genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12967874--12967905	16	2.0	16	100	0	64	43	12	18	25	1.85
12970664--12970725	31	2.0	31	96	0	115	40	16	9	33	1.81
12972634--12972683	26	1.9	26	88	8	75	30	4	6	60	1.39
12973365--12973435	29	2.5	28	77	20	69	46	5	2	45	1.41
12987474--12988103	44	14.3	43	69	17	164	29	20	22	26	1.99
12987589--12987868	141	2.0	141	95	0	506	28	22	23	26	1.99
12987834--12987993	44	3.6	43	81	9	173	27	20	25	26	1.99
12987391--12988084	358	1.9	357	93	0	1183	29	21	22	26	1.99
12987736--12988244	217	2.4	217	81	4	476	29	19	22	28	1.98
12989395--12989468	31	2.4	31	95	0	139	14	37	33	13	1.86
12990491--12990515	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
12992087--12992231	41	3.5	41	94	0	245	27	19	28	24	1.99
13008195--13008843	324	2.0	323	97	0	1226	23	24	25	25	2.00
13009986--13010088	49	2.1	49	92	0	170	31	8	10	49	1.68
13011549--13011578	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
13011570--13011604	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13011671--13011700	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
13011692--13011726	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13011692--13011745	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
13011473--13013079	120	13.2	120	82	11	1831	43	1	4	51	1.29
13011791--13011820	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
13011812--13011846	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13011827--13011894	14	4.6	14	71	21	59	47	0	1	51	1.09
13011812--13011892	16	5.2	16	72	25	68	44	0	1	54	1.08
13011818--13011910	44	2.1	44	95	0	168	47	0	2	50	1.13
13011818--13011922	44	2.4	44	91	3	158	46	0	1	51	1.12
13011698--13012204	166	3.1	166	98	0	973	44	0	3	51	1.26
13011957--13011986	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
13011978--13012012	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13011993--13012060	14	4.6	14	71	21	59	47	0	1	51	1.09
13011978--13012058	16	5.2	16	72	25	68	44	0	1	54	1.08
13011984--13012076	44	2.1	44	95	0	168	47	0	2	50	1.13
13011984--13012088	44	2.4	44	91	3	158	46	0	1	51	1.12
13012123--13012152	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
13012144--13012178	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13012144--13012197	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
13011862--13012610	286	2.6	286	98	0	1426	43	1	3	51	1.27
13011576--13012490	452	2.0	452	99	0	1794	43	1	3	51	1.27
13012243--13012272	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
13012264--13012298	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13012279--13012361	14	5.6	14	72	22	64	46	0	1	51	1.08
13012270--13012490	44	5.2	44	71	14	189	44	0	2	51	1.21
13011818--13012490	166	4.1	164	91	5	652	44	1	3	51	1.26
13012430--13012464	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13012430--13012483	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
13012529--13012558	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
13012550--13012584	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13012550--13012603	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
13012670--13012704	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13012670--13012723	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
13012685--13012735	15	3.6	14	80	17	52	47	0	0	52	1.00
13012770--13012799	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
13012791--13012825	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13012791--13012844	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
13012890--13012919	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
13012911--13012945	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13013031--13013065	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13026353--13026388	16	2.2	16	90	9	56	38	0	0	61	0.96
13030673--13030755	38	2.2	38	100	0	166	54	8	8	28	1.60
13030694--13030758	21	3.3	21	62	16	57	50	9	9	30	1.65
13036851--13036891	20	2.0	20	85	0	55	39	7	2	51	1.43
13040417--13040444	12	2.3	12	100	0	56	17	7	0	75	1.03
13083100--13083137	17	2.2	17	86	9	51	68	2	2	26	1.16
13089718--13089788	33	2.2	33	89	0	106	25	28	14	32	1.94
13089828--13089883	16	3.5	16	87	0	76	26	10	42	19	1.84
13089812--13089882	32	2.2	32	85	9	92	26	11	45	16	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13090966--13091023	30	1.9	30	85	0	80	13	20	34	31	1.92
13092757--13092844	24	3.6	23	74	24	74	78	5	2	13	1.03
13092757--13092823	23	2.9	23	84	10	75	77	5	1	14	1.03
13092757--13092845	29	3.1	28	74	19	85	78	5	2	13	1.02
13092757--13092845	11	7.8	11	70	15	65	78	5	2	13	1.02
13092780--13092845	17	3.9	17	82	9	73	80	4	3	12	0.98
13092780--13092837	6	9.8	6	83	3	64	79	5	3	12	1.02
13093057--13093111	4	13.8	4	75	21	53	72	0	5	21	1.04
13093061--13093175	8	13.8	8	80	9	115	72	0	4	23	1.03
13101621--13101818	51	3.9	51	78	5	240	29	27	17	25	1.98
13101630--13101814	101	1.8	102	90	3	302	30	27	17	24	1.97
13105946--13105990	23	2.0	23	86	0	63	37	13	24	24	1.91
13106060--13106113	23	2.4	22	84	9	72	33	14	20	31	1.93
13109018--13109066	24	2.0	24	88	0	71	44	24	6	24	1.76
13109027--13109091	24	2.6	27	83	9	75	41	20	12	26	1.87
13109087--13109270	81	2.3	81	85	1	244	23	22	20	33	1.97
13109099--13109270	27	6.4	27	83	0	200	24	22	20	32	1.98
13109087--13109281	54	3.6	54	79	2	203	24	22	18	33	1.97
13121021--13121170	42	3.5	43	72	16	132	25	20	26	28	1.99
13121021--13121179	43	3.7	43	71	13	139	24	19	27	28	1.99
13121353--13121389	18	2.0	19	85	15	51	43	5	18	32	1.73
13126000--13126045	22	2.1	22	100	0	92	50	8	23	17	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13126340--13126372	13	2.4	14	90	10	50	42	3	0	54	1.15
13128132--13128183	24	2.2	24	82	0	59	50	9	5	34	1.59
13129356--13129390	6	5.8	6	100	0	70	0	65	0	34	0.93
13136292--13136422	13	9.8	13	71	17	81	34	16	2	46	1.60
13136280--13136355	40	1.9	39	84	12	102	35	19	1	43	1.60
13136308--13136370	27	2.3	27	97	0	117	34	15	0	49	1.45
13136280--13136430	67	2.3	67	87	5	209	33	16	1	48	1.58
13139056--13139133	21	3.7	21	89	0	111	29	32	25	12	1.93
13144184--13144316	57	2.3	57	88	0	185	47	15	9	28	1.75
13145814--13145895	40	2.0	41	97	2	157	52	7	19	20	1.70
13155544--13155580	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
13155920--13155957	18	2.1	18	85	9	51	55	21	2	21	1.56
13156598--13156661	25	2.6	24	80	2	83	35	21	26	15	1.94
13156598--13156668	24	2.9	24	74	17	74	35	23	25	15	1.94
13168089--13168151	24	2.6	24	82	7	65	23	25	22	28	1.99
13170290--13170314	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
13173329--13173373	22	2.0	22	100	0	90	60	0	4	35	1.17
13173363--13173395	15	2.1	17	88	11	52	72	3	0	24	0.98
13179163--13179197	17	2.1	17	89	10	54	37	5	28	28	1.80
13180699--13180737	16	2.5	15	84	8	51	38	2	2	56	1.27
13180705--13180752	21	2.2	21	85	3	60	37	4	2	56	1.30
13183771--13183843	22	3.5	22	68	25	68	45	21	4	28	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13183713--13183850	39	3.5	39	88	0	186	44	21	4	29	1.71
13185725--13185778	21	2.6	21	85	8	76	33	22	12	31	1.92
13185725--13185792	21	3.3	20	80	10	75	36	20	13	29	1.91
13195469--13195570	33	3.1	33	82	2	116	41	3	37	17	1.68
13201672--13201712	21	1.9	22	85	5	57	26	14	14	43	1.84
13203976--13204165	50	3.7	50	77	4	173	27	20	27	24	1.99
13217559--13217735	69	2.6	69	84	1	221	33	29	12	24	1.93
13217699--13217917	68	3.2	67	79	3	251	34	31	15	19	1.92
13246153--13246237	43	2.0	43	88	4	127	23	24	1	50	1.56
13247448--13247486	15	2.5	15	91	4	60	43	5	0	51	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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