genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   

This is table  33  of  230  ( 27491 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8981810--8981938	45	2.9	45	77	2	143	22	22	12	42	1.87
8985585--8985639	23	2.4	23	80	19	71	25	30	1	41	1.66
8985585--8985639	22	2.5	21	83	16	67	25	30	1	41	1.66
8985585--8985639	11	4.9	11	77	16	60	25	30	1	41	1.66
8986000--8986102	40	2.6	41	86	7	142	35	18	22	23	1.95
8986136--8986296	41	3.9	40	84	4	205	18	18	32	30	1.95
8988676--8988706	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
8989454--8989507	24	2.3	24	80	3	65	20	14	18	46	1.84
8990701--8990837	43	3.2	43	95	0	238	21	17	33	27	1.96
8991703--8991740	20	1.9	20	89	10	60	34	0	5	60	1.19
8991911--8991935	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
8993017--8993104	45	2.0	45	88	4	133	37	0	11	51	1.38
8993072--8993119	25	1.9	25	100	0	96	45	0	14	39	1.45
8993027--8993157	70	1.9	70	91	3	219	38	0	11	50	1.39
8996423--8996479	30	1.9	30	88	0	87	42	3	21	33	1.70
8999012--8999387	125	3.0	124	86	3	540	30	21	17	29	1.97
9024344--9024662	109	2.9	107	81	5	336	31	16	16	35	1.92
9047934--9047969	6	6.0	6	93	0	54	77	0	5	16	0.94
9053037--9053115	39	2.0	39	97	0	149	44	6	1	48	1.36
9053646--9053684	19	2.1	19	100	0	78	25	12	15	46	1.81
9055325--9055385	26	2.3	26	83	5	70	32	16	14	36	1.89
9057141--9057190	22	2.3	22	80	13	59	48	18	2	32	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9059522--9059604	37	2.3	37	76	2	87	25	21	15	37	1.93
9059729--9059810	42	2.0	42	85	0	110	32	14	10	41	1.81
9059779--9059880	28	3.6	28	73	5	89	37	15	10	36	1.83
9059766--9059894	56	2.3	56	82	2	161	34	13	10	40	1.80
9059874--9059923	14	3.6	14	75	0	55	32	8	8	52	1.60
9059875--9059940	28	2.4	28	86	0	87	28	9	12	50	1.70
9061100--9061140	17	2.5	17	80	11	50	36	4	0	58	1.20
9064824--9064873	25	2.0	25	88	0	73	54	4	8	34	1.49
9069385--9069456	30	2.4	30	95	0	126	37	12	6	43	1.70
9072417--9072469	22	2.4	22	100	0	106	39	0	22	37	1.54
9076180--9076214	5	7.0	5	100	0	70	40	20	0	40	1.52
9077712--9077744	15	2.2	15	100	0	66	24	30	18	27	1.98
9084895--9085080	71	2.6	71	82	5	214	30	16	21	31	1.95
9086436--9086579	73	2.0	72	95	1	261	45	24	4	25	1.73
9088352--9088446	13	7.2	13	67	15	52	38	16	3	41	1.65
9093405--9093429	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
9104793--9104858	35	1.9	34	84	6	89	31	7	13	46	1.71
9115124--9115159	17	2.1	17	89	0	54	72	2	22	2	1.11
9117324--9117402	38	2.0	40	82	4	99	37	3	6	51	1.45
9122572--9122605	16	2.3	14	90	10	50	85	2	0	11	0.71
9122791--9122828	16	2.4	17	82	13	53	71	5	2	21	1.19
9122897--9123034	58	2.4	57	75	1	141	47	10	0	42	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9122925--9123024	29	3.5	29	95	1	184	37	13	0	50	1.41
9123015--9123053	19	2.1	19	90	0	60	82	12	0	5	0.83
9123087--9123137	27	1.9	27	92	4	86	23	23	31	21	1.98
9123209--9123247	19	2.1	19	85	4	53	35	7	0	56	1.28
9123823--9123893	37	1.9	37	100	0	142	49	0	11	39	1.39
9123829--9123897	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
9123972--9124057	27	3.2	26	83	4	93	20	26	22	30	1.98
9124096--9124167	29	2.5	30	89	8	107	48	0	9	41	1.36
9125554--9125583	15	1.9	16	93	6	53	30	0	6	63	1.20
9125545--9125613	23	2.9	24	80	14	81	34	0	2	62	1.10
9126231--9126292	29	2.1	29	84	6	79	35	3	8	53	1.47
9128692--9128844	46	3.3	46	76	7	150	30	18	22	27	1.98
9131415--9131493	27	2.8	29	75	12	85	59	1	7	31	1.33
9131608--9131650	22	1.9	23	85	4	61	41	6	11	39	1.68
9138571--9138617	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
9138507--9138854	120	2.9	120	97	0	662	42	1	6	49	1.37
9138682--9138733	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
9138811--9138852	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
9138802--9138843	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
9138993--9139087	45	2.1	45	86	5	131	38	27	2	31	1.68
9139066--9139135	16	4.4	16	90	0	95	27	34	2	35	1.72
9140196--9140227	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9141077--9141158	40	2.0	41	83	11	105	10	13	8	67	1.43
9141108--9141165	30	1.9	30	93	6	100	13	12	5	68	1.35
9141948--9142088	75	1.9	75	80	2	167	33	17	21	28	1.95
9141816--9142180	188	1.9	188	81	4	432	35	17	20	27	1.95
9142009--9142620	229	2.7	226	80	4	654	31	18	22	27	1.97
9141994--9142620	114	5.5	112	77	7	564	31	18	22	27	1.97
9142929--9142983	22	2.6	21	88	2	74	18	0	36	45	1.49
9142941--9142975	14	2.4	14	85	4	52	22	0	34	42	1.54
9142936--9142975	15	2.7	15	84	3	55	22	0	32	45	1.53
9144160--9144257	36	2.6	36	84	7	124	6	26	12	55	1.60
9145613--9145752	69	2.0	69	87	0	199	26	7	24	41	1.82
9146936--9147024	37	2.4	37	88	0	133	41	14	8	34	1.77
9147067--9147142	33	2.3	33	97	0	143	43	15	5	35	1.70
9150280--9150447	47	3.6	45	70	19	132	45	2	3	47	1.35
9150206--9150413	91	2.3	91	89	0	317	46	3	3	46	1.37
9150227--9150388	44	3.6	43	69	19	116	45	1	3	48	1.30
9150226--9150302	28	2.8	28	73	9	52	42	1	3	51	1.28
9150429--9150726	120	2.5	120	93	1	490	42	2	5	49	1.38
9150503--9150686	59	3.1	59	69	20	182	42	1	7	48	1.40
9150502--9150689	61	3.1	61	70	17	201	43	1	6	48	1.39
9150554--9150605	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
9150683--9150731	16	3.1	16	80	11	57	46	0	2	51	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9150869--9150958	45	2.0	44	85	10	121	35	30	2	32	1.70
9150933--9150975	16	2.6	16	81	3	50	27	34	2	34	1.70
9152383--9152417	18	1.9	18	88	0	52	65	0	20	14	1.26
9184333--9184373	22	1.9	23	85	14	61	46	4	0	48	1.23
9188972--9189026	22	2.5	22	87	0	83	40	23	10	25	1.87
9200545--9200596	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
9200590--9200628	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
9205702--9205753	25	2.1	25	100	0	104	42	23	15	19	1.89
9205697--9205756	25	2.3	27	82	14	88	45	21	13	20	1.85
9205865--9205898	10	3.4	10	100	0	68	41	32	8	17	1.80
9210740--9210788	24	2.1	23	92	3	80	59	0	0	40	0.98
9210740--9210788	23	2.1	24	88	3	73	59	0	0	40	0.98
9212128--9212179	21	2.5	21	83	0	68	32	5	28	32	1.81
9213399--9213424	10	2.6	10	100	0	52	53	7	0	38	1.30
9219189--9219240	25	1.9	28	81	14	65	57	0	5	36	1.23
9219313--9219463	74	2.0	74	100	0	302	45	9	2	42	1.50
9233435--9233488	15	3.3	15	74	18	54	44	0	0	55	0.99
9233433--9233482	17	2.9	17	72	21	59	46	0	0	54	1.00
9235117--9235149	15	2.1	16	88	5	50	27	27	0	45	1.54
9235483--9235515	16	2.0	17	94	5	59	42	6	0	51	1.26
9241756--9241819	31	2.1	31	83	11	80	37	14	0	48	1.44
9245430--9245779	44	7.8	44	75	8	330	29	22	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9247705--9247766	31	2.0	31	87	6	90	51	1	14	32	1.52
9252071--9252110	15	2.6	15	81	18	55	62	0	5	32	1.17
9254203--9254232	13	2.3	13	94	0	51	33	0	16	50	1.46
9254152--9254257	56	1.9	56	92	3	178	29	5	19	45	1.73
9256378--9256422	24	1.9	24	90	4	74	44	0	8	46	1.34
9258079--9258126	16	3.0	16	82	11	55	62	14	6	16	1.51
9259233--9259279	6	7.8	6	100	0	94	51	14	0	34	1.43
9260938--9260977	20	2.0	20	85	0	53	22	7	12	57	1.60
9261296--9261353	22	2.6	22	77	0	71	20	36	17	25	1.94
9261563--9261596	17	1.9	18	94	5	61	2	14	0	82	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230