genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25415927--25416229	120	2.5	121	93	4	501	50	5	2	41	1.39
25416043--25416094	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
25416259--25416306	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
25416234--25416442	92	2.3	90	85	9	271	46	3	3	46	1.37
25419666--25419998	97	3.4	97	98	0	639	37	7	14	40	1.75
25420083--25420109	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
25423294--25423349	13	4.2	13	78	15	53	14	8	3	73	1.21
25428368--25428408	18	2.3	18	91	0	64	73	0	14	12	1.11
25429533--25429995	44	10.5	44	65	8	206	29	17	25	27	1.98
25429483--25429998	132	3.9	132	92	1	847	28	18	25	27	1.98
25429485--25430135	132	5.0	130	84	5	715	30	19	23	26	1.98
25429489--25430126	264	2.4	264	86	3	808	29	19	24	26	1.98
25429974--25430263	129	2.2	128	90	3	447	34	22	20	23	1.97
25429965--25430212	44	5.7	43	68	14	150	34	22	20	22	1.97
25431622--25431677	13	4.2	13	78	15	53	14	8	3	73	1.21
25439613--25439644	9	3.6	9	95	0	55	75	0	0	25	0.81
25448026--25448079	25	2.2	25	89	0	81	33	27	11	27	1.91
25448074--25448142	26	2.7	25	88	4	102	40	28	13	17	1.87
25450185--25450250	26	2.6	25	80	7	69	16	25	21	36	1.94
25450292--25450345	24	2.2	24	90	0	81	20	27	16	35	1.94
25452986--25453117	67	2.0	67	92	3	221	28	31	18	21	1.97
25453244--25453352	57	1.9	57	86	3	157	24	26	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25455426--25455646	109	2.0	109	98	0	424	26	20	16	35	1.94
25457645--25457739	22	4.3	22	72	5	66	43	20	20	16	1.88
25460567--25460789	79	2.8	78	82	9	265	25	27	21	25	2.00
25460567--25460789	39	5.6	39	84	8	242	25	27	21	25	2.00
25468553--25468775	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
25468553--25468775	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
25470988--25471038	17	3.0	17	76	0	57	70	7	5	15	1.30
25485711--25486565	427	2.0	427	96	0	1595	40	17	16	26	1.90
25487412--25487477	13	5.5	13	76	20	81	48	15	0	36	1.45
25487421--25487479	10	5.2	11	74	22	59	49	15	0	35	1.45
25487410--25487481	23	3.1	23	95	0	135	45	15	0	38	1.46
25487965--25487997	15	2.1	16	88	5	50	75	3	3	18	1.06
25501242--25501404	84	1.9	85	86	6	233	27	22	22	28	1.99
25501203--25501526	128	2.5	128	92	1	533	27	21	21	28	1.99
25501200--25501537	44	7.9	44	75	9	275	27	21	21	28	1.99
25501728--25501760	15	2.1	16	88	5	50	75	3	3	18	1.06
25509358--25509425	30	2.2	31	84	2	84	26	17	7	48	1.73
25516953--25517019	28	2.4	28	80	7	84	64	2	1	31	1.18
25520495--25520534	21	1.9	21	89	0	62	55	0	5	40	1.22
25522726--25522783	8	7.4	8	77	14	59	51	3	1	43	1.28
25523289--25523340	21	2.5	21	80	0	59	32	7	28	30	1.85
25528691--25529227	269	2.0	269	97	0	1020	32	13	19	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25531749--25531807	27	2.2	27	96	0	109	13	30	32	23	1.93
25533574--25533622	21	2.4	21	83	6	57	20	2	4	73	1.10
25533805--25533832	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25534489--25534573	42	2.0	42	100	0	170	34	16	7	42	1.75
25540583--25540633	16	3.2	16	76	13	52	15	29	1	52	1.54
25542598--25542638	20	2.1	19	81	4	55	46	0	2	51	1.14
25542896--25542958	29	2.1	31	82	5	76	28	1	0	69	0.97
25543474--25543518	22	2.0	23	91	4	74	33	0	17	48	1.48
25546851--25546944	48	2.0	48	80	4	109	25	8	8	57	1.57
25551961--25551996	18	1.9	19	88	5	56	47	0	2	50	1.15
25554912--25555010	47	2.1	47	90	0	153	21	13	18	47	1.82
25555394--25555424	8	3.9	8	91	0	53	25	0	9	64	1.24
25559782--25559895	57	2.0	57	91	0	183	42	21	8	27	1.82
25584339--25584387	12	4.1	12	76	7	55	65	2	0	32	1.04
25584460--25584510	23	2.2	23	100	0	102	60	3	3	31	1.33
25584466--25584565	12	8.7	11	72	19	80	60	7	6	27	1.46
25584524--25584565	21	2.0	21	90	0	66	64	9	2	23	1.35
25584466--25584568	23	4.5	23	73	10	95	60	6	5	27	1.45
25585302--25585335	4	8.5	4	86	0	50	70	0	2	26	1.01
25587019--25587096	27	2.9	26	88	1	102	43	10	24	21	1.83
25595845--25595881	19	1.9	19	94	0	65	62	0	5	32	1.18
25596193--25596249	23	2.5	22	86	8	71	21	0	3	75	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25597620--25597662	18	2.3	18	80	11	52	20	2	2	74	1.04
25600676--25600744	25	2.7	25	79	2	75	26	15	28	28	1.96
25604087--25604256	41	4.1	42	85	2	218	47	16	21	14	1.82
25604086--25604234	21	7.2	21	66	6	79	48	16	20	15	1.81
25604087--25604256	83	2.0	83	84	2	216	47	16	21	14	1.82
25604141--25604251	21	5.3	21	68	2	80	49	15	18	17	1.80
25613879--25613934	18	2.8	19	77	22	53	16	25	1	57	1.49
25616167--25616218	11	4.7	11	90	4	70	13	5	1	78	1.01
25622791--25622843	11	4.7	11	92	2	70	13	5	3	77	1.09
25622790--25622821	12	2.7	12	95	0	55	15	3	0	81	0.82
25627533--25627710	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25627554--25627709	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25646206--25646262	11	4.8	12	87	8	82	17	8	1	71	1.19
25648585--25648647	29	2.2	29	100	0	126	22	33	25	19	1.97
25649450--25649557	21	5.2	21	66	6	67	44	12	24	18	1.85
25649549--25649620	21	3.4	21	80	0	90	50	16	19	13	1.79
25649458--25649615	84	1.9	83	85	1	217	44	13	23	17	1.85
25649440--25649621	42	4.4	42	84	2	197	45	14	23	16	1.84
25658239--25658302	22	3.1	21	78	14	71	23	1	1	73	1.01
25658240--25658306	15	4.5	15	78	12	75	23	1	1	73	1.00
25658430--25658468	13	2.8	13	84	7	51	20	2	0	76	0.90
25658430--25658486	29	2.0	29	83	10	73	19	5	0	75	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25659473--25659519	15	3.4	14	80	14	53	78	4	8	8	1.07
25659474--25659522	14	3.6	14	78	15	59	75	4	8	12	1.16
25662991--25663040	21	2.3	22	82	10	66	34	4	20	42	1.70
25669091--25669136	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
25674675--25674717	21	2.0	21	100	0	86	44	37	0	18	1.50
25680804--25680885	36	2.3	36	93	0	137	41	31	10	15	1.82
25680804--25680907	36	2.9	36	83	11	124	39	29	14	16	1.88
25686368--25686402	15	2.5	13	90	9	52	48	17	0	34	1.47
25686977--25687012	15	2.4	15	100	0	72	38	41	0	19	1.52
25687631--25687670	10	3.8	10	81	12	53	37	0	5	57	1.21
25695960--25695996	18	2.1	18	100	0	74	21	29	27	21	1.99
25696845--25696877	15	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
25696815--25696883	27	2.5	28	80	19	76	44	1	1	52	1.19
25698426--25698463	10	3.5	11	86	13	53	34	0	2	63	1.09
25701716--25701847	46	2.9	46	84	4	160	44	21	15	18	1.86
25701720--25701805	23	3.7	23	74	11	95	43	22	17	17	1.88
25701720--25701822	23	4.5	22	73	7	80	42	21	15	20	1.88
25701737--25701847	46	2.4	46	89	3	161	44	22	15	18	1.87
25711490--25711530	17	2.4	18	80	19	52	36	7	4	51	1.51
25711907--25711932	12	2.2	12	100	0	52	69	15	0	15	1.20
25716982--25717013	16	1.9	17	93	6	57	31	18	0	50	1.48
25717367--25717412	22	2.1	21	84	4	56	58	10	0	30	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25717515--25717579	32	2.0	32	82	11	80	56	6	1	35	1.33
25717656--25717705	3	17.3	3	79	8	50	68	4	0	28	1.08
25721599--25721645	21	2.2	21	88	0	67	29	25	10	34	1.90
25725608--25725642	18	1.9	18	88	11	54	60	8	2	28	1.41
25751684--25751723	18	2.1	18	90	9	62	52	0	0	47	1.00
25753613--25754584	128	7.6	128	86	2	1193	24	23	19	31	1.98
25753751--25754584	383	2.2	383	88	2	1217	24	23	19	32	1.98
25754765--25754899	45	3.0	45	68	8	141	22	26	24	25	2.00
25754778--25754909	43	3.0	44	67	8	124	23	27	25	24	2.00
25754571--25755147	88	6.6	88	84	3	648	22	25	25	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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