genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68668488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25159309--25159351	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
25159315--25159379	24	2.6	25	80	9	71	58	4	0	36	1.19
25161929--25161967	20	2.0	20	89	0	60	38	5	2	53	1.37
25162983--25163044	17	3.6	17	72	12	63	45	17	0	37	1.49
25162977--25163046	35	2.0	35	100	0	140	42	17	0	40	1.49
25164873--25164911	8	4.5	8	82	17	51	74	0	0	25	0.82
25164873--25164911	19	2.1	19	100	0	78	74	0	0	25	0.82
25164878--25164904	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
25166262--25166401	40	3.5	40	75	11	137	33	25	15	25	1.95
25167301--25167353	22	2.5	22	88	11	76	22	5	0	71	1.06
25167319--25167375	29	2.0	28	82	3	69	33	3	0	63	1.12
25168919--25168982	33	2.0	34	84	9	89	43	20	10	25	1.84
25173816--25173882	32	2.1	33	82	2	82	25	2	23	47	1.66
25173313--25174133	412	2.0	408	95	1	1484	28	10	18	42	1.84
25179362--25179406	18	2.6	17	82	6	56	82	4	4	8	0.94
25183108--25183185	27	2.9	26	72	14	68	41	25	15	17	1.89
25185027--25185244	97	2.2	96	82	7	244	42	3	4	50	1.37
25185027--25185216	97	1.9	97	85	4	256	43	3	3	49	1.36
25185394--25185448	28	2.0	28	86	13	78	41	0	0	58	0.98
25190837--25190873	16	2.3	16	95	0	65	27	0	32	40	1.57
25191106--25191140	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25191234--25191275	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25191009--25191300	148	2.0	148	97	0	548	45	3	4	46	1.37
25191243--25191284	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25191044--25191364	148	2.2	148	82	5	346	47	4	3	44	1.39
25191353--25191524	15	11.6	15	65	23	62	51	4	1	43	1.30
25191594--25191641	15	3.1	15	82	8	53	52	2	0	45	1.12
25191593--25191635	15	2.8	16	79	10	54	53	2	0	44	1.13
25191237--25191772	120	4.4	120	94	2	925	49	5	2	42	1.41
25191788--25192002	91	2.3	91	87	4	281	47	3	3	44	1.38
25191855--25192002	47	3.2	47	66	21	121	46	4	4	44	1.43
25197749--25197790	22	2.0	21	95	4	75	47	9	35	7	1.64
25199124--25199156	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
25199889--25200182	51	5.8	51	76	6	274	29	14	26	29	1.95
25199889--25200183	102	2.9	102	89	2	425	29	14	26	29	1.95
25200373--25200445	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
25203419--25203491	28	2.6	28	80	0	83	26	15	24	34	1.94
25205856--25205900	18	2.5	18	92	0	81	55	0	44	0	0.99
25205860--25205900	6	6.8	6	97	0	73	53	0	46	0	1.00
25232406--25232442	16	2.3	16	95	0	65	27	0	32	40	1.57
25232674--25232708	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25232577--25232866	147	2.0	147	95	1	528	45	3	4	46	1.37
25232801--25232842	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25232810--25232851	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25232612--25232930	147	2.2	147	81	6	326	47	4	3	44	1.39
25232919--25233090	15	11.6	15	65	23	62	51	4	1	43	1.30
25232804--25233335	120	4.4	120	93	3	898	49	5	3	42	1.41
25233160--25233207	15	3.1	15	82	8	53	52	2	0	45	1.12
25233159--25233201	15	2.8	16	79	10	54	53	2	0	44	1.13
25233301--25233334	17	2.0	17	88	11	52	52	0	2	44	1.16
25233415--25233562	47	3.2	47	66	21	121	46	4	4	44	1.43
25233350--25233562	91	2.3	90	88	4	295	47	3	3	44	1.38
25239279--25239320	22	2.0	21	95	4	75	47	9	35	7	1.64
25240655--25240687	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
25241421--25241714	51	5.8	51	76	6	274	29	14	26	29	1.95
25241421--25241715	102	2.9	102	89	2	425	29	14	26	29	1.95
25241905--25241977	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
25244956--25245028	28	2.6	28	80	0	83	26	15	24	34	1.94
25247388--25247432	18	2.5	18	92	0	81	55	0	44	0	0.99
25247392--25247432	6	6.8	6	97	0	73	53	0	46	0	1.00
25248335--25248379	22	2.0	22	86	0	63	28	2	24	44	1.66
25261309--25261337	13	2.1	14	93	6	51	0	27	13	58	1.36
25264503--25264545	22	2.0	22	100	0	86	48	4	13	32	1.63
25273615--25273649	15	2.2	16	90	5	54	45	11	14	28	1.79
25281938--25281964	9	3.0	9	100	0	54	22	11	44	22	1.84
25282396--25282500	35	3.0	34	81	4	120	31	21	22	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25300749--25300989	105	2.3	105	86	0	320	31	15	15	36	1.89
25302190--25302341	50	2.9	52	88	5	200	25	25	29	19	1.98
25303807--25304567	105	7.1	105	77	7	546	31	16	14	37	1.88
25304050--25304272	118	1.9	118	86	1	322	30	13	16	39	1.87
25304222--25304497	106	2.6	105	81	2	302	31	14	13	40	1.85
25305506--25305593	31	3.0	28	79	15	90	18	17	15	48	1.81
25305822--25305923	10	10.9	10	64	20	51	64	1	2	30	1.19
25305812--25305910	53	1.9	49	88	8	144	61	3	3	32	1.26
25306542--25306638	50	2.0	49	95	2	176	26	15	14	43	1.85
25307618--25307686	32	2.2	31	85	10	88	26	10	14	49	1.75
25307879--25307919	10	4.2	10	76	17	50	31	0	0	68	0.90
25310672--25310714	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
25312409--25312473	27	2.4	27	75	12	62	23	20	15	41	1.89
25312599--25312640	12	3.5	12	83	0	57	33	14	14	38	1.86
25313369--25313393	13	1.9	13	100	0	50	16	28	0	56	1.41
25322837--25322862	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
25326412--25326668	125	2.1	125	93	0	435	30	23	14	30	1.95
25326577--25326624	17	2.8	17	78	12	53	27	33	14	25	1.94
25326603--25326671	17	4.1	17	76	0	66	24	31	18	24	1.98
25326602--25326669	34	2.0	34	82	0	82	25	29	19	26	1.98
25326691--25326733	17	2.5	17	81	7	52	30	27	18	23	1.98
25329063--25329328	133	2.0	133	100	0	532	33	16	6	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25336893--25336940	19	2.4	20	89	6	71	31	27	16	25	1.97
25336905--25336943	19	2.1	19	100	0	78	33	25	15	25	1.95
25340845--25340924	10	7.9	10	77	17	67	22	3	0	73	0.99
25340845--25340931	7	13.0	7	73	23	55	22	4	0	72	1.03
25340849--25340924	20	3.8	21	81	13	97	22	3	0	73	0.99
25342947--25343191	85	2.9	85	90	1	348	32	22	14	29	1.94
25343699--25343897	28	6.9	28	73	10	134	56	7	11	25	1.58
25344032--25344074	12	3.6	12	100	0	86	13	16	44	25	1.85
25346585--25346644	29	2.3	25	83	13	68	41	3	1	53	1.27
25347711--25347798	34	2.6	34	85	3	106	53	12	4	29	1.58
25353361--25353408	19	2.5	19	100	0	96	33	6	10	50	1.62
25353786--25353923	66	2.1	66	93	2	235	13	10	22	54	1.68
25353784--25353889	33	3.3	32	65	8	81	13	8	23	54	1.66
25354294--25354372	39	2.0	39	100	0	158	36	10	22	30	1.87
25359268--25359321	27	2.0	27	100	0	108	25	3	29	40	1.73
25369375--25369434	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
25372981--25373196	105	2.1	105	92	1	362	35	12	24	28	1.91
25375797--25375883	25	3.6	25	82	3	97	32	19	24	24	1.98
25378965--25379091	28	4.5	28	84	2	148	33	9	28	28	1.88
25392467--25392517	21	2.6	19	82	11	75	35	13	11	39	1.82
25398737--25398788	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
25399466--25399567	31	3.3	30	69	16	91	41	6	10	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25406423--25406474	27	1.9	27	92	0	86	28	32	25	13	1.93
25406388--25406754	103	3.6	102	91	1	619	31	29	20	17	1.96
25410272--25410439	84	2.0	84	96	0	309	29	15	8	46	1.76
25413407--25413437	15	2.1	15	93	0	53	35	0	0	64	0.94
25415518--25415553	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
25415788--25415822	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25415675--25415990	156	2.0	157	93	1	537	43	3	4	48	1.40
25415924--25415965	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25415933--25415974	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25415959--25416146	61	3.1	60	67	19	174	48	6	2	42	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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