genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18197933--18198008	38	2.0	38	100	0	152	44	15	7	31	1.75
18205518--18205782	42	6.5	42	78	8	280	30	18	20	30	1.96
18205608--18205672	33	2.0	33	87	0	94	32	13	18	35	1.90
18205565--18205785	75	2.8	79	85	8	272	31	17	19	31	1.95
18205525--18205756	117	2.0	116	84	0	302	31	17	18	32	1.94
18206732--18206771	4	10.0	4	94	0	71	47	25	2	25	1.64
18212026--18212080	21	2.6	21	88	0	83	23	9	38	29	1.85
18212029--18212087	21	2.8	21	84	0	73	27	8	33	30	1.86
18217419--18217491	25	2.7	28	75	16	82	60	1	4	34	1.24
18217505--18217535	15	2.1	15	93	0	53	64	9	0	25	1.24
18219178--18219313	50	3.0	44	67	23	107	30	23	16	30	1.96
18219139--18219280	44	3.0	49	67	20	129	30	21	18	30	1.97
18219145--18219290	50	3.0	49	69	20	146	29	20	19	30	1.97
18219161--18219323	44	3.6	44	71	16	143	29	23	15	31	1.95
18219120--18219323	94	2.2	94	89	1	320	29	22	16	30	1.96
18219352--18219523	44	3.9	45	88	2	258	25	22	22	29	1.99
18219352--18219522	89	1.9	89	96	0	315	25	22	22	29	1.99
18219640--18219791	44	3.5	44	77	8	157	33	22	15	28	1.94
18219631--18219839	88	2.4	88	79	4	199	31	21	16	30	1.96
18219795--18219976	88	2.1	88	90	0	283	29	22	19	28	1.98
18219824--18220053	88	2.6	86	82	5	239	30	23	19	26	1.98
18219919--18220504	132	4.4	131	71	8	454	28	23	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18219919--18220097	44	4.1	44	69	9	114	27	25	18	27	1.98
18220022--18220455	88	4.9	88	73	9	253	28	23	18	29	1.97
18219693--18220721	396	2.6	396	87	1	1386	28	23	18	28	1.98
18220109--18220680	308	1.9	308	82	5	726	28	23	18	29	1.98
18220447--18220994	88	6.2	89	80	3	509	28	23	20	28	1.99
18220233--18220655	220	1.9	219	83	5	541	27	24	18	29	1.98
18220681--18220900	89	2.5	89	86	3	282	27	24	20	27	1.99
18221304--18221350	24	2.0	24	95	0	85	31	19	12	36	1.89
18232468--18232655	42	4.5	42	82	0	198	30	19	19	30	1.96
18232468--18232660	84	2.3	84	85	0	253	31	19	18	31	1.96
18233356--18233422	34	2.0	34	88	5	100	40	16	4	38	1.69
18236535--18236567	17	2.0	17	94	5	59	27	0	0	72	0.85
18242269--18242489	47	4.7	47	93	2	388	35	8	26	30	1.85
18242269--18242489	96	2.3	94	93	3	388	35	8	26	30	1.85
18242464--18242517	28	2.0	27	92	7	92	35	7	22	35	1.82
18242418--18242564	75	2.0	75	98	0	285	34	8	25	31	1.85
18242496--18243031	47	11.3	47	94	2	896	33	8	28	29	1.87
18242468--18243031	143	4.0	138	88	8	734	33	8	28	29	1.86
18242490--18243031	190	2.9	185	91	4	806	33	8	28	29	1.86
18243150--18243228	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
18245730--18245810	14	5.8	14	80	0	90	39	12	14	33	1.84
18245730--18245830	28	3.6	28	83	0	112	37	12	15	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18245772--18245823	14	3.7	14	81	0	59	36	11	15	36	1.84
18248936--18248965	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
18254333--18254415	29	2.7	30	81	9	80	54	7	9	28	1.60
18254336--18254415	31	2.6	30	78	5	81	56	7	8	27	1.57
18256971--18257174	91	2.3	90	88	3	288	36	21	9	33	1.85
18257261--18257319	29	2.0	30	83	3	75	66	0	6	27	1.17
18257380--18257444	19	3.3	20	77	14	64	55	1	9	33	1.41
18257291--18257434	57	2.5	56	76	12	150	58	2	7	31	1.38
18257591--18257707	48	2.4	46	79	13	121	40	2	1	55	1.24
18257749--18257941	88	2.2	89	84	4	241	29	10	20	39	1.86
18265932--18266023	37	2.5	37	83	0	103	19	11	26	42	1.86
18268865--18268892	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
18269298--18269357	27	2.3	26	79	2	75	53	3	0	43	1.17
18271516--18271573	29	2.0	29	96	0	107	27	25	13	32	1.94
18272323--18272362	21	1.9	21	85	10	55	40	2	0	57	1.12
18275864--18275938	37	2.0	37	92	0	123	44	14	5	36	1.68
18275864--18275955	37	2.5	37	85	7	107	45	14	5	34	1.67
18276185--18276266	41	2.0	41	97	0	155	19	34	6	40	1.76
18278876--18279252	133	2.8	134	83	7	487	31	13	21	33	1.92
18279624--18279675	21	2.5	20	81	6	68	21	3	38	36	1.72
18280637--18280667	7	4.4	7	91	0	53	16	0	35	48	1.46
18280636--18280676	21	1.9	22	90	5	66	19	2	31	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18282206--18283235	521	2.0	509	93	2	1756	21	11	19	48	1.79
18284119--18284165	21	2.2	21	85	7	60	34	19	40	6	1.77
18283801--18285121	658	2.0	658	98	0	2579	33	15	22	29	1.94
18285208--18285367	42	3.8	42	90	2	243	34	19	22	23	1.97
18285208--18285367	82	1.9	83	88	3	241	34	19	22	23	1.97
18286005--18286034	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
18286026--18286160	18	8.0	18	72	17	94	42	1	2	53	1.22
18285931--18286118	57	3.1	60	67	25	142	45	1	4	48	1.31
18286322--18286410	46	2.0	46	88	4	137	37	29	4	29	1.77
18286392--18286456	16	4.1	16	89	0	94	26	32	4	36	1.77
18286480--18286588	39	2.8	39	91	1	184	19	2	26	51	1.60
18287636--18287673	16	2.3	17	90	4	60	26	2	7	63	1.35
18288979--18289020	17	2.4	17	96	4	75	16	0	42	40	1.48
18290298--18290353	27	2.1	27	100	0	112	37	16	7	39	1.76
18293609--18293810	90	2.3	87	84	4	262	36	20	9	33	1.85
18293886--18293981	21	4.7	19	77	10	93	64	2	3	30	1.20
18293930--18294016	9	9.3	9	70	15	52	60	1	3	34	1.21
18293885--18294016	10	13.4	10	70	14	78	62	1	3	32	1.19
18294279--18294357	10	8.4	10	71	20	55	35	1	0	63	1.03
18294219--18294341	9	13.6	9	70	11	72	34	1	1	61	1.15
18294219--18294308	37	2.4	36	76	8	92	35	2	2	60	1.22
18294285--18294339	17	3.2	17	79	5	56	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18294238--18294341	44	2.3	47	80	8	117	35	1	0	61	1.14
18294365--18294537	90	1.9	90	81	8	210	35	8	20	35	1.83
18304334--18304396	19	3.3	19	68	0	54	41	11	3	44	1.56
18304431--18304465	17	2.0	17	88	5	52	48	0	17	34	1.47
18305779--18305868	27	3.3	27	87	6	128	14	32	22	31	1.94
18305869--18305898	15	1.9	16	93	6	53	6	6	20	66	1.38
18306630--18306716	42	2.1	42	100	0	174	29	26	11	32	1.91
18308535--18308568	16	2.1	17	94	5	61	79	0	0	20	0.73
18308562--18308606	19	2.3	20	92	3	74	60	0	0	40	0.97
18308536--18308732	9	21.0	9	68	20	59	63	1	4	30	1.22
18308911--18309063	19	8.2	19	72	17	90	32	0	1	64	1.09
18308901--18309064	28	5.9	29	77	11	155	31	1	2	64	1.14
18308949--18309017	8	7.9	8	72	22	50	27	0	1	71	0.95
18308958--18309039	37	2.2	36	85	8	103	32	0	1	65	1.00
18308911--18309063	9	16.4	9	71	15	98	32	0	1	64	1.09
18309138--18309451	89	3.5	88	80	5	337	34	7	19	38	1.79
18310276--18310307	16	2.0	16	100	0	64	6	25	18	50	1.70
18312286--18312310	13	1.9	13	100	0	50	36	16	0	48	1.46
18312971--18313029	8	7.4	8	73	21	52	49	16	1	32	1.56
18312971--18313029	15	3.7	15	73	20	57	49	16	1	32	1.56
18312968--18313043	33	2.3	33	100	0	152	48	17	3	30	1.65
18312986--18313041	18	3.3	18	72	23	66	48	19	3	28	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18313400--18313490	23	4.0	22	80	13	105	35	20	25	18	1.96
18313400--18313490	45	2.0	45	83	10	114	35	20	25	18	1.96
18316895--18316928	13	2.7	12	86	13	50	44	5	8	41	1.60
18321925--18321995	28	2.5	28	86	11	92	61	2	1	33	1.19
18321895--18322002	10	12.0	9	75	17	84	63	2	0	32	1.15
18321895--18322002	19	6.0	18	73	20	84	63	2	0	32	1.15
18322453--18322627	10	18.6	9	65	22	67	30	2	3	63	1.23
18322535--18322612	18	4.3	17	77	18	61	30	1	3	64	1.20
18322554--18322617	29	2.2	29	83	5	76	26	1	4	67	1.19
18322582--18322631	18	2.7	18	80	17	57	22	0	6	72	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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