genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  60  of  207  ( 24831 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17365078--17365105	10	2.8	10	100	0	56	0	0	10	89	0.49
17369893--17369940	18	2.5	19	77	16	55	66	2	4	27	1.21
17376124--17376179	22	2.5	23	82	2	69	51	1	3	42	1.29
17376155--17376194	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
17376205--17376433	59	3.9	59	98	0	431	40	5	9	45	1.58
17376500--17376544	24	1.9	23	90	4	72	62	2	0	35	1.08
17382694--17382744	14	3.5	14	75	19	59	41	1	3	52	1.31
17382695--17382759	30	2.2	30	97	2	123	40	3	3	53	1.32
17386348--17386372	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
17389733--17389768	17	2.1	17	100	0	72	66	0	16	16	1.25
17392209--17392253	23	1.9	24	90	4	74	60	2	0	37	1.09
17392467--17392520	28	2.0	28	88	3	83	42	9	5	42	1.60
17392636--17392711	10	7.1	11	72	19	63	0	31	0	68	0.90
17392639--17392710	18	3.8	18	77	12	72	0	30	0	69	0.89
17392640--17392710	14	5.2	14	74	16	60	0	29	0	70	0.88
17392608--17392711	32	3.2	32	72	20	90	0	33	0	66	0.92
17393709--17393742	16	2.0	17	88	11	52	50	0	0	50	1.00
17394660--17394710	22	2.3	22	96	0	93	27	31	0	41	1.56
17394755--17394819	29	2.2	31	88	5	98	36	0	0	63	0.95
17395899--17395923	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
17396575--17396609	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
17396868--17396923	24	2.3	24	84	0	76	46	30	19	3	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17397160--17397976	28	28.4	28	84	8	998	49	23	0	27	1.51
17397302--17397356	17	3.2	17	66	19	51	50	27	0	21	1.49
17397160--17397976	113	7.1	112	80	11	827	49	23	0	27	1.51
17397160--17397976	141	5.7	139	80	11	863	49	23	0	27	1.51
17397974--17398030	26	2.2	26	96	0	105	28	5	7	59	1.45
17398002--17398132	55	2.4	57	79	10	137	35	9	9	46	1.68
17408088--17408127	11	3.6	11	93	6	64	22	35	0	42	1.54
17408168--17408210	12	3.7	12	84	3	61	46	2	0	51	1.13
17409311--17409335	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
17410444--17410496	25	2.1	26	96	3	99	45	0	9	45	1.36
17410537--17411485	23	41.7	23	78	14	859	50	24	0	25	1.52
17410530--17411601	45	23.7	45	78	14	970	49	24	0	25	1.53
17410530--17411494	68	14.1	68	83	10	1120	49	24	0	25	1.53
17411176--17411259	30	3.1	29	72	25	92	50	28	1	20	1.56
17411477--17411508	7	4.6	7	100	0	64	46	40	0	12	1.42
17411491--17411569	23	3.5	23	85	1	88	45	32	0	21	1.52
17410588--17411592	113	9.0	105	75	16	496	49	25	0	24	1.53
17411504--17411600	23	4.1	23	83	2	113	48	24	0	26	1.51
17411595--17411838	116	2.1	116	93	1	409	38	9	6	45	1.63
17414850--17415197	124	2.8	123	88	1	498	32	22	16	29	1.95
17418308--17418355	24	2.0	24	91	0	78	33	6	8	52	1.57
17423446--17423472	9	3.0	9	100	0	54	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17424805--17424849	20	2.2	21	77	18	51	2	24	2	71	1.09
17434855--17434895	16	2.6	15	84	7	55	48	0	2	48	1.14
17442934--17442966	6	5.5	6	89	10	50	78	3	0	18	0.87
17447398--17447476	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
17447595--17447975	47	8.1	47	93	1	629	28	30	9	32	1.88
17453606--17453683	36	2.1	37	86	6	106	25	29	19	25	1.98
17453801--17454178	47	8.1	47	89	6	556	29	29	9	31	1.88
17453801--17454178	93	4.0	94	90	6	556	29	29	9	31	1.88
17457845--17458105	39	6.8	37	90	6	373	23	25	24	26	2.00
17457845--17458105	77	3.4	76	91	4	395	23	25	24	26	2.00
17457845--17458105	116	2.3	113	93	3	434	23	25	24	26	2.00
17457845--17458144	77	3.9	76	86	8	339	24	25	23	27	2.00
17457845--17458144	116	2.6	113	84	9	387	24	25	23	27	2.00
17458487--17458565	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
17458547--17458649	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
17460498--17460576	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
17460695--17461069	47	8.1	47	94	1	616	28	30	9	32	1.88
17460910--17460983	22	3.3	22	63	10	60	28	28	10	32	1.91
17465041--17465109	34	2.0	34	88	0	102	36	4	13	46	1.62
17465165--17465247	23	3.7	22	75	4	85	33	12	18	36	1.87
17467843--17467890	22	2.2	23	88	7	73	41	12	14	31	1.83
17467932--17468260	105	3.2	104	91	2	536	32	7	17	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17468649--17469115	72	6.5	72	77	4	429	24	21	21	31	1.98
17468828--17469085	36	7.2	36	74	5	198	22	20	24	32	1.98
17468657--17469031	146	2.6	144	81	5	400	23	21	22	33	1.98
17481262--17481308	24	2.0	24	83	8	60	65	2	27	4	1.22
17483274--17483368	49	1.9	49	93	0	163	25	22	21	31	1.98
17487245--17487422	98	1.8	98	98	0	347	46	14	3	35	1.63
17487916--17488005	43	2.1	44	85	2	119	41	11	17	30	1.84
17500912--17500959	25	2.0	25	83	4	62	52	2	2	43	1.24
17507359--17507388	15	2.0	15	100	0	60	40	0	26	33	1.57
17514604--17514634	16	1.9	16	93	0	53	45	0	29	25	1.54
17514719--17514778	30	2.0	31	86	3	86	40	1	38	20	1.62
17514992--17515028	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
17515082--17515112	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
17521247--17521281	18	1.9	18	94	0	61	14	31	28	25	1.95
17534838--17534929	27	3.4	27	83	8	125	36	17	13	32	1.88
17540982--17541046	33	2.0	33	90	0	103	44	4	16	33	1.69
17542115--17542262	27	5.5	27	86	1	199	31	17	15	35	1.91
17542538--17542614	34	2.3	33	89	6	120	25	24	24	24	2.00
17544011--17544049	19	2.1	19	85	4	53	30	7	7	53	1.57
17547377--17547442	24	2.9	22	80	8	87	22	19	16	40	1.91
17547424--17547509	45	1.9	44	80	2	100	30	19	16	33	1.94
17547598--17547632	18	1.9	18	88	0	52	28	22	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17550732--17550767	18	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
17550849--17550882	15	2.2	15	89	5	50	61	2	0	35	1.11
17552008--17552033	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
17553160--17553226	10	6.5	10	73	13	55	62	1	1	34	1.13
17553175--17553219	22	2.1	22	84	12	58	68	0	0	31	0.89
17559870--17560054	50	3.7	49	75	13	155	24	17	28	30	1.97
17559871--17560044	48	3.5	46	80	10	161	24	17	28	30	1.97
17566289--17566319	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
17575244--17575385	62	2.3	63	82	1	169	28	26	21	23	1.99
17576062--17576320	126	2.1	125	91	2	430	54	11	18	15	1.70
17578577--17578611	6	5.8	6	93	0	61	45	2	0	51	1.16
17580451--17580623	94	1.8	95	81	7	219	38	11	12	36	1.80
17580552--17580852	97	3.1	96	74	8	257	42	10	12	34	1.78
17582547--17582586	17	2.4	17	91	8	64	15	30	42	12	1.83
17583529--17583598	28	2.5	28	86	2	88	32	20	24	22	1.97
17583922--17584225	27	11.4	27	81	6	253	18	17	21	43	1.88
17583934--17584227	107	2.8	106	83	7	355	17	17	21	43	1.88
17583922--17584225	80	3.8	80	79	8	321	18	17	21	43	1.88
17586436--17586731	98	3.0	96	72	11	278	43	13	11	31	1.79
17586386--17586855	194	2.4	193	80	2	503	42	12	11	33	1.78
17588675--17588759	39	2.3	38	83	6	102	34	15	12	37	1.86
17588784--17588847	32	2.0	32	87	0	92	28	21	6	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17593279--17593342	32	2.0	32	87	0	92	25	25	6	43	1.77
17594380--17594414	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
17594913--17595269	97	3.7	97	71	5	245	45	10	11	32	1.74
17594849--17595158	97	3.2	97	70	5	250	44	11	11	32	1.76
17594832--17595273	195	2.3	193	81	5	505	45	10	10	32	1.74
17596806--17596843	17	2.2	17	95	0	67	52	13	0	34	1.40
17600031--17600079	3	16.0	3	91	4	80	65	2	0	32	1.04
17603107--17603163	28	2.0	28	100	0	114	49	7	14	29	1.69
17605779--17605882	52	2.0	52	98	0	199	41	13	16	28	1.86
17607442--17607507	32	2.0	33	91	5	107	62	7	15	15	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207