genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12093332--12093922	175	3.4	176	85	2	771	31	19	24	25	1.98
12094177--12094376	44	4.6	43	76	8	183	29	21	21	28	1.98
12094396--12094502	36	2.8	38	73	7	92	21	23	27	28	1.99
12094557--12094724	50	3.3	49	75	8	158	32	23	19	24	1.98
12100466--12101040	49	11.7	49	75	8	409	25	20	22	32	1.98
12100472--12101040	97	5.8	97	90	1	861	24	20	22	32	1.98
12100472--12101040	195	2.9	196	90	1	885	24	20	22	32	1.98
12100472--12101040	292	1.9	294	89	2	894	24	20	22	32	1.98
12101044--12101174	47	2.9	45	73	4	120	25	22	19	32	1.98
12101044--12101222	90	2.0	91	87	1	261	25	21	21	31	1.98
12101179--12101783	131	4.6	131	90	1	928	25	23	20	30	1.99
12103798--12103847	24	2.2	23	89	7	75	18	10	2	70	1.25
12103811--12103881	14	4.8	14	71	19	63	16	4	5	73	1.19
12103791--12103874	22	3.7	23	79	16	86	15	8	4	71	1.27
12103812--12103874	26	2.7	23	80	17	69	15	4	6	73	1.21
12104745--12104810	25	2.6	25	83	9	71	60	4	15	19	1.51
12109665--12109721	28	2.0	28	100	0	114	26	17	28	28	1.98
12112657--12112706	19	2.5	20	84	9	59	58	2	0	40	1.10
12128224--12128296	35	2.1	35	89	0	110	28	20	17	32	1.96
12129974--12130095	56	2.1	58	93	3	212	28	18	4	47	1.69
12139027--12139070	22	1.9	24	90	9	74	47	0	11	40	1.39
12139170--12139208	20	2.0	20	84	0	51	48	7	10	33	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12144169--12144306	46	3.0	45	87	2	177	29	26	8	35	1.86
12151056--12151194	46	3.0	44	87	4	179	30	25	8	35	1.86
12156760--12156892	35	3.8	36	82	4	146	15	12	32	40	1.83
12156802--12156881	36	2.2	36	88	2	117	13	13	35	37	1.85
12159042--12159086	20	2.0	23	84	16	60	44	2	8	44	1.47
12159183--12159221	20	2.0	20	85	10	53	53	7	7	30	1.57
12160211--12160245	16	2.2	16	90	10	54	37	20	5	37	1.76
12161979--12162021	18	2.4	18	92	0	77	53	0	11	34	1.37
12162778--12162898	39	3.1	39	96	0	215	21	19	8	51	1.72
12162781--12162884	20	5.3	20	67	4	86	22	18	8	50	1.73
12163479--12163586	44	2.5	44	90	3	173	28	25	15	29	1.96
12163546--12164218	132	5.1	132	92	1	1075	28	22	19	29	1.98
12173251--12173512	46	5.5	46	75	20	200	34	14	22	28	1.93
12173206--12173512	52	6.1	51	82	10	382	34	14	22	28	1.93
12173192--12173513	98	3.3	98	95	0	554	34	14	22	28	1.93
12173476--12173658	37	5.0	37	94	1	307	37	16	21	24	1.94
12175836--12176010	59	3.0	59	87	1	244	33	5	8	52	1.56
12177635--12177933	156	1.9	156	86	2	422	29	21	12	37	1.90
12184758--12184802	21	2.1	22	87	4	65	57	6	0	35	1.25
12185962--12185995	16	2.2	15	89	5	50	55	0	32	11	1.36
12186498--12186576	39	2.0	39	95	0	140	50	8	20	20	1.74
12188962--12189223	46	5.5	46	75	20	200	34	14	22	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12188917--12189223	52	6.1	51	82	10	382	34	14	22	28	1.93
12188903--12189224	98	3.3	98	95	0	554	34	14	22	28	1.93
12189187--12189369	37	5.0	37	94	1	307	37	16	21	24	1.94
12192119--12192155	7	5.7	7	84	15	53	78	13	0	8	0.96
12192127--12192154	12	2.3	12	100	0	56	78	14	0	7	0.95
12192094--12192243	77	2.0	76	81	9	180	72	8	8	10	1.28
12193863--12194298	87	5.0	87	90	1	669	29	22	23	24	1.99
12194388--12194515	44	2.9	43	78	6	132	30	21	25	21	1.99
12195923--12195967	24	1.9	23	90	4	72	37	6	0	55	1.26
12199045--12199111	22	3.1	21	78	19	59	65	0	2	31	1.07
12203722--12203748	4	6.8	4	100	0	54	0	51	25	22	1.48
12206581--12206606	11	2.4	11	100	0	52	30	7	23	38	1.83
12209813--12209858	23	1.9	23	82	8	56	43	13	10	32	1.78
12213692--12213718	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
12226062--12226105	19	2.3	19	88	0	61	40	13	2	43	1.57
12234091--12234130	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
12234099--12234165	34	1.9	35	84	3	91	32	10	11	44	1.75
12234114--12234153	20	2.0	20	85	0	53	30	12	10	47	1.74
12235681--12235706	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
12241715--12241762	16	2.9	16	75	6	51	12	4	2	81	0.93
12245288--12245353	25	2.7	23	73	13	62	39	1	0	59	1.07
12245830--12245948	60	2.0	60	89	0	184	34	0	12	52	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12246286--12246333	23	2.1	23	84	0	60	18	0	18	62	1.33
12246146--12246528	101	3.7	103	88	5	519	28	1	14	55	1.46
12246146--12246539	206	1.9	202	85	6	535	28	1	14	56	1.46
12246552--12246594	18	2.4	18	92	0	68	25	2	6	65	1.30
12247866--12248127	132	2.0	132	96	0	488	29	12	17	40	1.87
12248763--12248826	20	3.7	20	67	32	65	12	50	15	21	1.77
12248733--12248842	32	3.4	32	93	1	175	14	46	14	24	1.82
12248783--12248839	12	5.0	12	70	25	52	14	47	15	22	1.82
12249040--12249416	78	4.9	77	91	2	578	25	8	11	54	1.63
12249040--12249416	154	2.4	155	90	3	580	25	8	11	54	1.63
12250910--12251447	106	5.1	106	91	1	841	33	17	17	31	1.94
12250910--12251447	211	2.5	211	92	0	880	33	17	17	31	1.94
12252845--12252885	22	2.0	20	85	9	55	4	2	17	75	1.08
12253546--12253658	44	2.6	45	78	4	122	27	23	22	27	1.99
12253537--12254259	85	8.4	85	68	14	306	26	21	21	31	1.98
12253585--12254359	44	18.0	44	68	13	323	26	21	21	30	1.98
12253585--12254359	129	6.0	129	88	1	1106	26	21	21	30	1.98
12259072--12259122	24	2.1	24	100	0	102	11	37	3	47	1.59
12260773--12260817	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
12265374--12265418	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
12269690--12269721	15	2.1	15	100	0	64	53	18	15	12	1.73
12270262--12270800	106	5.1	106	91	0	846	32	17	17	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12280538--12280576	17	2.3	17	95	0	69	46	2	0	51	1.14
12280504--12280789	146	1.9	152	82	5	359	50	2	4	43	1.35
12280796--12280832	17	2.2	17	90	0	56	56	0	2	40	1.13
12280805--12280950	70	2.1	68	86	5	195	48	3	4	43	1.41
12281115--12281213	9	11.2	9	70	26	54	44	2	1	52	1.19
12281054--12281205	71	2.2	71	85	5	202	43	3	1	51	1.29
12281092--12281211	19	6.8	17	69	20	68	40	2	0	55	1.19
12289186--12289217	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
12290281--12290318	19	2.0	19	94	0	67	34	5	2	57	1.35
12290833--12290884	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
12298425--12298476	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
12299084--12299126	23	1.9	23	90	4	70	37	0	2	60	1.10
12301184--12301333	73	2.0	73	80	5	167	52	13	13	20	1.73
12303153--12303221	33	2.1	33	86	0	93	47	4	8	39	1.54
12303831--12303873	23	2.0	23	90	9	72	72	9	0	18	1.11
12303831--12303874	21	2.1	21	86	0	61	70	9	0	20	1.14
12305075--12305402	22	15.1	21	75	15	253	31	0	12	55	1.43
12305099--12305155	19	2.9	19	86	2	78	33	0	14	52	1.41
12305209--12305479	49	5.7	49	77	10	305	31	1	13	53	1.47
12305219--12305426	22	8.8	24	77	19	183	31	1	12	54	1.46
12305097--12305405	90	3.5	89	87	7	420	31	0	12	55	1.42
12305331--12305426	27	3.7	27	78	18	96	32	2	12	53	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12305470--12305588	60	2.0	60	85	3	159	31	0	14	53	1.46
12305622--12305703	38	2.2	38	97	0	155	54	3	2	39	1.31
12305740--12305781	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
12310746--12310790	22	2.1	21	87	4	63	2	28	2	66	1.15
12310875--12310931	27	2.1	27	93	0	96	21	36	24	17	1.94
12315343--12315435	36	2.7	35	88	9	138	34	6	26	32	1.82
12315471--12315586	21	5.7	20	71	7	63	52	10	11	25	1.68
12315519--12315587	21	3.3	20	74	9	66	56	11	10	21	1.64
12315757--12315887	20	6.5	19	75	14	84	54	9	12	22	1.68
12315756--12315920	41	4.0	41	82	9	142	55	10	12	21	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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