genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22100805--22100857	27	2.0	27	92	0	88	30	20	20	28	1.98
22102578--22102612	17	2.1	17	89	5	54	31	22	2	42	1.68
22103986--22104015	15	2.0	15	93	0	51	30	13	16	40	1.87
22109707--22109838	44	3.0	44	88	0	210	32	19	9	38	1.83
22110665--22110716	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
22119892--22119994	27	3.7	28	81	16	117	61	2	0	35	1.11
22119891--22119994	10	11.2	10	69	21	57	61	2	0	35	1.11
22119890--22120004	27	4.2	28	78	15	100	61	2	0	35	1.10
22119890--22119994	9	11.4	9	71	23	53	60	2	0	36	1.11
22120008--22120052	21	2.1	21	83	0	54	64	4	4	26	1.32
22119891--22120096	19	11.1	19	67	19	69	62	2	1	33	1.19
22120457--22120714	9	27.1	9	66	16	94	32	3	4	59	1.32
22120497--22120561	19	3.3	19	81	12	78	33	0	3	63	1.10
22120595--22120644	17	2.8	18	81	9	57	32	2	2	64	1.16
22120594--22120684	48	1.9	46	86	8	130	34	2	3	60	1.25
22128804--22128840	17	2.2	18	85	9	51	56	13	5	24	1.58
22132218--22132284	29	2.3	28	82	14	75	52	10	11	25	1.70
22132411--22132489	31	2.5	31	87	0	113	25	12	15	46	1.80
22139812--22140040	83	2.7	82	83	4	251	34	28	8	27	1.86
22139853--22140051	84	2.4	83	84	2	247	34	28	10	27	1.89
22141219--22141263	19	2.4	19	89	10	67	33	0	2	64	1.06
22141219--22141270	10	5.8	9	78	12	54	32	0	1	65	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22141635--22141799	29	5.6	28	67	13	89	25	21	6	46	1.74
22141628--22141794	59	2.8	59	84	4	201	23	20	5	49	1.71
22141627--22141794	60	2.8	59	81	5	194	23	20	5	49	1.71
22154325--22154412	44	2.0	44	100	0	176	27	25	25	22	2.00
22156308--22156505	14	14.1	14	76	4	148	34	19	11	34	1.88
22156294--22156505	42	5.0	42	76	3	185	34	19	11	34	1.87
22168051--22168207	43	3.7	43	70	13	135	25	17	25	31	1.97
22170270--22170373	20	5.2	20	72	0	73	22	19	22	36	1.95
22170262--22170381	40	3.0	40	85	0	168	25	20	20	34	1.97
22174799--22174851	26	2.0	26	100	0	106	30	15	18	35	1.92
22174935--22174998	28	2.3	28	84	10	78	34	7	21	35	1.83
22175799--22175832	11	3.2	11	87	4	52	35	0	0	64	0.94
22179642--22179767	59	2.1	59	80	8	141	37	7	13	42	1.72
22184866--22184916	26	2.0	25	84	3	66	43	1	7	47	1.43
22194196--22194238	22	1.9	22	90	4	68	20	0	4	74	1.00
22198435--22198521	45	1.9	45	85	0	120	40	1	12	45	1.50
22198582--22198627	24	1.9	24	90	0	74	45	13	26	15	1.82
22198712--22198862	21	7.2	21	64	1	79	18	18	15	47	1.84
22198724--22198864	42	3.4	42	85	0	174	17	19	16	46	1.85
22198799--22198881	42	2.0	42	85	0	112	19	21	16	42	1.89
22199910--22199965	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
22201879--22201928	18	2.6	19	87	9	66	4	20	2	74	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22201885--22201928	19	2.4	17	82	14	52	4	18	2	75	1.09
22203543--22203598	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
22224459--22224493	17	2.0	17	88	5	52	57	2	5	34	1.37
22230861--22230991	67	2.0	67	93	0	226	22	17	32	27	1.96
22243769--22244292	263	2.0	261	89	1	789	41	13	16	28	1.86
22248478--22248540	25	2.5	25	77	12	65	49	1	3	46	1.27
22249620--22249666	23	2.0	23	95	0	85	36	12	10	40	1.78
22258761--22258804	22	2.0	22	100	0	88	36	9	0	54	1.32
22259365--22259470	52	2.0	52	83	0	131	22	21	20	34	1.96
22263761--22263861	16	6.3	16	89	0	157	40	5	32	20	1.77
22264016--22264048	11	3.0	11	91	8	50	57	0	0	42	0.98
22263993--22264105	19	5.1	21	69	21	79	53	0	0	44	1.12
22264006--22264134	56	2.3	57	80	9	147	52	3	0	44	1.16
22264427--22264588	77	2.1	77	97	0	306	40	11	7	40	1.69
22265839--22265880	5	8.2	5	91	2	57	4	57	38	0	1.20
22265899--22265931	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
22265912--22265956	22	2.0	24	86	8	67	44	0	2	53	1.13
22266845--22266906	31	2.0	31	100	0	124	48	22	6	22	1.73
22267563--22267591	15	1.9	15	100	0	58	62	0	27	10	1.28
22272087--22272157	22	3.2	20	79	15	63	74	4	19	1	1.06
22272105--22272157	11	5.0	10	80	8	61	73	5	20	0	1.03
22272115--22272176	28	2.2	29	85	8	83	72	4	20	1	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22272483--22272561	40	2.0	40	87	0	113	25	16	24	34	1.95
22285412--22285704	40	7.3	40	71	7	202	36	27	16	19	1.93
22285429--22285716	80	3.6	79	81	5	344	37	27	16	19	1.93
22286903--22286945	15	2.9	14	83	13	50	41	4	20	32	1.73
22288780--22288854	24	3.1	24	90	0	114	18	33	22	25	1.97
22290521--22290601	24	3.4	24	85	0	108	17	29	23	29	1.97
22291967--22291992	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
22291967--22292074	11	10.4	11	67	27	51	38	2	0	58	1.13
22291950--22292086	39	3.4	39	79	14	161	35	2	0	62	1.08
22292056--22292104	22	2.2	21	82	10	62	34	0	4	61	1.15
22297525--22297557	3	11.0	3	87	12	50	36	0	33	30	1.58
22298350--22298458	54	2.0	56	94	3	195	39	14	11	33	1.83
22298350--22298485	54	2.5	54	85	3	139	36	13	11	38	1.82
22301162--22301216	22	2.5	22	79	5	58	45	0	0	54	0.99
22306269--22306433	81	2.0	81	94	0	285	35	18	3	42	1.66
22308021--22308137	62	1.9	61	83	8	150	48	4	4	42	1.42
22315136--22315167	16	2.0	16	100	0	64	37	18	31	12	1.88
22323170--22323256	44	2.0	44	93	0	147	22	20	14	41	1.89
22325098--22325210	51	2.2	52	84	4	140	55	6	5	32	1.47
22325475--22325517	3	14.3	3	90	9	70	65	0	0	34	0.93
22325474--22325516	21	2.1	21	95	4	79	62	0	0	37	0.95
22325475--22325533	27	2.2	27	85	8	77	66	1	0	32	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22325881--22325963	21	4.1	21	78	9	93	38	13	7	40	1.72
22325900--22325964	19	3.3	19	82	4	85	40	15	6	38	1.72
22330971--22331001	9	3.4	9	90	0	53	41	0	35	22	1.54
22331675--22331748	21	3.6	21	85	1	96	27	8	6	58	1.52
22332454--22332504	26	1.9	26	88	4	75	50	0	1	47	1.12
22334130--22334163	17	2.0	17	94	0	59	35	8	11	44	1.72
22351945--22352034	36	2.5	34	86	10	126	52	1	7	38	1.38
22354077--22354252	87	2.0	87	82	2	210	28	24	18	28	1.98
22355693--22355824	65	2.0	65	85	8	180	12	18	15	53	1.72
22356673--22356779	30	3.7	29	81	14	87	10	8	3	77	1.10
22356707--22356780	15	5.0	15	82	12	82	13	2	5	78	1.03
22356684--22356779	23	4.2	23	77	12	74	11	6	4	78	1.08
22356717--22356776	24	2.3	26	83	16	81	13	1	6	78	1.02
22356714--22356780	30	2.2	30	92	5	109	11	1	5	80	0.95
22361287--22361376	36	2.5	34	86	10	126	52	1	7	38	1.38
22363029--22363108	25	3.2	25	83	1	81	20	26	21	32	1.97
22364274--22364304	12	2.6	12	100	0	62	25	41	25	6	1.79
22364392--22364426	12	2.9	12	86	0	52	28	22	45	2	1.67
22370160--22370346	35	5.2	35	69	13	94	34	21	21	21	1.97
22370160--22370386	75	3.1	75	72	12	236	35	21	21	21	1.96
22370127--22370398	145	1.9	144	88	2	411	35	21	20	22	1.96
22373391--22373497	53	2.0	53	96	0	196	23	10	27	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22376232--22376315	41	2.0	41	100	0	168	26	0	9	64	1.24
22376609--22376679	27	2.6	27	77	0	79	23	29	33	12	1.92
22376705--22376792	3	29.3	3	100	0	176	67	0	32	0	0.91
22377028--22377245	40	5.4	41	68	18	120	33	3	11	50	1.57
22377144--22377230	39	2.3	36	84	11	104	33	3	10	52	1.52
22377034--22377230	76	2.5	76	75	11	193	34	4	11	49	1.58
22380704--22380745	2	21.5	2	95	4	77	50	0	50	0	1.00
22381371--22381481	58	1.9	58	96	0	204	34	18	25	22	1.96
22381636--22381670	17	2.1	17	94	0	61	57	0	20	22	1.41
22393512--22393701	32	6.2	32	77	9	180	38	18	18	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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