genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  96  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28474139--28474174	13	2.8	13	91	8	56	47	5	8	38	1.57
28475265--28475354	25	3.6	25	89	3	119	18	30	22	28	1.97
28495527--28495654	64	2.0	64	98	0	247	46	16	20	16	1.84
28500560--28500598	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
28504380--28504448	29	2.4	29	85	7	95	30	27	15	26	1.96
28507178--28507217	20	2.0	20	90	0	62	25	0	15	60	1.35
28514358--28514394	2	18.5	2	94	0	65	0	45	2	51	1.15
28518469--28518499	13	2.4	13	94	0	53	29	22	3	45	1.68
28524026--28524098	25	3.0	25	85	2	103	42	19	21	16	1.89
28525739--28525776	16	2.4	16	90	0	67	26	26	15	31	1.96
28525799--28525868	23	3.1	22	71	20	72	21	12	18	47	1.82
28528176--28528337	69	2.4	67	80	10	161	32	20	26	20	1.97
28528346--28528401	27	2.1	27	83	12	71	37	16	25	21	1.93
28533547--28533588	20	2.1	20	86	8	59	64	11	21	2	1.38
28541367--28541411	15	2.9	16	86	6	65	44	0	22	33	1.53
28541645--28541669	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
28554484--28554522	19	2.0	21	90	10	64	33	0	0	66	0.92
28558660--28558700	15	2.7	15	92	0	73	24	7	43	24	1.79
28561974--28562016	22	2.0	22	85	0	59	39	16	9	34	1.80
28565424--28565452	13	2.1	14	93	6	51	10	6	13	68	1.37
28573131--28573219	46	1.9	46	100	0	178	39	13	16	30	1.87
28582687--28582745	31	1.9	31	96	0	100	27	27	3	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28587124--28587247	62	2.0	62	100	0	248	32	20	19	27	1.97
28589732--28589807	40	1.9	40	83	2	100	36	23	31	7	1.84
28589753--28589851	20	4.9	20	88	0	126	38	21	33	7	1.80
28589855--28589919	21	3.1	21	90	0	103	35	33	12	18	1.88
28592225--28592260	18	2.0	18	100	0	72	38	11	22	27	1.88
28600708--28600873	86	1.9	86	97	0	314	29	16	15	37	1.90
28603752--28603814	20	3.2	20	79	2	74	12	19	25	42	1.86
28614250--28614382	29	4.6	29	73	3	106	24	30	10	35	1.89
28614256--28614382	59	2.2	58	84	1	155	23	29	10	36	1.88
28627878--28627905	13	2.2	13	100	0	56	35	0	17	46	1.49
28628153--28628223	29	2.4	29	85	4	88	33	7	12	46	1.69
28628153--28628233	31	2.7	30	84	5	92	33	6	12	48	1.66
28643087--28643129	19	2.2	20	80	12	54	32	16	0	51	1.45
28652275--28652330	15	3.6	16	76	7	62	30	21	5	42	1.75
28655007--28655062	27	2.0	28	86	3	78	39	23	8	28	1.85
28656624--28656660	16	2.2	17	90	9	58	54	0	2	43	1.14
28663058--28663091	13	2.6	13	86	13	52	44	0	0	55	0.99
28664761--28664810	25	2.1	24	85	7	66	44	6	8	42	1.58
28664819--28664876	8	7.6	8	75	24	54	36	0	0	63	0.94
28664827--28664881	20	3.0	19	84	12	62	36	0	0	63	0.95
28664827--28664863	11	3.5	11	89	10	60	37	0	0	62	0.96
28664854--28664897	13	2.9	16	83	12	58	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28664819--28664893	29	2.6	29	80	17	77	37	0	0	62	0.95
28665043--28665081	21	1.9	21	94	5	71	30	28	10	30	1.90
28667599--28667623	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
28672305--28673231	307	3.0	308	89	3	1429	48	16	13	21	1.80
28689207--28689237	16	1.9	16	93	0	53	19	12	6	61	1.53
28689989--28690018	16	1.9	15	93	6	51	60	6	13	20	1.55
28690522--28690553	16	1.9	17	93	6	57	18	15	6	59	1.57
28691823--28691852	16	1.9	15	93	6	51	20	13	6	60	1.55
28692342--28692371	16	1.9	15	93	6	51	60	6	13	20	1.55
28692595--28692650	27	2.1	27	89	0	85	12	28	19	39	1.88
28692600--28692658	27	2.2	27	87	0	82	11	28	16	42	1.84
28694280--28694335	27	2.1	27	93	0	94	12	25	21	41	1.88
28694284--28694343	27	2.2	27	87	0	84	11	26	18	43	1.84
28699310--28699357	22	2.3	22	85	7	64	72	6	6	14	1.24
28700570--28700609	16	2.3	18	83	12	57	57	0	0	42	0.98
28700639--28700676	20	1.9	20	88	0	58	55	0	13	31	1.38
28700631--28700803	56	3.2	55	74	15	169	52	4	8	35	1.51
28700741--28700787	20	2.3	20	85	0	67	55	0	8	36	1.31
28700651--28700816	52	3.1	52	69	16	142	51	3	9	34	1.52
28700778--28700820	16	2.5	17	81	7	52	53	4	6	34	1.49
28700631--28700847	104	2.0	107	90	3	341	53	4	7	34	1.49
28701408--28701499	19	4.8	19	86	0	139	38	13	8	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28701408--28701499	38	2.4	38	98	0	175	38	13	8	40	1.75
28701893--28702635	44	16.8	44	63	9	159	28	23	18	29	1.98
28701822--28702718	132	6.8	132	92	1	1458	28	23	18	29	1.98
28701860--28702718	398	2.2	396	94	0	1502	28	23	18	29	1.98
28706490--28706535	24	1.9	24	86	0	65	13	26	15	45	1.82
28708770--28708807	20	1.9	20	88	0	58	55	0	13	31	1.38
28708765--28708924	54	3.2	48	70	16	151	52	3	8	35	1.50
28708782--28708943	52	3.1	51	71	16	161	52	3	9	35	1.49
28708762--28708974	104	2.0	104	94	0	372	53	3	7	34	1.47
28708868--28708915	20	2.4	20	85	0	69	54	0	8	37	1.31
28708905--28708947	16	2.5	17	81	7	52	53	2	6	37	1.41
28709535--28709592	19	3.0	19	76	2	71	39	10	6	43	1.66
28710381--28710414	17	2.0	17	88	0	50	64	8	0	26	1.22
28710451--28710502	22	2.4	21	78	18	54	17	3	5	73	1.19
28710476--28710529	24	2.3	23	75	15	56	18	5	5	70	1.27
28715010--28715085	40	1.9	40	86	5	109	10	36	25	27	1.89
28727674--28727712	17	2.3	17	95	0	69	33	15	10	41	1.81
28728946--28729010	20	3.2	20	80	4	69	61	4	1	32	1.26
28734972--28735045	24	2.9	26	80	9	73	39	0	0	60	0.97
28734990--28735047	26	2.2	27	80	20	70	37	0	0	62	0.96
28735596--28735655	9	6.2	10	77	12	63	65	5	3	26	1.29
28735592--28735666	29	2.6	27	84	12	87	62	4	4	29	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28735596--28735649	20	2.8	19	86	5	72	64	5	3	25	1.32
28735604--28736029	9	44.7	9	69	19	122	58	3	2	35	1.28
28735604--28735687	28	2.9	27	81	10	71	65	3	4	26	1.29
28735605--28735710	10	10.8	10	75	9	67	64	2	3	29	1.25
28735605--28736038	19	22.6	19	66	19	97	58	3	2	35	1.28
28735752--28735805	29	1.9	29	88	7	85	61	3	0	35	1.14
28735887--28736037	10	15.1	10	69	19	57	58	2	1	36	1.23
28735889--28736002	22	5.7	19	71	22	60	58	2	1	36	1.22
28735892--28736029	50	2.7	51	72	12	124	57	2	2	36	1.25
28736730--28736788	28	2.2	25	82	14	66	28	0	5	66	1.13
28736719--28736814	27	3.6	26	69	14	70	31	1	3	64	1.16
28736997--28737068	37	1.9	37	91	0	117	36	11	12	40	1.79
28743860--28743968	33	3.3	33	85	5	150	40	0	17	41	1.56
28744052--28744316	124	2.1	125	86	3	374	36	15	17	30	1.91
28747788--28747830	18	2.4	18	88	0	59	39	9	30	20	1.84
28750209--28750424	51	4.3	51	80	4	222	24	16	27	31	1.97
28750208--28750429	101	2.2	101	81	2	257	24	16	27	30	1.97
28756209--28756263	10	5.6	10	79	14	53	34	1	3	60	1.25
28757778--28757962	83	2.2	87	82	3	225	27	22	25	24	2.00
28758661--28758752	21	4.5	21	76	8	73	41	20	23	14	1.89
28758673--28758757	21	4.0	21	76	0	80	43	18	23	14	1.87
28762833--28762866	16	2.1	16	100	0	68	35	23	11	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28766381--28766467	42	2.1	42	88	0	129	45	18	20	14	1.84
28766350--28766463	21	5.4	21	76	4	95	43	18	22	14	1.87
28769198--28769319	57	2.1	59	87	3	176	26	21	7	45	1.78
28772349--28772383	18	1.9	18	88	0	52	14	28	42	14	1.84
28772396--28772471	33	2.3	34	88	2	118	18	22	31	27	1.97
28773757--28773844	25	3.5	25	78	9	81	37	13	17	31	1.88
28778343--28778417	11	6.7	11	69	22	50	40	1	2	56	1.22
28778429--28778544	62	1.9	59	91	5	187	40	4	3	51	1.38
28779353--28779538	41	4.6	40	94	1	291	22	29	22	26	1.99
28779353--28779568	82	2.6	81	82	9	276	24	28	20	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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