genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
373--407	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
1009--1061	24	2.2	25	82	3	63	33	5	5	54	1.47
10980--11004	7	3.6	7	100	0	50	0	24	0	76	0.80
19559--19591	12	2.5	14	90	9	52	81	0	18	0	0.68
21979--22021	20	2.0	22	86	8	63	32	11	6	48	1.66
27746--27831	27	3.2	27	89	0	127	18	25	34	20	1.96
28356--28384	14	2.1	14	93	6	51	13	0	31	55	1.39
34229--34262	17	1.9	18	94	5	61	20	0	0	79	0.73
40833--40876	6	6.8	6	80	14	52	47	18	4	29	1.68
50907--50953	23	2.0	23	100	0	94	55	17	0	27	1.42
51118--51273	42	3.7	42	78	0	150	39	17	25	17	1.91
51133--51241	21	5.2	21	70	0	74	41	18	22	17	1.90
54108--54159	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
76085--76127	17	2.5	17	82	17	54	44	0	0	55	0.99
84685--84718	16	2.1	16	88	0	50	44	23	2	29	1.68
87195--87239	24	1.9	23	90	4	72	55	0	6	37	1.26
99718--99759	21	2.0	21	85	0	57	30	14	0	54	1.40
99728--99759	14	2.3	14	94	0	55	28	9	0	62	1.26
101970--102003	3	11.3	3	93	0	59	67	2	0	29	1.05
111172--111208	19	1.9	19	100	0	74	35	32	16	16	1.91
115402--115479	37	2.1	37	85	4	104	42	5	12	39	1.65
129344--129376	7	4.7	7	85	14	50	87	0	12	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140623--140655	16	2.0	17	88	5	50	33	3	9	54	1.47
151227--151417	97	2.0	97	97	0	364	28	26	14	29	1.95
155678--155800	59	2.1	58	80	5	133	41	16	17	25	1.89
157256--157331	31	2.5	31	82	4	91	38	21	15	25	1.92
161705--161745	21	2.0	21	95	0	73	31	21	26	19	1.97
167748--167842	44	2.1	46	80	3	104	24	3	31	41	1.71
168003--168036	17	2.0	17	100	0	68	41	5	0	52	1.25
168639--168688	15	3.5	15	76	18	61	30	10	0	60	1.30
180246--180337	30	3.0	29	79	15	105	31	6	14	47	1.69
180244--180338	32	3.1	31	84	4	129	30	6	15	47	1.71
180333--180567	48	4.9	48	88	2	328	28	16	22	31	1.96
180474--180622	48	3.4	42	77	14	131	28	14	23	32	1.94
194439--194471	14	2.3	15	89	5	50	39	9	0	51	1.34
194787--194819	17	1.9	17	93	0	57	57	3	0	39	1.14
195738--195788	18	2.9	17	78	16	59	47	3	5	43	1.46
201383--201407	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
201552--201615	30	2.1	31	94	2	112	26	28	6	39	1.80
201562--201608	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83
205060--205095	18	1.9	19	88	5	56	55	0	16	27	1.42
208589--208738	44	3.3	43	65	13	113	39	6	10	44	1.64
208589--208770	91	2.0	91	97	0	346	36	6	10	45	1.66
210167--210217	18	2.9	18	81	18	63	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212553--212587	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
214913--214982	29	2.4	29	80	2	77	50	11	7	31	1.65
221209--221254	12	3.5	13	80	17	51	58	0	2	39	1.10
228056--228080	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
228062--228139	32	2.5	31	85	4	93	47	2	6	43	1.42
229401--229463	30	2.1	30	100	0	126	33	12	12	41	1.81
247315--247358	18	2.4	18	78	10	54	52	2	9	36	1.46
247600--247631	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
247759--247809	3	17.3	3	75	4	50	58	3	1	35	1.28
249225--249374	42	3.6	42	79	8	182	20	21	24	33	1.97
249584--250211	44	14.3	45	76	5	550	30	25	16	26	1.97
249614--250216	132	4.6	132	94	0	999	30	25	16	27	1.97
270530--270624	38	2.5	37	78	13	97	37	12	0	49	1.41
275705--275736	16	2.0	16	93	0	55	46	25	15	12	1.81
280754--280787	14	2.4	15	90	9	54	32	2	0	64	1.08
284861--284894	15	2.3	15	94	0	59	35	17	11	35	1.87
290910--290935	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
297024--297076	18	2.8	20	75	16	58	58	0	3	37	1.16
297154--297220	34	1.9	35	81	3	82	47	8	8	34	1.66
298638--298682	21	2.1	21	84	8	56	8	48	11	31	1.69
301625--301683	29	2.0	29	96	0	109	22	6	11	59	1.56
309362--309394	17	1.9	17	93	0	57	30	6	15	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312759--312795	4	9.2	4	93	0	65	27	0	21	51	1.48
314828--314863	16	2.2	17	90	5	56	41	2	25	30	1.69
315024--315120	26	3.5	26	70	15	77	53	3	0	43	1.16
315024--315064	14	3.1	14	75	10	50	56	0	0	43	0.99
315022--315158	58	2.4	57	85	2	184	53	2	0	43	1.15
323839--323880	19	2.2	19	87	8	59	11	7	0	80	0.88
343833--343874	21	2.0	21	86	9	59	47	7	2	42	1.43
353787--353827	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
360998--361174	29	6.2	29	88	5	247	38	10	1	49	1.45
361267--361369	28	3.6	28	71	15	93	10	53	3	32	1.54
361274--361363	21	4.4	21	62	27	50	10	54	4	31	1.53
361355--361392	6	6.2	6	93	6	67	15	47	0	36	1.46
361897--361940	21	2.1	21	91	8	72	43	0	9	47	1.35
365919--365991	22	3.5	21	77	22	91	67	2	0	30	1.05
365915--365995	40	2.0	40	100	0	162	65	2	0	32	1.06
365924--365994	18	3.7	19	77	22	85	63	2	0	33	1.09
371536--371614	31	2.5	31	78	8	81	26	3	11	58	1.50
379170--379212	22	2.0	21	82	13	52	60	2	2	34	1.22
379187--379221	16	2.2	16	89	0	52	57	0	2	40	1.14
381488--381517	11	2.7	11	89	0	51	56	0	3	40	1.16
381908--381941	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
386688--386721	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
393801--393840	21	1.9	21	85	10	55	25	12	2	60	1.45
396009--396080	26	2.8	26	91	2	119	11	30	36	22	1.89
396257--396297	19	2.1	20	86	4	57	0	19	0	80	0.71
396257--396300	20	2.1	20	87	8	61	0	20	0	79	0.73
396671--396768	30	3.3	30	77	7	110	34	3	25	36	1.72
396671--396768	29	3.3	29	80	4	115	34	3	25	36	1.72
396972--398009	81	13.1	80	86	5	1181	35	18	16	28	1.93
396957--398009	239	4.4	234	84	7	1188	36	18	16	28	1.93
409372--409409	17	2.2	17	95	0	67	39	13	0	47	1.42
411596--411635	13	3.1	13	81	0	53	27	7	30	35	1.84
414733--414807	39	1.9	39	86	0	105	30	1	12	56	1.44
415852--415880	15	1.9	15	100	0	58	27	0	6	65	1.18
420526--420556	16	1.9	16	100	0	62	48	6	12	32	1.67
431628--431653	11	2.4	11	100	0	52	34	0	38	26	1.57
433592--433650	25	2.2	27	82	8	68	42	1	3	52	1.28
433592--433646	27	2.0	28	82	10	69	40	1	3	54	1.28
433713--433778	27	2.4	27	87	0	105	27	22	37	12	1.90
433987--434061	20	3.7	21	86	10	95	30	1	10	57	1.41
433994--434061	19	3.3	20	87	6	84	32	1	10	55	1.42
437056--437100	22	2.1	21	91	4	72	2	33	0	64	1.06
437058--437109	22	2.8	18	75	25	54	1	36	0	61	1.07
437166--437268	27	3.8	27	87	7	156	22	36	21	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
437611--437767	77	2.0	77	92	0	260	31	18	20	29	1.96
438368--438408	20	2.0	21	90	4	66	43	7	4	43	1.53
442128--442190	30	2.1	30	81	3	72	49	7	3	39	1.48
443457--443502	18	2.6	18	78	0	56	26	2	2	69	1.11
443643--443720	40	2.0	40	82	10	97	38	12	3	44	1.61
445123--445219	31	3.1	30	75	12	97	46	13	0	40	1.43
445143--445242	31	3.2	31	74	14	98	46	14	0	40	1.44
453379--453437	21	3.1	19	77	15	59	37	0	1	61	1.07
457084--457157	9	8.0	9	73	11	60	40	2	4	52	1.34
459289--459321	16	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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