genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8924942--8925098	80	2.0	80	100	0	314	45	24	3	26	1.70
8926450--8926559	34	2.9	39	81	15	149	32	9	9	49	1.66
8928627--8928717	4	22.5	4	95	2	155	25	0	27	47	1.52
8929671--8929724	22	2.5	21	75	6	54	50	0	3	46	1.19
8929716--8929758	6	7.2	6	100	0	86	32	0	0	67	0.91
8938148--8938191	17	2.7	17	83	16	58	40	11	2	45	1.53
8947846--8947921	23	3.3	23	87	7	118	30	25	23	21	1.99
8960172--8960207	13	2.8	13	95	0	63	19	8	27	44	1.79
8968300--8968342	21	2.1	20	83	12	52	53	0	6	39	1.28
8970399--8970472	21	3.5	21	75	12	71	41	17	21	18	1.90
8970421--8970486	21	3.1	21	80	0	69	45	16	19	18	1.86
8970558--8970605	24	2.0	24	91	0	78	22	25	8	43	1.81
8973205--8973394	51	3.7	51	83	5	233	32	26	16	24	1.96
8973310--8973393	26	3.3	25	67	21	66	34	25	11	28	1.91
8973201--8973392	102	1.9	102	88	4	289	32	27	15	25	1.96
8976074--8976220	51	3.0	50	84	6	189	31	19	13	35	1.91
8976116--8976229	44	2.6	44	85	2	140	30	18	13	37	1.89
8979609--8979694	9	9.6	9	71	9	59	43	36	18	2	1.63
8979608--8979649	15	2.8	15	85	0	57	42	33	16	7	1.75
8979609--8979698	6	15.0	6	82	0	72	43	35	18	2	1.63
9000441--9000501	11	5.5	11	86	5	70	22	29	0	47	1.52
9000520--9000561	22	1.9	22	85	0	57	33	0	2	64	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9000542--9000573	12	2.7	12	100	0	64	28	0	0	71	0.86
9002320--9002357	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
9002782--9002951	49	3.5	49	95	0	304	44	2	8	44	1.49
9005782--9005992	106	2.0	105	92	0	350	31	18	12	37	1.88
9005887--9006141	125	2.0	125	92	0	420	30	20	16	33	1.94
9006836--9006876	16	2.5	17	76	15	50	51	0	2	46	1.14
9023386--9023440	18	3.1	18	92	5	85	30	1	67	0	1.01
9023386--9023440	6	9.2	6	78	7	58	30	1	67	0	1.01
9024272--9024306	17	1.9	19	88	11	56	28	5	0	65	1.15
9024912--9024966	21	2.6	21	91	0	92	21	9	40	29	1.84
9032480--9032572	21	4.8	19	87	8	111	38	9	15	36	1.80
9032481--9032556	21	3.7	21	94	3	129	39	10	13	36	1.79
9033012--9033055	3	14.3	3	81	13	54	34	0	0	65	0.93
9032996--9033055	15	4.2	15	71	16	56	31	0	1	66	1.01
9037920--9037963	4	11.2	4	86	13	65	70	2	0	27	0.99
9042507--9042552	21	2.1	23	84	8	60	39	4	13	43	1.63
9042707--9042745	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
9042968--9043011	3	14.3	3	81	13	54	34	0	0	65	0.93
9042952--9043011	15	4.2	15	71	16	56	31	0	1	66	1.01
9046466--9046500	18	1.9	18	94	0	61	60	2	2	34	1.26
9046426--9046501	9	8.0	9	73	15	55	60	1	2	35	1.19
9046499--9046524	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9048401--9048550	33	4.6	32	69	8	113	32	16	24	26	1.96
9048398--9048526	66	2.0	66	81	6	154	33	17	24	24	1.96
9048402--9048621	98	2.2	99	87	4	336	31	15	25	27	1.96
9048696--9048734	19	2.1	19	100	0	78	43	0	15	41	1.46
9051943--9052145	41	5.0	41	85	5	250	33	28	18	19	1.95
9052793--9052827	17	2.1	16	89	5	52	31	17	5	45	1.71
9053686--9053754	34	2.0	35	86	8	97	49	7	0	43	1.30
9062280--9062337	3	20.3	3	82	7	68	67	0	32	0	0.91
9062941--9062971	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
9067798--9067835	19	2.0	20	84	5	51	42	18	13	26	1.87
9070590--9070663	29	2.6	29	82	4	96	35	9	6	48	1.62
9104632--9104675	24	1.9	24	86	9	65	31	0	13	54	1.39
9115349--9115378	13	2.3	13	100	0	60	56	6	10	26	1.57
9119594--9119632	16	2.4	15	84	16	51	48	0	0	51	1.00
9120652--9120706	28	1.9	29	92	3	94	20	45	0	34	1.51
9122992--9123061	31	2.3	31	92	0	113	28	24	10	37	1.88
9123136--9123180	20	2.3	21	81	14	60	64	0	8	26	1.23
9123139--9123182	19	2.3	19	84	7	63	63	0	9	27	1.24
9123395--9123433	15	2.6	16	88	8	55	56	5	0	38	1.22
9124259--9124324	19	3.5	18	74	12	53	66	3	4	25	1.25
9124985--9125120	72	1.9	72	92	3	229	30	19	20	29	1.97
9125499--9125553	25	2.2	26	86	3	76	50	0	9	40	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9127179--9127214	18	2.1	18	89	5	56	52	2	0	44	1.15
9127239--9127285	20	2.4	19	89	3	67	21	2	6	70	1.20
9127240--9127285	19	2.3	20	88	3	67	21	2	4	71	1.14
9127282--9127323	18	2.3	19	84	12	52	28	7	2	61	1.35
9128256--9128578	114	2.9	114	92	0	533	36	15	17	30	1.91
9129841--9129880	20	2.0	20	90	0	62	37	5	25	32	1.77
9139759--9139838	40	2.0	40	100	0	160	42	15	7	35	1.75
9139759--9139820	18	3.0	22	60	26	53	40	14	9	35	1.79
9141315--9141610	110	2.7	110	88	1	405	35	18	14	32	1.91
9141766--9141818	22	2.4	23	79	17	60	69	7	7	15	1.34
9142107--9142187	3	26.7	3	74	12	67	65	2	4	27	1.26
9142887--9142918	13	2.4	13	94	5	55	87	0	0	12	0.54
9143740--9144080	44	7.8	43	69	15	180	27	24	17	30	1.97
9143719--9144146	132	3.2	132	94	1	750	28	23	18	30	1.97
9144122--9144523	218	1.8	218	88	4	623	27	24	20	27	1.99
9144409--9145034	44	14.6	44	68	12	257	27	21	20	31	1.98
9144405--9145040	129	4.9	129	88	1	945	27	21	20	31	1.98
9144668--9145706	44	23.8	44	72	9	317	28	21	19	30	1.98
9144405--9145214	129	6.2	128	83	5	893	26	21	20	30	1.98
9144405--9145039	258	2.5	258	93	1	1085	26	21	20	31	1.98
9145051--9145576	46	11.8	46	77	8	371	28	21	19	30	1.98
9145016--9145525	265	1.9	264	85	2	709	28	21	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9144881--9145701	311	2.7	306	88	3	1175	28	21	19	30	1.98
9147513--9147590	3	25.7	3	75	12	52	25	5	3	65	1.30
9148088--9148384	110	2.7	109	87	1	387	32	14	17	35	1.90
9149053--9149111	21	2.8	20	80	14	57	54	3	1	40	1.27
9149103--9149149	17	2.8	17	83	0	58	61	0	0	38	0.96
9150074--9150122	18	2.7	18	78	12	64	46	0	0	53	1.00
9151418--9151490	30	2.4	31	77	4	78	54	5	2	36	1.38
9164104--9164323	108	2.0	108	97	0	413	27	15	30	27	1.96
9166527--9166558	3	10.7	3	93	0	55	65	0	34	0	0.93
9169654--9169678	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
9185950--9185993	22	2.0	22	86	0	61	63	0	2	34	1.07
9188106--9188141	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
9188690--9188747	22	2.6	22	73	7	64	56	1	3	37	1.26
9192753--9192782	15	2.0	15	93	0	51	70	0	3	26	1.03
9192750--9192799	26	2.0	25	92	4	82	64	0	4	32	1.12
9195840--9195887	21	2.3	21	85	0	60	6	43	16	33	1.73
9209959--9210007	21	2.3	23	75	17	59	38	24	2	34	1.67
9209964--9210018	21	2.7	20	83	8	74	41	25	1	30	1.66
9210033--9210077	14	3.2	14	83	0	54	26	6	28	37	1.82
9211585--9211611	14	1.9	14	100	0	54	37	3	7	51	1.48
9212143--9212184	22	1.9	23	85	9	61	59	7	2	30	1.37
9215013--9215042	12	2.5	12	94	0	51	33	13	10	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9221869--9221919	5	10.0	5	87	8	59	17	3	0	78	0.90
9221870--9221919	6	8.5	6	81	14	52	16	4	0	80	0.87
9225799--9225971	41	4.2	41	76	7	181	20	18	26	35	1.95
9226755--9227034	139	2.0	139	81	4	332	26	9	18	45	1.80
9226755--9227034	70	4.0	68	82	4	308	26	9	18	45	1.80
9226850--9226956	22	4.7	23	74	16	89	27	5	19	47	1.71
9226851--9227058	23	9.0	23	69	13	106	27	8	19	44	1.79
9229512--9229539	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
9230919--9230960	21	2.0	21	81	13	50	61	14	11	11	1.56
9235057--9235264	44	4.8	44	80	4	206	24	22	22	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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