669924--19670108	101	1.8	101	88	5	284	30	25	18	25	1.98
19672973--19673071	28	3.5	28	83	9	105	30	28	14	27	1.95
19681812--19682020	33	6.3	33	72	22	154	16	22	28	32	1.96
19681937--19682020	28	2.7	30	87	10	109	14	25	32	28	1.94
19681836--19682124	104	2.8	103	90	3	438	17	22	29	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207