genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8432507--8432540	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
8432573--8432749	93	1.9	93	87	4	259	48	3	5	42	1.41
8434164--8434190	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
8434371--8435043	335	2.0	335	99	0	1337	36	19	14	28	1.92
8436769--8436799	15	2.1	15	100	0	62	45	0	19	35	1.51
8440594--8440620	5	5.4	5	100	0	54	37	18	0	44	1.50
8443494--8443585	47	2.0	47	100	0	184	35	10	14	39	1.81
8449816--8449855	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
8463507--8463555	15	3.2	16	75	13	50	53	0	0	46	1.00
8465593--8465628	18	2.0	18	94	0	63	33	36	0	30	1.58
8466127--8466157	15	2.1	15	100	0	62	38	25	16	19	1.92
8466413--8466448	17	2.1	17	100	0	72	41	16	0	41	1.48
8469363--8469427	21	3.1	21	75	2	69	21	1	26	50	1.57
8469422--8469459	19	2.0	20	89	5	60	15	5	39	39	1.70
8469898--8469948	20	2.5	20	83	0	57	33	11	21	33	1.90
8472070--8472183	49	2.3	49	86	0	156	28	30	18	22	1.97
8485622--8485736	56	2.0	58	85	10	155	36	17	10	35	1.84
8485623--8485751	60	2.2	56	82	10	145	37	18	9	34	1.83
8491058--8491109	21	2.5	21	84	3	70	46	30	0	23	1.53
8491481--8491523	19	2.2	20	83	4	52	41	39	6	11	1.68
8491531--8491570	21	1.9	21	84	0	53	47	20	5	27	1.70
8491867--8492147	141	2.0	142	88	2	422	38	12	14	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8497376--8497491	41	2.8	42	83	5	139	20	20	27	31	1.98
8501660--8501690	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
8501750--8501789	9	4.4	9	96	0	62	47	15	10	27	1.77
8501744--8501789	18	2.6	18	85	0	65	47	15	8	28	1.74
8502000--8502059	30	2.0	31	83	3	77	20	38	0	41	1.52
8505749--8505963	41	5.3	40	77	7	202	40	20	16	23	1.91
8505772--8505963	81	2.4	81	82	10	214	38	19	16	25	1.92
8506732--8506991	127	2.0	127	96	0	484	28	10	14	46	1.78
8506979--8507056	40	2.0	40	94	0	138	14	12	19	53	1.72
8510362--8510420	28	2.1	28	100	0	118	50	11	16	20	1.76
8510517--8510602	44	1.9	45	88	6	131	24	16	31	27	1.96
8514141--8514216	28	2.7	29	83	8	93	14	31	15	38	1.88
8525862--8525925	33	1.9	34	87	9	96	43	1	0	54	1.09
8529403--8529444	18	2.3	19	83	4	50	73	4	2	19	1.12
8529474--8529549	30	2.5	31	71	25	72	60	5	3	30	1.37
8531623--8531803	52	3.5	52	91	2	285	28	28	14	29	1.95
8533713--8533760	23	2.1	23	100	0	96	50	16	12	20	1.78
8534056--8534179	25	5.0	26	75	6	73	33	22	24	20	1.97
8534070--8534179	25	4.5	25	77	3	107	35	20	24	20	1.96
8534125--8534240	49	2.4	48	77	13	121	37	18	21	22	1.94
8534781--8534823	21	2.0	22	86	4	61	39	20	0	39	1.53
8535774--8535826	18	2.9	18	81	10	72	30	3	0	66	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8535766--8535839	9	8.0	9	73	16	62	32	4	1	62	1.22
8539091--8539138	25	1.9	25	86	0	69	12	25	14	47	1.79
8550944--8550982	6	6.5	6	100	0	78	51	33	15	0	1.44
8554016--8554335	44	7.3	44	67	6	155	25	26	25	22	2.00
8553965--8554458	88	5.6	88	86	0	614	26	25	25	23	2.00
8554060--8554458	44	9.1	44	65	7	164	25	24	25	24	2.00
8553973--8554458	264	1.8	264	86	1	706	26	25	25	23	2.00
8554499--8554797	44	6.8	44	88	3	431	26	16	27	29	1.97
8554941--8555402	44	10.6	44	66	15	165	31	21	22	24	1.98
8554766--8555402	131	4.9	131	86	3	795	30	21	23	24	1.99
8554766--8555366	258	2.3	262	86	2	825	31	21	22	24	1.98
8555321--8555422	44	2.3	43	73	20	111	34	16	19	29	1.94
8555415--8555577	50	3.3	50	76	3	175	30	24	23	21	1.99
8555415--8555611	100	2.0	101	85	5	274	31	22	23	22	1.98
8556035--8556063	8	3.6	8	100	0	58	89	0	0	10	0.48
8560290--8560350	25	2.5	24	82	10	70	19	16	6	57	1.61
8561445--8561513	22	3.2	22	80	10	79	73	5	4	15	1.18
8562485--8562520	19	1.9	18	88	5	54	83	2	2	11	0.86
8563695--8563835	45	3.2	45	67	9	117	31	19	24	24	1.98
8563829--8563920	43	2.1	43	87	0	130	29	17	26	27	1.97
8564019--8564139	44	2.7	44	85	3	145	32	19	25	23	1.97
8564056--8564675	217	2.9	215	89	3	913	29	18	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8564318--8565291	44	22.5	44	67	10	212	29	17	23	28	1.97
8564278--8565463	173	6.9	174	72	9	699	29	17	23	29	1.97
8564557--8565454	129	6.9	129	78	5	855	29	17	23	29	1.97
8564449--8565251	88	9.3	87	65	8	258	29	17	23	28	1.97
8564795--8565189	217	1.8	217	89	1	621	29	18	23	28	1.98
8564278--8565463	519	2.3	519	90	1	1824	29	17	23	29	1.97
8565357--8565456	44	2.4	41	79	5	110	30	16	18	36	1.92
8567134--8567181	23	2.1	22	85	11	62	33	4	0	62	1.14
8574646--8574675	14	2.1	14	93	0	51	43	10	23	23	1.83
8576702--8576812	10	11.4	9	67	16	53	23	5	3	67	1.27
8576693--8576751	9	6.3	10	79	11	63	28	1	0	69	0.98
8576693--8576751	19	3.2	19	81	11	77	28	1	0	69	0.98
8576701--8576773	30	2.5	28	82	10	85	24	5	1	68	1.19
8576701--8576811	19	5.7	20	75	13	72	24	5	3	66	1.29
8576778--8576821	19	2.3	19	84	11	54	27	4	6	61	1.41
8577376--8577431	25	2.2	25	83	0	67	57	0	0	42	0.99
8579603--8579675	24	3.0	25	83	4	103	24	26	19	30	1.98
8579605--8579716	25	4.6	24	78	6	118	22	24	23	30	1.99
8579603--8579716	49	2.3	49	83	5	142	22	24	22	29	1.99
8585555--8585621	27	2.5	27	80	0	80	29	16	20	32	1.95
8589818--8589882	24	2.7	24	90	4	105	21	23	24	30	1.99
8597637--8597670	17	2.0	17	100	0	68	23	5	29	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8599618--8599651	17	2.0	17	88	0	50	32	26	2	38	1.71
8602223--8602259	19	1.9	19	94	0	65	18	2	5	72	1.15
8604504--8604546	22	1.9	22	85	4	59	53	23	11	11	1.69
8608811--8608843	16	2.1	16	94	0	57	45	0	0	54	0.99
8609614--8609653	16	2.5	16	84	11	55	55	0	2	42	1.13
8616960--8617019	30	1.9	32	90	6	97	40	0	41	18	1.50
8617904--8618352	233	1.9	233	93	0	763	32	21	12	33	1.91
8620296--8620430	59	2.3	60	82	11	170	36	17	8	38	1.79
8620298--8620447	59	2.5	58	82	11	146	33	16	8	41	1.79
8621104--8621130	7	3.9	7	100	0	54	29	11	0	59	1.32
8621958--8621990	16	2.0	17	88	5	50	36	0	3	60	1.12
8622086--8622133	24	2.0	23	84	15	62	37	4	0	58	1.18
8622152--8622263	26	4.1	26	81	13	134	49	1	8	40	1.45
8622153--8622263	29	3.9	28	84	5	136	49	1	8	40	1.43
8622150--8622263	58	2.0	57	86	5	160	49	1	8	40	1.44
8623990--8624048	29	2.0	29	83	9	75	44	13	6	35	1.71
8625425--8625457	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
8626239--8626293	12	4.6	12	75	8	58	56	5	1	36	1.33
8626393--8626421	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8634082--8634169	30	2.9	32	81	11	121	32	23	17	26	1.96
8637777--8637837	30	2.0	30	100	0	122	32	6	16	44	1.73
8638047--8638121	39	1.9	39	86	7	109	34	20	22	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8638144--8638379	41	5.8	41	89	4	343	21	22	27	29	1.99
8639016--8639072	28	2.0	28	86	6	80	54	5	3	36	1.40
8639215--8639413	98	2.0	98	100	0	398	32	12	25	30	1.92
8641809--8641983	86	2.0	87	83	1	217	30	5	16	47	1.70
8642075--8642325	86	2.9	86	83	4	290	34	9	14	41	1.78
8642337--8642421	40	2.1	40	84	4	109	30	5	14	49	1.66
8644539--8644639	43	2.3	43	87	0	148	23	16	30	28	1.97
8644687--8644730	22	2.0	22	90	0	70	45	27	18	9	1.79
8645583--8645624	6	7.0	6	100	0	84	16	33	33	16	1.92
8647677--8647712	19	1.9	18	88	5	54	22	0	30	47	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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