genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29063728--29063753	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
29076735--29077046	43	7.2	44	64	13	144	30	24	21	23	1.99
29076721--29077056	88	3.9	88	89	3	457	31	23	21	23	1.98
29076923--29077119	86	2.3	86	82	6	213	33	23	22	20	1.97
29080971--29081008	3	13.0	3	88	5	60	0	31	0	68	0.90
29084575--29084704	66	2.0	66	87	3	190	23	22	16	37	1.94
29094308--29094428	30	4.1	30	71	4	95	21	14	24	38	1.91
29100057--29100208	75	2.0	75	88	0	223	26	29	22	21	1.99
29102133--29102189	24	2.3	24	76	8	62	45	10	17	26	1.81
29102219--29102247	10	3.0	10	95	5	51	41	17	20	20	1.90
29104834--29104875	19	2.1	20	86	8	59	52	4	0	42	1.22
29104834--29104880	21	2.2	20	85	14	60	53	4	0	42	1.20
29111557--29111635	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
29111754--29112070	47	6.7	47	93	0	510	28	30	8	32	1.87
29113883--29113907	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29118663--29118729	7	9.4	7	73	23	52	55	0	2	41	1.15
29118663--29118732	16	4.9	15	72	19	60	55	0	2	41	1.14
29118664--29118716	17	3.0	18	76	18	58	58	0	3	37	1.16
29118964--29119024	2	32.5	2	74	23	53	52	0	3	44	1.17
29118964--29119025	9	6.9	9	73	26	60	53	0	3	43	1.17
29119154--29119194	13	3.4	13	80	19	61	48	7	0	43	1.30
29119144--29119211	23	3.0	23	93	0	109	45	5	2	45	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29119136--29119206	10	6.6	10	75	19	54	43	5	2	47	1.41
29119144--29119229	23	3.8	22	81	6	84	50	5	2	41	1.39
29121584--29121633	11	4.5	11	79	0	55	64	2	4	30	1.23
29121584--29121633	22	2.3	22	85	0	73	64	2	4	30	1.23
29122018--29122043	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
29122008--29122137	40	3.3	38	81	9	118	36	3	0	60	1.12
29122043--29122074	16	2.0	16	100	0	64	31	0	0	68	0.90
29122018--29122156	51	2.7	51	86	5	192	35	2	0	61	1.11
29122069--29122151	40	2.2	37	86	6	112	37	2	0	60	1.10
29122109--29122144	11	3.3	11	88	11	56	38	2	0	58	1.13
29122103--29122161	21	2.8	21	73	2	64	38	1	0	59	1.08
29127736--29128159	125	3.4	124	84	3	564	29	18	22	30	1.97
29131235--29131271	19	2.0	19	85	15	51	45	0	0	54	1.00
29131436--29131526	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
29131507--29131575	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
29131507--29131575	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
29139859--29139901	17	2.5	18	85	11	63	44	0	4	51	1.22
29140064--29140156	44	2.1	44	88	6	134	35	26	5	32	1.79
29140138--29140177	16	2.5	17	88	12	66	30	30	5	35	1.79
29140352--29140379	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
29140880--29140936	25	2.3	25	81	6	71	71	0	1	26	0.95
29140893--29140923	14	2.2	14	94	0	53	74	0	3	22	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29141839--29141874	9	4.0	9	88	0	54	13	41	8	36	1.75
29146320--29146369	22	2.3	22	92	0	82	20	12	56	12	1.67
29146328--29146373	22	2.1	22	100	0	92	17	8	56	17	1.65
29161261--29161291	15	2.1	15	100	0	62	19	6	32	41	1.77
29164347--29164394	14	3.2	15	83	16	64	52	2	0	45	1.12
29164347--29164394	15	3.2	14	80	13	60	52	2	0	45	1.12
29164444--29164501	21	2.7	22	81	2	64	50	0	3	46	1.18
29173118--29173379	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
29181391--29181652	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
29187366--29187407	21	2.0	21	86	13	59	61	4	2	30	1.29
29189937--29189970	15	2.2	16	89	5	52	61	5	5	26	1.42
29191991--29192117	50	2.5	51	87	3	168	24	18	26	29	1.98
29191991--29192127	51	2.7	50	86	3	177	24	18	27	29	1.98
29216094--29216127	15	2.2	16	89	5	52	61	5	5	26	1.42
29218161--29218287	50	2.5	51	87	3	168	24	18	26	29	1.98
29218161--29218297	51	2.7	50	86	3	177	24	18	27	29	1.98
29229043--29229095	27	2.0	27	88	0	79	9	28	20	41	1.83
29235184--29235216	11	3.0	11	100	0	66	36	0	0	63	0.95
29235321--29235373	18	3.0	18	77	2	63	50	1	1	45	1.23
29235324--29235399	35	2.2	35	84	11	95	52	2	1	43	1.23
29235382--29235434	21	2.5	20	82	14	54	47	3	3	45	1.39
29238501--29238648	25	6.0	25	81	6	142	35	18	21	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29238786--29238819	13	2.5	14	85	9	52	47	11	5	35	1.65
29245718--29245788	25	2.8	25	87	4	90	30	21	26	21	1.98
29248556--29248653	27	3.7	26	74	17	85	68	0	2	29	1.01
29248593--29248652	10	6.4	9	75	9	50	73	0	3	23	0.98
29248573--29248653	18	4.3	18	74	17	67	69	0	2	28	1.02
29248844--29248961	59	2.0	59	96	0	218	34	11	6	46	1.67
29263068--29263106	20	2.0	20	90	10	62	56	7	20	15	1.63
29268262--29268439	45	4.0	44	81	5	180	35	26	14	23	1.93
29274853--29274984	50	2.6	50	80	2	140	28	24	27	19	1.99
29274917--29275095	49	3.6	49	87	3	227	32	20	24	22	1.98
29275298--29275336	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
29278811--29278840	14	2.1	14	93	0	51	30	6	13	50	1.67
29281652--29281975	51	6.4	50	74	4	272	29	13	26	30	1.94
29281648--29281975	102	3.2	102	88	0	496	29	13	26	30	1.94
29281965--29282072	50	2.2	49	91	1	171	31	15	23	29	1.95
29285419--29285998	290	2.0	290	98	0	1133	34	18	19	28	1.95
29299194--29299236	10	4.0	10	80	16	50	39	0	2	58	1.11
29302822--29302859	3	12.7	3	83	10	51	28	0	0	71	0.87
29302883--29302923	18	2.3	18	87	8	57	34	0	9	56	1.32
29324757--29324823	30	2.2	31	86	2	91	28	16	5	49	1.69
29341347--29341397	20	2.6	19	84	6	66	64	1	0	33	1.05
29341347--29341398	19	2.7	18	80	13	59	63	1	0	34	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29341858--29341907	21	2.3	22	86	3	75	32	30	0	38	1.58
29341879--29341937	29	2.0	30	93	3	102	30	33	0	35	1.58
29341858--29341959	51	2.0	52	88	5	154	32	31	0	36	1.58
29341858--29341937	11	7.6	11	68	16	53	31	32	0	36	1.58
29341908--29341960	22	2.4	23	87	12	76	32	32	0	35	1.58
29341991--29342061	34	2.2	31	92	7	115	35	0	0	64	0.94
29344367--29345230	29	29.9	29	90	3	1348	43	26	0	29	1.59
29344367--29345230	117	7.5	116	90	2	1348	43	26	0	29	1.59
29348308--29348582	124	2.2	124	93	1	471	33	20	15	30	1.94
29350766--29350816	27	1.9	26	84	4	66	49	0	23	27	1.51
29357240--29357278	14	2.8	14	100	0	78	15	0	35	48	1.45
29359832--29359871	11	3.7	11	83	3	55	20	2	10	67	1.31
29363633--29363686	27	2.0	28	82	10	69	29	14	25	29	1.95
29368703--29369057	178	2.0	178	90	1	559	36	23	9	31	1.86
29369587--29369631	21	2.2	20	84	4	54	53	15	4	26	1.61
29375912--29376171	39	6.6	39	86	7	311	25	22	27	24	2.00
29383929--29384190	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
29386565--29386604	20	2.0	20	95	0	71	47	25	2	25	1.64
29391282--29391311	15	2.0	15	100	0	60	13	40	20	26	1.89
29397587--29397635	23	2.3	20	86	10	62	55	6	2	36	1.37
29397976--29398019	20	2.1	21	91	4	72	45	2	0	52	1.13
29398711--29398761	22	2.4	22	80	9	61	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29404005--29404066	21	3.2	21	62	29	55	16	8	22	53	1.69
29403995--29404068	37	2.0	37	100	0	148	18	8	18	54	1.68
29403995--29404091	37	2.6	37	87	6	99	20	7	18	53	1.68
29405498--29405565	29	2.3	29	82	9	86	30	22	17	29	1.97
29408998--29409034	19	1.9	19	88	0	56	32	8	18	40	1.80
29430294--29430342	21	2.2	23	82	7	57	32	6	0	61	1.21
29430399--29430436	16	2.3	17	86	4	51	42	5	5	47	1.48
29436892--29436936	3	14.7	3	86	4	63	33	0	0	66	0.92
29436894--29436950	19	3.1	19	87	7	73	31	0	1	66	1.02
29437399--29437429	10	3.0	10	90	9	53	58	3	0	38	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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