genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  65  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18786014--18786039	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
18786054--18786093	11	3.6	11	93	6	64	50	2	0	47	1.14
18785997--18786124	49	2.6	49	85	11	165	38	2	0	59	1.10
18798032--18798064	3	11.0	3	93	0	57	33	3	0	63	1.10
18798032--18798068	9	4.1	9	96	0	56	32	5	0	62	1.18
18798459--18798531	37	1.9	39	81	13	91	60	13	12	13	1.60
18799447--18799491	20	2.2	20	88	0	63	57	4	0	37	1.19
18804853--18804891	20	1.9	21	84	5	53	74	2	0	23	0.94
18808684--18808727	16	2.8	16	83	10	54	22	0	15	61	1.34
18808691--18808728	17	2.3	17	90	4	60	18	0	18	63	1.32
18818015--18818058	21	2.1	21	91	0	70	22	6	31	38	1.81
18829586--18829746	65	2.5	66	86	1	216	21	25	27	25	1.99
18829586--18829787	66	3.1	66	82	3	176	21	24	27	26	1.99
18830117--18830218	51	2.0	51	94	0	177	29	14	17	38	1.90
18842893--18843076	66	2.8	66	88	1	262	21	27	26	25	1.99
18853943--18853991	13	3.8	13	78	7	55	63	6	0	30	1.19
18856021--18856095	37	2.0	37	97	0	141	49	17	10	22	1.77
18857588--18857633	4	11.5	4	100	0	92	23	0	0	76	0.79
18868407--18868582	95	1.9	95	87	4	266	38	12	18	30	1.88
18872088--18872112	13	1.9	13	100	0	50	40	4	24	32	1.73
18872050--18872115	26	2.5	26	82	0	69	43	1	22	31	1.62
18881690--18881729	15	2.8	14	85	7	62	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18881697--18881739	22	2.0	22	90	9	70	34	0	0	65	0.93
18881690--18881736	8	6.2	8	78	11	55	29	0	0	70	0.88
18884507--18884546	12	2.9	15	75	21	50	25	5	5	65	1.34
18884942--18884984	2	22.0	2	85	4	61	46	4	0	48	1.22
18884880--18884956	36	2.1	36	81	9	86	38	12	0	48	1.42
18885398--18885437	19	2.1	19	95	0	71	75	7	0	17	1.03
18887357--18887391	17	2.1	17	88	0	52	34	11	0	54	1.37
18888706--18888776	36	1.9	37	85	5	99	67	12	9	9	1.42
18888706--18888791	36	2.4	36	82	5	93	67	11	11	9	1.42
18892359--18892423	33	2.0	32	82	5	78	49	0	1	49	1.10
18893976--18894004	13	2.2	13	100	0	58	37	6	17	37	1.76
18898679--18898712	18	1.9	17	88	5	50	44	8	8	38	1.67
18899477--18899582	40	2.7	40	84	5	128	34	19	23	21	1.96
18899629--18899995	41	9.0	41	81	7	410	21	19	29	29	1.97
18900240--18900279	20	2.0	20	90	5	62	20	0	30	50	1.49
18900182--18900280	14	7.0	14	70	15	51	20	1	34	44	1.58
18900526--18900579	14	3.8	15	80	11	69	29	0	31	38	1.57
18900529--18900593	21	3.0	22	73	13	64	29	0	33	36	1.58
18910927--18910973	22	2.1	22	84	7	60	40	0	6	53	1.27
18912210--18912234	6	4.2	6	100	0	50	36	0	0	64	0.94
18913601--18913720	57	2.1	57	81	9	138	52	15	6	25	1.67
18918883--18918907	13	1.9	13	100	0	50	20	0	32	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18937603--18937892	46	6.6	45	83	9	359	35	14	21	29	1.92
18944700--18944775	29	2.7	29	79	2	91	57	2	6	32	1.38
18948236--18948279	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
18948378--18948476	23	4.3	23	89	0	153	33	25	18	23	1.97
18948922--18948980	30	2.0	30	82	0	73	28	25	3	42	1.71
18952500--18952603	41	2.5	41	93	3	174	27	21	28	22	1.99
18954720--18954760	3	13.7	3	100	0	82	0	34	0	65	0.93
18960081--18960111	15	2.1	15	100	0	62	45	19	0	35	1.51
18966356--18966410	16	3.5	15	72	18	58	50	10	1	36	1.48
18970301--18970378	38	2.0	39	95	2	140	30	1	7	60	1.33
18971500--18971537	12	2.8	13	88	11	51	52	0	2	44	1.14
18975095--18975184	36	2.5	36	83	3	110	28	21	18	31	1.97
18975127--18975328	76	2.6	75	81	3	233	25	19	21	33	1.97
18983723--18983777	28	2.0	28	92	0	92	58	1	10	29	1.43
18995116--18995167	27	1.9	27	88	7	79	17	7	28	46	1.75
18996158--18996226	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
18996158--18996226	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
18996207--18996297	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
18996349--18996665	157	2.0	157	94	1	555	43	3	5	47	1.41
18996599--18996640	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
18996608--18996649	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
18996602--18996894	120	2.4	121	94	2	502	50	4	3	41	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18996728--18996769	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
19000429--19000457	6	4.8	6	100	0	58	31	0	68	0	0.89
19001075--19001117	23	1.9	23	90	4	70	32	2	2	62	1.20
19001076--19001125	22	2.2	23	82	10	59	36	4	2	58	1.29
19001835--19001892	21	2.8	21	89	0	80	39	8	22	29	1.84
19002286--19002325	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
19002274--19002339	34	1.9	34	87	6	98	46	12	7	33	1.69
19005610--19005673	27	2.4	26	80	17	69	57	3	4	34	1.35
19007110--19007552	44	10.1	44	88	0	607	27	23	21	28	1.99
19007602--19007815	44	4.9	41	68	20	121	22	26	26	24	2.00
19007578--19007815	87	2.7	87	83	5	311	24	25	25	24	2.00
19007596--19007831	43	5.4	43	71	12	149	23	27	24	24	2.00
19007548--19007815	88	3.1	88	84	4	328	24	24	24	26	2.00
19007596--19007861	87	3.0	86	82	7	241	22	27	24	24	2.00
19009110--19009146	19	1.9	20	88	5	58	13	13	0	72	1.11
19015192--19015251	28	2.1	29	87	9	88	65	1	3	30	1.19
19015192--19015262	28	2.5	28	78	17	76	63	1	4	30	1.22
19017561--19017590	12	2.4	13	94	5	53	33	0	6	60	1.23
19017810--19017844	15	2.3	15	100	0	70	22	5	5	65	1.36
19017865--19017932	34	2.0	34	100	0	136	50	17	5	26	1.69
19023016--19023118	23	4.5	23	75	1	100	23	18	25	33	1.97
19023016--19023118	46	2.3	46	86	1	145	23	18	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19024295--19024483	49	3.9	49	92	0	288	25	13	27	32	1.94
19029458--19029507	25	2.0	25	85	14	68	58	6	0	36	1.23
19034098--19034126	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
19036899--19036954	24	2.3	25	78	9	62	33	7	17	41	1.77
19037184--19037226	21	2.1	21	83	12	54	44	25	4	25	1.73
19041952--19042001	25	2.0	25	85	14	68	36	0	6	58	1.23
19048166--19048222	24	2.3	24	82	8	71	40	26	5	28	1.77
19053148--19053207	23	2.6	23	87	10	79	41	16	15	26	1.88
19053131--19053557	210	2.0	211	94	0	757	43	19	13	24	1.86
19053233--19053549	23	13.6	22	69	20	112	44	18	12	23	1.85
19053131--19053557	70	6.1	70	89	2	651	43	19	13	24	1.86
19054311--19054408	28	3.5	27	84	5	124	29	27	12	30	1.93
19057130--19057192	29	2.2	29	82	5	74	31	28	15	23	1.96
19065394--19065442	23	2.1	23	100	0	98	55	8	4	32	1.48
19070940--19070969	2	15.0	2	92	0	51	0	46	3	50	1.18
19071945--19072131	59	3.0	60	78	19	227	46	10	3	39	1.55
19072808--19072847	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
19076812--19076925	40	2.9	40	85	2	151	35	25	22	16	1.95
19077385--19077421	14	2.6	14	95	0	65	27	0	27	45	1.54
19083235--19083530	43	6.7	43	77	6	218	25	16	28	29	1.97
19083260--19083506	135	1.8	134	82	6	320	24	17	29	28	1.97
19086107--19086247	18	8.3	16	71	22	92	41	9	13	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19086124--19086202	17	4.6	16	74	21	63	40	11	13	34	1.81
19086106--19086252	35	4.3	34	75	10	113	42	9	12	34	1.76
19086106--19086248	34	4.2	32	74	15	110	41	9	13	35	1.77
19086106--19086248	16	8.4	17	72	16	71	41	9	13	35	1.77
19086571--19086603	12	2.7	13	90	9	52	72	0	0	27	0.85
19086721--19086761	11	3.6	11	83	6	55	0	17	0	82	0.66
19087029--19087086	4	14.0	4	76	20	57	0	31	1	67	1.01
19087032--19087086	17	3.3	16	82	14	58	0	32	1	65	1.03
19087568--19087711	30	4.9	29	79	5	128	40	4	20	34	1.72
19089147--19089189	19	2.3	19	83	0	50	34	0	11	53	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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