genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22393578--22393689	57	2.0	57	85	0	152	36	18	18	25	1.94
22393546--22393708	89	1.8	89	86	0	236	38	19	18	23	1.93
22393698--22393763	26	2.5	26	85	0	87	37	27	19	15	1.92
22393755--22393815	27	2.3	27	81	15	74	32	21	24	21	1.98
22393880--22394013	24	5.6	24	83	0	142	43	19	8	28	1.81
22394032--22394256	54	4.2	54	86	2	301	23	24	19	33	1.97
22394031--22394256	27	8.5	26	86	3	272	23	23	19	33	1.97
22394248--22394308	27	2.3	27	82	0	77	22	16	19	40	1.90
22394669--22394774	53	2.0	53	88	0	158	19	23	21	34	1.96
22396081--22396129	21	2.4	21	86	3	64	36	0	4	59	1.17
22402196--22402254	31	1.9	31	86	6	84	28	32	15	23	1.95
22405806--22405837	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
22411372--22411405	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
22420114--22420185	25	2.9	25	93	0	117	26	20	26	26	1.99
22429854--22430123	40	6.8	40	90	0	423	22	26	20	30	1.98
22429854--22430297	120	3.6	120	79	12	525	22	25	19	31	1.98
22430132--22430297	40	4.2	40	96	0	305	23	25	19	31	1.98
22430037--22430218	95	1.9	95	100	0	364	25	24	17	32	1.97
22429997--22430256	135	1.9	135	95	0	466	24	25	18	31	1.97
22429958--22430296	175	1.9	175	95	0	615	23	25	18	32	1.97
22440616--22440651	16	2.3	15	90	9	63	66	0	5	27	1.13
22440671--22440722	24	2.2	23	82	3	59	73	3	3	19	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22444190--22444232	21	2.0	21	86	9	59	76	2	4	16	1.05
22448698--22448738	22	1.9	22	90	5	66	31	0	0	68	0.90
22449228--22449257	16	1.9	15	93	6	51	50	3	0	46	1.18
22449850--22449898	25	2.0	24	84	8	62	63	4	0	32	1.13
22450341--22450406	13	5.5	13	72	20	72	36	1	13	48	1.52
22450339--22450408	23	3.0	23	93	0	113	37	1	14	47	1.53
22451030--22451066	16	2.4	16	86	13	51	40	8	2	48	1.47
22452884--22452924	18	2.3	18	95	0	73	19	21	2	56	1.54
22455029--22455084	2	28.0	2	94	0	94	51	46	1	0	1.11
22456473--22456520	18	2.6	19	78	15	55	68	2	0	29	1.01
22456550--22456579	9	3.2	9	95	4	51	30	0	0	70	0.88
22458679--22458718	15	2.7	15	92	0	62	17	7	27	47	1.74
22459529--22459600	27	2.5	29	80	6	67	73	16	2	6	1.17
22469017--22469043	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
22469012--22469061	7	7.0	7	82	17	59	70	0	16	14	1.18
22470437--22470842	44	8.8	44	72	16	279	32	18	20	28	1.96
22470466--22470893	142	3.0	142	93	0	750	33	18	20	28	1.96
22470958--22471409	50	9.0	50	72	6	322	32	21	20	25	1.98
22470940--22471396	151	3.0	150	70	12	351	32	21	20	25	1.98
22470940--22471409	101	4.7	100	90	2	701	31	22	20	25	1.98
22472126--22472167	21	2.0	21	82	17	52	9	14	4	71	1.28
22478112--22478184	38	1.9	38	94	0	128	27	24	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22480512--22480565	23	2.3	23	87	0	81	22	25	18	33	1.97
22490037--22490094	26	2.2	26	75	0	62	29	6	12	51	1.65
22495402--22495428	14	1.9	14	100	0	54	22	11	14	51	1.73
22495649--22495683	13	2.8	13	91	8	56	65	0	0	34	0.93
22497893--22497944	25	2.1	25	96	0	95	17	25	15	42	1.88
22498810--22499326	120	4.3	120	95	0	892	42	2	5	49	1.38
22499043--22499089	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
22499143--22499176	18	1.9	18	88	5	52	47	0	0	52	1.00
22499154--22499208	15	3.7	15	79	13	53	47	0	1	50	1.11
22499265--22499324	16	3.8	16	76	12	54	45	0	1	53	1.10
22499274--22499315	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22501073--22501427	147	2.4	147	81	2	392	38	9	10	41	1.73
22508238--22508586	173	2.0	173	100	0	698	26	10	21	41	1.85
22510222--22510269	19	2.5	19	83	9	62	39	4	0	56	1.19
22510594--22510673	29	2.7	29	72	12	83	32	7	1	58	1.34
22516098--22516339	17	14.4	17	79	3	184	45	21	8	24	1.79
22516127--22516339	34	6.3	34	80	4	205	44	22	7	25	1.79
22516126--22516339	51	4.2	51	80	4	225	44	21	8	25	1.80
22519512--22519664	25	6.2	25	70	15	104	37	20	25	16	1.93
22526186--22526236	23	2.2	23	96	0	93	25	9	23	41	1.85
22526781--22526852	36	2.0	36	100	0	144	25	22	13	38	1.91
22527666--22527730	4	16.2	4	100	0	130	26	0	24	49	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22534198--22534259	31	2.0	31	100	0	124	32	3	22	41	1.70
22545651--22545681	6	5.2	6	92	0	53	67	16	16	0	1.23
22548445--22549149	40	16.8	40	73	13	386	22	20	23	33	1.97
22548380--22549020	129	5.1	127	81	6	632	22	19	24	32	1.97
22548950--22549196	129	1.9	129	95	0	449	24	21	23	31	1.98
22549212--22549964	50	15.1	50	67	1	346	25	21	22	30	1.98
22549214--22549976	100	7.7	100	87	2	867	25	21	22	30	1.98
22549269--22549965	200	3.5	200	86	0	959	25	21	22	30	1.98
22550257--22550313	23	2.4	24	91	2	89	28	24	12	35	1.91
22551205--22551257	18	2.9	18	81	13	56	0	16	3	79	0.88
22551201--22551244	11	4.0	11	85	8	63	0	18	2	79	0.83
22551219--22551257	17	2.2	18	86	13	55	0	15	2	82	0.79
22554359--22554404	19	2.5	19	86	10	60	43	10	19	26	1.84
22560745--22560945	43	4.7	44	87	6	236	33	28	18	18	1.95
22561102--22561126	11	2.3	11	100	0	50	28	8	0	64	1.22
22570828--22570876	25	2.0	25	88	8	73	51	8	12	28	1.68
22581447--22581598	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	26	1.94
22581447--22581598	55	2.8	55	92	0	241	30	28	13	26	1.94
22589616--22589767	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
22589616--22589767	55	2.8	55	93	0	250	30	28	13	26	1.94
22594895--22595180	79	3.6	79	78	4	326	30	16	11	41	1.84
22595971--22596065	38	2.5	37	84	1	118	31	20	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22601468--22601558	38	2.4	38	81	0	101	34	14	15	36	1.88
22609899--22609963	21	3.3	19	72	20	53	72	1	23	3	1.07
22609893--22609951	22	2.5	24	83	10	68	72	1	20	5	1.12
22614106--22614174	19	3.6	19	82	7	79	40	1	1	56	1.17
22614121--22614183	20	3.2	20	77	16	69	36	1	3	58	1.23
22619423--22619470	25	2.0	24	83	4	60	68	0	0	31	0.90
22621195--22621290	50	1.9	50	100	0	192	45	6	8	39	1.59
22627336--22627390	24	2.3	24	76	11	60	54	7	1	36	1.39
22628238--22628276	19	2.2	18	90	9	62	48	0	2	48	1.15
22629913--22630028	35	3.3	35	80	7	128	37	17	24	21	1.94
22636325--22636398	37	2.0	37	97	0	139	31	16	17	35	1.92
22639785--22639815	15	2.1	15	93	0	53	22	25	22	29	1.99
22640067--22640143	38	2.0	38	97	0	145	36	12	16	33	1.88
22643813--22643851	20	2.0	20	85	10	53	20	2	7	69	1.26
22645613--22645642	14	2.1	15	93	6	53	40	0	6	53	1.27
22654397--22654429	5	6.6	5	100	0	66	42	0	0	57	0.98
22655392--22655544	22	6.5	25	81	10	130	17	23	20	38	1.93
22662547--22662574	7	4.0	7	100	0	56	28	0	42	28	1.56
22668133--22668162	15	2.0	15	93	0	51	16	16	0	66	1.25
22683782--22683832	14	3.8	14	77	15	54	68	0	0	31	0.90
22684531--22684583	26	2.0	26	85	0	70	45	15	16	22	1.85
22684771--22684853	3	27.7	3	100	0	166	33	0	32	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22685156--22685190	12	2.8	13	86	8	54	8	31	2	57	1.44
22687480--22687592	56	2.0	56	92	0	190	34	16	9	38	1.82
22690819--22690876	13	4.5	13	78	6	55	36	3	25	34	1.73
22696688--22696748	29	2.1	29	100	0	122	31	18	6	44	1.75
22708511--22708544	10	3.5	10	88	8	52	58	0	0	41	0.98
22718388--22718491	51	2.0	51	81	3	120	38	18	4	38	1.72
22718608--22718683	28	2.7	28	85	6	82	63	1	0	35	1.03
22718616--22718683	28	2.4	28	92	0	109	61	1	0	36	1.05
22722263--22722326	31	2.1	31	90	0	101	25	1	18	54	1.52
22724282--22724322	20	2.0	20	90	0	64	34	7	17	41	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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