genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20624578--20624619	22	1.9	22	90	0	66	38	0	30	30	1.58
20624624--20624668	22	2.0	22	95	0	81	40	0	33	26	1.57
20630360--20630428	25	2.8	25	93	0	120	18	28	17	34	1.94
20638141--20638244	35	3.0	34	90	4	154	18	18	26	36	1.94
20640571--20640724	75	2.1	75	88	0	227	27	13	18	40	1.88
20640916--20641433	73	7.2	73	76	8	411	24	21	15	38	1.92
20640959--20641356	108	3.7	108	78	8	348	25	21	16	36	1.94
20640916--20641403	35	13.5	36	76	11	398	24	21	15	38	1.92
20640916--20641428	38	14.2	36	77	9	406	24	21	15	38	1.92
20644253--20644340	32	2.6	33	78	5	88	51	3	4	40	1.39
20651321--20651362	16	2.6	17	85	7	52	57	4	2	35	1.33
20656565--20656604	20	2.0	20	100	0	80	35	5	10	50	1.58
20660742--20660785	21	2.1	21	87	8	63	50	0	6	43	1.29
20660775--20660820	3	15.3	3	95	0	83	65	0	2	32	1.05
20662352--20662405	6	8.8	6	81	2	54	57	0	22	20	1.41
20662352--20662406	18	3.0	18	83	2	74	58	0	21	20	1.40
20662352--20662398	12	3.9	12	83	5	60	57	0	21	21	1.41
20665774--20665829	27	2.1	27	89	0	85	30	7	14	48	1.70
20669913--20670090	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
20669914--20670069	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
20669910--20670090	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
20678997--20679214	42	5.2	42	83	3	239	27	23	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20696193--20696234	21	2.0	21	100	0	84	38	19	9	33	1.84
20697046--20697234	51	3.7	50	81	8	231	30	27	16	24	1.97
20697048--20697232	101	1.8	101	91	3	309	30	26	17	25	1.97
20702339--20702388	18	2.7	19	81	6	57	42	10	12	36	1.76
20705146--20705194	21	2.5	19	76	6	53	32	2	20	44	1.63
20705586--20705636	24	2.1	24	89	7	77	21	25	19	33	1.97
20712192--20712230	20	1.9	21	89	5	62	25	0	20	53	1.45
20715443--20715513	26	2.7	26	84	2	88	25	30	14	29	1.94
20717136--20717180	16	2.9	17	78	18	53	37	2	20	40	1.65
20719875--20719989	48	2.4	47	86	2	158	17	19	26	37	1.93
20720450--20720522	37	1.9	38	94	2	130	31	1	19	47	1.58
20726512--20726549	16	2.4	16	100	0	76	36	0	26	36	1.57
20726477--20726596	63	1.9	63	98	0	231	34	6	28	30	1.83
20726528--20726741	47	4.6	47	92	0	347	32	8	30	28	1.87
20726860--20726975	37	3.1	37	92	2	180	22	18	32	25	1.97
20728779--20728890	27	4.1	28	86	6	133	18	15	20	45	1.85
20729811--20729850	18	2.2	19	86	8	57	70	5	25	0	1.08
20731552--20731596	23	2.0	23	90	0	72	60	0	2	37	1.09
20733976--20734015	18	2.2	19	86	8	57	70	0	25	5	1.08
20738006--20738073	25	2.8	25	90	2	111	32	25	22	20	1.98
20739846--20739933	44	2.0	44	100	0	176	36	20	11	31	1.88
20743020--20743049	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20750107--20750175	35	2.0	35	88	0	102	43	13	13	30	1.81
20754406--20754432	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
20756261--20756326	31	2.1	31	85	0	87	62	1	3	33	1.20
20761067--20761186	51	2.4	50	81	5	136	28	20	5	45	1.72
20762620--20762725	46	2.3	44	78	9	113	47	27	14	11	1.78
20762652--20762725	23	3.3	22	77	9	69	48	27	13	10	1.75
20765541--20765594	27	2.0	27	96	0	99	42	11	16	29	1.83
20768387--20768451	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
20771590--20771657	32	2.1	32	91	5	111	0	13	11	75	1.06
20771589--20771668	19	4.5	19	75	22	68	1	13	11	73	1.15
20771653--20771686	11	2.9	12	86	8	52	2	8	5	82	0.93
20771591--20771677	9	9.8	9	71	16	56	1	12	10	75	1.09
20771634--20771678	10	4.5	10	81	10	56	2	8	8	80	1.00
20772229--20772293	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
20773307--20773362	19	2.9	20	78	7	62	53	3	5	37	1.41
20778899--20778942	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
20779086--20779272	51	3.7	49	76	7	187	29	26	17	25	1.97
20779084--20779268	101	1.8	101	89	5	293	30	26	17	25	1.98
20792653--20792714	27	2.3	26	74	15	65	43	6	3	46	1.45
20797564--20797759	95	2.1	93	80	9	211	56	3	10	30	1.49
20797964--20798006	17	2.6	16	82	10	50	65	0	2	32	1.06
20797968--20798006	14	2.8	14	92	0	60	64	0	2	33	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20799786--20799814	9	3.2	9	100	0	58	41	0	0	58	0.98
20801295--20801332	15	2.6	15	87	4	51	52	2	2	42	1.29
20803542--20803587	24	2.0	23	91	4	74	23	8	2	65	1.32
20803632--20803669	13	3.0	13	88	11	53	36	0	2	60	1.11
20804036--20804087	18	2.8	19	79	5	61	50	1	1	46	1.23
20809647--20809696	21	2.4	21	75	18	50	20	2	2	76	0.99
20818367--20818396	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
20823849--20823898	21	2.4	21	87	9	68	46	8	0	46	1.32
20824369--20824402	16	2.1	16	94	0	59	58	0	14	26	1.36
20824621--20824680	31	1.9	31	86	0	84	41	3	3	51	1.35
20823720--20825432	885	1.9	883	94	1	3029	38	14	10	36	1.82
20828022--20828058	17	2.2	17	100	0	74	43	16	5	35	1.71
20834805--20834924	41	2.9	41	92	0	186	30	23	20	25	1.98
20835444--20835468	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
20840456--20840516	30	2.1	30	84	3	79	52	13	3	31	1.56
20850773--20850824	22	2.4	22	87	6	70	48	3	11	36	1.58
20853858--20853899	17	2.5	17	96	0	75	33	9	19	38	1.84
20854578--20854654	39	2.0	39	92	5	129	25	10	36	27	1.89
20859710--20859904	51	3.8	50	80	4	203	31	27	15	25	1.96
20859709--20859902	102	1.9	102	82	4	248	31	27	15	25	1.96
20863770--20863801	14	2.3	14	94	0	55	12	9	15	62	1.54
20865129--20865203	27	2.8	26	84	8	80	25	20	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20865874--20865920	24	1.9	25	86	4	69	25	36	0	38	1.56
20883867--20883909	20	2.2	20	87	4	61	34	6	11	46	1.67
20887452--20887499	25	1.9	25	86	0	69	39	12	14	33	1.84
20889159--20889226	27	2.5	27	78	4	84	26	13	23	36	1.92
20901831--20901941	19	5.8	19	86	0	168	39	9	12	37	1.77
20901838--20901941	38	2.7	38	96	0	190	40	9	11	38	1.74
20901831--20901967	19	6.9	21	84	4	105	38	8	13	38	1.76
20902614--20902656	9	4.6	9	81	18	52	37	0	0	62	0.95
20904815--20904860	24	1.9	24	86	0	65	45	15	26	13	1.82
20908780--20909278	132	3.8	132	91	1	768	28	18	23	28	1.98
20909605--20909696	19	4.8	19	78	0	103	41	8	13	36	1.75
20909605--20909696	38	2.4	38	90	0	139	41	8	13	36	1.75
20909620--20909722	19	5.1	21	76	5	65	40	5	14	38	1.70
20917275--20917371	42	2.3	41	80	7	106	31	20	22	24	1.98
20919319--20919396	39	2.0	39	82	9	97	47	1	0	51	1.09
20921551--20921591	4	10.0	4	84	5	55	68	4	0	26	1.10
20922298--20922373	3	25.3	3	100	0	152	67	0	0	32	0.91
20923359--20923392	13	2.4	14	90	9	52	58	0	2	38	1.13
20950422--20950494	35	2.2	35	81	16	84	47	1	1	49	1.18
20952569--20952606	18	2.1	18	100	0	76	31	21	18	28	1.97
20958618--20958669	24	2.0	27	82	10	65	34	17	7	40	1.78
20960061--20960094	17	2.0	17	94	0	59	55	0	11	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20965171--20965198	8	3.5	8	100	0	56	75	0	0	25	0.81
20967205--20967739	50	10.6	50	86	2	644	23	29	20	26	1.99
20967253--20967739	199	2.4	200	85	3	654	23	29	20	26	1.98
20967751--20967832	42	2.0	41	82	2	101	26	23	20	29	1.99
20980482--20980673	51	3.8	51	77	4	174	23	17	28	30	1.97
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21009876--21010060	102	1.8	101	85	3	264	23	18	27	30	1.98
21010286--21010317	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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