genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2969648--2969781	14	9.4	14	72	23	84	0	28	0	70	0.98
2969648--2969745	40	2.4	41	91	5	162	0	27	1	71	0.93
2969681--2969787	30	3.6	28	76	21	94	0	28	0	70	0.94
2969647--2969783	10	13.1	10	68	18	66	0	28	0	70	0.98
2972384--2973034	302	2.2	289	87	7	903	31	10	6	51	1.62
2972552--2973007	151	3.0	155	73	15	500	31	10	6	50	1.63
2973321--2973359	20	2.0	20	84	0	51	2	30	2	64	1.21
2973352--2973459	10	11.3	10	67	17	52	3	25	0	69	1.11
2973338--2973470	38	3.5	38	82	5	171	3	28	1	66	1.15
2973342--2973451	24	4.3	25	72	13	71	3	27	1	67	1.17
2973389--2973469	14	5.8	13	72	13	54	3	28	0	67	1.07
2976226--2976326	10	10.0	10	71	17	59	0	28	1	69	1.00
2976198--2976331	42	3.2	40	83	10	126	0	29	1	68	1.03
2976265--2976334	21	3.6	18	70	20	59	0	27	1	71	0.94
2976232--2976331	42	2.4	40	90	8	164	0	27	2	71	0.97
2977276--2977495	107	2.1	106	85	4	291	33	15	17	33	1.92
2979115--2979165	19	2.7	19	100	0	102	3	5	25	64	1.33
2980119--2980164	21	2.1	22	84	4	58	50	0	4	45	1.21
2980271--2980344	3	24.7	3	73	20	57	60	2	4	32	1.29
2980317--2980374	14	4.1	15	71	10	50	67	0	6	25	1.16
2981121--2981150	7	4.1	7	95	4	51	83	0	16	0	0.65
2982519--2982567	15	3.3	15	97	2	91	20	0	4	75	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2982655--2982702	21	2.3	21	83	13	64	54	2	6	37	1.38
2983861--2983995	4	31.5	4	71	21	64	0	28	0	69	0.99
2983888--2983987	10	10.3	10	71	22	63	1	30	0	69	0.96
2983827--2983996	38	4.3	39	81	11	170	1	29	0	68	1.04
2983906--2983986	27	2.9	28	72	17	62	1	28	0	70	0.95
2983949--2984008	28	2.1	28	84	0	75	3	33	0	63	1.11
2986520--2987236	153	4.8	146	74	15	535	31	11	6	50	1.64
2986609--2987274	297	2.2	297	88	4	968	30	10	6	52	1.61
2987558--2987660	41	2.4	43	87	9	156	0	29	1	68	1.00
2987740--2987788	24	2.0	24	96	0	89	20	26	14	38	1.91
2988605--2988824	107	2.1	106	84	5	284	33	15	17	34	1.91
2991641--2991714	3	24.7	3	73	20	57	60	2	4	32	1.29
2992517--2992550	7	4.7	7	92	7	59	85	0	14	0	0.60
2994851--2994905	21	2.5	23	76	5	60	56	3	1	38	1.28
2994790--2994885	36	2.7	35	77	9	104	51	8	4	36	1.52
2995804--2995841	17	2.2	18	81	13	53	86	0	0	13	0.56
2997001--2997211	89	2.4	88	84	7	259	33	19	18	28	1.95
2996968--2997211	88	2.8	88	82	6	262	35	18	18	27	1.94
2997320--2997575	72	3.5	71	88	6	377	32	19	16	31	1.94
2997379--2997751	197	1.9	193	84	5	491	33	20	15	30	1.93
2997579--2997751	68	2.5	70	85	4	210	32	23	14	29	1.94
2998526--2998635	43	2.5	42	80	10	107	13	26	16	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3005933--3005963	12	2.6	12	94	0	53	35	6	29	29	1.82
3009829--3009932	38	2.8	36	79	12	113	51	7	3	36	1.49
3009898--3009952	21	2.5	23	76	5	60	56	3	1	38	1.28
3010856--3010887	12	2.8	12	90	9	50	84	0	0	15	0.63
3011519--3011562	21	2.1	21	87	8	63	59	2	0	38	1.10
3012480--3012589	10	11.3	10	72	20	74	0	29	0	70	0.94
3012485--3012597	4	27.8	4	73	22	69	0	28	0	70	0.93
3012474--3012600	41	3.2	41	82	11	160	0	30	0	67	1.01
3012485--3012599	28	4.0	28	77	19	89	0	28	0	70	0.93
3012480--3012600	38	3.1	38	88	5	163	0	29	0	69	0.94
3012483--3012599	14	8.4	15	71	23	71	0	29	0	70	0.94
3015663--3015696	8	4.0	8	88	11	50	26	0	2	70	1.01
3015228--3015898	311	2.2	299	87	5	949	30	9	7	52	1.61
3016184--3016296	10	11.9	10	70	23	66	2	28	0	69	1.02
3016189--3016297	38	2.8	37	84	6	146	2	28	0	68	1.03
3016195--3016296	14	7.2	13	71	15	60	2	27	0	69	1.03
3016179--3016308	38	3.4	37	80	5	125	2	31	0	66	1.04
3018063--3018794	156	4.8	155	76	14	716	30	10	6	53	1.60
3018117--3018794	298	2.2	299	89	5	1015	30	9	6	53	1.59
3019084--3019140	21	2.8	21	81	2	71	0	26	0	73	0.83
3019050--3019140	40	2.2	41	81	11	107	1	29	0	69	0.96
3019224--3019272	24	2.0	24	100	0	98	20	24	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3020089--3020308	107	2.1	106	85	4	291	33	16	17	32	1.92
3023122--3023195	3	24.7	3	73	20	57	60	2	4	32	1.29
3024521--3024551	14	2.1	15	94	5	55	0	25	0	74	0.82
3024521--3024557	18	2.1	18	89	0	56	0	29	0	70	0.88
3025393--3025426	14	2.4	14	95	5	59	20	0	2	76	0.92
3025504--3025556	21	2.5	22	75	12	56	50	1	3	43	1.30
3026016--3026428	154	2.7	149	75	15	417	31	10	5	52	1.58
3026717--3026868	10	15.7	10	68	24	78	0	28	0	69	0.98
3026720--3026864	41	3.5	42	84	10	185	0	28	0	69	0.98
3026756--3026870	28	4.0	28	77	19	89	0	28	0	70	0.93
3026721--3026871	38	3.8	38	83	10	171	0	29	0	69	0.98
3029932--3029958	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
3029494--3030167	309	2.2	297	88	5	971	30	9	6	52	1.61
3029737--3030167	154	2.8	149	75	13	446	30	9	6	52	1.60
3030215--3030253	17	2.4	17	91	4	62	15	10	0	74	1.07
3030458--3030609	10	15.8	10	67	22	60	2	27	1	68	1.11
3030468--3030601	4	32.2	4	69	24	50	2	25	1	70	1.10
3030468--3030610	38	3.7	38	82	9	175	2	27	1	68	1.12
3030468--3030593	34	3.6	33	78	14	119	3	25	1	69	1.12
3030492--3030609	14	8.6	13	68	20	55	3	27	0	68	1.11
3032440--3032464	13	1.9	13	100	0	50	28	8	0	64	1.22
3032337--3033107	310	2.5	297	85	9	973	30	10	6	51	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3033389--3033489	10	10.0	10	70	17	59	0	28	0	70	0.94
3033361--3033490	42	3.1	40	83	9	118	0	30	0	68	1.00
3033395--3033497	21	5.1	21	77	9	90	0	29	0	69	0.94
3033395--3033490	42	2.3	41	92	5	158	0	28	1	70	0.94
3033390--3033490	6	16.0	6	70	15	53	0	27	0	71	0.93
3033574--3033622	24	2.0	24	100	0	98	20	24	14	40	1.89
3034439--3034658	107	2.1	106	86	4	300	33	16	17	32	1.93
3035143--3035198	20	2.8	19	79	12	60	50	0	8	41	1.34
3037290--3037348	23	2.6	23	77	15	59	49	0	6	44	1.29
3037473--3037543	3	23.7	3	75	21	60	59	2	4	33	1.31
3037501--3037533	13	2.5	13	100	0	66	60	0	0	39	0.97
3037505--3037565	19	3.2	20	75	6	56	65	0	4	29	1.13
3039751--3039785	15	2.3	15	100	0	70	20	0	5	74	1.02
3040890--3041043	10	15.8	10	68	23	80	0	29	0	69	0.98
3040901--3041044	38	3.7	39	84	11	183	0	29	0	69	0.98
3040904--3041044	41	3.6	41	83	11	183	0	29	0	69	0.98
3040930--3041043	28	4.0	28	76	18	87	0	28	0	70	0.94
3040897--3041044	75	2.0	75	85	7	203	0	29	0	69	0.98
3043594--3044343	154	4.9	149	76	12	592	31	10	6	51	1.63
3043812--3043846	13	2.7	13	86	0	52	25	0	0	74	0.82
3044110--3044136	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
3044391--3044429	16	2.4	16	87	8	53	15	12	0	71	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3044630--3044779	10	15.8	10	67	26	53	2	28	1	68	1.12
3044601--3044780	38	4.7	38	79	7	179	2	28	1	67	1.11
3044637--3044761	24	4.9	25	72	14	78	3	26	1	68	1.13
3044699--3044779	14	5.8	13	72	13	54	3	28	0	67	1.07
3046508--3047276	312	2.5	297	88	6	1096	30	10	6	52	1.62
3046614--3047227	299	2.1	287	84	11	826	29	11	6	52	1.62
3047565--3047668	47	2.4	43	79	14	122	0	26	2	70	1.02
3047601--3047675	10	7.5	10	68	21	50	0	28	1	70	0.95
3047567--3047668	42	2.3	41	88	11	141	0	27	2	69	1.03
3047752--3047800	24	2.0	24	96	0	89	20	22	16	40	1.91

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