genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24578828--24578861	15	2.4	14	90	5	50	76	2	2	17	1.04
24580778--24580840	20	3.2	20	77	8	74	7	22	23	46	1.78
24584341--24584396	19	2.5	23	72	24	57	42	3	3	50	1.37
24586339--24586406	3	22.7	3	96	0	127	0	32	0	67	0.91
24590813--24590861	24	2.0	24	84	7	64	14	28	4	53	1.59
24594072--24594109	19	2.0	19	90	10	60	28	2	0	68	1.03
24596149--24596206	14	4.3	14	85	10	68	18	12	6	62	1.52
24596172--24596211	11	3.4	11	89	10	53	27	7	10	55	1.60
24608270--24608311	14	3.1	14	89	3	68	38	14	0	47	1.44
24613677--24613745	36	1.9	36	93	0	120	37	34	11	15	1.84
24623019--24623138	9	13.0	9	72	11	82	30	1	2	65	1.16
24623015--24623104	17	5.1	17	75	11	74	34	2	1	62	1.15
24623027--24623122	36	2.6	36	83	5	111	32	2	2	63	1.18
24623019--24623138	19	6.5	18	75	14	84	30	1	2	65	1.16
24623064--24623133	29	2.4	29	77	11	81	30	0	2	67	1.05
24628900--24629053	63	2.4	63	85	2	202	27	26	24	21	1.99
24629646--24629690	18	2.5	18	92	0	72	75	0	22	2	0.91
24631817--24631868	24	2.2	23	80	10	61	75	1	19	3	1.06
24631830--24631876	23	2.0	24	83	8	60	76	0	14	8	1.01
24638731--24638952	40	5.6	40	85	4	236	23	21	28	26	1.99
24660949--24661171	80	2.8	79	79	3	214	24	21	28	25	1.99
24661002--24661171	40	4.3	40	85	0	207	23	21	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24661024--24661206	79	2.3	80	80	1	208	25	20	28	25	1.99
24669213--24669367	33	4.7	33	90	0	240	13	36	29	20	1.91
24672458--24672550	35	2.7	34	81	8	98	21	17	29	32	1.96
24685346--24685515	40	4.3	40	84	1	198	24	21	30	24	1.99
24685369--24685515	79	1.9	80	86	1	215	24	20	29	25	1.99
24685368--24685550	79	2.3	79	80	5	201	25	20	29	24	1.99
24693245--24693413	39	4.3	40	86	1	207	23	21	29	25	1.99
24693245--24693413	79	2.1	79	84	2	214	23	21	29	25	1.99
24693267--24693448	79	2.3	80	80	2	208	25	20	29	24	1.99
24701483--24701637	33	4.7	33	90	0	240	13	36	29	20	1.91
24704827--24704936	35	3.2	35	77	7	111	21	20	26	30	1.98
24707718--24707812	9	10.2	9	76	15	95	60	5	1	33	1.26
24708341--24708379	20	2.1	19	85	9	53	38	2	2	56	1.27
24708355--24708429	29	2.8	28	78	11	77	33	1	1	64	1.11
24708384--24708425	17	2.5	17	82	14	52	28	0	2	69	1.01
24709040--24709082	16	2.7	16	77	0	50	39	0	6	53	1.28
24727572--24727606	15	2.3	15	95	0	61	34	8	0	57	1.29
24732803--24732848	20	2.3	20	88	3	67	58	2	2	36	1.22
24732789--24732892	38	2.7	39	81	15	110	56	1	3	37	1.28
24739686--24739719	13	2.6	13	80	0	50	41	0	0	58	0.98
24742956--24742991	11	3.3	11	92	0	54	75	2	0	22	0.94
24743881--24743939	30	2.0	29	83	6	73	42	0	37	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24744154--24744190	9	4.1	9	89	0	56	29	8	16	45	1.76
24744244--24744274	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24744537--24744591	3	18.0	3	78	17	60	61	3	1	32	1.24
24744537--24744594	11	4.8	11	78	19	55	62	3	1	32	1.22
24744555--24744591	14	2.6	14	91	0	56	62	5	2	29	1.31
24744538--24744619	22	3.8	22	78	12	80	60	4	2	31	1.30
24745772--24746064	44	6.8	43	70	13	174	27	24	19	29	1.98
24746116--24746377	100	2.6	100	93	0	452	23	25	22	29	1.99
24746116--24746372	50	5.1	50	64	3	158	23	26	22	28	1.99
24747272--24747304	16	2.1	16	100	0	66	18	24	6	51	1.68
24747961--24748025	15	4.3	15	85	12	80	13	1	9	75	1.11
24747960--24748032	15	4.3	16	80	19	78	16	1	8	73	1.13
24748807--24748872	25	2.6	25	85	9	80	57	6	16	19	1.60
24752969--24753039	11	6.8	10	73	23	58	59	2	4	33	1.31
24752985--24753036	3	17.0	3	77	18	54	61	3	1	32	1.25
24752969--24753060	22	4.2	21	77	15	73	58	4	4	32	1.37
24752983--24753039	8	6.8	8	78	21	55	61	3	1	33	1.23
24752985--24753036	14	3.9	13	82	12	54	61	3	1	32	1.25
24753000--24753036	14	2.6	14	91	0	56	62	5	2	29	1.31
24754255--24754331	31	2.5	31	81	4	95	36	11	11	40	1.78
24758558--24758825	43	6.2	43	89	0	392	29	30	18	20	1.97
24759224--24759299	37	2.1	37	100	0	152	43	13	18	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24762436--24762755	128	2.5	128	95	0	577	31	9	16	42	1.80
24762528--24762948	128	3.3	124	85	9	455	35	12	14	36	1.85
24763885--24763971	40	2.2	40	77	4	95	34	40	3	21	1.71
24765034--24765148	40	2.9	38	73	5	104	22	21	22	33	1.98
24765919--24765981	33	1.9	33	83	0	81	58	1	9	30	1.39
24765979--24766085	18	5.8	16	71	23	54	63	3	2	29	1.26
24765979--24766087	17	5.9	17	71	20	60	63	3	2	30	1.26
24774734--24774851	41	2.9	41	87	0	146	27	16	24	31	1.97
24775004--24775107	31	3.3	30	68	17	77	29	9	15	45	1.78
24774964--24775183	63	3.2	67	80	9	250	30	10	15	43	1.80
24778043--24778558	44	12.0	44	66	13	149	25	23	20	30	1.99
24777922--24778474	130	4.3	130	93	1	930	26	25	19	28	1.99
24778443--24778556	40	2.7	42	82	9	135	23	19	23	33	1.97
24778563--24778957	134	2.9	134	94	1	684	29	23	20	27	1.98
24783124--24783171	19	2.5	19	80	6	53	43	8	18	29	1.79
24790210--24790359	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
24790182--24790359	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
24790183--24790338	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
24806011--24806041	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
24806091--24806149	5	11.4	5	76	20	59	3	18	0	77	0.90
24806087--24806145	31	1.9	31	89	6	93	3	20	0	76	0.93
24806091--24806156	16	4.4	14	78	14	60	3	18	1	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24807070--24807126	11	5.2	11	79	10	55	8	12	7	71	1.29
24807212--24807243	12	2.5	13	95	5	57	6	3	6	84	0.86
24811212--24811308	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
24811726--24812149	207	2.0	209	87	6	615	36	17	18	28	1.93
24816934--24816985	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
24816979--24817017	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
24824678--24824733	24	2.4	23	72	3	58	21	3	33	41	1.70
24829262--24829298	16	2.4	15	90	4	56	10	0	2	86	0.67
24829261--24829300	13	3.1	13	89	7	55	15	0	5	80	0.88
24829574--24829629	24	2.4	23	72	3	58	21	3	33	41	1.70
24831452--24831524	29	2.6	27	76	14	76	15	20	0	64	1.29
24831466--24831499	18	1.9	18	88	5	52	23	20	0	55	1.43
24840816--24840868	10	4.8	11	88	11	74	75	5	0	18	0.99
24840816--24840856	13	3.3	13	86	13	68	78	7	0	14	0.96
24840906--24840944	15	2.7	15	96	4	71	61	5	12	20	1.50
24847949--24848132	40	4.6	40	78	10	198	25	27	22	25	2.00
24847916--24848133	79	2.8	81	79	11	229	25	27	21	26	1.99
24851908--24851955	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
24857451--24857635	79	2.3	81	81	7	200	25	27	21	24	1.99
24857451--24857635	40	4.7	40	81	6	207	25	27	21	24	1.99
24864960--24865006	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
24868565--24868628	21	2.9	22	81	6	76	37	29	3	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24871083--24871139	20	2.8	20	78	2	60	28	33	12	26	1.92
24872688--24872723	10	3.8	9	89	10	54	86	2	8	2	0.77
24875545--24875601	20	2.8	20	78	2	60	28	33	12	26	1.92
24878990--24879139	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
24878962--24879139	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
24878963--24879118	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
24886996--24887145	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
24886968--24887145	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
24886969--24887124	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
24890580--24890641	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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