genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62964862

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   

This is table  71  of  207  ( 24831 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20563327--20563388	31	2.0	30	81	9	72	9	3	11	75	1.14
20563681--20564106	129	3.3	129	82	3	446	26	19	21	31	1.98
20563584--20564106	44	12.0	44	78	8	464	26	20	20	31	1.98
20564938--20564991	26	2.1	26	85	0	72	55	11	12	20	1.67
20565266--20565350	45	1.9	44	85	7	118	18	21	16	43	1.88
20583053--20583100	23	2.1	23	100	0	96	56	8	8	27	1.57
20583381--20583434	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
20583370--20583441	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
20583394--20583470	19	3.7	23	80	10	60	37	5	15	41	1.70
20583639--20583683	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
20587178--20587220	20	2.2	20	100	0	86	30	13	0	55	1.39
20589365--20589508	44	3.3	43	68	9	121	26	31	22	20	1.98
20589356--20589926	88	6.5	88	86	3	799	28	26	22	21	1.99
20589585--20589899	44	7.2	44	64	5	143	27	26	24	22	2.00
20589937--20590036	44	2.3	44	89	3	148	26	21	23	30	1.99
20590411--20590528	45	2.7	44	77	6	130	33	22	19	24	1.97
20591039--20591091	18	2.8	19	88	5	90	37	9	16	35	1.82
20591039--20591114	18	3.7	22	76	16	67	36	7	17	38	1.79
20591293--20591341	23	2.1	23	84	0	62	22	0	14	63	1.30
20596557--20596625	10	7.3	9	73	23	54	65	1	0	33	1.02
20596551--20596636	38	2.2	41	87	6	124	58	2	0	39	1.11
20604194--20604222	5	6.0	5	96	4	51	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20604234--20604297	15	4.3	14	76	18	58	76	6	15	1	1.06
20604243--20604297	16	3.7	14	78	19	58	76	7	16	0	1.00
20604229--20604297	10	6.9	10	75	14	54	76	7	14	1	1.06
20611779--20611819	17	2.4	17	84	15	50	70	7	21	0	1.11
20612697--20612772	40	1.9	40	86	5	109	27	21	19	31	1.97
20614386--20614421	18	2.1	17	89	5	54	55	13	5	25	1.60
20614515--20614594	32	2.5	31	78	20	94	25	31	0	43	1.55
20625800--20625857	28	2.1	28	100	0	116	48	0	25	25	1.52
20628260--20628317	26	2.3	26	84	3	73	43	5	20	31	1.74
20628254--20628317	25	2.5	25	79	2	74	42	4	21	31	1.74
20633186--20633219	15	2.3	15	89	0	50	20	2	0	76	0.92
20633705--20633768	25	2.5	26	84	5	85	39	9	14	37	1.78
20634874--20635097	35	6.3	36	78	5	206	35	16	21	26	1.94
20634866--20635097	71	3.3	71	89	1	351	36	15	21	26	1.94
20636064--20636267	110	1.9	110	83	4	268	36	14	8	40	1.77
20637075--20637109	17	2.0	18	88	5	54	37	0	11	51	1.38
20637208--20637592	126	3.0	126	77	9	337	30	19	20	29	1.97
20637335--20637740	139	2.9	139	84	3	498	32	20	18	28	1.96
20641302--20641453	35	4.3	35	86	0	178	15	11	26	46	1.80
20643458--20643769	138	2.3	139	85	3	425	39	9	5	45	1.61
20688913--20688949	18	2.2	18	85	9	51	21	43	0	35	1.53
20690211--20690506	148	2.0	148	93	0	502	27	20	30	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20702822--20702887	31	2.2	30	77	15	75	25	13	10	50	1.74
20702916--20702982	31	2.1	32	91	2	109	19	28	7	44	1.77
20703613--20703639	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
20703814--20703871	27	2.0	28	87	9	82	32	1	1	63	1.14
20703824--20703884	29	2.2	27	82	5	68	37	1	1	59	1.17
20706584--20706635	20	2.6	19	76	8	50	3	34	5	55	1.42
20713306--20713347	16	2.6	16	84	3	57	45	2	2	50	1.27
20732553--20732581	6	4.8	6	100	0	58	34	13	0	51	1.42
20733812--20733863	22	2.3	22	83	9	61	57	5	3	32	1.40
20737466--20737509	22	2.0	21	83	12	54	36	20	2	40	1.65
20741384--20741494	54	2.1	54	98	0	213	41	22	5	30	1.76
20744464--20744497	17	2.0	17	100	0	68	11	0	17	70	1.16
20745568--20745598	16	1.9	16	93	0	53	45	22	12	19	1.84
20751198--20751614	204	2.0	204	99	0	825	26	15	15	42	1.86
20751502--20753183	656	2.6	645	90	2	2561	29	16	15	38	1.89
20752791--20752815	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
20756866--20756903	15	2.6	14	84	15	51	15	26	2	55	1.54
20756866--20756903	14	2.6	14	84	15	51	15	26	2	55	1.54
20761144--20761203	29	2.1	29	100	0	120	28	3	26	41	1.71
20766941--20766984	19	2.4	19	85	11	56	79	0	2	18	0.83
20771894--20771941	20	2.4	22	86	13	68	43	2	12	41	1.54
20772270--20772302	16	2.1	16	94	0	57	36	6	3	54	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20774909--20774974	33	2.0	33	100	0	132	27	9	12	51	1.69
20777126--20777188	25	2.5	25	94	0	108	14	15	25	44	1.84
20777261--20777352	25	3.6	25	81	8	98	16	27	22	33	1.95
20777255--20777328	26	2.9	26	80	8	89	18	22	22	35	1.96
20777355--20777416	25	2.5	25	75	15	65	22	20	20	35	1.96
20779332--20779404	17	4.2	17	77	10	58	16	16	28	38	1.90
20779363--20779404	18	2.4	17	92	4	66	19	14	26	40	1.89
20784198--20784291	47	2.0	47	89	0	143	32	11	25	29	1.91
20786287--20786328	21	2.0	21	95	0	75	30	11	14	42	1.81
20787809--20787885	38	2.0	38	95	5	138	23	10	10	55	1.64
20792681--20792709	15	1.9	15	100	0	58	41	6	34	17	1.76
20795371--20795400	16	1.9	16	93	6	53	66	0	6	26	1.16
20796285--20796316	6	5.3	6	96	0	55	15	56	0	28	1.40
20798542--20798620	27	2.9	27	69	12	72	34	3	2	59	1.29
20804697--20805113	97	4.4	96	88	5	602	40	2	18	37	1.64
20805152--20805569	126	3.3	126	92	1	678	34	16	19	28	1.94
20809139--20809180	18	2.3	18	87	0	57	45	7	28	19	1.76
20809971--20810011	20	2.1	20	82	13	50	39	9	7	43	1.65
20811488--20811519	11	2.9	11	95	0	55	28	31	0	40	1.57
20811482--20811526	22	2.0	22	83	8	56	26	31	2	40	1.68
20812401--20812592	95	2.0	96	91	3	316	41	18	2	38	1.63
20814785--20814895	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20814792--20814895	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
20814874--20814918	23	2.0	22	82	4	54	40	4	17	37	1.70
20815665--20815710	21	2.0	24	84	12	62	21	6	6	65	1.39
20819105--20819140	7	5.6	7	87	12	51	86	0	13	0	0.58
20819105--20819141	19	2.0	19	94	5	67	83	0	16	0	0.64
20820442--20820935	132	3.8	131	90	3	732	28	18	23	29	1.98
20820556--20820735	44	4.1	44	65	5	103	26	20	25	27	1.99
20821268--20821378	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
20821275--20821378	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
20836163--20836192	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
20844266--20844296	16	1.9	16	93	0	53	41	25	19	12	1.87
20845717--20846116	200	2.0	200	100	0	800	26	25	14	34	1.93
20847426--20847545	23	5.2	23	79	7	118	33	4	23	39	1.74
20847426--20847545	46	2.6	46	90	1	177	33	4	23	39	1.74
20847426--20847622	46	4.3	47	79	5	116	31	3	22	42	1.71
20847470--20847635	23	7.2	23	71	8	95	31	4	22	41	1.73
20848164--20848259	45	2.2	44	88	5	140	38	23	4	33	1.74
20848238--20848309	16	4.5	16	87	0	108	27	25	6	40	1.81
20850518--20850618	48	2.1	48	88	0	148	38	11	17	31	1.86
20857232--20857261	14	2.1	14	93	0	51	46	10	10	33	1.71
20858881--20858955	38	2.0	38	97	0	141	36	24	8	32	1.84
20859742--20859869	25	5.2	25	78	9	136	29	20	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20859742--20859881	50	2.8	50	82	9	162	30	20	25	25	1.99
20876566--20876660	25	3.8	25	82	6	113	29	22	23	25	1.99
20887048--20887128	25	2.9	29	83	16	125	25	23	7	43	1.80
20887048--20887094	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83
20891707--20891792	25	3.0	29	82	12	108	25	22	6	45	1.77
20892263--20892596	139	2.4	139	90	5	507	44	5	7	42	1.56
20892518--20892675	82	1.9	82	94	0	280	41	5	8	45	1.56
20892379--20892988	220	2.8	220	94	0	1049	42	5	9	42	1.61
20892738--20892898	82	2.0	82	91	0	259	39	6	9	43	1.65
20896866--20897072	101	2.0	101	93	0	351	38	21	11	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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