genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  8  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2481177--2481245	29	2.4	29	77	18	72	49	4	13	33	1.61
2483961--2484002	21	2.0	21	85	0	57	21	14	26	38	1.91
2494875--2495082	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
2494997--2495057	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
2494915--2495057	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
2495109--2495297	59	3.2	57	70	19	161	41	3	3	51	1.35
2495136--2495334	66	3.2	63	69	19	184	41	3	5	49	1.43
2495087--2495396	120	2.6	120	92	3	498	42	2	4	50	1.35
2495223--2495274	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
2495339--2495374	18	2.0	18	89	10	56	41	0	0	58	0.98
2495343--2495385	13	3.1	14	86	6	52	46	0	0	53	1.00
2495347--2495394	16	3.1	16	79	11	55	45	0	2	52	1.12
2495343--2495385	15	2.9	15	83	13	54	46	0	0	53	1.00
2495608--2495653	16	2.9	16	83	0	65	26	30	2	41	1.68
2496077--2496298	112	2.0	111	89	4	340	21	10	22	45	1.82
2498577--2498645	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
2498577--2498645	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
2498861--2498915	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
2498881--2498915	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2498829--2499516	120	5.8	114	88	6	672	51	3	1	42	1.30
2499001--2499156	18	8.0	18	67	24	77	53	1	1	42	1.19
2499067--2499109	22	1.9	23	85	4	61	60	2	0	37	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2498971--2499516	241	2.3	239	93	2	934	52	3	1	42	1.27
2499333--2499397	18	4.2	16	72	18	57	60	0	1	38	1.07
2499360--2499397	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
2503784--2504297	159	3.2	160	83	4	603	23	18	12	45	1.82
2531985--2532582	160	3.7	160	81	6	604	46	12	17	23	1.83
2536964--2537001	18	2.2	17	90	4	58	34	2	0	63	1.09
2536845--2537496	120	5.5	118	88	7	871	42	1	3	52	1.30
2537206--2537358	17	9.0	17	64	23	56	41	1	1	54	1.19
2537206--2537283	15	5.2	16	70	22	53	39	1	1	57	1.15
2537251--2537293	22	1.9	23	85	4	61	37	0	2	60	1.10
2537349--2537411	24	2.5	26	77	12	69	38	1	3	57	1.24
2537441--2537474	17	2.0	17	88	11	52	44	0	0	55	0.99
2537709--2537777	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
2537709--2537777	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
2540056--2540277	112	2.0	111	89	4	340	45	22	10	21	1.82
2540695--2540740	16	2.9	16	83	0	65	41	2	30	26	1.68
2540961--2541003	15	2.9	15	83	13	54	53	0	0	46	1.00
2540952--2540993	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
2540972--2541007	18	2.0	18	89	10	56	58	0	0	41	0.98
2540961--2541003	13	3.1	14	86	6	52	53	0	0	46	1.00
2541077--2541150	23	3.1	23	75	14	78	52	0	0	47	1.00
2541230--2541280	17	3.2	16	81	13	52	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2552117--2552179	19	3.2	20	80	8	60	25	0	4	69	1.07
2552497--2552542	23	2.0	23	91	8	76	47	17	13	21	1.81
2554469--2554528	31	2.0	31	86	3	86	36	18	8	36	1.81
2561046--2561087	19	2.2	19	83	8	50	35	2	4	57	1.33
2561059--2561096	12	3.0	13	85	14	53	36	0	2	60	1.11
2576087--2576146	18	3.3	18	77	15	70	55	0	1	43	1.10
2583507--2583555	24	2.1	24	88	11	75	61	0	4	34	1.15
2586763--2587010	50	4.8	50	89	3	343	20	30	22	25	1.98
2587105--2587148	13	3.4	13	96	0	79	56	11	0	31	1.35
2587361--2587418	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
2594416--2594608	88	2.2	89	78	3	201	42	18	16	22	1.89
2601628--2601652	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
2608862--2608983	51	2.4	51	87	0	172	31	13	25	30	1.93
2611820--2611844	11	2.3	11	100	0	50	20	28	8	44	1.79
2614952--2614983	16	2.0	16	93	0	55	71	0	21	6	1.07
2619227--2619269	22	2.0	22	85	0	59	55	13	9	20	1.66
2619884--2619929	25	1.9	24	82	8	58	69	2	2	26	1.11
2619999--2620041	18	2.4	18	80	0	50	72	4	4	18	1.20
2620762--2620805	21	2.1	21	91	8	72	40	4	4	50	1.43
2621929--2621971	15	2.7	16	82	7	52	30	0	0	69	0.88
2621909--2621969	24	2.5	23	84	7	68	36	0	0	63	0.94
2621912--2621986	22	3.2	24	80	14	77	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2622014--2622056	18	2.4	18	80	3	52	58	0	2	39	1.11
2633801--2633844	22	2.0	22	100	0	88	45	22	9	22	1.80
2634208--2634254	6	7.7	6	81	13	51	57	0	0	42	0.98
2634195--2634247	12	4.6	12	77	15	58	58	0	0	41	0.98
2634202--2634247	17	2.7	18	77	12	53	58	0	0	41	0.98
2634191--2634260	25	2.9	24	81	10	81	60	0	0	40	0.97
2636053--2636122	29	2.4	28	75	17	70	31	8	5	54	1.54
2637777--2638654	436	2.0	436	98	0	1702	30	18	16	33	1.94
2641869--2641893	7	3.6	7	100	0	50	24	0	12	64	1.27
2648116--2648339	112	2.0	112	100	0	448	45	18	10	25	1.81
2671259--2671302	23	1.9	23	81	9	54	50	15	0	34	1.45
2674230--2674258	4	7.2	4	100	0	58	51	24	0	24	1.48
2678684--2678708	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2678759--2678786	6	4.7	6	100	0	56	35	0	14	50	1.43
2682993--2683037	23	2.0	23	86	0	63	15	26	24	33	1.95
2685365--2685403	13	2.9	14	84	7	62	25	0	2	71	0.98
2697061--2697218	41	3.9	41	80	0	165	40	15	25	17	1.90
2697277--2697361	37	2.3	36	84	6	100	36	29	2	31	1.70
2698694--2698890	92	2.1	92	93	0	331	38	18	22	20	1.94
2705288--2705455	85	2.0	85	95	0	300	26	20	17	35	1.95
2715769--2715855	30	2.9	30	98	1	167	36	9	0	54	1.33
2718389--2718442	21	2.5	22	87	6	83	48	16	33	1	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2718922--2718966	23	2.0	23	86	8	65	31	2	0	66	1.04
2719399--2719443	22	2.1	21	87	4	63	68	4	0	26	1.08
2726167--2726352	83	2.2	83	85	3	259	41	8	15	33	1.78
2747570--2747613	11	4.2	11	85	11	65	18	6	27	47	1.73
2747583--2747655	9	8.0	9	85	8	85	23	10	27	38	1.88
2747575--2747660	20	4.5	20	81	10	92	23	9	26	40	1.84
2747720--2747780	30	2.0	30	90	0	95	44	8	16	31	1.77
2748114--2748139	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2748099--2748206	39	2.7	40	75	20	100	30	2	0	66	1.06
2748142--2748193	15	3.7	15	75	15	65	26	1	0	71	0.97
2748136--2748202	27	2.4	27	75	2	80	26	1	0	71	0.94
2748151--2748213	33	1.9	33	90	0	99	33	1	0	65	1.03
2759455--2759527	30	2.5	31	74	17	82	53	1	2	42	1.23
2759600--2759663	29	2.1	33	82	11	82	40	0	4	54	1.21
2759598--2759649	26	2.1	25	82	13	63	42	0	3	53	1.19
2766520--2766675	18	9.0	18	67	18	89	42	0	1	55	1.12
2766492--2766595	47	2.2	48	79	11	115	44	0	1	53	1.11
2766455--2766935	120	4.0	120	93	0	782	44	0	3	51	1.26
2766645--2766822	44	4.4	44	63	22	118	43	0	3	51	1.24
2766879--2766913	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2767149--2767200	16	3.2	16	86	5	70	34	28	0	36	1.58
2767437--2767461	7	3.6	7	100	0	50	0	0	36	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2776800--2776846	21	2.2	22	88	3	69	23	19	36	21	1.95
2783393--2783454	30	2.2	30	88	8	94	45	19	11	24	1.83
2784223--2784282	23	2.6	23	82	12	70	60	3	0	36	1.14
2784223--2784280	21	2.6	23	84	10	68	60	3	0	36	1.14
2785580--2785625	23	2.0	24	83	8	60	0	58	0	41	0.98
2785590--2785627	11	3.2	12	92	7	60	0	52	0	47	1.00
2786095--2786165	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
2786107--2786168	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
2786131--2786176	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
2797732--2798240	44	11.7	44	75	10	354	31	19	22	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230