genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65807846--65808162	149	2.1	148	86	4	431	31	14	18	34	1.92
65808357--65808498	72	2.0	73	91	1	232	21	15	23	38	1.92
65808490--65808689	73	2.8	71	84	2	265	32	14	21	33	1.92
65808709--65808743	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
65808562--65809367	162	5.0	161	81	9	943	28	16	20	33	1.95
65808724--65809199	73	6.2	74	69	18	294	27	17	21	33	1.96
65808873--65808900	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
65808906--65809166	76	3.5	73	90	2	387	31	16	21	30	1.96
65808723--65809406	314	2.2	314	98	0	1314	28	17	20	33	1.95
65808425--65809333	476	1.9	481	86	5	1298	28	16	21	33	1.95
65809187--65809214	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
65809201--65809406	76	2.7	76	89	5	303	32	16	19	32	1.94
65810118--65810292	30	5.8	30	89	1	228	26	48	4	21	1.68
65810848--65810906	25	2.4	25	85	0	82	35	3	0	61	1.13
65810928--65811014	25	3.7	25	80	7	85	32	6	5	55	1.50
65810930--65811019	23	3.9	24	75	12	73	33	6	5	54	1.50
65811139--65811186	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
65811139--65811190	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
65812235--65812297	31	2.1	30	84	3	81	26	11	19	42	1.84
65828398--65828460	22	2.7	23	76	9	65	38	1	1	58	1.17
65831186--65831236	24	2.1	22	77	19	57	49	0	0	50	1.00
65836971--65836999	13	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65836969--65837016	22	2.3	20	86	10	69	37	0	0	62	0.95
65837431--65837464	17	2.0	17	94	0	59	35	2	17	44	1.64
65838568--65838609	19	2.2	19	84	16	52	59	16	4	19	1.54
65838564--65838602	19	2.1	18	86	13	53	58	15	5	20	1.55
65840230--65840361	37	3.4	39	78	7	142	31	23	18	26	1.97
65840223--65840361	40	3.6	38	78	6	118	30	23	18	27	1.98
65840230--65840364	41	3.4	41	74	12	131	32	22	17	26	1.97
65841278--65841368	35	2.6	36	77	10	98	43	4	2	49	1.34
65847859--65847915	28	2.0	28	82	0	69	26	22	10	40	1.86
65848833--65848860	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
65849687--65849734	20	2.3	22	75	14	55	45	0	0	54	0.99
65849695--65849732	20	1.9	20	88	0	58	44	0	0	55	0.99
65854919--65854998	31	2.6	30	84	5	90	32	5	13	48	1.64
65855132--65855221	31	3.0	30	80	6	101	44	6	8	40	1.62
65856204--65856243	20	2.0	20	90	0	62	37	2	2	57	1.26
65856311--65856349	9	4.3	9	90	0	51	33	7	10	48	1.66
65858962--65859000	16	2.4	16	91	0	60	61	0	0	38	0.96
65863077--65863132	27	2.1	27	82	0	67	48	0	35	16	1.46
65871597--65871642	23	2.0	24	95	4	85	36	2	0	60	1.09
65892259--65892317	3	19.3	3	83	10	75	33	1	1	62	1.15
65900071--65900121	16	3.2	16	97	0	93	35	0	9	54	1.33
65902076--65902141	33	2.0	33	84	0	87	51	3	1	43	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65905352--65905410	27	2.3	25	85	5	73	61	10	6	22	1.51
65905340--65905407	25	2.8	24	71	22	68	57	7	5	29	1.50
65905374--65905432	28	2.1	27	81	9	66	59	8	8	23	1.54
65905447--65905498	28	2.0	27	81	11	63	63	3	3	28	1.30
65906990--65907357	44	8.3	44	86	3	389	29	23	16	30	1.96
65911760--65911795	18	2.0	18	100	0	72	22	5	27	44	1.75
65918721--65918763	20	2.1	21	83	12	54	4	18	51	25	1.66
65921795--65921850	24	2.3	24	87	6	78	60	3	5	30	1.36
65921928--65921989	3	20.7	3	79	0	61	62	8	3	25	1.38
65921915--65921961	18	2.6	18	86	0	67	59	8	2	29	1.39
65921928--65921989	24	2.6	25	84	7	83	62	8	3	25	1.38
65922636--65922688	14	3.7	14	76	11	54	73	3	18	3	1.14
65931865--65932179	69	4.6	69	90	0	461	37	12	24	25	1.91
65941960--65941991	3	10.3	3	93	6	55	31	3	0	65	1.08
65942008--65942080	26	2.8	25	76	15	76	31	6	6	54	1.53
65944018--65944057	19	2.0	20	85	4	55	25	20	7	47	1.75
65945952--65946001	20	2.5	20	90	0	73	12	14	6	68	1.39
65946900--65946954	7	7.6	7	78	13	58	65	3	18	12	1.40
65946900--65946956	15	3.9	14	80	13	62	63	3	19	14	1.44
65946898--65946947	21	2.3	21	86	6	64	66	4	18	12	1.39
65948234--65948736	133	3.8	134	83	3	543	31	15	24	28	1.96
65948234--65948736	89	5.7	89	84	5	518	31	15	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65948234--65948699	222	2.1	222	94	0	826	31	15	23	29	1.96
65948931--65949124	44	4.4	44	72	10	171	30	18	24	26	1.97
65948892--65949085	44	4.4	44	69	7	126	29	17	25	27	1.97
65948729--65949193	132	3.6	132	90	3	712	30	19	23	27	1.98
65948732--65949526	132	6.1	132	77	6	509	30	17	24	27	1.97
65948732--65949526	264	3.0	263	81	8	756	30	17	24	27	1.97
65949210--65949631	44	9.6	44	79	7	392	30	15	24	29	1.95
65949138--65949689	264	2.1	264	95	1	982	29	16	24	29	1.97
65951097--65951131	3	11.3	3	93	6	61	31	2	0	65	1.07
65951148--65951220	26	2.8	26	70	15	69	30	6	6	56	1.52
65964277--65964593	105	3.0	106	96	3	588	16	25	5	52	1.66
65964312--65964593	103	2.7	99	96	3	392	16	24	6	53	1.65
65965185--65965953	44	16.7	44	73	14	226	28	22	17	31	1.96
65965137--65965910	186	4.2	186	92	2	1173	28	22	17	31	1.97
65965426--65965695	142	1.9	141	85	4	373	28	22	17	31	1.97
65965461--65965650	98	1.9	98	84	4	249	28	22	16	32	1.96
65965559--65965953	44	8.7	44	76	11	307	29	23	16	30	1.96
65965612--65965881	142	1.9	141	84	6	357	29	22	17	30	1.97
65965647--65965836	98	1.9	98	83	6	242	28	23	16	31	1.96
65977250--65977297	19	2.5	20	80	13	55	62	2	4	31	1.26
65977688--65977755	3	22.3	3	73	8	57	61	7	0	30	1.23
65980922--65981251	131	2.5	132	82	3	404	29	18	19	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65982003--65982035	15	2.1	16	88	5	50	51	18	9	21	1.73
65982525--65982578	25	2.3	23	84	12	67	31	5	1	61	1.30
65990392--65990428	19	1.9	19	94	0	65	37	0	5	56	1.22
65990976--65991017	21	2.0	21	90	4	68	38	0	0	61	0.96
65990990--65991083	24	3.7	23	67	25	64	39	4	1	55	1.27
65994962--65995062	41	2.5	39	77	16	105	63	3	3	28	1.30
65995025--65995120	28	3.4	27	81	9	88	60	1	5	33	1.26
65995035--65995095	27	2.2	27	88	2	86	59	0	3	37	1.14
65995074--65995156	38	2.2	39	80	12	100	60	3	4	31	1.35
66001127--66001155	10	2.9	10	100	0	58	10	10	31	48	1.71
66001653--66001708	28	2.0	28	100	0	112	46	21	3	28	1.68
66001942--66002007	32	2.1	31	85	2	87	37	15	6	40	1.72
66003905--66003948	7	6.1	7	89	10	63	31	0	0	68	0.90
66004126--66004173	19	2.6	18	83	9	53	68	2	27	2	1.11
66008060--66008089	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
66012316--66012382	28	2.4	29	82	9	77	65	1	1	31	1.10
66012324--66012357	17	2.0	17	88	11	52	70	2	0	26	1.01
66012316--66012382	27	2.4	29	82	9	68	65	1	1	31	1.10
66012887--66012943	28	2.0	28	83	6	71	38	0	5	56	1.22
66017894--66017936	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
66028434--66028468	17	1.9	19	88	11	56	40	22	0	37	1.55
66030510--66030630	61	2.0	61	85	3	163	40	10	4	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66031664--66031696	17	1.9	17	93	0	57	24	15	9	51	1.72
66041785--66041850	31	2.2	31	86	2	89	31	12	12	43	1.78
66043183--66043219	16	2.3	16	95	0	65	35	0	37	27	1.57
66043464--66043498	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
66043598--66043639	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
66043351--66043664	154	2.0	156	95	1	560	44	3	5	46	1.42
66043607--66043648	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
66043596--66043892	120	2.5	121	90	4	451	49	5	3	41	1.42
66043717--66043768	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
66043853--66043891	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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