genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18322659--18322710	22	2.4	22	87	3	70	25	7	5	61	1.45
18328465--18328520	27	2.1	27	86	0	76	46	7	5	41	1.54
18329624--18329676	27	2.0	27	88	7	81	50	3	13	32	1.59
18330215--18330259	7	6.1	7	80	10	54	17	46	0	35	1.49
18330215--18330260	8	6.1	8	80	12	53	17	47	0	34	1.48
18330215--18330260	22	2.0	23	91	4	76	17	47	0	34	1.48
18332744--18332789	18	2.5	18	92	3	74	63	19	6	10	1.48
18332955--18333018	23	2.7	23	80	11	67	56	0	4	39	1.20
18338454--18338566	56	2.0	56	84	0	145	22	9	18	49	1.76
18338747--18338777	16	1.9	16	93	0	53	48	3	9	38	1.52
18338921--18338989	25	2.7	27	80	8	81	62	2	1	33	1.19
18347921--18347972	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
18349887--18349938	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
18357494--18357655	26	6.6	25	73	18	83	35	21	24	18	1.95
18357589--18357663	26	2.9	25	84	11	98	40	24	20	16	1.91
18362189--18362227	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
18364387--18364430	7	6.0	7	92	7	70	81	4	13	0	0.83
18366475--18366519	22	2.0	22	100	0	90	42	8	26	22	1.83
18375757--18375789	13	2.6	13	90	4	50	0	30	0	69	0.88
18376507--18376600	49	1.9	48	85	6	127	35	15	26	22	1.94
18377273--18377323	23	2.2	23	86	6	68	47	19	13	19	1.83
18379240--18379297	25	2.3	25	85	5	73	41	24	18	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18381178--18381220	12	3.5	12	81	12	52	69	2	4	23	1.18
18381178--18381221	21	2.1	21	87	8	63	70	2	4	22	1.17
18382686--18383476	143	5.5	142	87	3	1106	27	22	20	29	1.99
18385512--18385604	45	2.1	45	93	0	159	31	23	19	25	1.98
18385601--18385796	51	3.9	50	79	4	223	30	29	17	23	1.97
18385608--18385792	101	1.8	101	90	3	300	30	28	17	23	1.97
18388010--18388050	20	2.0	22	90	9	68	7	0	7	85	0.75
18392838--18392885	18	2.5	19	77	16	55	66	2	4	27	1.21
18398878--18398910	12	2.8	12	100	0	66	18	27	18	36	1.94
18399013--18399052	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
18399063--18399300	59	3.9	59	92	6	377	40	5	9	45	1.58
18399125--18399152	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
18399041--18399270	68	3.5	68	87	11	374	40	4	8	46	1.54
18399367--18399411	24	1.9	23	90	4	72	62	2	0	35	1.08
18405543--18405593	14	3.5	14	75	19	59	41	1	3	52	1.31
18405538--18405608	30	2.4	30	95	4	126	40	4	2	52	1.36
18409196--18409220	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
18412581--18412616	17	2.1	17	100	0	72	66	0	16	16	1.25
18415061--18415105	23	1.9	24	90	4	74	60	2	0	37	1.09
18415319--18415372	28	2.0	28	88	3	83	42	9	5	42	1.60
18415489--18415564	10	7.1	11	72	19	63	0	31	0	68	0.90
18415492--18415563	18	3.8	18	77	12	72	0	30	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18415493--18415563	14	5.2	14	74	16	60	0	29	0	70	0.88
18415461--18415564	32	3.2	32	72	20	90	0	33	0	66	0.92
18416555--18416588	16	2.0	17	88	11	52	50	0	0	50	1.00
18417506--18417556	22	2.3	22	96	0	93	27	31	0	41	1.56
18417600--18417664	29	2.2	31	88	5	98	36	0	0	63	0.95
18418061--18418106	22	2.1	22	100	0	92	30	30	0	39	1.57
18418150--18418214	29	2.2	31	88	5	98	36	0	0	63	0.95
18417511--18418606	550	2.0	550	99	0	2183	29	15	16	37	1.91
18419277--18419301	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
18420245--18420300	24	2.3	24	87	0	85	46	32	19	1	1.61
18420537--18421352	28	28.4	28	85	8	1025	49	23	0	27	1.52
18421350--18421406	26	2.2	26	100	0	114	26	7	7	59	1.49
18421378--18421508	55	2.3	56	79	10	142	34	9	9	46	1.69
18431505--18431544	11	3.6	11	93	6	64	22	35	0	42	1.54
18431585--18431627	12	3.7	12	84	3	61	46	2	0	51	1.13
18432727--18432751	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
18433963--18434866	23	39.7	23	77	15	819	49	24	0	25	1.54
18433962--18434982	45	22.6	43	76	16	796	49	24	0	25	1.54
18433962--18434981	68	15.1	66	79	15	694	49	24	0	25	1.54
18434052--18434875	135	6.0	135	83	11	899	50	24	0	25	1.54
18434557--18434640	30	3.1	29	72	25	92	50	28	1	20	1.56
18434858--18434889	7	4.6	7	100	0	64	46	40	0	12	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18434872--18434950	23	3.5	23	85	1	88	45	32	0	21	1.52
18434767--18434973	105	2.0	105	89	0	315	48	25	0	25	1.55
18434885--18434981	23	4.1	23	83	2	113	48	24	0	26	1.51
18434976--18435219	116	2.1	116	93	1	409	39	9	6	44	1.64
18438231--18438578	124	2.8	123	88	1	507	32	22	16	29	1.96
18441680--18441727	24	2.0	24	91	0	78	33	6	8	52	1.57
18446814--18446840	9	3.0	9	100	0	54	44	0	0	55	0.99
18448173--18448217	20	2.2	21	77	18	51	2	24	2	71	1.09
18458223--18458263	16	2.6	15	84	7	55	48	0	2	48	1.14
18466303--18466335	6	5.5	6	89	10	50	78	3	0	18	0.87
18470768--18470847	38	2.1	38	86	6	110	26	30	18	25	1.98
18470966--18471347	47	8.1	47	93	1	631	28	30	9	32	1.88
18475034--18475309	40	6.9	40	91	0	419	25	26	21	26	2.00
18475034--18475388	80	4.4	80	86	2	421	25	26	21	26	2.00
18475091--18475388	40	7.5	40	87	3	118	24	27	22	25	2.00
18475039--18475388	120	2.9	119	85	5	429	25	26	22	26	2.00
18475730--18475872	43	3.3	43	100	0	286	27	34	14	23	1.94
18477724--18477802	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
18477921--18478302	47	8.1	47	93	0	593	28	30	9	32	1.88
18482274--18482342	34	2.0	34	88	0	102	36	4	13	46	1.62
18482398--18482480	23	3.7	22	75	4	85	33	12	18	36	1.87
18485071--18485118	22	2.2	23	88	7	73	41	12	14	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18485102--18485173	23	3.1	23	79	0	81	33	15	13	37	1.87
18485160--18485488	105	3.2	104	91	2	536	32	6	17	42	1.76
18485877--18486299	36	11.7	36	69	5	190	24	21	21	32	1.98
18485970--18486307	72	4.7	72	81	1	336	24	22	22	31	1.99
18485877--18486094	110	2.0	108	82	7	262	22	22	22	31	1.98
18494808--18494846	21	1.9	20	84	5	51	48	15	12	23	1.79
18498504--18498550	24	2.0	24	83	8	60	65	2	27	4	1.22
18500518--18500612	49	1.9	49	91	0	154	25	21	21	32	1.98
18504491--18504668	98	1.8	98	100	0	356	46	14	4	35	1.64
18505162--18505251	43	2.1	44	85	2	119	41	11	17	30	1.84
18518169--18518216	25	2.0	25	83	4	62	52	2	2	43	1.24
18524616--18524647	15	2.2	14	94	5	55	37	0	31	31	1.58
18531850--18531880	16	1.9	16	93	0	53	45	0	29	25	1.54
18531967--18532026	30	2.0	31	83	9	79	41	1	36	20	1.62
18532240--18532276	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
18532325--18532362	18	2.1	18	95	0	67	31	18	15	34	1.92
18538493--18538527	18	1.9	18	94	0	61	14	31	28	25	1.95
18552083--18552173	27	3.4	27	80	8	114	36	16	13	34	1.87
18552052--18552171	54	2.2	55	85	5	156	35	15	15	33	1.89
18552083--18552188	54	2.0	51	87	8	151	34	15	13	36	1.86
18558226--18558290	33	2.0	33	90	0	103	44	4	16	33	1.69
18559359--18559506	27	5.5	27	86	1	208	32	17	14	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18559782--18559858	34	2.3	33	86	6	111	27	24	23	24	2.00
18561256--18561294	19	2.1	19	85	4	53	30	7	7	53	1.57
18564638--18564703	24	2.9	22	80	8	87	22	19	16	40	1.91
18564685--18564770	45	1.9	44	80	2	100	30	19	16	33	1.94
18564859--18564893	18	1.9	18	88	0	52	28	22	20	28	1.98
18566616--18566650	10	3.4	10	92	4	52	68	0	0	31	0.90
18568000--18568035	18	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
18568117--18568150	15	2.2	15	89	5	50	61	2	0	35	1.11
18570411--18570477	10	6.5	10	73	13	55	62	1	1	34	1.13
18570426--18570470	22	2.1	22	84	12	58	68	0	0	31	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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