genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23065930--23065967	19	2.0	19	100	0	76	21	21	31	26	1.98
23069588--23069651	17	3.8	17	71	17	53	39	0	3	57	1.14
23072561--23072604	18	2.6	17	82	10	54	40	22	9	27	1.84
23073168--23073198	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
23074794--23074874	42	1.9	42	82	9	103	45	2	2	49	1.28
23077655--23077688	18	1.9	17	94	5	59	44	0	2	52	1.16
23082932--23083020	25	3.6	24	79	13	74	31	22	26	19	1.97
23082901--23083020	50	2.4	50	81	5	127	31	20	27	20	1.97
23082954--23083031	24	3.2	24	82	8	95	32	19	30	17	1.95
23083018--23083081	25	2.6	25	82	0	83	42	20	20	17	1.90
23089064--23089118	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
23099063--23099110	25	1.9	25	86	0	69	35	20	25	18	1.95
23099118--23099179	25	2.5	25	81	0	79	38	14	25	20	1.91
23099163--23099241	27	3.1	26	77	12	83	35	20	26	17	1.95
23102051--23102127	40	1.9	41	81	7	95	45	9	2	42	1.49
23113719--23113770	25	2.1	25	92	7	88	25	26	9	38	1.86
23118420--23118504	32	2.6	33	77	5	93	44	18	10	25	1.82
23118497--23118536	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
23118485--23118551	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
23118520--23118559	14	2.9	14	84	0	53	42	15	7	35	1.75
23119603--23119632	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
23121656--23121692	13	2.8	13	87	0	56	16	43	24	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23122591--23122701	40	2.7	41	86	6	163	36	17	26	20	1.94
23122591--23122744	81	1.9	82	84	6	206	35	14	26	23	1.94
23122591--23122744	41	3.8	40	83	7	177	35	14	26	23	1.94
23126418--23126468	25	2.1	23	85	7	66	56	5	11	25	1.57
23131468--23131662	100	2.0	99	84	3	257	27	9	22	40	1.85
23131926--23132092	82	2.0	82	98	0	325	37	9	7	45	1.66
23141974--23142032	26	2.3	26	91	2	93	37	15	28	18	1.91
23145999--23146053	26	2.1	27	86	10	78	56	34	0	9	1.31
23145998--23146056	25	2.3	26	83	13	77	55	35	0	8	1.30
23151908--23151983	26	2.9	26	92	0	116	28	17	13	40	1.87
23152128--23152162	6	5.8	6	86	0	52	17	25	0	57	1.40
23152127--23152163	18	2.1	18	94	0	65	16	24	0	59	1.37
23165742--23165880	32	4.4	32	80	4	147	38	19	20	21	1.93
23165739--23165860	64	1.9	64	84	3	165	39	17	19	23	1.92
23166026--23166107	24	3.4	24	80	6	94	46	25	6	21	1.74
23166026--23166134	24	4.5	24	80	6	87	44	23	6	24	1.76
23166038--23166134	48	2.0	48	82	11	119	45	23	6	24	1.76
23166173--23166335	27	6.1	26	75	11	127	22	18	19	39	1.93
23166312--23166588	27	10.3	27	77	9	192	23	18	18	39	1.92
23166153--23166331	79	2.2	80	81	7	204	22	19	20	37	1.94
23166312--23166588	54	5.1	54	80	8	273	23	18	18	39	1.92
23166303--23166579	81	3.4	80	78	8	265	23	18	18	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23169293--23169327	4	8.8	4	93	0	52	71	0	5	22	1.07
23169442--23169485	15	3.0	15	81	15	56	75	0	0	25	0.81
23169451--23169485	5	7.0	5	87	12	54	77	0	0	22	0.78
23179149--23179238	28	3.2	28	63	20	69	7	28	7	55	1.56
23179570--23179607	17	2.2	17	100	0	76	10	13	10	65	1.47
23180327--23180402	23	3.5	22	76	16	70	18	7	23	50	1.73
23181599--23181726	25	5.3	25	78	14	160	50	5	7	36	1.55
23181592--23181726	48	2.8	48	100	0	270	50	5	7	36	1.55
23181592--23181709	23	5.0	23	78	13	132	50	6	8	33	1.59
23185376--23185542	45	3.6	45	68	18	112	46	3	2	46	1.35
23185302--23185508	91	2.3	90	88	1	306	46	3	3	46	1.36
23185340--23185483	44	3.2	44	70	17	125	47	2	2	47	1.28
23185658--23185712	25	2.2	26	81	12	71	43	1	0	54	1.10
23190172--23190359	94	2.0	94	98	0	367	36	11	17	34	1.86
23190984--23191015	15	2.1	15	94	0	55	50	0	12	37	1.41
23191631--23191701	26	2.8	26	81	10	85	15	23	22	38	1.93
23191638--23191755	24	4.8	24	77	8	103	17	23	22	35	1.95
23191638--23191744	25	4.3	24	79	10	83	17	25	22	34	1.96
23191777--23191873	25	4.0	23	68	16	70	21	28	18	30	1.97
23196421--23196523	51	2.0	51	100	0	206	31	26	13	29	1.94
23203737--23203765	13	2.2	13	100	0	58	34	13	0	51	1.42
23208636--23208870	50	4.6	49	76	7	170	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23210507--23210544	19	2.0	19	100	0	76	42	21	0	36	1.53
23216216--23216359	50	2.7	51	85	9	175	26	29	20	23	1.99
23225743--23225814	36	2.0	36	94	0	126	26	22	16	34	1.95
23242358--23242495	40	3.5	40	84	0	186	30	12	21	36	1.90
23242460--23242689	78	2.9	78	94	0	406	33	14	20	31	1.93
23244052--23244096	22	2.0	22	100	0	90	64	8	0	26	1.23
23245618--23245657	12	3.3	12	86	6	55	72	2	0	25	0.97
23245669--23245732	18	3.6	18	77	8	67	25	9	20	45	1.80
23251681--23251840	87	1.8	87	82	7	209	31	11	14	42	1.81
23252373--23252440	31	2.3	31	80	10	79	42	14	11	30	1.82
23255831--23256055	39	5.8	39	94	0	396	38	26	25	9	1.87
23258191--23258247	28	2.0	28	86	6	80	36	3	3	56	1.34
23260962--23260993	16	2.0	16	93	0	55	34	0	18	46	1.49
23266312--23266479	86	2.0	86	91	2	275	35	17	11	34	1.87
23266932--23266981	19	2.6	19	90	0	82	44	2	8	46	1.44
23271560--23271620	24	2.4	26	81	10	72	55	0	0	44	0.99
23271555--23271614	22	2.8	22	82	7	61	50	0	0	50	1.00
23272167--23272220	27	2.0	29	85	10	78	24	11	5	59	1.53
23279363--23279398	12	3.0	12	83	0	54	44	19	19	16	1.87
23288072--23288111	7	5.9	7	82	5	55	12	17	30	40	1.86
23291699--23291826	39	3.4	38	70	18	106	42	12	10	35	1.77
23291788--23291953	17	9.5	17	77	12	126	48	10	12	28	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23291787--23291948	35	4.7	35	79	6	168	47	10	12	29	1.74
23292126--23292172	20	2.5	19	77	16	53	44	8	17	29	1.78
23292530--23292605	16	4.8	16	77	4	82	0	14	0	85	0.60
23292530--23292618	22	4.3	20	76	19	78	0	16	0	83	0.65
23292531--23292618	16	5.5	15	77	11	68	0	17	0	82	0.66
23292530--23292601	1	72.0	1	77	0	54	0	13	0	86	0.58
23292711--23292755	22	2.0	22	83	8	56	0	11	15	73	1.10
23292732--23292818	15	5.5	15	71	12	59	1	6	20	71	1.16
23292927--23292958	3	10.3	3	93	6	55	0	31	0	68	0.90
23292923--23292956	10	3.5	10	92	8	61	0	29	0	70	0.87
23293027--23293076	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
23293031--23293073	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
23293321--23293437	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
23293336--23293437	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
23293433--23293466	14	2.4	14	90	0	50	29	0	2	67	1.05
23293707--23293921	53	4.1	54	85	10	284	37	17	16	28	1.92
23293707--23293901	105	1.9	104	90	4	313	34	18	16	30	1.93
23294023--23294277	91	2.9	89	82	9	317	36	18	18	26	1.94
23294183--23294216	16	2.1	16	88	0	50	64	5	11	17	1.45
23294235--23294778	192	2.8	192	98	0	1025	35	21	13	29	1.92
23294623--23294899	122	2.3	121	96	0	518	35	22	14	28	1.93
23294742--23295161	192	2.2	192	98	0	815	34	20	14	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23294428--23295091	313	2.1	314	98	0	1285	35	21	13	29	1.92
23307984--23308055	36	2.0	36	94	0	126	26	22	16	34	1.95
23315294--23315319	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
23315519--23315571	20	2.7	20	91	2	81	22	13	13	50	1.75
23319722--23319757	15	2.4	15	100	0	72	8	38	27	25	1.84
23323488--23323555	25	2.7	26	86	9	95	42	8	2	45	1.50
23323988--23324079	19	4.8	19	91	0	148	38	9	15	36	1.80
23325142--23325336	98	2.0	98	93	0	336	28	9	25	36	1.87
23327885--23328033	45	3.3	45	72	5	165	43	23	4	28	1.74
23327791--23328088	114	2.6	114	82	7	338	39	24	6	29	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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