genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28044541--28044862	47	6.9	47	96	0	574	31	8	30	29	1.87
28044794--28044935	72	2.0	72	97	0	266	35	5	27	31	1.80
28044747--28044981	119	2.0	118	94	2	418	33	7	28	31	1.84
28044841--28044888	25	1.9	25	100	0	96	37	0	27	35	1.57
28044869--28045037	93	1.8	93	86	0	248	32	9	30	27	1.88
28044866--28045037	47	3.7	47	87	1	238	32	9	30	27	1.88
28045156--28045234	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
28047088--28047190	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
28047172--28047245	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
28047560--28047716	40	3.9	40	78	7	140	26	22	26	24	2.00
28051122--28051641	47	11.1	47	93	0	817	32	8	30	28	1.87
28051258--28051332	22	3.3	22	65	17	62	30	8	32	29	1.86
28051232--28051353	23	5.2	23	64	24	76	31	4	31	31	1.79
28051760--28051838	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
28057604--28057654	25	2.0	24	85	7	66	41	5	11	41	1.66
28067095--28067137	21	2.0	21	91	8	70	16	27	4	51	1.64
28069436--28069570	68	2.0	68	88	2	200	22	24	17	35	1.95
28070375--28070433	29	2.0	29	86	0	82	42	1	25	30	1.65
28070823--28070962	50	2.8	50	81	2	147	27	18	28	25	1.98
28079211--28079303	47	2.0	47	97	0	177	40	8	31	19	1.81
28097960--28098032	31	2.3	31	79	11	78	23	13	0	63	1.30
28101049--28101082	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28110039--28110263	79	2.8	80	79	11	246	26	21	26	25	2.00
28110039--28110263	40	5.7	40	86	5	253	26	21	26	25	2.00
28110095--28110296	79	2.6	79	81	9	191	28	19	26	25	1.99
28118003--28118127	40	3.2	40	89	1	189	30	21	24	23	1.99
28117964--28118133	40	4.3	40	84	3	184	28	21	25	24	1.99
28117863--28118405	271	2.0	271	99	0	1068	29	16	25	28	1.97
28118235--28118459	79	2.8	80	81	11	264	26	22	26	24	2.00
28118235--28118459	40	5.7	40	87	5	271	26	22	26	24	2.00
28118235--28118459	119	1.9	120	82	9	291	26	22	26	24	2.00
28118288--28118484	79	2.5	79	82	9	199	27	20	26	24	1.99
28121153--28121233	5	15.6	5	74	8	56	16	4	4	74	1.17
28139761--28139934	75	2.3	75	86	0	258	31	17	21	28	1.96
28140344--28140527	7	25.9	7	70	11	79	22	0	34	41	1.58
28145004--28145071	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
28144893--28145219	173	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
28145172--28145250	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
28153151--28153218	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
28153040--28153367	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	30	1.95
28153320--28153398	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
28176384--28176415	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
28176408--28176620	61	3.4	63	69	17	194	41	2	6	49	1.41
28176370--28176662	120	2.4	120	92	2	482	42	2	5	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28176491--28176525	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
28176611--28176645	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28176599--28176873	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
28176758--28176792	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28176954--28177048	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
28177029--28177078	16	3.1	16	94	0	82	34	36	0	30	1.58
28179204--28179233	13	2.3	13	94	0	51	46	13	6	33	1.69
28180242--28180280	20	2.0	20	100	0	78	30	5	0	64	1.15
28185134--28185180	19	2.4	19	76	13	51	4	17	6	72	1.22
28208570--28208686	61	1.9	61	92	0	198	49	5	1	42	1.37
28209914--28210056	71	2.0	71	84	2	189	34	27	12	25	1.92
28233947--28234079	71	1.9	71	85	0	185	33	27	12	26	1.93
28245315--28245440	63	2.0	63	95	0	225	47	4	9	38	1.57
28247196--28247264	36	1.9	36	88	5	104	36	14	23	26	1.93
28248196--28248250	28	2.0	28	92	0	92	47	16	10	25	1.79
28251763--28251804	20	2.3	19	88	12	61	26	0	4	69	1.08
28262704--28263284	44	13.2	44	90	0	867	28	21	24	25	1.99
28267829--28267920	47	1.9	48	82	4	114	25	14	19	41	1.89
28271787--28271830	19	2.4	19	85	11	56	29	2	0	68	1.02
28280294--28280335	20	2.1	20	100	0	84	35	23	7	33	1.82
28281325--28281364	21	1.9	21	89	0	62	27	37	22	12	1.90
28283660--28283699	20	2.0	20	85	5	53	42	0	7	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28284431--28284461	15	2.1	15	93	0	53	0	12	3	83	0.75
28285082--28285115	3	11.3	3	87	0	50	32	2	2	61	1.26
28285164--28285218	20	2.5	24	77	22	66	30	5	5	58	1.44
28289998--28290031	14	2.4	14	90	0	50	29	11	29	29	1.92
28290098--28290150	16	3.3	15	81	7	61	81	9	9	0	0.89
28290097--28290150	17	3.2	17	82	10	58	81	9	9	0	0.88
28291927--28292130	88	2.3	88	84	3	259	29	19	23	27	1.98
28292229--28292547	44	7.2	44	75	8	254	27	19	26	27	1.99
28292229--28292547	88	3.6	88	70	9	281	27	19	26	27	1.99
28292102--28292547	220	2.0	220	91	0	712	28	18	25	27	1.98
28292273--28292640	176	2.1	177	90	2	589	28	20	25	26	1.99
28293564--28293602	18	2.1	19	85	4	53	0	20	5	74	1.01
28295926--28296162	28	8.5	28	92	0	370	25	13	28	32	1.94
28302794--28302924	40	3.3	39	86	4	181	29	27	19	23	1.99
28302757--28302924	80	2.1	80	83	5	207	27	27	20	24	1.99
28302792--28302977	80	2.3	79	82	9	209	29	27	19	23	1.99
28310084--28310251	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
28310119--28310304	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
28310121--28310304	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
28314630--28314866	28	8.5	28	93	0	379	25	13	29	32	1.94
28323868--28323923	20	2.8	20	80	0	76	33	8	5	51	1.56
28337012--28337040	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28339743--28339802	29	2.1	29	93	0	102	38	0	18	43	1.50
28345592--28345708	39	3.0	39	83	5	137	28	28	11	31	1.92
28349018--28349053	18	2.0	18	100	0	72	16	22	11	50	1.77
28350393--28350437	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
28354170--28354214	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
28356891--28356940	3	16.7	3	87	0	73	60	0	4	36	1.16
28363858--28363893	17	2.1	17	100	0	72	30	11	22	36	1.89
28364301--28364349	24	2.0	24	100	0	98	40	8	20	30	1.81
28371089--28371127	18	2.2	18	95	0	69	38	12	10	38	1.78
28383721--28383971	27	9.3	27	84	1	299	44	17	19	18	1.87
28383746--28383971	80	2.8	81	90	1	355	42	16	21	19	1.89
28385960--28386052	27	3.5	27	85	7	84	51	1	0	47	1.07
28386042--28386084	22	1.9	23	90	4	70	37	0	2	60	1.10
28388321--28388649	164	2.0	164	97	0	622	37	12	25	24	1.90
28396008--28396051	22	1.9	24	81	9	56	36	4	13	45	1.64
28396563--28396608	23	2.0	23	82	0	56	21	28	32	17	1.96
28398696--28398763	20	3.3	20	79	6	66	20	1	13	64	1.35
28403490--28403542	25	2.1	25	92	0	88	28	1	16	52	1.54
28414327--28414373	24	2.0	24	86	0	67	48	12	4	34	1.61
28418717--28418772	24	2.3	25	81	9	71	50	10	3	35	1.55
28421333--28421358	8	3.2	8	100	0	52	46	0	11	42	1.40
28430288--28430450	84	1.9	84	83	2	211	28	19	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28430288--28430456	28	6.0	28	81	2	169	28	19	19	31	1.96
28433243--28433287	23	2.0	23	86	0	63	48	0	8	42	1.34
28433407--28433431	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
28433388--28433691	151	2.0	154	96	3	560	37	6	10	45	1.65
28433412--28433728	151	2.1	147	84	7	352	41	6	10	41	1.65
28447800--28447829	12	2.5	12	94	0	51	26	3	16	53	1.59
28450243--28450289	17	2.6	18	80	16	53	51	2	0	46	1.13
28451963--28452029	18	3.7	18	75	11	57	29	2	4	62	1.29
28454657--28454836	28	6.6	27	94	2	288	30	28	13	26	1.94
28454657--28454836	55	3.3	54	92	3	288	30	28	13	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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