genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57569038--57569076	14	2.8	14	84	0	51	51	33	0	15	1.44
57569272--57569419	41	3.6	41	86	4	185	31	28	17	22	1.96
57569513--57569573	32	1.9	32	93	0	104	24	31	19	24	1.98
57570446--57570710	83	3.2	83	81	8	290	49	9	9	31	1.68
57570686--57570719	5	6.8	5	100	0	68	79	0	0	20	0.73
57570736--57571034	86	3.4	88	77	8	245	40	11	13	35	1.79
57570968--57571105	73	1.9	73	84	3	188	45	11	11	31	1.76
57574119--57574171	21	2.5	21	90	0	79	30	5	32	32	1.81
57575698--57575790	45	2.1	45	100	0	186	43	13	10	32	1.79
57583559--57583599	20	2.0	21	85	4	57	41	9	7	41	1.66
57592093--57592317	106	2.1	105	84	2	281	27	21	16	35	1.94
57593075--57593129	14	3.8	14	77	17	51	74	1	3	20	1.06
57593236--57593287	25	2.1	25	100	0	104	34	30	0	34	1.58
57598120--57598180	13	4.7	13	81	0	68	39	8	14	37	1.76
57598137--57598200	13	4.9	13	76	0	56	37	7	18	35	1.80
57598137--57598198	26	2.4	26	77	0	70	38	8	17	35	1.80
57599793--57599854	31	2.0	31	87	3	90	17	16	25	40	1.90
57604334--57604395	31	2.0	31	90	3	99	17	14	27	40	1.89
57615624--57615695	36	2.0	36	91	0	117	25	0	47	27	1.52
57621066--57621094	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
57621196--57621284	40	2.3	39	88	5	126	38	2	5	53	1.37
57628309--57628372	19	3.3	19	85	8	92	39	7	14	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57628310--57628385	21	3.7	21	89	3	111	40	9	11	38	1.74
57628585--57628623	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
57628845--57628881	3	12.3	3	88	11	58	35	0	0	64	0.94
57629142--57629256	51	2.3	50	80	8	126	32	5	6	56	1.46
57633213--57633254	15	2.9	15	86	6	61	83	0	16	0	0.65
57633216--57633253	19	2.0	20	89	5	60	81	0	18	0	0.69
57634475--57635054	131	4.5	132	88	3	872	30	21	23	25	1.99
57635041--57635416	44	8.7	43	74	9	232	27	21	23	27	1.99
57635038--57635500	44	10.7	43	72	11	198	28	21	23	27	1.99
57635030--57635510	216	2.2	217	89	1	718	28	20	23	27	1.99
57635811--57635896	21	4.2	21	95	2	149	39	9	12	38	1.76
57636342--57636388	3	16.0	3	79	20	55	31	0	2	65	1.04
57640110--57640192	41	2.0	41	90	0	130	33	27	6	32	1.81
57650747--57650785	7	5.7	7	81	6	53	33	25	12	28	1.93
57650853--57650891	14	2.9	14	88	3	62	38	15	10	35	1.81
57651190--57651235	23	2.0	23	91	0	74	32	2	19	45	1.62
57655284--57655315	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
57663965--57664018	27	1.9	29	85	7	76	55	14	9	20	1.66
57669052--57669098	16	2.9	16	84	6	51	48	2	2	46	1.25
57670083--57670137	27	2.1	26	96	3	101	25	18	27	29	1.98
57672192--57672284	40	2.3	41	80	7	102	11	33	20	34	1.89
57672192--57672286	20	4.8	19	68	12	66	11	33	20	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57674955--57675150	57	3.4	56	77	8	182	37	19	14	28	1.91
57674962--57675121	29	5.6	28	77	7	135	36	19	15	28	1.92
57679551--57679615	32	2.1	32	94	2	114	46	12	10	30	1.76
57682748--57682799	14	3.4	14	76	23	59	0	11	11	76	1.01
57682753--57682857	21	5.2	20	74	16	83	1	13	12	72	1.21
57682760--57682857	19	4.9	19	74	17	92	2	13	12	72	1.21
57682748--57682813	33	2.0	32	85	11	89	1	13	10	74	1.15
57682750--57682821	33	2.2	32	82	9	83	1	13	11	73	1.16
57682807--57682862	30	1.9	30	88	3	87	5	10	12	71	1.29
57683395--57683459	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
57702890--57702928	16	2.4	17	83	12	55	56	0	5	38	1.22
57702894--57702934	16	2.7	15	88	7	57	56	0	2	41	1.13
57723269--57723315	24	1.9	24	86	4	67	36	0	36	27	1.57
57723441--57723554	55	2.1	55	89	0	174	28	10	33	27	1.90
57723986--57724177	27	7.1	27	81	5	160	38	19	21	20	1.94
57724007--57724176	54	3.2	53	84	6	200	38	18	21	21	1.93
57724031--57724337	27	11.5	27	79	10	217	33	19	23	23	1.97
57724381--57724439	24	2.5	24	86	5	84	22	8	23	45	1.79
57724607--57724893	64	4.5	64	81	5	312	20	19	21	38	1.93
57724610--57724880	32	8.5	33	77	8	224	19	18	22	39	1.92
57737478--57737559	28	2.9	28	83	1	110	31	21	20	25	1.98
57737685--57737760	26	2.9	26	82	7	100	35	19	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57737958--57738261	27	11.4	27	78	12	233	20	21	16	41	1.90
57737958--57738273	54	5.9	54	77	11	271	20	20	17	41	1.90
57737957--57738261	107	2.9	106	80	9	295	20	20	17	41	1.90
57737934--57738280	27	13.1	26	78	9	231	20	20	17	41	1.90
57741769--57741813	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
57742906--57743096	49	3.9	49	80	9	167	26	31	16	25	1.97
57747706--57747745	20	2.0	20	85	0	53	42	15	22	20	1.88
57759025--57759083	22	2.6	22	86	10	75	71	1	5	22	1.15
57765682--57765794	51	2.2	51	96	0	208	31	7	30	30	1.86
57765988--57766075	33	2.7	33	76	0	86	45	14	23	15	1.84
57769395--57769431	19	1.9	19	89	10	58	37	2	8	51	1.46
57777174--57777211	20	1.9	20	100	0	76	50	0	13	36	1.42
57801538--57801587	7	7.1	7	88	0	64	20	0	50	30	1.49
57801988--57802159	57	3.0	58	90	3	276	29	6	9	54	1.58
57805812--57805901	43	2.1	44	87	2	128	44	13	13	28	1.81
57805881--57805930	25	2.0	25	84	7	66	48	4	26	22	1.68
57806108--57806137	12	2.4	12	94	5	51	63	3	0	33	1.11
57810842--57810896	26	2.1	26	89	0	83	21	12	38	27	1.90
57813114--57813214	43	2.3	43	73	9	98	30	27	14	26	1.95
57822754--57822814	31	1.9	32	87	9	90	42	18	1	37	1.60
57825804--57825951	58	2.5	57	83	10	183	22	12	12	52	1.73
57826067--57826114	25	1.9	25	83	8	62	45	4	10	39	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57826608--57826984	136	2.8	136	85	2	479	25	22	18	33	1.97
57827350--57827426	39	2.0	39	97	0	145	27	7	20	44	1.79
57828572--57828615	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
57838062--57838118	29	2.0	29	96	0	105	24	15	5	54	1.62
57844335--57844363	14	2.0	15	93	6	51	20	6	6	65	1.40
57845300--57845349	26	1.9	26	84	8	66	58	2	0	40	1.10
57849546--57849597	24	2.2	24	85	0	68	50	11	3	34	1.57
57850595--57850645	27	1.9	27	84	4	68	66	13	7	11	1.43
57855272--57855311	15	2.9	14	85	10	55	67	0	2	30	1.04
57855774--57855815	19	2.2	19	87	8	59	69	2	0	28	1.01
57855783--57855815	9	3.7	9	88	11	50	69	0	0	30	0.88
57858276--57858473	99	2.0	99	97	0	378	40	17	11	30	1.85
57858407--57858550	78	1.8	78	86	2	209	39	15	12	31	1.85
57859924--57859961	19	2.1	18	85	9	51	42	7	2	47	1.46
57860185--57860209	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
57861969--57862037	14	4.9	14	74	0	57	17	17	11	53	1.72
57867301--57867353	26	2.1	26	86	10	74	26	7	7	58	1.52
57867301--57867361	25	2.4	25	81	5	70	27	6	6	59	1.48
57868350--57868389	21	2.0	21	85	5	55	42	2	2	52	1.28
57868433--57868478	24	1.9	24	82	8	58	47	10	19	21	1.80
57872654--57872679	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
57874908--57874955	24	2.0	24	91	0	78	41	14	31	12	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57875499--57875555	21	2.6	22	75	13	55	33	1	17	47	1.58
57875718--57875862	54	2.7	54	82	2	175	27	24	24	23	2.00
57875834--57875916	42	2.0	42	88	4	123	26	22	28	21	1.99
57876038--57876749	358	2.0	358	91	1	1158	28	13	19	38	1.90
57877877--57877926	22	2.2	23	82	7	57	14	12	0	74	1.09
57877953--57877994	17	2.6	15	88	11	57	23	2	2	71	1.10
57877955--57878009	21	2.6	22	78	16	62	18	3	3	74	1.11
57878000--57878084	6	13.7	6	81	7	80	5	4	9	80	1.03
57887664--57887700	14	2.6	14	86	0	56	18	0	32	48	1.49
57889402--57889434	9	3.7	9	84	15	50	54	9	0	36	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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