genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59226849--59227016	52	3.3	51	87	4	225	27	13	29	29	1.94
59233335--59233413	40	2.0	41	87	2	115	49	20	7	22	1.74
59240949--59241314	52	7.6	49	86	8	431	34	14	22	28	1.93
59240949--59241314	98	3.7	97	84	9	492	34	14	22	28	1.93
59241211--59241314	46	2.3	46	93	1	174	36	13	22	27	1.92
59241279--59241386	37	3.0	37	86	4	159	35	15	24	25	1.94
59243104--59243135	11	2.8	12	90	9	57	59	21	0	18	1.38
59249765--59249796	15	2.2	15	94	5	57	31	0	6	62	1.20
59249776--59249822	21	2.3	21	78	10	53	27	0	4	68	1.08
59249739--59249861	64	1.9	64	81	6	151	30	4	4	59	1.40
59249879--59249992	36	3.2	36	69	16	103	59	6	3	30	1.38
59249978--59250036	22	2.7	23	79	7	61	66	1	0	32	1.02
59249928--59250129	91	2.2	92	85	5	282	62	4	2	29	1.29
59250000--59250047	19	2.3	21	79	10	55	70	0	2	27	0.98
59250074--59250099	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
59250069--59250117	21	2.4	21	74	19	50	67	0	0	32	0.91
59252862--59252916	27	2.1	26	83	10	67	60	0	0	40	0.97
59253009--59253058	24	2.0	26	88	7	77	36	6	4	54	1.44
59253676--59253746	27	2.6	27	76	10	72	53	2	4	39	1.35
59263307--59263614	37	7.6	45	86	9	270	27	21	14	36	1.93
59263393--59263578	37	5.0	37	94	0	300	26	20	14	38	1.91
59270339--59270378	7	6.0	7	94	5	66	70	0	15	15	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59270343--59270378	6	5.7	6	90	9	54	72	0	13	13	1.13
59270339--59270378	13	3.1	13	89	10	64	70	0	15	15	1.18
59271601--59272155	90	6.3	90	74	7	517	31	18	21	29	1.96
59271749--59272023	85	3.2	85	70	10	268	31	16	22	30	1.95
59271657--59272113	175	2.6	175	93	0	797	31	17	21	29	1.96
59271601--59272575	44	22.1	46	67	14	366	31	18	20	29	1.96
59271993--59272249	136	1.9	136	95	0	469	30	17	20	31	1.96
59271818--59272419	311	1.9	308	93	1	1042	30	17	20	30	1.96
59272129--59272548	172	2.4	174	90	3	657	30	18	20	30	1.96
59271659--59272564	486	1.9	484	91	1	1449	31	17	20	29	1.96
59272602--59273040	50	8.8	49	69	5	259	30	25	21	23	1.99
59272593--59273060	100	4.7	100	88	1	598	30	25	21	22	1.98
59273627--59273664	17	2.1	18	85	9	51	73	5	21	0	1.02
59274759--59274820	27	2.3	26	88	2	88	30	4	1	62	1.25
59291214--59291291	37	2.1	36	81	9	86	44	3	0	51	1.19
59300522--59301275	384	2.0	383	86	6	1080	37	17	16	29	1.91
59303970--59304095	62	2.0	63	89	1	191	30	13	15	39	1.86
59304785--59304819	17	2.1	17	100	0	70	17	17	11	54	1.71
59307760--59307802	21	2.0	21	100	0	86	41	18	18	20	1.90
59311708--59311767	18	3.2	19	71	7	59	65	6	5	23	1.37
59319387--59319416	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
59320558--59320587	7	4.1	7	91	8	51	16	0	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59330176--59330409	109	2.2	109	87	3	332	34	11	13	41	1.79
59337316--59337341	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
59342019--59342077	30	2.0	30	81	15	70	40	1	13	44	1.54
59342886--59342939	22	2.4	22	76	11	56	29	24	5	40	1.77
59342944--59342981	19	2.0	19	100	0	76	57	5	0	36	1.21
59343076--59343145	30	2.3	30	90	0	113	57	5	10	27	1.54
59344181--59344305	42	3.1	40	78	4	126	20	28	20	30	1.98
59344192--59344303	39	2.7	42	79	4	122	21	28	22	27	1.99
59344604--59344650	22	2.1	22	100	0	94	40	23	8	27	1.83
59346448--59346646	36	5.6	36	73	9	131	19	18	22	39	1.92
59347219--59347508	153	1.9	153	90	0	463	25	30	14	29	1.95
59347370--59347638	132	2.1	129	88	2	394	25	30	13	30	1.94
59359587--59359622	18	1.9	19	88	5	56	36	11	2	50	1.53
59361700--59361748	22	2.2	22	92	0	80	63	8	16	12	1.51
59373007--59373087	25	3.2	26	89	8	123	66	0	2	30	1.05
59372987--59373055	19	3.6	19	70	16	61	62	0	2	34	1.10
59380625--59380674	12	4.2	12	89	0	64	40	2	10	48	1.48
59380626--59380671	18	2.6	18	89	0	65	39	2	10	47	1.51
59380625--59380659	6	5.8	6	100	0	70	34	0	14	51	1.42
59384364--59384401	17	2.2	17	95	0	67	42	26	18	13	1.87
59389625--59389658	17	1.9	18	88	5	52	23	2	8	64	1.36
59390983--59391018	19	1.9	18	88	5	54	52	13	16	16	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59397997--59398040	18	2.3	19	84	7	54	45	6	2	45	1.42
59399044--59399086	22	2.0	22	86	9	61	34	0	0	65	0.93
59406427--59406467	14	2.9	14	85	3	55	85	2	4	7	0.81
59409328--59409360	16	2.0	17	88	5	50	42	12	3	42	1.57
59410551--59410597	15	3.2	15	77	14	53	14	6	10	68	1.38
59413403--59413458	23	2.4	23	82	5	69	33	10	1	53	1.46
59413868--59413929	17	3.4	18	76	14	65	54	1	1	41	1.19
59413890--59413931	20	2.1	20	91	8	68	61	0	0	38	0.96
59414329--59414373	19	2.4	19	79	13	58	35	0	0	64	0.94
59414330--59414370	18	2.3	18	87	8	57	36	0	0	63	0.95
59419438--59420544	549	2.0	549	99	0	2205	38	9	14	37	1.79
59421753--59421796	9	4.7	9	84	15	54	68	0	0	31	0.90
59421754--59421845	19	4.8	18	70	15	60	64	0	5	30	1.16
59422794--59422836	10	4.1	10	77	11	50	34	0	2	62	1.08
59433606--59435075	366	4.0	365	89	2	2216	30	25	16	26	1.97
59435063--59435440	127	3.0	127	96	0	688	38	20	10	30	1.86
59436646--59436682	13	2.6	15	83	8	51	35	0	5	59	1.20
59436811--59436860	22	2.4	20	80	6	55	42	2	18	38	1.61
59446492--59446540	9	5.3	9	82	2	53	71	0	16	12	1.14
59447289--59447329	14	2.7	15	82	17	50	43	0	19	36	1.51
59447599--59447632	17	2.1	16	89	10	52	44	0	20	35	1.52
59450971--59451128	43	3.7	42	79	10	160	31	27	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59463949--59464009	31	2.0	31	87	6	88	39	13	1	45	1.53
59463951--59464023	31	2.4	31	79	9	78	36	15	2	45	1.60
59466767--59466800	2	17.0	2	87	0	50	55	0	44	0	0.99
59466767--59466800	10	3.4	10	95	0	59	55	0	44	0	0.99
59468721--59468782	30	2.1	30	96	0	115	27	27	12	32	1.93
59470417--59470478	30	2.1	30	93	0	106	35	14	24	25	1.93
59470752--59470794	20	2.2	20	83	4	52	65	2	0	32	1.06
59473192--59473298	58	1.9	58	81	10	136	35	3	1	58	1.26
59473974--59474024	20	2.7	18	72	24	50	66	3	0	29	1.09
59474648--59474679	2	16.0	2	93	0	55	53	0	46	0	1.00
59479868--59479905	18	2.1	18	85	9	51	65	7	15	10	1.45
59480969--59481012	23	1.9	23	90	0	70	36	15	0	47	1.46
59481033--59481057	10	2.5	10	100	0	50	12	16	0	72	1.13
59481051--59481107	4	14.8	4	80	7	64	22	3	1	71	1.10
59481237--59481553	110	2.9	110	87	2	435	29	17	18	34	1.94
59485638--59485677	8	4.9	8	90	6	62	87	2	2	7	0.71
59485638--59485679	17	2.5	17	92	0	66	85	2	2	9	0.77
59486549--59486582	16	2.2	15	89	5	50	82	0	11	5	0.83
59487768--59488056	46	6.3	46	87	0	389	27	14	27	30	1.95
59487769--59488056	92	3.1	92	89	0	432	27	14	27	30	1.95
59488146--59488753	44	13.8	44	65	15	209	30	18	25	26	1.98
59488045--59488879	132	6.3	132	95	0	1472	30	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59490703--59490759	4	14.8	4	80	7	64	22	3	1	71	1.10
59490890--59491206	110	2.9	110	87	2	426	29	17	18	34	1.94
59491847--59493020	298	3.9	295	80	7	1117	39	9	14	36	1.78
59494107--59494140	18	1.9	18	88	5	52	35	0	5	58	1.22
59501523--59501550	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
59513805--59513922	45	2.6	45	81	4	132	30	18	22	27	1.98
59513788--59514185	180	2.2	181	85	2	559	34	16	18	30	1.93
59516071--59516467	26	15.8	25	70	16	191	29	6	4	59	1.41
59516279--59516467	50	3.9	48	80	10	183	28	6	3	61	1.36
59516359--59516429	23	3.1	23	71	15	65	29	5	1	63	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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